ggc
The query sequence (length=3) is searched through a non-redundant set of database sequences rna_nr.fasta.gz clustered at 100% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.
# | Hit | Hit length |
Aligned length |
Identity (normalized by query) |
Identity (normalized by hit) |
Identity (normalized by aligned length) |
Alignment score |
Homologs to hit |
---|---|---|---|---|---|---|---|---|
1 | 3nma:B | 3 | 3 | 1.0000 | 1.0000 | 1.0000 | 6 | 5x70:E |
2 | 1qln:R | 3 | 3 | 0.6667 | 0.6667 | 0.6667 | 1 | 4qu6:B, 4qu7:U, 4qu7:X |
3 | 4g0a:E | 3 | 3 | 0.6667 | 0.6667 | 0.6667 | 1 | 4g0a:F, 4g0a:G, 4g0a:H, 7vki:B, 8w8n:I |
4 | 6kqd:I | 3 | 3 | 0.6667 | 0.6667 | 0.6667 | 1 | 6kqd:S, 3ol8:D, 3ol9:D, 3ol9:H, 3ola:D, 3ola:H, 3olb:D, 3olb:H, 5uh5:I, 5uhc:I, 8w8o:I, 8w8p:I, 7z2z:R |
5 | 6u6y:G | 3 | 3 | 0.6667 | 0.6667 | 0.6667 | 1 | |
6 | 1d9d:B | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 7po6:D, 7po6:E, 6sty:C |
7 | 1h2c:R | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 1h2d:R, 1h2d:S |
8 | 2a8v:D | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 6fqr:C, 4x9e:G, 4x9e:H, 2xpj:D |
9 | 3er8:F | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 5o3j:B, 8pv6:C3, 8pvl:C3, 7zvx:D |
10 | 3p6y:V | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | |
11 | 4dwa:D | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | |
12 | 4v4f:A0 | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 4v4f:A1, 4v4f:A2, 4v4f:A4, 4v4f:A7, 4v4f:A8, 4v4f:A9, 4v4f:AZ, 4v4f:B1, 4v4f:B4, 4v4f:B5, 4v4f:B7, 4v4f:B8, 4v4f:B9, 4v4f:BZ |
13 | 5a79:R | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 5a7a:R, 1cgm:I, 2om3:R, 7p9i:D, 7p9i:E, 3pdm:R, 7q22:B, 7q23:B, 7q2q:B, 7q2r:B, 7q2s:B, 6rlp:R, 6rlp:Z, 6rlp:a, 6rlp:b, 6rlp:c, 6rlp:d, 6rlp:e, 6rlp:f, 6rlp:g, 6rlp:h, 6rlp:i, 6rlp:j, 6rlp:k, 6rlp:l, 6rlp:m, 6rlp:n, 6rlp:o, 6rlp:p, 6rlp:q, 6rlp:r, 6rlp:s, 6rlp:t, 6rlp:u, 6rlp:v, 1rmv:B, 6sae:R, 6sag:R, 2tmv:R, 8u3b:3, 4udv:R, 1vtm:R, 2xea:R |
14 | 5f6c:E | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | |
15 | 6b6h:3 | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 6is0:C, 6pb4:3, 6uu0:333, 6uu2:333, 6uu3:333, 6uu4:333, 6uuc:333, 6xh8:3, 6xl9:R |
16 | 6d1v:C | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 7k5l:R, 4s2x:B, 4yoe:E, 5z4a:B |
17 | 6pmi:3 | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 6pmj:3 |
18 | 6wox:I | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 6woy:I |
19 | 7yfe:M | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | |
20 | 8att:C | 3 | 3 | 0.3333 | 0.3333 | 0.3333 | -4 | 1utd:1 |
21 | 2a1r:C | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 2a1r:D, 9ash:P, 6hyu:D, 8kbc:N, 8kbc:O, 8kbc:P, 8kbc:Q, 8kbf:C, 8kbf:D, 8kbh:J, 8kbh:K, 8kbh:L, 6m6v:E, 6m6v:F, 6m6v:G, 6o78:E, 6o79:C, 4oau:A, 8oiv:D, 6ov0:F, 6ov0:G, 6p7p:D, 6p7p:E, 6p7p:F, 8pe3:D, 8pe3:F, 6q1h:D, 6q1h:H, 7qqk:E, 7qqk:F, 7qqk:G, 7qqk:H, 7soq:B, 7sor:B, 7sor:D, 7sot:B, 7sou:B, 8tl0:E, 8tl0:F, 8tl0:G, 8tl0:H, 8tl0:J, 8tl0:M, 8tl0:N, 4tu0:F, 4tu0:G, 5udj:B, 6vm6:G, 6vm6:H, 6vm6:I, 6vm6:J, 6vm6:K, 6wan:G, 6wan:H, 6wan:I, 6wan:J, 6wan:K, 6wan:L, 6ywo:E, 6ywo:I, 6ywo:F, 6ywo:K, 7zgv:D |
22 | 2b2d:S | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 8kbd:N, 8kbd:O, 8kbd:P, 8kbd:Q, 6m7k:B |
23 | 2vrt:G | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 2vrt:H |
24 | 3er8:G | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 3er8:H |
25 | 3j06:R | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 4v8z:CX, 8wal:Z |
26 | 4g9z:F | 4 | 3 | 1.0000 | 0.7500 | 1.0000 | -9 | 4gv3:B, 4gv6:B, 4gv9:E, 4i67:B |
27 | 4ii9:C | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 8ip8:dl, 8p2k:AI, 1qvg:3, 7y38:Z |
28 | 6k32:p | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | |
29 | 6rt4:D | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 6rt7:E, 7z26:D |
30 | 6uej:B | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | |
31 | 7am2:R1 | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | |
32 | 7d8c:C | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 7pua:CB |
33 | 7dkg:C | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 6e4p:J, 6e4p:K, 1eqq:M, 2f55:E, 6gc5:F, 6gc5:H, 6i2n:U, 1i5l:U, 1i5l:Y, 3iem:J, 3iem:K, 5ip2:F, 5ip2:D, 5mq0:3, 5sze:C, 2voo:C, 2voo:D, 6vyz:Y, 8wx0:F, 8wx0:G, 8wx0:D, 7znk:2, 7znk:4 |
34 | 7n06:G | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 7n06:H, 7n06:I, 7n06:J, 7n06:K, 7n06:L, 8wo8:B |
35 | 7v4g:D | 4 | 3 | 1.0000 | 0.7500 | 1.0000 | -9 | 7v4g:E, 7v4g:F, 7wkv:B, 7wkv:D, 7wkv:F, 7wl0:H, 7wl0:J |
36 | 8as7:G | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | 8asb:G, 4pei:V, 4pei:W, 4pei:X, 4pei:Z, 8r6y:G |
37 | 8s8w:C | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | |
38 | 8w2o:r | 3 | 3 | 0.0000 | 0.0000 | 0.0000 | -9 | |
39 | 4afy:C | 2 | 2 | 0.6667 | 1.0000 | 1.0000 | -11 | 4afy:D, 7eh1:I, 7eh2:I, 7eh2:R, 6ij2:E, 6ij2:F, 6ij2:G, 6ij2:H, 4jzu:C, 4k4z:D, 4lq3:R, 7mpl:B, 7mpl:D, 7mpl:F, 7mpl:H, 7mpl:J, 7mpl:L, 7mpl:N, 7mpl:P, 7mpq:R, 7mpu:D, 7mqb:B, 7mqb:D, 7mqb:F, 7mqb:H, 7mqb:J, 7mqb:L, 7mqb:N, 7mqb:P, 7mqc:B, 7mqc:D, 7mqc:F, 7mqc:H, 7mqc:J, 7mqc:L, 7mqc:N, 7mqc:P, 7mqd:B, 7mqd:D, 7mqd:F, 7mqd:H, 7mqd:J, 7mqd:L, 7mqd:N, 7mqd:P, 7mqe:B, 7mqe:D, 7mqe:F, 7mqe:H, 7mqe:J, 7mqe:L, 7mqe:N, 7mqe:P, 7mqf:B, 7mqf:D, 7mqf:F, 7mqf:H, 7mqf:J, 7mqf:L, 7mqf:N, 7mqf:P, 7mqg:B, 7mqg:D, 7mqg:F, 7mqg:H, 7mqg:J, 7mqg:L, 7mqg:N, 7mqg:P, 7mqh:B, 7mqh:D, 7mqh:F, 7mqh:H, 7mqh:J, 7mqh:L, 7mqh:N, 7mqh:P, 7mqi:B, 7mqi:D, 7mqi:F, 7mqi:H, 7mqi:J, 7mqi:L, 7mqi:N, 7mqi:P, 6n6a:D, 6n6i:D, 6n6i:C, 6oy5:I, 7pvk:E, 7pvk:F, 7pvk:G, 7pvk:H, 3u2e:C, 3u2e:D, 7va3:C, 4wtj:P, 4wtk:P, 4wtl:P, 4x4t:I, 6ymw:C |
40 | 7mpn:B | 2 | 2 | 0.6667 | 1.0000 | 1.0000 | -11 | 7mpn:D, 7mpn:F, 7mpn:H, 7mpn:J, 7mpn:L, 7mpn:N, 7mpn:P, 1n38:B, 6n6f:D, 6ogy:M, 4ohy:B, 4oi0:B, 4oi1:B, 5x70:G |
41 | 3kmq:B | 5 | 3 | 1.0000 | 0.6000 | 1.0000 | -13 | |
42 | 4iqx:C | 5 | 3 | 1.0000 | 0.6000 | 1.0000 | -13 | 3klv:C, 3kmq:C, 3kms:C, 3kna:C, 1wne:C |
43 | 8re4:R | 5 | 3 | 1.0000 | 0.6000 | 1.0000 | -13 | 8rea:R |
44 | 1n1h:B | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
45 | 1utd:2 | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 1utd:3, 1utd:4, 1utd:5, 1utd:6, 1utd:7, 1utd:8, 1utd:9, 1utd:Z |
46 | 1ytu:D | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 1ytu:F |
47 | 3avt:T | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
48 | 3b0u:A | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 3b0u:B, 6tz1:N |
49 | 3ol6:L | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 3ol6:P, 3ol7:L, 3ol7:P, 3ol8:L, 3ol8:P, 3ol9:L, 3ol9:P, 3ola:L, 3ola:P, 3olb:L, 3olb:P |
50 | 3rzo:R | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
51 | 4a3b:P | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 4a3c:P, 4a3e:P, 4a3m:P, 6r9o:B |
52 | 4g9z:E | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 4gv3:C, 4gv6:C |
53 | 4n2s:B | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 6r9m:B |
54 | 4n48:D | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 4n48:G |
55 | 4qu7:V | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
56 | 5ipl:3 | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 5ipm:3, 5ipn:3, 6utw:333, 6uu1:333, 4yln:3, 4yln:6, 4yln:9, 4ylo:3, 4ylo:6, 4ylo:9 |
57 | 6gfw:R | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
58 | 6ktc:V | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 6kug:B |
59 | 6ogy:N | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 4wtk:T |
60 | 6u6y:E | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 6u6y:F, 6u6y:H |
61 | 6uu6:333 | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
62 | 7elh:C | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
63 | 7mlj:I | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 6ovy:I, 6ow3:I, 6oy6:I, 6u9x:H, 6u9x:K |
64 | 7tuv:B | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
65 | 7z26:E | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 6zot:C |
66 | 8dzk:G | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | |
67 | 8z8j:E | 4 | 3 | 0.6667 | 0.5000 | 0.6667 | -14 | 8z8n:E, 8z9r:E |
68 | 3nma:C | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 4wti:P, 4wtm:P |
69 | 3p6y:Q | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 4s2y:B, 2x1a:B, 7xpg:D, 7xpg:E, 7xpg:F |
70 | 4g7o:I | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 4g7o:S, 8i88:L, 6l74:I, 6n6e:D, 7p8q:B, 5uh6:I, 5uh9:I, 5x21:I, 5x22:I, 5x22:S |
71 | 5hk0:F | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 2ht1:J, 2ht1:K, 6idg:A, 6kdi:A, 1pvo:G, 1pvo:H, 1pvo:J, 1pvo:K, 1pvo:L, 6sty:F, 1xpo:G, 1xpo:M, 1xpo:H, 1xpo:J, 1xpo:K, 1xpo:L, 1xpr:G, 1xpr:M, 1xpr:H, 1xpr:J, 1xpr:K, 1xpr:L, 1xpu:G, 1xpu:M, 1xpu:H, 1xpu:J, 1xpu:K, 1xpu:L |
72 | 6dmn:b | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 6dmv:b, 6do8:b, 6do9:b, 6doa:b, 6dob:b, 6doc:b, 6dod:b, 6doe:b, 6dof:b, 6dog:b, 6doh:b, 6doi:b, 6doj:b, 6dok:b, 6dol:b, 6dom:b, 6don:b, 6doo:b, 6dop:b, 6doq:b, 6dor:b, 6dos:b, 6dot:b, 6dou:b, 6dov:b, 6dow:b, 6dox:b, 6doz:b, 6dp0:b, 6dp1:b, 6dp2:b, 6dp3:b, 6dp4:b, 6dp5:b, 6dp6:b, 6dp7:b, 6dp8:b, 6dp9:b, 6dpa:b, 6dpb:b, 6dpc:b, 6dpd:b, 6dpe:b, 6dpf:b, 6dpg:b, 6dph:b, 6dpi:b, 6dpj:b, 6dpk:b, 6dpl:b, 6dpm:b, 6dpn:b, 6dpo:b, 6dpp:b, 4jzv:C, 6n6g:D, 4x4r:H |
73 | 6rt4:C | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 6rt5:A, 6rt5:E, 6rt6:A, 6rt6:E, 6rt7:A, 1t2r:B |
74 | 7kl3:B | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 7mw8:J, 6n6d:D, 6n6k:D, 6n6k:C, 5o58:B, 3rtj:D, 6ty9:M, 4v4f:A6, 4v4f:B2, 4v4f:B3, 8wak:Z |
75 | 8asg:D | 2 | 2 | 0.3333 | 0.5000 | 0.5000 | -16 | 1b2m:C, 1b2m:D, 1b2m:E, 5f6c:C, 6i0t:B, 5k77:v, 5k77:w, 5k77:x, 5k77:y, 5k77:z, 7va6:C, 2x1f:B, 6x1b:D, 6x1b:F |
76 | 2e9r:B | 6 | 3 | 1.0000 | 0.5000 | 1.0000 | -17 | 5jxs:C, 3nl0:C, 4x2b:C |
77 | 2ru3:B | 6 | 3 | 1.0000 | 0.5000 | 1.0000 | -17 | |
78 | 3koa:B | 6 | 3 | 1.0000 | 0.5000 | 1.0000 | -17 | |
79 | 4pei:Q | 1 | 1 | 0.3333 | 1.0000 | 1.0000 | -17 | 6s0m:C |
80 | 5f0q:C | 6 | 3 | 1.0000 | 0.5000 | 1.0000 | -17 | 5f0q:E, 5f0s:C, 5f0s:E |
81 | 8psn:E | 1 | 1 | 0.3333 | 1.0000 | 1.0000 | -17 | 8pso:F, 8pt6:F |
82 | 1knz:W | 5 | 3 | 0.6667 | 0.4000 | 0.6667 | -18 | 1knz:X, 1knz:Y, 1knz:Z |
83 | 1n35:B | 5 | 3 | 0.6667 | 0.4000 | 0.6667 | -18 | 1uon:B |
84 | 1n38:C | 5 | 3 | 0.6667 | 0.4000 | 0.6667 | -18 | |
85 | 2r7u:X | 5 | 3 | 0.6667 | 0.4000 | 0.6667 | -18 | |
86 | 2rs2:B | 5 | 3 | 0.6667 | 0.4000 | 0.6667 | -18 | 5x3z:B |
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859 | 6fq3:B | 13 | 3 | 1.0000 | 0.2308 | 1.0000 | -45 | |
860 | 7mjw:M | 13 | 3 | 1.0000 | 0.2308 | 1.0000 | -45 | 7mjw:G, 7mjx:D, 7mjx:M |
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