>rna
gcuaaaccuagccccaaacccacuccaccuuacuaccaaaccuuagccaaaccauuuacauaaaguauaggcgauagaaa
uugggcgcaauagauauaguaccgcaagggaaagaugaaaaauaccaagcauaauauagcaaggacuaaccccuauaccu
ucugaugaauuaacuagaaauaacuuugcaaggagagccaaagcuaagacccccgaaaccagacgagcuaccuaagaaca
gauuuauagguagaggcgacaaaccuaccgagccuggugauagcugguuguccaagauagaaucuuaguucaacuuuaaa
uuugcccacagaaccaaauccccuuguaaauuuaacuguuaguccaaagaggaacagcucuuuggacacuaggaaaaaac
cuuguagagagaguaaaaaauuuaacacccauaguaggccuaaaagcagccaccaauuaagaaagcguucaagcucaaca
ccucccaaacauauaacugaacuccucacacccaauuggaccaaucuaucacccuauagaagaacuaauguuaguauaag
uaacaugaaaacauucuccuccgcauaagccugcgucagaucacugacaauuaacagcccaauaucuacaaucaaccaac
aagucauuauuacccucacugucaacccaacaggcaugcucauaaggaaagguuaaaaaaaguaaaaggaaacaucaccu
cuagcaucaccaguauuagaggccagcugucucuuacuuuuaaccagugaaauugaccugcccgugaggcgggcauaaca
cagcaagacgagacccuauggagcuuuaauuuauuaaugcaaacaccugcauuaaaaauuucgguucggagcagaaccca
accuccgagcaguacaugcuaagacuucaccagucaaagcgaaccucaauugauccaauaacuugacggaacaaguuacc
cuaggggcgcaauccuauucuagaguccauaucaacaauaggguuuacgaccucuguuggaucaggacaucccgauggug
cagccgcuauuaaagguucguuuguucaacgauuaaaguccuacgugaucugaguuuaucuacuuuauuccucccuguac
gaaaggacaagagaaauaaggccuacuucacaaagcgccuucuaaaugauaucaucucaacuuaauacccacacccaaga
acaggguu

The query sequence (length=1208) is searched through a non-redundant set of database sequences rna_nr.fasta.gz clustered at 100% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

#	Hit	Hit length	Aligned length	Identity (normalized by query)	Identity (normalized by hit)	Identity (normalized by aligned length)	E-value	Homologs to hit
1	7oi6:A	1208	1208	1.0000	1.0000	1.0000	0.0
2	7oi8:A	1092	980	0.7997	0.8846	0.9857	0.0	7oi9:A, 7oia:A, 7oib:A, 5oom:A
3	7oi8:A	1092	112	0.0927	0.1026	1.0000	8.95e-54	7oi9:A, 7oia:A, 7oib:A, 5oom:A
4	7oi7:A	1054	862	0.7136	0.8178	1.0000	0.0
5	7oi7:A	1054	112	0.0927	0.1063	1.0000	8.95e-54
6	7oi7:A	1054	81	0.0637	0.0731	0.9506	9.27e-29
7	8qu5:A	1049	709	0.5753	0.6625	0.9803	0.0
8	8qu5:A	1049	228	0.1887	0.2173	1.0000	2.93e-118
9	8qu5:A	1049	112	0.0927	0.1068	1.0000	8.95e-54
10	7po4:A	1145	920	0.6978	0.7362	0.9163	0.0
11	7po4:A	1145	127	0.0927	0.0978	0.8819	1.19e-32
12	7po4:A	1145	82	0.0588	0.0620	0.8659	2.03e-15
13	8qu1:A	938	589	0.4776	0.6151	0.9796	0.0
14	8qu1:A	938	167	0.1382	0.1780	1.0000	2.38e-84
15	8qu1:A	938	112	0.0927	0.1194	1.0000	8.95e-54
16	8qu1:A	938	39	0.0323	0.0416	1.0000	3.40e-13
17	8qu1:A	938	32	0.0265	0.0341	1.0000	2.65e-09
18	7oid:A	1472	479	0.3899	0.3200	0.9833	0.0	7oie:A
19	7oid:A	1472	385	0.2922	0.2398	0.9169	2.83e-143	7oie:A
20	7oid:A	1472	255	0.1995	0.1637	0.9451	4.98e-106	7oie:A
21	7oid:A	1472	118	0.0927	0.0761	0.9492	1.95e-45	7oie:A
22	7oid:A	1472	34	0.0281	0.0231	1.0000	2.05e-10	7oie:A
23	7oic:A	1383	479	0.3899	0.3406	0.9833	0.0
24	7oic:A	1383	385	0.2922	0.2552	0.9169	2.83e-143
25	7oic:A	1383	252	0.1962	0.1714	0.9405	3.88e-102
26	7oic:A	1383	118	0.0927	0.0810	0.9492	1.95e-45
27	7oic:A	1383	34	0.0281	0.0246	1.0000	2.05e-10
28	3j7y:A	1472	481	0.3907	0.3207	0.9813	0.0	3j9m:A, 6nu2:A, 6nu3:A
29	3j7y:A	1472	385	0.2922	0.2398	0.9169	2.83e-143	3j9m:A, 6nu2:A, 6nu3:A
30	3j7y:A	1472	252	0.1995	0.1637	0.9563	6.40e-110	3j9m:A, 6nu2:A, 6nu3:A
31	3j7y:A	1472	118	0.0927	0.0761	0.9492	1.95e-45	3j9m:A, 6nu2:A, 6nu3:A
32	3j7y:A	1472	34	0.0281	0.0231	1.0000	2.05e-10	3j9m:A, 6nu2:A, 6nu3:A
33	7a5f:A3	1503	481	0.3907	0.3140	0.9813	0.0	7a5g:A3, 7a5k:A3
34	7a5f:A3	1503	252	0.1995	0.1603	0.9563	6.40e-110	7a5g:A3, 7a5k:A3
35	7a5f:A3	1503	243	0.1912	0.1537	0.9506	3.00e-103	7a5g:A3, 7a5k:A3
36	7a5f:A3	1503	118	0.0927	0.0745	0.9492	1.95e-45	7a5g:A3, 7a5k:A3
37	7a5f:A3	1503	108	0.0844	0.0679	0.9444	7.06e-40	7a5g:A3, 7a5k:A3
38	7a5f:A3	1503	34	0.0281	0.0226	1.0000	2.05e-10	7a5g:A3, 7a5k:A3
39	7of3:A	1386	479	0.3891	0.3391	0.9812	0.0
40	7of3:A	1386	372	0.2881	0.2511	0.9355	1.30e-151
41	7of3:A	1386	254	0.1937	0.1688	0.9213	8.45e-94
42	7of3:A	1386	125	0.0927	0.0808	0.8960	1.98e-35
43	7of3:A	1386	34	0.0281	0.0245	1.0000	2.05e-10
44	7of0:A	1376	479	0.3891	0.3416	0.9812	0.0
45	7of0:A	1376	372	0.2856	0.2507	0.9274	4.71e-146
46	7of0:A	1376	254	0.1879	0.1650	0.8937	6.68e-80
47	7of0:A	1376	125	0.0927	0.0814	0.8960	1.98e-35
48	7of0:A	1376	34	0.0281	0.0247	1.0000	2.05e-10
49	6zsa:XA	1499	483	0.3907	0.3149	0.9772	0.0	6zsb:XA, 6zsd:XA, 6zse:XA, 6zsg:XA
50	6zsa:XA	1499	539	0.3841	0.3095	0.8609	1.69e-145	6zsb:XA, 6zsd:XA, 6zse:XA, 6zsg:XA
51	6zsa:XA	1499	262	0.1995	0.1608	0.9198	5.05e-96	6zsb:XA, 6zsd:XA, 6zse:XA, 6zsg:XA
52	6zsa:XA	1499	34	0.0281	0.0227	1.0000	2.05e-10	6zsb:XA, 6zsd:XA, 6zse:XA, 6zsg:XA
53	7pd3:A	1280	478	0.3874	0.3656	0.9791	0.0
54	7pd3:A	1280	348	0.2616	0.2469	0.9080	1.05e-122
55	7pd3:A	1280	248	0.1962	0.1852	0.9556	1.07e-107
56	7pd3:A	1280	34	0.0281	0.0266	1.0000	2.05e-10
57	5ool:A	1441	478	0.3874	0.3248	0.9791	0.0
58	5ool:A	1441	381	0.2922	0.2450	0.9265	7.82e-149
59	5ool:A	1441	245	0.1962	0.1645	0.9673	3.82e-112
60	5ool:A	1441	118	0.0927	0.0777	0.9492	1.95e-45
61	5ool:A	1441	34	0.0281	0.0236	1.0000	2.05e-10
62	7og4:XA	1498	483	0.3907	0.3151	0.9772	0.0
63	7og4:XA	1498	538	0.3841	0.3097	0.8625	1.31e-146
64	7og4:XA	1498	262	0.1995	0.1609	0.9198	5.05e-96
65	7og4:XA	1498	34	0.0281	0.0227	1.0000	2.05e-10
66	7a5j:A	1492	478	0.3874	0.3137	0.9791	0.0
67	7a5j:A	1492	245	0.1962	0.1588	0.9673	3.82e-112
68	7a5j:A	1492	243	0.1912	0.1548	0.9506	3.00e-103
69	7a5j:A	1492	118	0.0927	0.0751	0.9492	1.95e-45
70	7a5j:A	1492	108	0.0844	0.0684	0.9444	7.06e-40
71	7a5j:A	1492	34	0.0281	0.0228	1.0000	2.05e-10
72	7a5h:A	1457	478	0.3874	0.3212	0.9791	0.0
73	7a5h:A	1457	381	0.2922	0.2423	0.9265	7.82e-149
74	7a5h:A	1457	245	0.1962	0.1627	0.9673	3.82e-112
75	7a5h:A	1457	118	0.0927	0.0769	0.9492	1.95e-45
76	7a5h:A	1457	34	0.0281	0.0233	1.0000	2.05e-10
77	6zsc:XA	1500	484	0.3907	0.3147	0.9752	0.0
78	6zsc:XA	1500	539	0.3841	0.3093	0.8609	1.69e-145
79	6zsc:XA	1500	262	0.1995	0.1607	0.9198	5.05e-96
80	6zsc:XA	1500	34	0.0281	0.0227	1.0000	2.05e-10
81	7of4:A	1463	482	0.3891	0.3213	0.9751	0.0	7of6:A
82	7of4:A	1463	381	0.2922	0.2413	0.9265	7.82e-149	7of6:A
83	7of4:A	1463	250	0.1945	0.1606	0.9400	5.02e-101	7of6:A
84	7of4:A	1463	123	0.0927	0.0766	0.9106	3.29e-38	7of6:A
85	7of4:A	1463	34	0.0281	0.0232	1.0000	2.05e-10	7of6:A
86	7of2:A	1410	482	0.3891	0.3333	0.9751	0.0
87	7of2:A	1410	381	0.2922	0.2504	0.9265	7.82e-149
88	7of2:A	1410	250	0.1945	0.1667	0.9400	5.02e-101
89	7of2:A	1410	123	0.0927	0.0794	0.9106	3.29e-38
90	7of2:A	1410	34	0.0281	0.0241	1.0000	2.05e-10
91	6zs9:XA	1501	485	0.3907	0.3145	0.9732	0.0
92	6zs9:XA	1501	539	0.3841	0.3091	0.8609	1.69e-145
93	6zs9:XA	1501	262	0.1995	0.1606	0.9198	5.05e-96
94	6zs9:XA	1501	34	0.0281	0.0227	1.0000	2.05e-10
95	7of5:A	1389	479	0.3866	0.3362	0.9749	0.0
96	7of5:A	1389	381	0.2922	0.2541	0.9265	7.82e-149
97	7of5:A	1389	247	0.1937	0.1685	0.9474	3.00e-103
98	7of5:A	1389	125	0.0927	0.0806	0.8960	1.98e-35
99	7of5:A	1389	34	0.0281	0.0245	1.0000	2.05e-10
100	6i9r:A	1501	486	0.3907	0.3145	0.9712	0.0
101	6i9r:A	1501	539	0.3841	0.3091	0.8609	1.69e-145
102	6i9r:A	1501	261	0.1987	0.1599	0.9195	1.82e-95
103	6i9r:A	1501	34	0.0281	0.0227	1.0000	2.05e-10
104	7of7:A	1376	479	0.3849	0.3379	0.9708	0.0
105	7of7:A	1376	381	0.2897	0.2544	0.9186	1.02e-142
106	7of7:A	1376	247	0.1871	0.1642	0.9150	1.10e-87
107	7of7:A	1376	125	0.0927	0.0814	0.8960	1.98e-35
108	7of7:A	1376	34	0.0281	0.0247	1.0000	2.05e-10
109	8qsj:A	1418	487	0.3891	0.3315	0.9651	0.0
110	8qsj:A	1418	381	0.2839	0.2419	0.9003	2.24e-129
111	8qsj:A	1418	258	0.1995	0.1700	0.9341	1.39e-101
112	8qsj:A	1418	123	0.0886	0.0755	0.8699	9.27e-29
113	8qsj:A	1418	34	0.0281	0.0240	1.0000	2.05e-10
114	8k2a:L1	1500	490	0.3907	0.3147	0.9633	0.0	8k2b:L1, 8xt0:L1, 8xt1:L1, 8xt2:L1, 8xt3:L1
115	8k2a:L1	1500	385	0.2922	0.2353	0.9169	2.83e-143	8k2b:L1, 8xt0:L1, 8xt1:L1, 8xt2:L1, 8xt3:L1
116	8k2a:L1	1500	259	0.1995	0.1607	0.9305	1.80e-100	8k2b:L1, 8xt0:L1, 8xt1:L1, 8xt2:L1, 8xt3:L1
117	8k2a:L1	1500	124	0.0927	0.0747	0.9032	4.25e-37	8k2b:L1, 8xt0:L1, 8xt1:L1, 8xt2:L1, 8xt3:L1
118	8k2a:L1	1500	34	0.0281	0.0227	1.0000	2.05e-10	8k2b:L1, 8xt0:L1, 8xt1:L1, 8xt2:L1, 8xt3:L1
119	7a5i:A3	1485	490	0.3907	0.3178	0.9633	0.0
120	7a5i:A3	1485	385	0.2922	0.2377	0.9169	2.83e-143
121	7a5i:A3	1485	252	0.1995	0.1623	0.9563	6.40e-110
122	7a5i:A3	1485	118	0.0927	0.0754	0.9492	1.95e-45
123	7a5i:A3	1485	34	0.0281	0.0229	1.0000	2.05e-10
124	7o9k:A	1436	484	0.3866	0.3252	0.9649	0.0
125	7o9k:A	1436	381	0.2922	0.2458	0.9265	7.82e-149
126	7o9k:A	1436	250	0.1987	0.1671	0.9600	4.95e-111
127	7o9k:A	1436	129	0.0927	0.0780	0.8682	7.16e-30
128	7o9k:A	1436	34	0.0281	0.0237	1.0000	2.05e-10
129	7o9m:A	1454	494	0.3907	0.3246	0.9555	0.0
130	7o9m:A	1454	382	0.2922	0.2428	0.9241	3.64e-147
131	7o9m:A	1454	255	0.1987	0.1651	0.9412	8.34e-104
132	7o9m:A	1454	129	0.0927	0.0770	0.8682	7.16e-30
133	7o9m:A	1454	34	0.0281	0.0234	1.0000	2.05e-10
134	7odt:A	1453	493	0.3899	0.3242	0.9554	0.0
135	7odt:A	1453	386	0.2922	0.2429	0.9145	1.32e-141
136	7odt:A	1453	262	0.1995	0.1659	0.9198	5.05e-96
137	7odt:A	1453	125	0.0927	0.0771	0.8960	1.98e-35
138	7odt:A	1453	34	0.0281	0.0234	1.0000	2.05e-10
139	7ods:A	1445	493	0.3899	0.3260	0.9554	0.0
140	7ods:A	1445	380	0.2914	0.2436	0.9263	2.81e-148
141	7ods:A	1445	262	0.1995	0.1668	0.9198	5.05e-96
142	7ods:A	1445	125	0.0927	0.0775	0.8960	1.98e-35
143	7ods:A	1445	34	0.0281	0.0235	1.0000	2.05e-10
144	7odr:A	1448	493	0.3899	0.3253	0.9554	0.0
145	7odr:A	1448	381	0.2914	0.2431	0.9239	1.31e-146
146	7odr:A	1448	262	0.1995	0.1664	0.9198	5.05e-96
147	7odr:A	1448	126	0.0927	0.0773	0.8889	2.56e-34
148	7odr:A	1448	34	0.0281	0.0235	1.0000	2.05e-10
149	8pk0:A	1423	490	0.3858	0.3275	0.9510	0.0
150	8pk0:A	1423	375	0.2823	0.2396	0.9093	7.99e-134
151	8pk0:A	1423	262	0.1995	0.1694	0.9198	5.05e-96
152	8pk0:A	1423	125	0.0927	0.0787	0.8960	1.98e-35
153	8pk0:A	1423	34	0.0281	0.0239	1.0000	2.05e-10
154	8any:A	1558	499	0.3907	0.3030	0.9459	0.0	8oir:B8, 8oit:B8, 7qi4:A, 7qi5:A, 7qi6:A
155	8any:A	1558	262	0.1995	0.1547	0.9198	5.05e-96	8oir:B8, 8oit:B8, 7qi4:A, 7qi5:A, 7qi6:A
156	8any:A	1558	250	0.1912	0.1483	0.9240	3.04e-93	8oir:B8, 8oit:B8, 7qi4:A, 7qi5:A, 7qi6:A
157	8any:A	1558	108	0.0844	0.0655	0.9444	7.06e-40	8oir:B8, 8oit:B8, 7qi4:A, 7qi5:A, 7qi6:A
158	8any:A	1558	129	0.0927	0.0719	0.8682	7.16e-30	8oir:B8, 8oit:B8, 7qi4:A, 7qi5:A, 7qi6:A
159	8any:A	1558	34	0.0281	0.0218	1.0000	2.05e-10	8oir:B8, 8oit:B8, 7qi4:A, 7qi5:A, 7qi6:A
160	6zm6:A	1531	499	0.3899	0.3076	0.9439	0.0
161	6zm6:A	1531	396	0.2922	0.2306	0.8914	1.04e-127
162	6zm6:A	1531	262	0.1995	0.1574	0.9198	5.05e-96
163	6zm6:A	1531	129	0.0927	0.0732	0.8682	7.16e-30
164	6zm6:A	1531	34	0.0281	0.0222	1.0000	2.05e-10
165	6zm5:A	1534	502	0.3907	0.3077	0.9402	0.0
166	6zm5:A	1534	396	0.2922	0.2301	0.8914	1.04e-127
167	6zm5:A	1534	262	0.1995	0.1571	0.9198	5.05e-96
168	6zm5:A	1534	129	0.0927	0.0730	0.8682	7.16e-30
169	6zm5:A	1534	34	0.0281	0.0222	1.0000	2.05e-10
170	7l08:A	1527	502	0.3907	0.3091	0.9402	0.0	7l20:A, 6vlz:A, 6vmi:A
171	7l08:A	1527	391	0.2922	0.2312	0.9028	6.18e-135	7l20:A, 6vlz:A, 6vmi:A
172	7l08:A	1527	262	0.1995	0.1578	0.9198	5.05e-96	7l20:A, 6vlz:A, 6vmi:A
173	7l08:A	1527	129	0.0927	0.0733	0.8682	7.16e-30	7l20:A, 6vlz:A, 6vmi:A
174	7l08:A	1527	34	0.0281	0.0223	1.0000	2.05e-10	7l20:A, 6vlz:A, 6vmi:A
175	7qh6:A	1133	432	0.3460	0.3689	0.9676	0.0
176	7qh6:A	1133	533	0.3982	0.4245	0.9024	0.0
177	7qh6:A	1133	119	0.0935	0.0997	0.9496	5.42e-46
178	7qh7:A	1256	510	0.3593	0.3455	0.8510	1.04e-127
179	7qh7:A	1256	230	0.1829	0.1760	0.9609	1.39e-101
180	7qh7:A	1256	182	0.1507	0.1449	1.0000	1.09e-92
181	7qh7:A	1256	247	0.1871	0.1799	0.9150	3.06e-88
182	7qh7:A	1256	34	0.0281	0.0271	1.0000	2.05e-10
183	4ce4:A	1444	159	0.1192	0.0997	0.9057	1.16e-52
184	5aj4:BA	1515	159	0.1192	0.0950	0.9057	1.16e-52	4v19:A
185	8oin:B8	1571	159	0.1184	0.0910	0.8994	5.38e-51	8oiq:B8
186	7nqh:BA	1544	159	0.1184	0.0926	0.8994	5.38e-51	7nql:BA, 7nsh:BA, 7nsi:BA, 7nsj:BA, 6ydp:BA, 6ydw:BA
187	6gaw:BA	1549	159	0.1184	0.0923	0.8994	5.38e-51	6gb2:BA

[Back]