Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
Download all results in tab-seperated text for 106 receptor-ligand interactions, whose format is explained at readme.txt.
  • Hover over PDB to view the title of the structure. Click PDB to view the structure at the RCSB PDB database. Resolution -1.00 means the resolution is unavailable, e.g., for NMR structures.
  • Click Site # to view the binding site structure. Hover over Site # to view the binding residues.
  • Hover over Ligand to view the full ligand name. Click Ligand to view the 2D diagram and other detail information of the ligand.
  • Hover over EC number to view the full name of enzymatic activity.
  • Hover over GO terms to view all GO terms.
  • Hover over UniProt to view the protein name.

    • Sort results by
    << < 1 > >>
    Go to page

    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
    1 6gaw:AB (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S001 30089917
    2 6gaw:AB (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... F1S001 30089917
    3 6gaw:AC (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A287ANU4 30089917
    4 6gaw:AE (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1SU66 30089917
    5 6gaw:AE (3.2) BS02 rna ? GO:0003723 ... F1SU66 30089917
    6 6gaw:AF (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    7 6gaw:AG (3.2) BS01 rna ? GO:0000028 ... A0A286ZJ25 30089917
    8 6gaw:AI (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... I3LU08 30089917
    9 6gaw:AI (3.2) BS02 rna ? GO:0003723 ... I3LU08 30089917
    10 6gaw:AJ (3.2) BS01 rna ? GO:0005763 ... F1RUU2 30089917
    11 6gaw:AK (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZJJ6 30089917
    12 6gaw:AL (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL52 30089917
    13 6gaw:AN (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL53 30089917
    14 6gaw:AO (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BMP0 30089917
    15 6gaw:AP (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    16 6gaw:AQ (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1UDM1 30089917
    17 6gaw:AR (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL54 30089917
    18 6gaw:AR (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... A0A0M3KL54 30089917
    19 6gaw:AU (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZNB3 30089917
    20 6gaw:Ab (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287AEW3 30089917
    21 6gaw:Ac (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0M3KL55 30089917
    22 6gaw:Ac (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... A0A0M3KL55 30089917
    23 6gaw:Ad (3.2) BS01 rna ? GO:0005763 ... A0A287AY01 30089917
    24 6gaw:Ae (3.2) BS01 rna N/A N/A N/A 30089917
    25 6gaw:Ag (3.2) BS01 rna ? GO:0005654 ... A0A8D1XNL0 30089917
    26 6gaw:Ag (3.2) BS02 GTP ? GO:0005654 ... A0A8D1XNL0 30089917
    27 6gaw:Ah (3.2) BS01 peptide N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    28 6gaw:Ai (3.2) BS01 rna ? N/A A0A4X1V2H3 30089917
    29 6gaw:Ai (3.2) BS02 peptide ? N/A A0A4X1V2H3 30089917
    30 6gaw:Aj (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    31 6gaw:Am (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A4X1SZV4 30089917
    32 6gaw:An (3.2) BS01 rna ? GO:0005634 ... A0A8D2A802 30089917
    33 6gaw:An (3.2) BS02 rna ? GO:0005634 ... A0A8D2A802 30089917
    34 6gaw:Ao (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... K7GKS8 30089917
    35 6gaw:Ap (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... Q767K8 30089917
    36 6gaw:Ap (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... Q767K8 30089917
    37 6gaw:B0 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1U0F6 30089917
    38 6gaw:B1 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZTW8 30089917
    39 6gaw:B2 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SGC7 30089917
    40 6gaw:B3 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1MIP3 30089917
    41 6gaw:B4 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1ULI6 30089917
    42 6gaw:B5 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... I3LTC4 30089917
    43 6gaw:B5 (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... I3LTC4 30089917
    44 6gaw:B6 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1TLP9 30089917
    45 6gaw:B7 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1UFR4 30089917
    46 6gaw:B8 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SVC5 30089917
    47 6gaw:B9 (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287A731 30089917
    48 6gaw:B9 (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... A0A287A731 30089917
    49 6gaw:BC (3.2) BS01 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    50 6gaw:BC (3.2) BS02 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    51 6gaw:BC (3.2) BS03 rna ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    52 6gaw:BC (3.2) BS04 GSP ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    53 6gaw:BC (3.2) BS05 MG ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    54 6gaw:BC (3.2) BS06 FME ? GO:0003743 ... P46199 30089917
    55 6gaw:BD (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RRN2 30089917
    56 6gaw:BD (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... F1RRN2 30089917
    57 6gaw:BE (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A140UHW4 30089917
    58 6gaw:BF (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287B9C4 30089917
    59 6gaw:BI (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... I3LR45 30089917
    60 6gaw:BJ (3.2) BS01 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    61 6gaw:BJ (3.2) BS02 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    62 6gaw:BJ (3.2) BS03 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    63 6gaw:BJ (3.2) BS04 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    64 6gaw:BJ (3.2) BS05 peptide ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    65 6gaw:BJ (3.2) BS06 rna ? GO:0005840 ... F1RWJ0 30089917
    66 6gaw:BK (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RU54 30089917
    67 6gaw:BN (3.2) BS01 rna ? GO:0003729 ... K7GP19 30089917
    68 6gaw:BO (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RQV7 30089917
    69 6gaw:BP (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    70 6gaw:BP (3.2) BS02 MG N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    71 6gaw:BQ (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RI89 30089917
    72 6gaw:BR (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RMQ4 30089917
    73 6gaw:BS (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZNK1 30089917
    74 6gaw:BS (3.2) BS02 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZNK1 30089917
    75 6gaw:BT (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... I3LNJ0 30089917
    76 6gaw:BU (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A286ZU56 30089917
    77 6gaw:BV (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1RY70 30089917
    78 6gaw:BW (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A4X1TXR4 30089917
    79 6gaw:BX (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    80 6gaw:BY (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1RHJ1 30089917
    81 6gaw:Ba (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BIV6 30089917
    82 6gaw:Bb (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... F1RW03 30089917
    83 6gaw:Bb (3.2) BS02 rna ? GO:0005739 ... F1RW03 30089917
    84 6gaw:Bd (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A286ZP98 30089917
    85 6gaw:Be (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1F1K9 30089917
    86 6gaw:Be (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... A0A8D1F1K9 30089917
    87 6gaw:Bf (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... A0A287BQA1 30089917
    88 6gaw:Bg (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S8U4 30089917
    89 6gaw:Bh (3.2) BS01 rna ? GO:0003723 ... F1SR64 30089917
    90 6gaw:Bi (3.2) BS01 rna ? GO:0005739 ... I3LGM5 30089917
    91 6gaw:Bj (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1SRT0 30089917
    92 6gaw:Bk (3.2) BS01 rna ? GO:0005761 ... A0A480J9Z6 30089917
    93 6gaw:Bk (3.2) BS02 rna ? GO:0005761 ... A0A480J9Z6 30089917
    94 6gaw:Bl (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A0R4J8D6 30089917
    95 6gaw:Bn (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A8D1P1C8 30089917
    96 6gaw:Bo (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1S9B7 30089917
    97 6gaw:Bp (3.2) BS01 rna N/A N/A N/A 30089917
    98 6gaw:Bq (3.2) BS01 rna ? N/A I3LN63 30089917
    99 6gaw:Bt (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... A0A287BP93 30089917
    100 6gaw:Bt (3.2) BS02 MG ? GO:0003735 ... A0A287BP93 30089917
    101 6gaw:Bv (3.2) BS01 rna ? GO:0005634 ... A0A286ZXA6 30089917
    102 6gaw:Bw (3.2) BS01 rna N/A GO:0003735 ... N/A 30089917
    103 6gaw:Bx (3.2) BS01 rna ? GO:0003735 ... F1RRH6 30089917
    104 6gaw:Bx (3.2) BS02 ZN ? GO:0003735 ... F1RRH6 30089917
    105 6gaw:CL (3.2) BS01 peptide ? GO:0003735 ... A0A4X1U6S6 30089917
    106 6gaw:CL (3.2) BS02 peptide ? GO:0003735 ... A0A4X1U6S6 30089917
    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218