Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DKEFQSVEEEMQSTVREHRDGGHAGGIFNRYNILKIQKVCNKKLWERYTHRRKEVSEENHNHANERMLFHGSPFVNAIIH
KGFDERHAYIGGMFGAGIYFAENSSKSNQYVYGIGGGTGCPVHKDRSCYICHRQLLFCRVTLGKSFLQFSAMKMAHSPPG
HHSVTGRPSVNGLALAEYVIYRGEQAYPEYLITYQIMRPE

The query sequence (length=200) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4hyf:A 227 200 1.0000 0.8811 1.0000 1.78e-152 5aeh:A, 5aeh:B, 5aku:A, 5aku:B, 5akw:A, 5akw:B, 5al1:A, 5al1:B, 5al2:A, 5al2:B, 5al3:A, 5al3:B, 5al4:A, 5al4:B, 5al5:A, 5al5:B, 4avu:A, 4avu:B, 4avw:A, 4avw:B, 8b6m:A, 4bfp:A, 4bfp:B, 4bj9:A, 4bj9:B, 4bjb:A, 4bjc:A, 4bs4:A, 4bs4:B, 4bu3:A, 4bu3:B, 4bu5:A, 4bu5:B, 4bu6:A, 4bu6:B, 4bu7:A, 4bu7:C, 4bu8:A, 4bu8:C, 4bu9:A, 4bu9:B, 4bua:A, 4bua:C, 4bud:A, 4bud:C, 4bue:A, 4bue:B, 4buf:A, 4buf:B, 4bui:A, 4bui:C, 4bus:A, 4bus:B, 4but:A, 4but:B, 4buu:A, 4buu:B, 4buv:A, 4buv:C, 4buw:A, 4buw:B, 4bux:A, 4bux:C, 4buy:A, 4buy:B, 5c5p:B, 5c5q:B, 5c5r:B, 5dcz:A, 5fpf:A, 5fpf:B, 5fpg:A, 5fpg:B, 4hyf:B, 4hyf:C, 4iue:A, 4j1z:A, 4j1z:B, 4j21:A, 4j22:A, 4j22:B, 4j3l:A, 4j3m:A, 4j3m:B, 3kr7:A, 3kr8:A, 3kr8:C, 4m7b:A, 4m7b:C, 3mhj:A, 3mhj:B, 3mhk:A, 5nob:A, 5nut:A, 5nut:B, 5nwg:A, 7o6x:BBB, 7ojo:AAA, 7ojo:BBB, 5ows:A, 5ows:B, 5owt:A, 5owt:B, 3p0n:A, 3p0n:C, 3p0p:A, 3p0p:C, 3p0q:A, 3p0q:C, 4pml:A, 4pml:B, 4pml:C, 4pml:D, 4pnl:A, 4pnl:B, 4pnl:C, 4pnl:D, 4pnm:A, 4pnm:B, 4pnm:C, 4pnm:D, 4pnn:A, 4pnn:B, 4pnn:C, 4pnn:D, 4pnq:A, 4pnq:B, 4pnq:C, 4pnr:A, 4pnr:B, 4pnr:C, 4pnr:D, 4pns:A, 4pns:B, 4pns:C, 4pnt:A, 4pnt:B, 4pnt:C, 7pox:BBB, 7r3z:A, 6tg4:AAA, 4tju:A, 4tju:B, 4tju:C, 4tjw:A, 4tjw:B, 4tjw:C, 4tjy:A, 4tjy:B, 4tjy:C, 4tk0:A, 4tk0:B, 4tk0:C, 4tk5:A, 4tk5:B, 4tk5:C, 4tk5:D, 4tkf:A, 4tkf:B, 4tkf:C, 4tkg:A, 4tkg:B, 4tkg:C, 4tkg:D, 4tki:A, 4tki:B, 4tki:C, 4tki:D, 6tkm:AAA, 6tkm:BBB, 6tkn:AAA, 6tkn:BBB, 6tkp:AAA, 6tkq:AAA, 6tkr:AAA, 6tkr:BBB, 6tks:AAA, 6tks:BBB, 3u9h:A, 3u9h:B, 3u9y:A, 3ua9:A, 3ua9:B, 4ufu:A, 4ufu:B, 4ufy:A, 4ufy:B, 4uhg:A, 4uhg:B, 4uvl:A, 4uvl:C, 4uvn:A, 4uvn:B, 4uvo:A, 4uvo:B, 4uvs:A, 4uvs:C, 4uvt:A, 4uvt:C, 4uvu:A, 4uvu:B, 4uvv:A, 4uvv:B, 4uvw:A, 4uvw:B, 4uvx:A, 4uvx:B, 4uvy:A, 4uvy:B, 4uvz:A, 4uvz:C, 4ux4:A, 4ux4:B, 3w51:A, 3w51:B, 4w5i:A, 4w5i:B
2 4i9i:A 212 200 0.9000 0.8491 0.9000 1.12e-138 4dvi:A, 4dvi:B, 5ebt:A, 5ebt:B, 5ebt:C, 5ebt:D, 5ece:A, 5ece:B, 5ece:C, 5ece:D, 5ety:A, 5ety:B, 5ety:C, 5ety:D, 4i9i:B, 4i9i:C, 4i9i:D, 4k4e:A, 4k4e:B, 4k4f:A, 4k4f:B, 7kkm:A, 7kkm:B, 7kkm:C, 7kkm:D, 7kkn:A, 7kkn:B, 7kkn:C, 7kkn:D, 7kko:A, 7kko:B, 7kko:C, 7kkp:A, 7kkp:B, 7kkq:A, 7kkq:B, 7kkq:C, 7kkq:D, 4krs:A, 4krs:B, 4li6:A, 4li6:B, 4li7:A, 4li7:B, 4li8:A, 4li8:B, 4msg:A, 4msg:B, 4msk:A, 4msk:B, 4msk:C, 4msk:D, 4mt9:A, 4mt9:B, 4n3r:A, 4n3r:B, 4n4t:A, 4n4t:B, 4n4v:A, 4n4v:B, 4oa7:A, 4oa7:B, 4oa7:C, 4oa7:D, 7ocv:A, 6qxu:A, 2rf5:A, 4tor:A, 4tor:B, 4tor:C, 4tor:D, 4tos:A, 4tos:B, 4u6a:A, 3udd:A, 3udd:B, 3uh2:A, 3uh2:B, 3uh4:A, 3uh4:B, 4uuh:A, 4uw1:A, 4uw1:B, 4uw1:C, 4uw1:D, 4uw1:E, 4uw1:F, 4uw1:G, 4uw1:H, 4w5s:A, 4w6e:A, 8x5j:A, 8x5j:B
3 8aly:E 259 197 0.8750 0.6757 0.8883 1.01e-123 6a84:A, 5adq:A, 5adr:A, 5ads:A, 5adt:A, 8aly:J, 8aly:I, 8aly:H, 8aly:G, 8aly:F, 8aly:D, 8aly:C, 8aly:B, 8aly:A, 8aly:O, 8aly:T, 8aly:S, 8aly:R, 8aly:Q, 8aly:N, 8aly:M, 8aly:L, 8aly:K, 8b6m:C, 5c5p:A, 5c5q:A, 5c5r:A, 7ce4:A, 4hki:A, 4hki:H, 4hkk:A, 4hkk:C, 4hkn:A, 4hl5:A, 4hlf:A, 4hlf:B, 4hlg:A, 4hlg:B, 4hlh:A, 4hlh:B, 4hlk:A, 4hlk:B, 4hlm:A, 4hlm:B, 4hmh:A, 6kro:A, 4kzl:A, 4kzl:B, 4kzq:A, 4kzq:B, 4kzu:A, 4kzu:B, 4l09:A, 4l09:B, 4l0b:A, 4l0b:B, 4l0i:A, 4l0i:B, 4l0s:A, 4l0s:B, 4l0t:A, 4l0t:B, 4l0v:A, 4l0v:B, 4l10:A, 4l10:B, 4l2f:A, 4l2f:B, 4l2g:A, 4l2g:B, 4l2k:A, 4l2k:B, 4l31:A, 4l31:B, 4l32:A, 4l32:B, 4l33:A, 4l33:B, 4l34:A, 4l34:B, 5nob:B, 5nsp:A, 5nsp:B, 5nsx:A, 5nsx:B, 5nt0:A, 5nt0:B, 5nt4:A, 5nt4:B, 5nvc:A, 5nvc:B, 5nve:A, 5nve:B, 5nvf:A, 5nvf:B, 5nvh:A, 5nvh:B, 5nwb:A, 5nwb:B, 5nwc:A, 5nwc:B, 5nwd:A, 5nwd:B, 5nwg:B, 5nxe:A, 5nxe:B, 7o6x:AAA, 7olj:AAA, 7olj:BBB, 7om1:AAA, 7om1:BBB, 7omc:AAA, 7omc:BBB, 4pnq:D, 4pns:D, 4pnt:D, 7pox:AAA, 7r3z:C, 7r5x:AAA, 7r5x:BBB, 6tg4:BBB, 4tju:D, 4tjw:D, 4tkf:D, 6tkp:BBB, 6tkq:BBB, 4ui3:A, 4ui3:B, 4ui4:A, 4ui4:B, 4ui5:A, 4ui5:B, 4ui6:A, 4ui6:B, 4ui7:A, 4ui7:B, 4ui8:A, 4ui8:B, 4uvp:A, 4uvp:C, 5zqo:A, 5zqp:A, 5zqq:A, 5zqr:A
4 7f42:A 200 171 0.2650 0.2650 0.3099 1.69e-13 6ek3:A, 6ek3:B, 4f0e:A, 4f0e:C, 4f0e:D, 7f41:B, 7f43:B, 3gey:A, 3gey:B, 7oqq:A, 7osp:A, 7oss:A, 7osx:A, 7otf:A, 7oth:A, 7ouw:A, 7oux:A, 7pw3:A, 7pwa:A, 7pwc:A, 7pwk:A, 7pwl:A, 7pwm:A, 7pwp:A, 7pwq:A, 7pwr:A, 7pws:A, 7pwu:A, 7pww:A, 7px6:A, 7px7:A, 7r3o:A, 7r4a:A, 7r5d:A, 6ry4:A, 7z1v:A, 7z1w:A, 7z1y:A, 7z2o:A, 7z2q:A, 7z41:A
5 2pqf:A 185 204 0.3100 0.3351 0.3039 1.41e-12 2pqf:B, 2pqf:C, 2pqf:D, 2pqf:E, 2pqf:F, 6v3w:A
6 6fzm:A 190 205 0.2750 0.2895 0.2683 4.27e-10 4f1l:A, 4f1l:B, 4f1l:C, 4f1l:D, 4f1q:A, 4f1q:B, 6fym:A, 6fym:B, 6fym:C, 6fym:D, 6fzm:B, 6g0w:A, 6g0w:B, 3goy:A, 3goy:B, 3goy:C, 3goy:D, 7l9y:A, 7l9y:B, 7l9y:C, 7l9y:D, 7lun:A, 7lun:B, 7lun:C, 7lun:D, 7lun:E, 7lun:F, 7lun:G, 7lun:H, 5lxp:A, 5lxp:B, 5lyh:A, 5lyh:B, 5nqe:A, 5nqe:B, 4py4:B, 3se2:A, 3se2:B, 3se2:C, 3se2:D, 3smi:A, 3smi:B, 3smj:A, 3smj:B, 5v7t:A, 5v7w:A, 5v7w:B, 6we2:A, 6we2:B, 6we3:A, 6we3:B, 6we4:A, 6we4:B
7 8sx2:A 313 154 0.2300 0.1470 0.2987 1.48e-09 8sx2:B
8 8swy:A 248 162 0.2300 0.1855 0.2840 3.08e-08 8swy:B, 8swz:A, 8swz:B
9 4py4:A 169 204 0.2650 0.3136 0.2598 3.65e-08 7r3l:A, 7r3l:B
10 3hkv:A 192 196 0.2350 0.2448 0.2398 2.93e-05 6fxi:A, 6fxi:B, 3hkv:B, 5lx6:A, 5lx6:B
11 8g0h:D 475 161 0.2250 0.0947 0.2795 1.51e-04 5a00:A, 7aab:A, 7aab:B, 7aac:A, 7aac:B, 7aad:A, 7aad:B, 6bhv:A, 6bhv:B, 6bhv:C, 6bhv:D, 7cmw:A, 7cmw:B, 4dqy:C, 4dqy:F, 5ds3:A, 8fyy:A, 8fyz:B, 8fyz:A, 8fz1:A, 8fz1:B, 8g0h:B, 6ghk:A, 6ghk:B, 3gjw:A, 3gn7:A, 4gv7:A, 4gv7:B, 4gv7:C, 4gv7:D, 5ha9:B, 8he7:A, 8he7:B, 4hhy:A, 4hhy:B, 4hhy:C, 4hhz:A, 4hhz:B, 4hhz:C, 8hlr:A, 8hlr:B, 8jnz:A, 8jnz:B, 7kk3:A, 7kk3:B, 7kk3:C, 7kk3:D, 7kk4:A, 7kk4:B, 7kk5:A, 7kk5:B, 7kk5:C, 7kk5:D, 7kk6:A, 7kk6:B, 5kpn:A, 5kpn:B, 5kpo:A, 5kpo:B, 5kpp:A, 5kpp:B, 5kpq:A, 5kpq:B, 3l3l:A, 3l3m:A, 4l6s:A, 4l6s:B, 6m3i:B, 6nrf:A, 6nrg:A, 6nrh:A, 6nri:A, 6nrj:A, 6ntu:A, 7onr:A, 7onr:B, 7ons:A, 7ons:B, 7ont:A, 7ont:B, 4opx:C, 4opx:F, 4oqa:C, 4oqa:F, 4oqb:C, 4oqb:F, 4pjt:A, 4pjt:B, 4pjt:C, 4pjt:D, 4r5w:A, 4r5w:B, 4r6e:A, 4r6e:B, 4r6e:C, 4r6e:D, 2rcw:A, 2rd6:A, 4rv6:A, 4rv6:B, 7s68:B, 7s6h:B, 7s6h:D, 7s6m:D, 7s6m:B, 7s81:C, 8u4w:A, 8u4w:B, 8u4w:C, 8u4w:D, 1uk0:A, 1uk0:B, 1uk1:A, 1uk1:B, 4und:A, 4und:B, 4uxb:B, 6vkk:A, 6vkk:D, 6vkk:C, 6vkk:B, 6vko:A, 6vko:B, 6vko:C, 6vko:D, 6vkq:A, 6vkq:B, 6vkq:C, 6vkq:D, 1wok:A, 1wok:B, 1wok:C, 1wok:D, 5wrq:A, 5wrq:B, 5wry:A, 5wry:B, 5wrz:A, 5wrz:B, 5ws0:A, 5ws0:B, 5ws1:A, 5ws1:B, 5wtc:A, 5wtc:B, 5xsr:A, 5xst:A, 5xsu:A, 5xsu:B, 5xsu:D, 6xvw:A, 6xvw:B, 4zzz:A, 4zzz:B
12 4hhz:D 296 161 0.2250 0.1520 0.2795 1.55e-04
13 5xsu:C 328 109 0.1800 0.1098 0.3303 0.001 4hhy:D, 4uxb:A
14 3c49:A 357 108 0.1700 0.0952 0.3148 0.001 3c4h:A, 3ce0:A, 3fhb:A, 4gv0:A, 4gv2:A, 4gv4:A, 4l6z:A, 4l70:A, 4l7l:A, 4l7n:A, 4l7o:A, 4l7p:A, 4l7r:A, 4l7u:A
15 6x0l:P 474 216 0.2700 0.1139 0.2500 0.001 7aeo:A, 5dsy:A, 5dsy:B, 5dsy:C, 5dsy:D, 6f1k:A, 6f5b:A, 6f5b:B, 6f5f:A, 6f5f:D, 6f5f:B, 8he8:A, 8he8:B, 8he8:C, 8hkn:B, 8hkn:A, 8hko:A, 8hko:B, 8hks:A, 8hks:B, 8hks:C, 8hks:D, 8hlj:A, 8hlj:B, 8hlq:A, 8hlq:B, 8jny:A, 8jny:B, 3kcz:A, 3kcz:B, 3kjd:A, 3kjd:B, 4pjv:A, 4pjv:B, 7r59:A, 4tvj:A, 4tvj:B, 6tx3:B, 6usj:U, 6x0l:R, 6x0m:p, 6x0m:P, 6x0n:P, 6x0n:R, 4zzx:A, 4zzx:B, 4zzy:A
16 1a26:A 351 108 0.1750 0.0997 0.3241 0.001 1efy:A, 6i8m:A, 6i8t:A, 1pax:A, 2pax:A, 3pax:A, 4pax:A
17 7ebe:A 544 86 0.1050 0.0386 0.2442 0.97 7ebe:B, 7ebe:C, 7ebe:D
18 3m1h:D 176 42 0.0700 0.0795 0.3333 1.8 3m1h:A, 3m1h:B, 3m1h:C
19 3kw0:B 197 56 0.0950 0.0964 0.3393 6.3 3kw0:A, 3kw0:C, 3kw0:D
20 8thm:B 462 46 0.0700 0.0303 0.3043 6.9 8thm:A, 8thm:C, 8thm:D, 8thm:F, 8thm:E
21 7mq8:NJ 827 93 0.1200 0.0290 0.2581 9.5 7mq8:NK, 7mq9:NJ, 7mq9:NK

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218