Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AKMQRSIATVSLSGTLPEKLEAIAAAGFDGVEIFENDLLYYAGSPRQVRQMCADLGIAITLFQPFRDFEGCRRDRLQKNL
DRAERKFDLMQELGTDLVLVCSNVQADALGDEQLLVDDLRLLGEHAGKRGLRIGYEALAWGRHVNTYQQVWNLVRQADHP
ALGVILDSFHTLSLKGDPSAIRDIPGDKIFFVQMADAPILAMDVLEWSRHFRCFPGQGEMDMAGFLAPILATGYRGPLSL
EIFNDGFRAAPTRQNAADGLRSLLYLEEQTRLRLEQENTPIEPGVLFSPPPASAYDGVEFLEFAVDEAVGARLGNWLKRL
GFAEAGKHRSKEVQLLRQGDINIVLNAEPYSFGHNFFEAHGPSLCATALRVKDQQAALKRATAFRGQPFRGLVGPNECEV
PAVRAPDGSLLYLVEQGTLYDTDFSLDNNATATGGLRRIDHMALALPAESLDSWVLFYKSLFDFAADDEVVLPGLVKSRA
LRSQCGTLRLPLNISENRNTAIAHALSSYRGSGVHHIAFDCDDIFREVARAKLAGVPLLEIPLNYYDDLAARFDFDDEFL
SELAYYNVLYDRDAQGGELFHVYTEPFEERFFFEIIQRKAGYAGYGAANVAVRLAAMAKARSG

The query sequence (length=623) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5hmq:D 624 624 0.9984 0.9968 0.9968 0.0 5hmq:A, 5hmq:B, 5hmq:C, 5hmq:E, 5hmq:F
2 1cjx:A 352 339 0.1766 0.3125 0.3245 1.73e-45 1cjx:D, 1cjx:B, 1cjx:C, 7x8e:A, 7x8e:B, 7x8e:C, 7x8e:D, 7x8e:E, 7x8e:F, 7x8e:G, 7x8e:H, 7xnt:G, 7xnt:A, 7xnt:B
3 7xnt:C 320 322 0.1734 0.3375 0.3354 1.43e-44
4 2r5v:A 346 330 0.1557 0.2803 0.2939 3.15e-24 2r5v:B
5 7yvv:A 335 345 0.1557 0.2896 0.2812 1.49e-19
6 1t47:A 362 194 0.0963 0.1657 0.3093 9.44e-16 1t47:B
7 3zgj:B 343 317 0.1380 0.2507 0.2713 1.77e-13 3zgj:A
8 7x5r:A 386 285 0.1268 0.2047 0.2772 1.48e-12 7cjk:A, 7cqr:A, 7cqs:A, 7e0x:A, 7ezq:A, 8gwd:A, 8h6a:A, 8h6b:A, 8how:A, 8hwr:A, 8hx2:A, 8hx4:A, 8hxf:A, 8hxg:A, 8hxh:A, 8hym:A, 8hyo:A, 8hyp:A, 8hys:A, 8hz6:A, 8hz7:A, 8hz9:A, 8hza:A, 8hzu:A, 8i0g:A, 8i0y:A, 8i15:A, 8i2p:A, 8i2s:A, 8i2u:A, 8i36:A, 8iok:A, 6isd:A, 6isd:B, 8j3c:A, 6j63:A, 6j63:B, 6j63:C, 6j63:D, 8j8w:A, 8j8x:A, 6jx9:A, 6lgt:A, 6m6d:A, 1sp9:B, 1sqd:A, 1tfz:A, 1tg5:A, 7v6x:A, 7vc8:A, 7vo8:A, 8who:A, 8whp:A, 8whq:A, 8wi6:A, 7wj8:A, 7wjj:A, 7wjk:A, 8wqm:A, 7x5s:A, 7x5u:A, 7x5w:A, 7x5x:A, 7x5y:A, 7x5z:A, 7x62:A, 7x64:A, 7x67:A, 7x69:A, 7x6m:A, 7x6n:A, 7x8d:A, 7x8h:A, 7x8i:A, 5xgk:B, 5xgk:C, 5xgk:D, 7xvh:A, 5ywg:A, 5ywg:B, 5ywh:A, 5ywh:B, 5ywi:A, 5ywk:A, 5ywk:B, 5yy6:A, 5yy7:A, 5yy7:B
9 5xgk:A 368 292 0.1300 0.2201 0.2774 5.43e-11 1sp9:A
10 1sp8:D 393 264 0.1204 0.1908 0.2841 1.64e-10 1sp8:A, 1sp8:B, 1sp8:C, 7x7l:A, 7x7l:B, 7x7l:C, 7x7l:D
11 1i6n:A 278 157 0.0658 0.1475 0.2611 2.27e-10
12 5ec3:A 376 189 0.0770 0.1277 0.2540 5.92e-09 8im2:A, 8im2:B, 8im2:C, 8im2:D, 8im2:E, 8im2:F, 8im3:A, 8im3:B, 8im3:C, 8im3:D, 8im3:E, 8im3:F, 3isq:A, 1sqi:A
13 8jbw:A 364 128 0.0626 0.1071 0.3047 1.58e-08
14 1sqi:B 342 181 0.0722 0.1316 0.2486 1.47e-07
15 2g0w:B 285 249 0.0931 0.2035 0.2329 3.43e-06 2g0w:A
16 6qh4:C 138 89 0.0401 0.1812 0.2809 0.027 6qh4:A, 6qh4:B, 6qh4:D, 3rmu:A, 3rmu:B, 3rmu:C, 3rmu:D
17 3ngf:B 260 242 0.0851 0.2038 0.2190 0.029 3ngf:A
18 7ern:C 284 125 0.0610 0.1338 0.3040 0.061 7erm:A, 7erm:B, 7erm:C, 7erm:D, 7ern:A, 7ern:B, 7ern:D, 7ero:A, 7ero:B, 7ero:C, 7ero:D
19 7cj5:A 292 130 0.0449 0.0959 0.2154 0.087 7cj4:A, 7cj4:B, 7cj5:B, 7cj6:A, 7cj6:B, 7cj7:A, 7cj7:B, 7cj8:A, 7cj8:B, 7cj8:C, 7cj8:D, 7cj8:E, 7cj8:F, 7cj9:A, 7cj9:B, 7cj9:C, 7cj9:D, 7cj9:E, 7cj9:F, 7cj9:G, 7cj9:H
20 6wf7:A 144 89 0.0482 0.2083 0.3371 0.096 6wf6:A, 6wf6:B, 6wfh:A, 6wfi:A, 6xbq:A, 6xbr:A, 6xbs:A, 6xbt:A, 6xbv:A
21 3vnl:A 291 241 0.0899 0.1924 0.2324 0.13 7e9w:A, 7e9w:B, 7e9w:C, 7e9w:D, 3vni:A, 3vni:B, 3vni:C, 3vni:D, 3vnj:A, 3vnj:B, 3vnj:C, 3vnj:D, 3vnk:A, 3vnk:B, 3vnk:C, 3vnk:D, 3vnl:B, 3vnl:C, 3vnl:D, 3vnm:A, 3vnm:B, 3vnm:C, 3vnm:D
22 3ju2:A 275 181 0.0754 0.1709 0.2597 0.23 3qc0:A
23 5zfs:B 294 110 0.0433 0.0918 0.2455 0.25 5zfs:A
24 7dz4:C 286 123 0.0465 0.1014 0.2358 0.54 7dz2:A, 7dz2:B, 7dz2:C, 7dz2:D, 7dz3:A, 7dz3:B, 7dz3:C, 7dz3:D, 7dz4:A, 7dz4:B, 7dz4:D, 7dz5:A, 7dz5:B, 7dz5:C, 7dz5:D, 7dz6:A, 7dz6:B, 7dz6:C, 7dz6:D
25 6wn6:B 264 246 0.0899 0.2121 0.2276 0.84 6wn6:A, 6wn6:C, 6wn6:D
26 7vpf:A 273 195 0.0787 0.1795 0.2513 1.2 7vpf:B
27 2qw5:A 327 216 0.0754 0.1437 0.2176 1.5 2qw5:B
28 3va8:A 427 49 0.0257 0.0375 0.3265 1.6
29 3dx5:A 274 187 0.0626 0.1423 0.2086 1.7
30 3vyl:A 297 102 0.0449 0.0943 0.2745 2.2 3vyl:B, 3vyl:C, 3vyl:D, 3vyl:E, 3vyl:F, 3vyl:G, 3vyl:H
31 5h1w:A 270 99 0.0337 0.0778 0.2121 2.2 5b7y:A, 5b7y:B, 5b80:A, 5b80:B, 5h1w:B, 5h6h:A, 5h6h:B
32 6ype:A 205 38 0.0225 0.0683 0.3684 2.2 6ype:B
33 7x7w:A 288 171 0.0658 0.1424 0.2398 2.9 7x7w:B
34 3tva:A 282 26 0.0177 0.0390 0.4231 3.6 3tva:B
35 5juy:B 1234 56 0.0273 0.0138 0.3036 4.6 1cy5:A, 3j2t:A, 3j2t:B, 3j2t:C, 3j2t:D, 3j2t:E, 3j2t:F, 3j2t:G, 3jbt:A, 3jbt:C, 3jbt:E, 3jbt:G, 3jbt:I, 3jbt:K, 3jbt:M, 5juy:A, 5juy:C, 5juy:D, 5juy:E, 5juy:F, 5juy:G, 2p1h:A, 5wve:A, 5wve:C, 5wve:E, 5wve:G, 5wve:I, 5wve:K, 5wve:M, 1z6t:A, 1z6t:B, 1z6t:C, 1z6t:D
36 2d1x:C 66 34 0.0225 0.2121 0.4118 6.2 2d1x:A, 2d1x:B, 2d1x:D, 5nv1:A, 7pll:A, 3ulr:B
37 3rmq:A 111 55 0.0305 0.1712 0.3455 6.3 3rms:A, 3rms:B, 3rms:C
38 5bof:A 434 74 0.0353 0.0507 0.2973 8.7 5boe:A, 5boe:B, 5bof:B
39 9c8v:B 434 70 0.0257 0.0369 0.2286 9.5 8d0k:E, 8d96:B, 8d9d:B, 5exr:B, 5exr:F, 5f0q:A, 5f0q:B, 5f0s:A, 5f0s:B, 3l9q:A, 7opl:D, 3q36:A, 3q36:B, 8qj7:D, 4rr2:D, 7u5c:B, 8vy3:B
40 6i7n:A 490 123 0.0514 0.0653 0.2602 10.0 4adw:A, 4adw:B, 4apn:A, 4apn:B, 5ebk:A, 5ebk:B, 6er5:A, 6i7n:B, 2jk6:A, 2jk6:B, 6t95:A, 6t97:A, 6t98:A, 2w0h:A, 2w0h:B, 2x50:A, 2x50:B, 2yau:A, 2yau:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218