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BioLiP
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    # PDB
    (Resolution Å)     		Site # Ligand EC number GO terms UniProt PubMed Binding
    affinity
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    439006 8qog:C (3.1) BS03 Q7G N/A N/A P40970 39167489
    439007 8qoj:A (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    439008 8qoj:B (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    439009 8qoj:C (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    439010 8qoj:D (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    439011 8qoj:E (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
    439012 8qoj:F (2.13) BS01 YMZ N/A GO:0005243 ... Q9UKL4 38890333
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    439022 8qpa:A (3.7) BS06 IHP ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
    439023 8qpb:A (3.7) BS05 IHP ? GO:0000244 ... Q6P2Q9 38778104
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    439028 8qpn:A (2.0) BS02 WSL 3.3.2.6
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    439034 8qpo:C (2.74) BS02 FMN N/A N/A P38489 N/A
    439035 8qpo:D (2.74) BS01 FMN N/A N/A P38489 N/A
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    439040 8qpo:F (2.74) BS02 FMN N/A N/A P38489 N/A
    439041 8qpo:G (2.74) BS01 FMN N/A N/A P38489 N/A
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    439044 8qpo:H (2.74) BS02 FMN N/A N/A P38489 N/A
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    439048 8qq1:G (1.941) BS01 FAD 1.18.1.3 GO:0016491 ... A0A4J2B4U9 38640072
    439049 8qq3:A (1.6) BS01 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439050 8qq3:A (1.6) BS02 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439051 8qq3:B (1.6) BS01 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439052 8qq3:C (1.6) BS01 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439053 8qq3:C (1.6) BS02 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439054 8qq3:D (1.6) BS01 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439055 8qq3:D (1.6) BS02 WKF ? GO:0005576 ... P22629 38277163
    439056 8qq4:A (1.6) BS02 WEE 3.3.2.6
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    439057 8qq5:A (2.5) BS01 FAD 1.18.1.3 GO:0016491 ... A0A4J2B4U9 38640072
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    439059 8qq5:C (2.5) BS01 FAD 1.18.1.3 GO:0016491 ... A0A4J2B4U9 38640072
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    439066 8qqg:C (2.979) BS01 WJ9 2.7.11.1 GO:0004672 ... P15056 N/A
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    439068 8qqi:C (2.9) BS03 LRL N/A N/A P0AES4 38898213
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    439070 8qqk:A (2.8) BS02 HEO 7.1.1.3 GO:0004129 ... P0ABI8 38614453
    439071 8qqk:B (2.8) BS01 HEO ? GO:0004129 ... P0ABJ1 38614453
    439072 8qqo:A (2.47) BS01 RET ? GO:0005216 ... P42196 N/A
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    439111 8qqr:D (2.73) BS01 ATP N/A N/A A0QSU3 39107302
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    439115 8qqr:F (2.73) BS01 ATP N/A N/A A0QSU3 39107302
    439116 8qqr:F (2.73) BS02 G4P N/A N/A A0QSU3 39107302
    439117 8qqr:G (2.73) BS01 ATP N/A N/A A0QSU3 39107302
    439118 8qqr:G (2.73) BS02 G4P N/A N/A A0QSU3 39107302
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    Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

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