Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
AKMAFTLADRVTEEMLADKAALVVEVVEENYHDAPIVGIAVVNEHGRFFLRPETALADPQFVAWLGDETKKKSMFDSKRA
AVALKWKGIELCGVSFDLLLAAYLLDPAQGVDDVAAAAKMKQYEAVRPDEAVYGKGAKRAVPDEPVLAEHLVRKAAAIWE
LERPFLDELRRNEQDRLLVELEQPLSSILAEMEFAGVKVDTKRLEQMGKELAEQLGTVEQRIYELAGQEFNINSPKQLGV
ILFEKLQLPVLKKTKTGYSTSADVLEKLAPYHEIVENILHYRQLGKLQSTYIEGLLKVVRPDTKKVHTIFNQALTQTGRL
SSTEPNLQNIPIRLEEGRKIRQAFVPSESDWLIFAADYSQIELRVLAHIAEDDNLMEAFRRDLDIHTKTAMDIFQVSEDE
VTPNMRRQAKAVNFGIVYGISDYGLAQNLNISRKEAAEFIERYFESFPGVKRYMENIVQEAKQKGYVTTLLHRRRYLPDI
TSRNFNVRSFAERMAMNTPIQGSAADIIKKAMIDLNARLKEERLQAHLLLQVHDELILEAPKEEMERLCRLVPEVMEQAV
TLRVPLKVDYHYGSTWYDAK

The query sequence (length=580) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4dqq:D 584 580 0.9966 0.9897 0.9966 0.0 4b9l:A, 4b9m:A, 4b9n:A, 4b9s:A, 4b9t:A, 4b9u:A, 4b9v:A, 2bdp:A, 3bdp:A, 4bdp:A, 4dqi:A, 4dqi:D, 4dqp:A, 4dqp:D, 4dqq:A, 4dqr:A, 4dqr:D, 4dqs:A, 4ds4:A, 4ds5:A, 4dse:D, 4dsf:D, 4dsi:A, 4dsj:A, 4dsj:B, 4dsk:A, 4dsl:A, 6dsu:A, 6dsv:A, 6dsw:A, 6dsx:A, 6dsy:A, 4dwi:A, 4e0d:A, 3eyz:A, 3ez5:A, 3ez5:D, 4ez6:D, 4ez9:A, 4ez9:D, 4f2r:A, 4f2r:D, 4f2s:A, 4f2s:D, 4f3o:A, 4f3o:D, 4f4k:A, 4f4k:D, 4f8r:A, 2hhq:A, 2hhs:A, 2hht:A, 2hhu:A, 2hhv:A, 2hhw:D, 2hhw:A, 2hhx:A, 3hp6:A, 3hp6:D, 3hpo:A, 3ht3:A, 3ht3:D, 2hvh:A, 2hvh:D, 2hvi:A, 2hvi:D, 2hw3:A, 7k5o:A, 7k5p:A, 7k5q:A, 7k5r:A, 7k5s:A, 7k5t:A, 7k5u:A, 1l3s:A, 1l3t:A, 1l3u:A, 1l3v:A, 1l5u:A, 1lv5:A, 1lv5:B, 6mu4:A, 6mu5:A, 1njw:A, 1njx:A, 1njy:A, 1njz:A, 1nk0:A, 1nk4:A, 1nk5:A, 1nk6:A, 1nk7:A, 1nk8:A, 1nk9:A, 1nkb:A, 1nkc:A, 1nke:A, 4o0i:A, 6p5c:A, 3pv8:A, 3pv8:D, 3px0:D, 3px4:D, 3px6:A, 3px6:D, 8scg:A, 8scg:D, 8sci:A, 8sci:D, 8scj:A, 8scj:D, 8sck:A, 8sck:D, 8scl:A, 8scl:D, 8scm:A, 8scm:D, 8scn:A, 8scn:D, 8sco:A, 8sco:D, 8scp:A, 8scp:D, 8scq:A, 8scq:D, 8scr:A, 8scr:D, 8scs:A, 8scs:D, 8sct:A, 8sct:D, 8scu:A, 8scu:D, 3tan:A, 3tap:A, 3taq:A, 3tar:A, 3thv:A, 3thv:D, 3ti0:A, 3ti0:D, 1u45:A, 1u47:A, 1u48:A, 1u49:A, 1u4b:A, 1ua0:A, 1ua1:A, 6ueu:A, 6ueu:D, 4uqg:A, 6ur2:A, 6ur4:A, 6ur9:A, 6ur9:D, 6us5:A, 6us5:D, 1xc9:A, 2xo7:A, 2xy5:A, 2xy6:A, 2xy7:A, 2y1i:A, 2y1j:A, 4yfu:A, 4yfu:D
2 4ds4:D 561 580 0.9638 0.9964 0.9638 0.0 4ds5:D, 4dse:A, 4dsf:A, 4ez6:A, 4f8r:D, 3px0:A, 3px4:A
3 6vdd:A 567 580 0.4138 0.4233 0.4138 4.72e-132 6vdd:D
4 1taq:A 807 489 0.3966 0.2850 0.4703 6.87e-132 4bwj:A, 4bwm:A, 4c8k:A, 4c8l:A, 4c8m:A, 4c8n:A, 4c8o:A, 4cch:A, 4df4:A, 4df8:A, 4dfj:A, 4dfk:A, 4dfm:A, 4dfp:A, 4dle:A, 4dlg:A, 5e41:A, 4elt:A, 4elu:A, 4elv:A, 6fbc:A, 6fbd:A, 6fbe:A, 6fbf:A, 6fbg:A, 6fbh:A, 6fbi:A, 2ktq:A, 3ktq:A, 4ktq:A, 5ktq:A, 3lwl:A, 3lwm:A, 3m8r:A, 3m8s:A, 4n5s:A, 5nkl:A, 5o7t:A, 3ojs:A, 3oju:A, 7owf:A, 5oxj:A, 3po4:A, 3po5:A, 3py8:A, 6q4u:A, 6q4v:A, 1qss:A, 1qsy:A, 1qtm:A, 3rr7:A, 3rr8:A, 3rrg:A, 3rrh:A, 3rtv:A, 3sv3:A, 3sv4:A, 3syz:A, 3sz2:A, 5szt:A, 3t3f:A, 1tau:A, 5w6k:A, 5w6q:C, 5w6q:G, 4xiu:A, 5ytc:A, 5ytd:A, 5yte:A, 5ytf:A, 5ytg:A, 5yth:A, 5z3n:A
5 6vde:A 860 580 0.4172 0.2814 0.4172 2.39e-129 6vde:B
6 8oo6:A 604 494 0.3776 0.3626 0.4433 3.38e-129 1d8y:A, 1d9d:A, 1d9f:A, 1kfs:A, 2kfn:A, 2kfz:A, 1kln:A, 1krp:A, 1ksp:A, 2kzm:A, 2kzz:A, 8ooy:A, 1qsl:A
7 5w6q:A 515 489 0.3845 0.4330 0.4560 4.04e-126
8 4n56:A 494 489 0.3655 0.4291 0.4335 3.92e-114
9 1kfd:A 560 493 0.3362 0.3482 0.3955 1.13e-106
10 6vdc:A 497 578 0.3621 0.4225 0.3633 4.50e-96
11 8ef9:A 599 514 0.2879 0.2788 0.3249 1.11e-73 8efc:A, 8efk:A
12 4xvi:A 647 508 0.2862 0.2566 0.3268 2.43e-68 4xvk:A, 4xvl:A, 4xvm:A
13 7zus:CCC 650 439 0.2483 0.2215 0.3280 5.03e-67 8e23:A, 8e24:A, 8e24:D, 8gd7:A, 4x0p:A, 4x0p:B, 4x0p:C, 4x0p:D, 4x0q:A, 4x0q:B, 7zus:AAA, 7zus:BBB, 7zx0:AAA, 7zx0:BBB, 7zx0:CCC, 7zx0:DDD, 7zx0:EEE, 7zx0:FFF, 7zx1:AAA, 7zx1:BBB, 7zx1:CCC, 7zx1:DDD, 7zx1:EEE, 7zx1:FFF
14 8e23:D 603 422 0.2431 0.2338 0.3341 1.56e-59
15 6xbu:A 605 530 0.2690 0.2579 0.2943 2.95e-56
16 6n9u:H 645 445 0.1948 0.1752 0.2539 5.44e-18 6n9v:H, 6n9w:H, 6n9x:H, 6p7e:D
17 1sks:A 681 295 0.1397 0.1189 0.2746 9.33e-16 1skr:A, 1skw:A, 1sl1:A, 1sl2:A, 1t7p:A, 1tk5:A, 1x9m:A, 1x9s:A, 1x9w:A, 1zyq:A
18 6p7e:C 672 298 0.1414 0.1220 0.2752 2.77e-15 1sl0:A, 1sl0:C
19 2ajq:A 704 299 0.1379 0.1136 0.2676 4.11e-15 2ajq:F, 6n7w:H, 6p7e:A, 6p7e:B, 1t8e:A, 1tk0:A, 1tk8:A, 1tkd:A
20 8v5r:A 944 265 0.1017 0.0625 0.2226 0.007 8g5i:A, 8g5l:A, 8g5m:A, 8g5n:A, 8g5o:A, 8g5p:A, 8t7e:A
21 8u7j:L 267 81 0.0448 0.0974 0.3210 0.010 8u7j:K, 8u7j:I, 8u9e:B
22 8v55:A 902 164 0.0655 0.0421 0.2317 0.010
23 8g5k:A 905 165 0.0690 0.0442 0.2424 0.015
24 8d33:A 974 169 0.0690 0.0411 0.2367 0.017 8d37:A, 8d3r:A, 8d42:A, 8udl:A, 8v54:A
25 8g5j:A 941 186 0.0741 0.0457 0.2312 0.054
26 4wy0:B 260 81 0.0431 0.0962 0.3086 0.100 4wy0:D, 4wy0:E, 4wy0:G, 4wy0:I, 4wy0:J, 4wy0:K, 1znn:A, 1znn:B, 1znn:C, 1znn:D, 1znn:E, 1znn:F
27 1a0g:B 282 90 0.0414 0.0851 0.2667 1.1 1a0g:A, 1daa:A, 1daa:B, 2daa:A, 2daa:B, 2dab:A, 2dab:B, 3daa:A, 3daa:B, 4daa:A, 4daa:B, 5daa:A, 5daa:B, 1g2w:A, 1g2w:B, 3lqs:A, 3lqs:B
28 6d6y:A 511 114 0.0466 0.0528 0.2368 1.7
29 6y9t:A 536 40 0.0224 0.0243 0.3250 7.4 6y9t:B
30 2iss:B 285 87 0.0414 0.0842 0.2759 7.4 2iss:A, 2iss:C
31 4nwj:A 504 50 0.0207 0.0238 0.2400 8.3 4my4:A, 4nwx:A, 4qax:A, 7tl8:A
32 6vs4:A 223 31 0.0241 0.0628 0.4516 8.5 6vs4:B
33 6ro8:A 413 164 0.0621 0.0872 0.2195 8.7
34 7t1u:B 107 35 0.0190 0.1028 0.3143 8.9 7t1u:A
35 3adr:A 259 74 0.0362 0.0811 0.2838 9.8 3adr:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218