Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
DEWPEPIVRVQSLAESNLSSLPDRYIKPASLRPATNIPIIDLEGLDDVIMARISEACRGWGFFQVVNHGVKPELMDAARE
NWREFFHMPVNAKETYSNSPRTYEGYGSRLGVEKGASLDWSDYYFLHLLPHHLKDFNKWPSFPPTIREVIDEYGEELVKL
SGRIMRVLSTNLGLKEDKFQEAFGGENIGACLRVNYYPKCPRPELALGLSPHSDPGGMTILLPDDQVFGLQVRKDDTWIT
VKPHPHAFIVNIGDQIQILSNSTYKSVEHRVIVNSDKERVSLAFFYNPKSDIPIQPLQELVSTHNPPLYPPMTFDQYRLF
IRTQGPQGKSHVESHISP

The query sequence (length=338) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6lsv:A 338 338 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6lsv:B
2 5o9w:A 356 336 0.3669 0.3483 0.3690 1.73e-74
3 1gp6:A 349 345 0.3639 0.3524 0.3565 4.48e-72 2brt:A, 1gp4:A, 1gp5:A
4 8y4u:A 298 292 0.3018 0.3423 0.3493 1.39e-61
5 5tcv:A 299 289 0.3166 0.3579 0.3702 6.04e-61 1wa6:X
6 6tto:A 311 293 0.3195 0.3473 0.3686 1.48e-55 6ttm:A, 6ttn:A
7 5gja:A 299 286 0.2899 0.3278 0.3427 3.91e-55 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
8 8cvc:A 327 291 0.2959 0.3058 0.3436 1.10e-50 8cv8:A, 8cv9:A, 8cva:A, 8cvb:A, 8cvd:A, 8cve:A, 8cvf:A, 8cvg:A, 8cvh:A
9 7ekd:A 343 285 0.2751 0.2711 0.3263 2.42e-39
10 6ku3:B 318 292 0.2929 0.3113 0.3390 8.73e-38 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
11 6kwa:A 267 283 0.2426 0.3071 0.2898 2.55e-27 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
12 6kun:A 294 304 0.2544 0.2925 0.2829 3.25e-23 6kun:B
13 6xjj:A 291 270 0.2041 0.2371 0.2556 6.53e-17
14 7e38:A 313 303 0.2308 0.2492 0.2574 1.23e-13 8ci9:C, 7e37:A, 7e37:B, 7e38:B
15 8bbb:A 331 298 0.2249 0.2296 0.2550 1.29e-12 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
16 5c3q:B 311 275 0.2041 0.2219 0.2509 2.08e-12 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
17 7v3n:A 317 146 0.1361 0.1451 0.3151 1.77e-11 8hiv:A, 7v2t:A, 7v2u:A, 7v2x:A, 7v34:A, 7v36:A, 7v3e:A, 7v3e:B, 7v3e:C, 7v3o:A
18 5c3q:A 335 288 0.2160 0.2179 0.2535 5.33e-11 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
19 5v2z:A 349 291 0.1893 0.1834 0.2199 4.40e-06 6cba:A, 6cf3:A, 5lsq:A, 5lun:A, 5lun:B, 5lun:C, 5lun:D, 5mof:A, 8uc2:A, 5v2t:A, 5v2x:A, 5v2x:B, 5v2y:A, 5v31:A, 5v32:A, 5v34:A, 5vka:A, 5vkb:A, 6vp4:A, 6vp4:B, 6vp4:C, 6vp4:D, 6vp5:A, 6vp5:B, 6vp5:C, 6vp5:D
20 4pzd:A 283 50 0.0444 0.0530 0.3000 3.3 4pzd:B, 4pzd:C, 4pzd:D, 4pzd:E, 4pzd:F, 4pzd:G, 4pzd:H, 4pzd:I, 4pze:A, 4pze:B, 4pze:C, 4pze:D, 4pze:G, 4pze:E, 4pze:F, 4pze:H, 4pze:I
21 5oxf:B 591 57 0.0562 0.0321 0.3333 7.4
22 5oxf:A 703 57 0.0562 0.0270 0.3333 7.4
23 6gvk:A 201 48 0.0562 0.0945 0.3958 8.5 6gvl:A
24 4n6d:A 319 48 0.0355 0.0376 0.2500 8.6

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218