Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum Lab Only
Online Services

I-TASSER D-I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK D-QUARK DRfold DRfold2 LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred TCRfinder

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA DeepMSA2 FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP Library
>protein
HEDLTNREHEILMLIAQGKSNQEIADELFITLKTVKTHVSNILAKLDVDNRTQAAIYAFQHGLA

The query sequence (length=64) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4wu4:B 68 64 1.0000 0.9412 1.0000 3.46e-42 4wu4:A, 4wuh:B, 4wuh:A, 4wul:A, 4wul:B
2 5hev:F 210 63 0.8594 0.2619 0.8730 3.59e-35 5hev:A, 5hev:B, 5hev:C
3 4if4:A 208 63 0.7031 0.2163 0.7143 2.40e-24 4if4:B, 4if4:C, 4if4:D, 7ve5:B, 7ve5:A, 7ve6:A, 7ve6:B
4 1zlk:A 65 55 0.4219 0.4154 0.4909 8.00e-15 1zlk:B
5 3klo:A 217 58 0.4375 0.1290 0.4828 3.41e-13 3klo:B, 3klo:C
6 4zmr:A 207 59 0.4688 0.1449 0.5085 3.84e-13 4e7o:A, 4e7o:B, 4e7p:A, 4e7p:B, 4zmr:B, 4zms:A, 4zms:B
7 4yn8:A 201 60 0.4844 0.1542 0.5167 5.33e-11
8 4ldz:A 196 51 0.4219 0.1378 0.5294 2.59e-10 5iuk:C, 5iul:C, 5iul:F, 4ldz:B, 4le0:A, 4le0:B, 7ssj:B, 7ssj:E, 7ssj:F
9 3qp6:A 258 53 0.3750 0.0930 0.4528 1.65e-09 3qp8:A, 3qp8:B, 3qp8:C, 3qp8:D
10 3qp5:A 251 53 0.3750 0.0956 0.4528 2.13e-09 3qp1:A, 3qp2:A, 3qp4:A, 3qp5:B, 3qp5:C, 3qp5:D
11 1je8:E 67 60 0.4375 0.4179 0.4667 8.72e-09 1je8:A, 1je8:B, 1je8:F, 8u3b:G, 8u3b:H, 1zg1:A, 1zg1:B, 1zg1:E, 1zg1:F, 1zg5:A, 1zg5:B, 1zg5:E, 1zg5:F
12 4y13:A 244 61 0.4062 0.1066 0.4262 8.31e-08 2avx:A, 4y15:A, 4y15:B, 4y15:C, 4y17:A, 4y17:B, 4y17:C
13 6cbq:A 234 60 0.3906 0.1068 0.4167 4.74e-07 6cbq:B, 6cc0:A, 6cc0:B, 3szt:A, 3szt:B
14 7r3g:B 236 60 0.4531 0.1229 0.4833 5.64e-07 7r3g:A, 7r3h:B, 7r3h:A, 7r3i:A, 7r3i:B
15 7r3e:A 545 49 0.3750 0.0440 0.4898 1.76e-06 8b4a:A, 8b4a:B, 8b4a:C, 8b4a:D, 3dh8:A, 8dq0:C, 8dq0:D, 8dq1:C, 8dq1:D, 5hio:A, 5hip:A, 5hiq:A, 5his:A, 7kgw:A, 7kgx:A, 2q0i:A, 2q0j:A, 2q0j:B, 7r3e:B, 7r3f:A, 7r3j:A, 7r3j:B, 7r3j:C, 7r3j:D, 7tz9:A, 7tza:A, 7u6g:A, 2vw8:A
16 1yio:A 198 45 0.3438 0.1111 0.4889 5.24e-06 1zn2:A
17 8a5r:AAA 206 61 0.3125 0.0971 0.3279 7.27e-05 8a5s:AAA, 3p7n:A, 3p7n:B
18 6v7w:E 234 60 0.3750 0.1026 0.4000 1.03e-04 6d6a:A, 6d6a:B, 6d6a:C, 6d6a:D, 6d6a:E, 6d6a:F, 6d6a:G, 6d6a:H, 6d6b:A, 6d6b:B, 6d6b:C, 6d6b:D, 6d6b:E, 6d6b:F, 6d6b:G, 6d6b:H, 6d6c:A, 6d6c:B, 6d6c:C, 6d6c:D, 6d6c:E, 6d6c:F, 6d6c:G, 6d6c:H, 6d6c:I, 6d6c:J, 6d6c:K, 6d6c:L, 6d6d:A, 6d6d:B, 6d6l:A, 6d6l:B, 6d6l:C, 6d6l:D, 6d6m:A, 6d6m:B, 6d6m:C, 6d6m:D, 6d6n:A, 6d6n:B, 6d6n:C, 6d6n:D, 6d6o:A, 6d6o:B, 6d6o:C, 6d6o:D, 6d6p:A, 6d6p:B, 6d6p:C, 6d6p:D, 3ix3:A, 3ix3:B, 3ix4:A, 3ix4:B, 3ix4:C, 3ix4:D, 3ix4:E, 3ix4:F, 3ix4:G, 3ix4:H, 3ix8:A, 3ix8:B, 3ix8:C, 3ix8:D, 3jpu:A, 3jpu:B, 3jpu:C, 3jpu:D, 3jpu:E, 6mvm:A, 6mvm:B, 6mvn:A, 6mvn:B, 6mwh:A, 6mwh:B, 6mwl:A, 6mwl:B, 6mww:A, 6mww:B, 6mwz:A, 6mwz:B, 4ng2:A, 4ng2:B, 4ng2:C, 4ng2:D, 2uv0:E, 2uv0:F, 2uv0:G, 2uv0:H, 6v7w:B, 6v7x:B
19 6ugl:A 200 61 0.3125 0.1000 0.3279 4.28e-04
20 6ide:B 228 61 0.3125 0.0877 0.3279 5.76e-04 6ide:A, 6kju:A, 6kju:B, 6ugl:B
21 5xt2:B 204 60 0.2344 0.0735 0.2500 0.008 5xt2:A, 5xt2:C, 5xt2:D, 5xt2:E
22 5o8z:B 209 47 0.2656 0.0813 0.3617 0.016 5o8z:A, 5vxn:A, 5vxn:B, 5vxn:C, 5vxn:D, 5w43:A, 5w43:B, 6zii:B, 6zii:A, 6zix:B, 6zix:A, 6zj2:D, 6zj2:C, 6zj2:B, 6zj2:A
23 2q0o:A 235 60 0.2812 0.0766 0.3000 0.42 2q0o:B
24 1l3l:B 233 60 0.2500 0.0687 0.2667 0.49 1h0m:A, 1h0m:B, 1h0m:C, 1h0m:D, 1l3l:D, 1l3l:A, 1l3l:C
25 4ai6:A 2650 43 0.2344 0.0057 0.3488 2.3 4ai6:B, 4akg:A, 4akg:B, 4akh:A, 4akh:B, 4aki:A, 4aki:B, 3crt:A, 3cru:A, 3d0z:A, 1dug:A, 1dug:B, 1gne:A, 1gtb:A, 8gyd:A, 8gyd:B, 5gzz:B, 5gzz:C, 5gzz:D, 5gzz:E, 5gzz:F, 5gzz:G, 6ji6:A, 1m99:A, 1m9a:A, 1m9b:A, 7mi3:A, 7mi6:A, 6rwd:A, 6rwd:B, 1u87:A, 1u88:A, 1ua5:A, 4wr4:A, 4wr5:A
26 8dzz:A 2363 43 0.2344 0.0063 0.3488 2.4 8dzz:D, 8e00:A
27 1dko:A 410 61 0.2969 0.0463 0.3115 2.4 1dkp:A, 1dkq:A, 4tsr:A, 7z1j:A, 7z2s:A, 7z2t:A, 7z2w:A, 7z2y:A, 7z3v:A
28 7k5z:A 390 48 0.2031 0.0333 0.2708 2.5 7k5z:B, 7k5z:C, 7k5z:D
29 4w8f:B 2609 43 0.2344 0.0057 0.3488 2.5 220l:A, 223l:A, 225l:A, 227l:A, 148l:E, 258l:A, 259l:A, 260l:A, 182l:A, 183l:A, 184l:A, 185l:A, 186l:A, 187l:A, 188l:A, 2a4t:A, 1c61:A, 1c62:A, 1c65:A, 1c66:A, 1c67:A, 1c68:A, 1c6a:A, 1c6b:A, 1c6d:A, 1c6e:A, 1c6g:A, 1c6h:A, 1c6j:A, 1c6k:A, 1c6m:A, 1c6n:A, 1c6q:A, 1c6t:A, 2cuu:A, 3dmx:A, 3dmz:A, 3dn0:A, 3dn1:A, 3dn2:A, 3dn3:A, 3dn4:A, 3dn6:A, 3dn8:A, 3dna:A, 1epy:A, 5g27:A, 3g3v:A, 3g3w:A, 3g3x:A, 3guj:A, 3guk:A, 3gul:A, 3gul:B, 3gum:A, 3gum:B, 3gun:A, 3gun:B, 3guo:A, 3guo:B, 3gup:A, 3gup:B, 3hh3:A, 3hh5:A, 3hh6:A, 3ht6:A, 3ht7:A, 3ht8:A, 3ht9:A, 3htb:A, 3htd:A, 3htf:A, 3htg:A, 3hu8:A, 3hu9:A, 3hua:A, 3huk:A, 3huq:A, 3hwl:A, 2igc:A, 5jdt:A, 5jgn:A, 5jgr:A, 5jgv:A, 5jgz:A, 5jws:A, 5jwt:A, 5jwu:A, 5jwv:A, 5jww:A, 3k2r:A, 3l2x:A, 7l3b:A, 7l3c:A, 7l3d:A, 7l3e:A, 7l3f:A, 7l3g:A, 7l3h:A, 7l3i:A, 7l3j:A, 7l3k:A, 1l83:A, 1l84:A, 1lgw:A, 1lgx:A, 1li3:A, 1li6:A, 7loa:A, 7lob:A, 7loc:A, 7lod:A, 7loe:A, 7lof:A, 7log:A, 7loj:A, 5lwo:A, 7lx6:A, 7lx7:A, 7lx8:A, 7lx9:A, 7lxa:A, 4lzm:A, 5lzm:A, 6lzm:A, 7lzm:A, 1nhb:A, 2ntg:A, 2nth:A, 2oty:X, 2otz:X, 2ou0:X, 2ou8:A, 2ou9:A, 1ov5:A, 1ov7:A, 1ovh:A, 1ovj:A, 1ovk:A, 1owy:A, 1owz:A, 6pgy:A, 6pgz:A, 6pgz:B, 4pjz:A, 4pk0:A, 2q9d:A, 2q9e:B, 2q9e:C, 2ray:X, 2raz:X, 2rb0:X, 2rb1:X, 2rb2:X, 2rbn:A, 2rbo:A, 2rbp:A, 2rbq:A, 2rbr:A, 2rbs:A, 3run:A, 3sb5:B, 3sb5:A, 3sb5:C, 3sb5:D, 3sb6:A, 3sb6:B, 3sb8:A, 3sb8:B, 3sb9:A, 3sb9:B, 3sba:B, 3sba:C, 3sba:F, 8tat:A, 6v51:A, 4w52:A, 4w53:A, 4w54:A, 4w55:A, 4w56:A, 4w57:A, 4w58:A, 4w59:A, 4w8f:A, 1xep:A, 1zur:A, 1zwn:A, 1zyt:A
30 4b09:A 218 65 0.2812 0.0826 0.2769 4.5 4b09:B, 4b09:C, 4b09:D, 4b09:E, 4b09:F, 4b09:G, 4b09:I, 4b09:K
31 7qok:A 1361 21 0.1406 0.0066 0.4286 5.4
32 9ene:A 329 19 0.1719 0.0334 0.5789 9.5 9enb:A, 9enb:B, 9enc:A, 9enc:B, 9ene:B, 9enf:B, 8okd:A, 8okd:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023)(download the PDF file).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

zhanglabzhanggroup.org | +65-6601-1241 | Computing 1, 13 Computing Drive, Singapore 117417