Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
DKNIIIGAMTALITPFKNGKVDEQSYARLIKRQIENGIDAVVPVGTTGESATLTHEEKRTCIEIAVETCKGTKVKVLAGA
GSNATHEAVGLAKFAKEHGADGILSVAPYYNKPTQQGLYEHYKAIAQSVDIPVLLYNVPGRTGCEISTDTIIKLFRDCEN
IYGVKEASGNIDKCVDLLAHEPRMMLISGEDAINYPILSNGGKGVISVTSNLLPDMISALTHFALDENYKEAKKINDELY
NINKILFCESNPIPIKTAMYLAGLIESLEFRLPLCSPSKENFAKIEEVMKKYKIKGF

The query sequence (length=297) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 7kkd:B 306 297 0.9933 0.9641 0.9933 0.0 5f1u:A, 5f1u:B, 5f1u:C, 5f1u:D, 5f1v:A, 5f1v:C, 5f1v:B, 5f1v:D, 7kg2:A, 7kg2:C, 7kg2:B, 7kg2:D, 7kg2:E, 7kg2:F, 7kg5:A, 7kg5:B, 7kg5:C, 7kg5:E, 7kg5:F, 7kg9:A, 7kg9:E, 7kg9:B, 7kg9:C, 7kg9:D, 7kg9:F, 7kh4:A, 7kh4:F, 7kh4:B, 7kh4:C, 7kh4:D, 7kh4:E, 7kk1:A, 7kk1:B, 7kk1:C, 7kk1:D, 7kk1:E, 7kk1:F, 7kkd:A, 7kkd:F, 7kkd:E, 7kkd:C, 7kkd:D, 7kkg:A, 7kkg:D, 7kkg:B, 7kkg:E, 7kkg:C, 7kkg:F, 7kkt:A, 7kkt:F, 7kkt:B, 7kkt:E, 7kkt:C, 7kkt:D, 7kls:A, 7kls:F, 7kls:B, 7kls:C, 7kls:D, 7kls:E, 7klt:A, 7klt:C, 7klt:E, 7klt:F, 7kly:A, 7kly:D, 7kly:B, 7kly:C, 7kly:E, 7kly:F, 7km0:B, 7km0:C, 7km0:A, 7km0:D, 7km0:E, 7km0:F, 7km1:A, 7km1:B, 7km1:C, 7km1:D, 7km1:E, 7km1:F, 7kn9:A, 7kn9:B, 7kn9:C, 7kn9:D, 7kn9:E, 7kn9:F, 7knz:B, 7knz:C, 7knz:A, 7knz:D, 7knz:E, 7knz:F, 7ko3:A, 7ko3:B, 7ko3:C, 7ko3:D, 7ko3:E, 7ko3:F, 7kpc:A, 7kpc:B, 7kpc:C, 7kpc:D, 7kpc:E, 7kpc:F, 7kpe:B, 7kpe:C, 7kpe:A, 7kpe:D, 7kpe:E, 7kpe:F, 7kr7:A, 7kr7:E, 7kr7:B, 7kr7:C, 7kr7:D, 7kr7:F, 7kr8:B, 7kr8:D, 7kto:A, 7kto:B, 7kto:C, 7kto:D, 7kto:E, 7kto:F, 7ku6:D, 7kuz:A, 7kuz:F, 7kuz:B, 7kuz:C, 7kuz:D, 7kuz:E, 7kwf:B, 7kwf:F, 7kwf:A, 7kwf:C, 7kwf:D, 7kwf:E, 7kwn:B, 7kwp:A, 7kwp:B, 7kwp:C, 7kwp:D, 7kwp:E, 7kwp:F, 7kx1:A, 7kxg:A, 7kxg:C, 7kxg:B, 7kxg:D, 7kxg:E, 7kxg:F, 7kxh:A, 7kxh:D, 7kxh:B, 7kxh:C, 7kxh:E, 7kxh:F, 7kz2:A, 7kz2:D, 7kz2:B, 7kz2:C, 7kz2:E, 7kz2:F, 7lcf:A, 7lcf:B, 7lcf:F, 7lcf:C, 7lcf:D, 7lcf:I, 7lcf:E, 7lcf:G, 7lcf:H, 7lcf:J, 7lcf:K, 7lcf:L, 7m06:B, 7m06:C, 7m06:D, 4m19:A, 4m19:B, 4m19:C, 4m19:D, 4mlr:A, 4mlr:D, 4mlr:C, 4mlr:E, 4mlr:F, 4mlr:G, 4mlr:H, 6u01:B
2 4dxv:A 291 280 0.4074 0.4158 0.4321 7.95e-77 3pue:B, 3pul:B, 3rk8:A, 3rk8:B, 3tak:A, 3tak:B, 3tce:A, 3tce:B, 3tdf:A, 3tdf:B, 3u8g:A, 3u8g:B
3 1o5k:A 295 289 0.4007 0.4034 0.4118 5.45e-76
4 3puo:A 292 293 0.4209 0.4281 0.4266 7.35e-71 3puo:B, 3s8h:A, 3s8h:B
5 5ud6:C 299 286 0.4040 0.4013 0.4196 9.77e-67 5ud6:A, 5ud6:B, 5ud6:D
6 5ktl:A 295 289 0.4074 0.4102 0.4187 1.09e-66 5ktl:B
7 5t25:A 293 292 0.3704 0.3754 0.3767 4.28e-66 2ats:A, 2ats:B, 3i7s:A, 3i7s:B, 7jz8:A, 7jz8:B, 7jza:A, 7jza:B, 7jzb:A, 7jzb:B, 7jzg:A, 7jzg:B, 5t25:B, 1yxd:A, 1yxd:B
8 4pfm:A 295 297 0.4040 0.4068 0.4040 1.31e-65 4pfm:B
9 4i7w:A 294 245 0.3401 0.3435 0.4122 1.62e-61 4i7w:B
10 7lvl:A 296 285 0.3670 0.3682 0.3825 8.43e-59 7lvl:B, 7lvl:C, 7lvl:E, 7lvl:D, 7lvl:F, 7mjf:A, 7mjf:B, 7mjf:C, 7mjf:D, 7mjf:E, 7mjf:F
11 4fha:A 307 284 0.3232 0.3127 0.3380 6.19e-46 4fha:B
12 5j5d:A 297 287 0.3199 0.3199 0.3310 6.82e-45 3l21:B, 1xxx:A, 1xxx:B, 1xxx:C, 1xxx:D, 1xxx:E, 1xxx:F, 1xxx:G, 1xxx:H
13 3di1:B 291 292 0.3300 0.3368 0.3356 4.18e-41 3di1:A
14 5ui3:C 306 292 0.3232 0.3137 0.3288 1.52e-40 5ui3:D, 5ui3:A, 5ui3:B
15 6vvh:BBB 313 267 0.3098 0.2939 0.3446 7.60e-37 4dpq:A, 4dpq:B, 7mds:A, 7mds:B, 6vvh:AAA, 6vvh:CCC, 6vvh:DDD
16 3na8:A 291 291 0.2694 0.2749 0.2749 2.56e-35 3na8:B, 3na8:C, 3na8:D
17 4hnn:F 320 269 0.2963 0.2750 0.3271 7.90e-32 4hnn:A, 4hnn:B, 4hnn:C, 4hnn:D, 4hnn:E, 4hnn:G, 4hnn:H
18 2wpb:A 302 283 0.2660 0.2616 0.2792 2.15e-29 4bwl:A, 4bwl:B, 4bwl:C, 4bwl:D, 1fdy:A, 1fdy:B, 1fdy:C, 1fdy:D, 1fdz:A, 1fdz:B, 1fdz:C, 1fdz:D, 1hl2:A, 1hl2:B, 1hl2:C, 1hl2:D, 3lbc:D, 3lcw:A, 3lcw:B, 3lcw:C, 3lcw:D, 4uui:A, 4uui:B, 4uui:C, 4uui:D, 2wkj:C, 2wkj:D, 2wpb:B, 2wpb:C, 2wpb:D, 2xfw:A, 2xfw:B, 2xfw:C, 2xfw:D
19 8u8w:A 297 283 0.2660 0.2660 0.2792 6.98e-29
20 3nev:A 298 283 0.2727 0.2718 0.2862 6.70e-28 3nev:B, 3nev:C, 3nev:D, 4oe7:A, 4oe7:B, 4oe7:C, 4oe7:D, 4onv:A, 4onv:B, 4onv:C, 4onv:D, 4ptn:A, 4ptn:B, 4ptn:C, 4ptn:D, 4u4m:A, 4u4m:B, 4u4m:C, 4u4m:D
21 5c55:A 307 304 0.2660 0.2573 0.2599 7.30e-27 5c55:B
22 4woq:C 290 295 0.2929 0.3000 0.2949 2.04e-24 4woq:D, 4woq:E, 4woq:F, 4woq:H, 4woz:B, 4woz:F
23 2r94:A 286 239 0.2155 0.2238 0.2678 5.61e-23 2r94:D, 2r94:B, 2r94:C
24 6g3z:A 293 243 0.2357 0.2389 0.2881 1.58e-22 6g3z:B, 6gt8:A, 6gt8:B, 6gv2:A, 6gv2:B, 6h2s:A, 6h2s:B, 6h2s:C, 6h2s:D, 6h7s:A, 6h7s:B, 1w3i:A, 1w3i:B, 1w3i:C, 1w3i:D, 1w3n:A, 1w3n:B, 1w3n:C, 1w3n:D, 1w3t:A, 1w3t:B, 1w3t:C, 1w3t:D
25 4img:A 293 291 0.2559 0.2594 0.2612 7.48e-19 4imf:A, 4imf:B, 4img:B
26 1f74:A 293 291 0.2559 0.2594 0.2612 1.27e-18 1f73:A, 1f73:B, 1f73:C, 1f73:D, 1f74:C, 1f7b:A, 1f7b:C
27 5kzd:A 284 208 0.2088 0.2183 0.2981 2.62e-17 5kzd:B, 5kzd:C, 5kzd:D
28 2nuy:A 288 212 0.1953 0.2014 0.2736 9.89e-15 2nuy:B
29 5hwn:B 310 185 0.1886 0.1806 0.3027 5.12e-14 5hwm:A, 5hwm:B, 5hwm:C, 5hwm:D, 5hwn:A, 5hwn:C, 5hwn:D, 4ur8:A, 4ur8:B, 4ur8:C, 4ur8:D
30 3qfe:A 305 286 0.2492 0.2426 0.2587 2.79e-13
31 6rb7:A 305 233 0.1818 0.1770 0.2318 2.47e-10 6rb7:B, 6rb7:E, 6rb7:F, 6rd1:A, 6rd1:B
32 8do5:B 324 133 0.1347 0.1235 0.3008 3.87e-09 8do5:A
33 3uz5:A 247 61 0.0673 0.0810 0.3279 0.055 3uz5:B, 3uzj:A, 3uzj:B
34 2o2s:A 303 60 0.0673 0.0660 0.3333 0.64 3nj8:A, 3nj8:B, 4o1m:A, 4o1m:B, 4o1m:C, 4o1m:D, 4o1m:E, 4o1m:F, 2o2s:B
35 8eti:A 254 68 0.0673 0.0787 0.2941 1.2 8esq:A, 8esr:A, 8etg:A, 8eth:A, 8eup:A, 8euy:A, 8ev3:A
36 8i9p:CA 260 60 0.0606 0.0692 0.3000 1.3 8i9r:CA, 8i9t:CA, 8i9v:CA, 8i9w:CA, 8i9x:CA, 8i9y:CA, 8i9z:CA, 8ia0:CA
37 3nz1:A 249 59 0.0539 0.0643 0.2712 1.6 4a29:A, 4a2s:A, 1a53:A, 8foq:A, 1igs:A, 4iww:A, 4iww:B, 1juk:A, 5k7j:A, 5k7j:B, 1lbf:A, 1lbl:A, 6nw4:A, 4ou1:A, 3ud6:A, 3uxd:A, 3uxd:B
38 7obb:B 1130 78 0.0774 0.0204 0.2949 2.3 7ob9:B, 7oba:B, 7vba:B, 7vbb:B, 7vbc:B
39 4a2r:A 247 57 0.0572 0.0688 0.2982 4.0 5an7:A, 4pa8:A, 8xyn:A, 8xyn:B
40 3zm8:A 444 68 0.0640 0.0428 0.2794 4.3
41 8esr:q 260 54 0.0539 0.0615 0.2963 6.0
42 7pmo:G 849 71 0.0741 0.0259 0.3099 7.3 7pmo:D, 7q1w:A, 7q20:A, 7q20:G
43 3gvp:A 433 78 0.0808 0.0554 0.3077 7.3 3gvp:B, 3gvp:C, 3gvp:D, 3mtg:A, 3mtg:B
44 4q9n:A 295 66 0.0707 0.0712 0.3182 7.8 4q9n:B, 4q9n:C, 4q9n:D, 4q9n:E, 4q9n:F, 4q9n:G, 4q9n:H
45 1nq2:A 255 88 0.0875 0.1020 0.2955 9.0 1bsx:A, 1bsx:B, 3d57:A, 3d57:B, 3gws:X, 3imy:A, 2j4a:A, 3jzc:A, 6kkb:X, 6kke:A, 6knu:A, 6knv:A, 6knw:A, 1n46:A, 1n46:B, 1nax:A, 1nq0:A, 1nq1:A, 1nuo:A, 2pin:A, 2pin:B, 1q4x:A, 1r6g:A, 8rqn:A, 7wlx:A, 7wmg:A, 7wmh:A, 7wmj:A, 7wml:A, 7wmn:A, 7wmo:A, 1xzx:X, 1y0x:X, 4zo1:X

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218