Home Research Services Publications People Teaching Job Opening News Lab Only
Online Services

●I-TASSER ●QUARK ●LOMETS ●COACH ●COFACTOR ●MUSTER ●SEGMER ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●SPRING ●COTH ●BSpred ●SVMSEQ ●ANGLOR ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●ThreaDom ●EvoDesign ●GPCR-I-TASSER ●BindProf ●BindProfX ●ResQ ●IonCom ●STRUM

●TM-score ●TM-align ●MMalign ●NWalign ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●I-TASSER-MR

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW ●HPSF ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12

LS-align RESULTS PAGE

Name of Query Ligand:   3d2r_ADP_B_1
Name of Template Ligand:   1f9a_ATP_C_1
Atom Number of Query Ligand:  27
Atom Number of Template Ligand:  31

Rigid LS-align Results
  • PC-score:
    PC-score = 0.8408      P-value = 0.000995 (if normalized by atom number of Query Ligand)
    PC-score = 0.7323      P-value = 0.006563 (if normalized by atom number of Template Ligand)
    (You should use PC-score normalized by the atom number of the reference ligand)
  • Jaccard Ratio:    0.4500
  • RMSDLS:    2.0619
  • Alignment Information:
    (":" denotes aligned atom pairs of d < 1.0 A, "." denotes other aligned atoms)
    Query Atom Index:         7   10   11   12   13   15   16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26   27
    Query Atom Type:         O    C    C    O    C    C    O    C    N    C    N    C    C    N    N    C    N    C
    Aligned Tag:         :    :    :    :    .    :    .    :    :    :    :    :    :    :    :    :    :    :
    Templ Atom Type:         O    C    C    O    C    C    O    C    N    C    N    C    C    N    N    C    N    C
    Templ Atom Index:        10   14   15   16   17   19   18   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30   31
Flexible LS-align Results
  • PC-score:
    PC-score = 0.9031      P-value = 0.000331 (if normalized by atom number of Query Ligand)
    PC-score = 0.7866      P-value = 0.002517 (if normalized by atom number of Template Ligand)
    (You should use PC-score normalized by the atom number of the reference ligand)
  • Jaccard Ratio:    0.7576
  • RMSDLS:    1.0289
  • Alignment Information:
    (":" denotes aligned atom pairs of d < 1.0 A, "." denotes other aligned atoms)
    Query Atom Index:         1    3    4    5    6    7    8    9   10   11   12   13   15   16   17   18   19   20   21   22   23   24   25   26
    Query Atom Type:         P    O    O    P    O    O    O    O    C    C    O    C    C    O    C    N    C    N    C    C    N    N    C    N
    Aligned Tag:         .    :    .    :    :    :    :    :    :    :    :    .    :    .    :    :    :    :    :    :    :    :    :    :
    Templ Atom Type:         P    O    O    P    O    O    O    O    C    C    O    C    C    O    C    N    C    N    C    C    N    N    C    N
    Templ Atom Index:         5    7    8    9   11   10   12   13   14   15   16   17   19   18   21   22   23   24   25   26   27   28   29   30
    Query Atom Index:        27
    Query Atom Type:         C
    Aligned Tag:         :
    Templ Atom Type:         C
    Templ Atom Index:        31
Visualization (Query ligand in yellow and template ligand in red)
Rigid alignment (Download the rigid superposition)
Flexible alignment (Download the flexible superposition)

yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218