Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
YTPNDPYFSSRQYGPQKIQAPQAWDIAEGSGAKIAIVDTGVQSNHPDLAGKVVGGWDFVDNDSTPQNGNGHGTHCAGIAA
AVTNNSTGIAGTAPKASILAVRVLDNSGSGTWTAVANGITYAADQGAKVISLSLGGTVGNSGLQQAVNYAWNKGSVVVAA
AGNAGNTAPNYPAYYSNAIAVASTDQNDNKSSFSTYGSVVDVAAPGSWIYSTYPTSTYASLSGTSMATPHVAGVAGLLAS
QGRSASNIRAAIENTADKISGTGTYWAKGRVNAYKAVQY

The query sequence (length=279) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1tec:E 279 279 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 2tec:E, 3tec:E, 1thm:A
2 1dbi:A 271 280 0.6022 0.6199 0.6000 4.60e-108
3 1bh6:A 274 268 0.4624 0.4708 0.4813 5.54e-72
4 5aqe:A 269 269 0.4767 0.4944 0.4944 2.09e-68 5arb:A, 5arc:A, 5ard:A, 3bx1:A, 3bx1:B, 1c9j:A, 1c9m:A, 1c9n:A, 4cfy:A, 4cfz:A, 4cg0:A, 1gci:A, 1iav:A, 1jea:A, 1mpt:A, 1ndq:A, 1ndu:A, 1q5p:A, 1st3:A, 1svn:A, 1tk2:A, 1wsd:A, 6y5s:A, 6y5t:A
5 1af4:A 274 268 0.4552 0.4635 0.4739 4.03e-60 1be6:A, 1be8:A, 1bfk:A, 1bfu:A, 1c3l:A, 4c3u:A, 4c3v:A, 1cse:E, 6dwq:A, 4hx2:A, 4hx2:C, 1oyv:A, 1oyv:B, 1r0r:E, 1sbc:A, 1sca:A, 1scb:A, 1scd:A, 1scn:E, 1sel:A, 1sel:B, 2sec:E, 3unx:A, 2wuv:A, 2wuw:E, 1yu6:A, 1yu6:B
6 3whi:A 355 274 0.4265 0.3352 0.4343 4.42e-59 4dww:A, 5gl8:B, 1mee:A, 6o44:A, 6o44:B, 6pak:A, 6pak:B, 1scj:A, 3vyv:A, 3vyv:B, 3whi:B
7 7y6m:C 290 241 0.3584 0.3448 0.4149 1.46e-53 7y6m:D
8 3wiv:C 397 312 0.4265 0.2997 0.3814 2.66e-50 3a3n:A, 3a3n:B, 3a3o:A, 3a3o:B, 3a3p:A, 3a3p:B, 2e1p:A, 4jp8:A, 3vhq:A, 3vv2:A, 3vv2:B, 3wiu:A, 3wiu:B, 3wiu:C, 3wiv:A, 3wiv:B, 2z2x:A, 2z2y:A, 2z2y:B, 2z2y:C, 2z2y:D, 2z2z:A, 2z30:A, 2z30:B, 2z56:A, 2z56:B, 2z57:A, 2z57:B, 2z58:A, 2z58:B, 2zrq:A, 2zwo:A, 2zwo:B, 2zwo:C, 2zwp:A, 2zwp:B
9 2xrm:A 301 253 0.3513 0.3256 0.3874 5.55e-48
10 8h7o:A 281 271 0.4229 0.4199 0.4354 4.19e-45 1a2q:A, 1ak9:A, 7am6:C, 7am7:C, 7am8:A, 1aqn:A, 1au9:A, 3bgo:S, 3cnq:S, 1dui:A, 8h7p:A, 1lw6:E, 5ox2:A, 1s01:A, 1s02:A, 1sbh:A, 1sbi:A, 1sbn:E, 1sib:E, 2sic:E, 3sic:E, 5sic:E, 2sni:E, 1st2:A, 2st1:A, 1sua:A, 1sub:A, 1sud:A, 1sue:A, 1sup:A, 1tm1:E, 1tm3:E, 1tm4:E, 1tm5:E, 1tm7:E, 1tmg:E, 1to1:E, 1to2:E, 1ubn:A, 1v5i:A, 1y1k:E, 1y33:E, 1y34:E, 1y3b:E, 1y3c:E, 1y3d:E, 1y3f:E, 1y48:E, 1y4a:E, 1y4d:E, 1yja:A, 1yjb:A, 1yjc:A
11 3afg:B 507 297 0.4301 0.2367 0.4040 2.28e-42 3afg:A
12 3d43:B 310 272 0.4014 0.3613 0.4118 2.49e-41 3d43:A, 1ea7:A, 2ixt:A, 2ixt:B
13 6uai:S 266 274 0.4122 0.4323 0.4197 2.77e-41 6uao:S, 6ube:S
14 7a9f:A 279 247 0.3405 0.3405 0.3846 7.95e-39 7a9k:A, 7a9m:A, 3aj8:A, 3aj9:A, 5avj:A, 5b1d:A, 5b1e:A, 4b5l:A, 1bjr:E, 7c0p:A, 1cnm:A, 5cw1:A, 3d9q:X, 3ddz:X, 3de0:X, 3de1:X, 3de2:X, 3de5:X, 3de6:X, 3de7:X, 2dp4:E, 2dqk:A, 2duj:A, 3dvq:X, 3dvr:X, 3dvs:X, 3dw1:X, 3dw3:X, 3dwe:X, 3dyb:A, 8e52:AAA, 8e53:AAA, 1egq:A, 8f05:A, 8f06:A, 8f07:A, 6fjs:A, 4fon:A, 8fyo:A, 8fyp:A, 8fyq:A, 8fyr:A, 8fys:A, 2g4v:A, 3gt3:A, 3gt4:A, 2hd4:A, 2hpz:A, 1ht3:A, 3i2y:X, 3i30:X, 3i34:X, 3i37:X, 1ic6:A, 2id8:A, 6j43:A, 7jsy:A, 6k2p:A, 6k2r:A, 6k2s:A, 6k2t:A, 6k2v:A, 6k2w:A, 5k7s:A, 6k8m:E, 6kkf:A, 5kxu:A, 5kxv:A, 3l1k:A, 7ln7:A, 7lpt:A, 7lpu:A, 7lpv:A, 7lq8:A, 7lq9:A, 7lqa:A, 7lqb:A, 7lqc:A, 7ltd:A, 7lti:A, 7ltv:A, 7lu0:A, 7lu1:A, 7lu2:A, 7lu3:A, 6mh6:A, 5mjl:A, 6n4u:A, 7nuz:A, 3osz:A, 1oyo:A, 1p7v:A, 1p7w:A, 1pek:E, 1pfg:A, 1pj8:A, 2pq2:A, 6pq0:A, 6pq4:A, 2prk:A, 3prk:E, 1ptk:A, 3ptl:A, 6pu4:A, 6pu5:A, 2pwa:A, 2pwb:A, 2pyz:A, 3q40:A, 3q5g:A, 6qf1:A, 3qmp:A, 6qxv:A, 5rof:A, 5rol:A, 5ron:A, 5rop:A, 5roq:A, 5ror:A, 5row:A, 5rp6:A, 5rp7:A, 5rp9:A, 5rpa:A, 5rpc:A, 5rpd:A, 5rpg:A, 5rph:A, 5rpj:A, 5rpk:A, 5rpm:A, 6rug:A, 6ruh:A, 6ruk:A, 6run:A, 6ruw:A, 6rve:A, 6rvg:A, 6rzp:A, 7s4z:A, 8sdk:A, 7skx:C, 8sog:A, 8sou:A, 8sov:A, 8spl:A, 8sqv:A, 6txg:A, 5uvl:A, 2v8b:A, 6v8r:A, 5whw:A, 5wjg:A, 5wjh:A, 5wrc:A, 4zar:A, 6zet:AAA, 6zeu:AAA, 6zev:AAA
15 2b6n:A 278 248 0.3692 0.3705 0.4153 3.18e-38
16 7w2a:A 354 308 0.4158 0.3277 0.3766 1.99e-37 7w2a:B
17 5ffn:A 311 259 0.3513 0.3151 0.3784 5.97e-37
18 5yl7:A 339 331 0.4194 0.3451 0.3535 2.53e-35
19 1s2n:A 281 217 0.3333 0.3310 0.4286 5.12e-34 1s2n:B, 1sh7:A, 1sh7:B
20 3lpa:A 340 299 0.3656 0.3000 0.3411 2.37e-33 3lpc:A, 3lpd:A
21 4dzt:A 276 247 0.3548 0.3587 0.4008 5.21e-33
22 3f7o:A 284 249 0.3333 0.3275 0.3735 8.26e-33 3f7o:B
23 8c4z:B 282 216 0.3118 0.3085 0.4028 1.06e-32
24 3vv3:A 329 283 0.3728 0.3161 0.3675 1.21e-32 3vv3:B
25 5wsl:A 282 234 0.3262 0.3227 0.3889 1.76e-32 5wsl:B, 5wsl:C
26 2gko:A 309 268 0.3548 0.3204 0.3694 3.62e-32
27 1r6v:A 671 277 0.3548 0.1475 0.3574 7.46e-32
28 3ti9:A 341 297 0.3513 0.2874 0.3300 8.92e-30 3ti7:A
29 8pol:B 479 286 0.2796 0.1628 0.2727 1.80e-28 4lvn:A, 4lvo:A, 8pol:A
30 8c4x:A 276 214 0.2975 0.3007 0.3879 5.45e-28
31 5z6o:A 282 248 0.3513 0.3475 0.3952 7.64e-27
32 4tr2:B 474 289 0.3011 0.1772 0.2907 1.33e-25 8coy:A, 8coy:B, 8coz:A, 8coz:B, 8cp0:A, 8qke:A, 8qke:B, 8qkg:A, 8qkg:B, 8qkj:A, 8qkj:B, 4tr2:A
33 1v6c:B 436 187 0.2473 0.1583 0.3690 5.41e-25 1v6c:A, 1wvm:A, 1wvm:B, 1y9z:A, 1y9z:B
34 1v6c:B 436 66 0.1111 0.0711 0.4697 1.45e-04 1v6c:A, 1wvm:A, 1wvm:B, 1y9z:A, 1y9z:B
35 8gkp:C 282 230 0.2832 0.2801 0.3435 5.74e-23 8gkp:D, 8gkq:C, 8u45:C
36 3t41:A 423 345 0.3477 0.2293 0.2812 1.30e-20 3t41:B
37 8uw8:A 738 289 0.2903 0.1098 0.2803 7.54e-17
38 8ehe:A 353 327 0.3333 0.2635 0.2844 1.64e-16
39 4m1z:A 317 271 0.2939 0.2587 0.3026 1.73e-15 4m1z:B
40 6u2f:A 582 231 0.2437 0.1168 0.2944 4.64e-15 7kev:A, 7kfa:A, 4ne9:B, 4nmx:B, 5oca:A, 3p5b:A, 3p5c:A, 2qtw:B, 7s5g:B, 7s5h:B, 6u2p:B, 6u36:B, 6u38:B, 6u3i:A, 6u3x:B, 5vla:A, 5vlh:A, 5vlk:A, 5vll:A, 5vlp:A, 2w2m:A, 2w2n:A, 2w2q:A, 6xib:B, 6xic:B, 6xid:B, 6xie:B, 6xif:B, 2xtj:A
41 6u26:B 479 234 0.2437 0.1420 0.2906 8.70e-15 7kev:B, 7kfa:B, 6u2n:B
42 8b4x:A 473 116 0.1649 0.0973 0.3966 1.37e-12 8b4v:A, 8b4w:A, 6eqv:A, 6eqw:A, 6eqx:A, 6hlb:A, 6hld:A, 6hle:A, 6hza:A, 6hzb:A, 6hzc:A, 6hzd:A, 5jmo:A, 5jmo:B, 5jxg:A, 5jxh:A, 5jxi:A, 5jxj:A, 7lcu:A, 5mim:A, 7o1u:A, 7o1w:A, 7o1y:A, 7o20:A, 7o22:A, 4omc:A, 4omc:B, 4omc:C, 4omc:D, 4omc:E, 4omc:F, 4omd:A, 4omd:B, 4omd:C, 4omd:D, 4omd:E, 4omd:F, 8oyh:A, 1p8j:A, 1p8j:D, 1p8j:B, 1p8j:C, 1p8j:E, 1p8j:F, 1p8j:G, 1p8j:H, 7qxy:A, 7qxz:A, 7qy0:A, 7qy1:A, 7qy2:A, 4ryd:A, 4ryd:B, 4ryd:C, 4ryd:D, 4ryd:E, 4ryd:F, 6yd2:A, 6yd3:A, 6yd4:A, 6yd7:A, 4z2a:A
43 4hvl:A 369 300 0.3047 0.2304 0.2833 2.60e-12
44 8e7f:A 614 357 0.3548 0.1612 0.2773 7.61e-11
45 1r64:A 481 269 0.2939 0.1705 0.3048 1.98e-09 2id4:A, 2id4:B, 1ot5:A, 1ot5:B, 1r64:B
46 4akt:A 330 196 0.1792 0.1515 0.2551 3.00e-08
47 1wmd:A 434 252 0.2509 0.1613 0.2778 5.90e-08 5fax:A, 5fax:B, 5fbz:A, 5fbz:C, 1wme:A, 1wmf:A
48 7edd:A 1394 187 0.1935 0.0387 0.2888 2.04e-07 5xyr:A
49 7edd:A 1394 72 0.1039 0.0208 0.4028 2.16e-05 5xyr:A
50 5xya:A 1358 188 0.1935 0.0398 0.2872 2.54e-07 5xxz:A
51 5xya:A 1358 72 0.1039 0.0214 0.4028 2.18e-05 5xxz:A
52 3wqb:A 597 236 0.2151 0.1005 0.2542 4.03e-06 3hjr:A
53 7bj3:A 936 107 0.1290 0.0385 0.3364 6.93e-06 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
54 7bj3:A 936 57 0.0932 0.0278 0.4561 8.00e-06 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
55 5xxz:B 1310 173 0.1828 0.0389 0.2948 1.35e-05
56 6vjb:A 1346 72 0.1004 0.0208 0.3889 5.78e-05
57 3i74:A 642 113 0.1254 0.0545 0.3097 0.005 3i74:B
58 3i74:A 642 78 0.1075 0.0467 0.3846 4.1 3i74:B
59 4yn3:A 596 95 0.0932 0.0436 0.2737 0.092 3vta:A, 3vta:B
60 4yn3:A 596 119 0.1290 0.0604 0.3025 0.098 3vta:A, 3vta:B
61 1llo:A 273 53 0.0753 0.0769 0.3962 0.93
62 1jgn:A 98 21 0.0358 0.1020 0.4762 1.8 7bn3:C, 7bn3:A, 7bn3:B, 1jh4:A, 3ktp:A, 3ktr:A, 3kui:A, 3kuj:A, 3kus:A, 3kus:B, 3kut:A, 3kut:B, 3pkn:A, 3pth:A, 2rqg:B, 2rqh:B, 8smo:A, 8smo:C, 8smo:E, 8smo:G, 8smo:I, 8smo:K, 8smo:M, 8smo:O, 2x04:A, 2x04:B
63 7nay:A 322 61 0.0717 0.0621 0.3279 1.8
64 7stz:C 540 36 0.0538 0.0278 0.4167 2.7 6cxy:C, 3ff8:A, 3ff8:B, 8h62:B, 1o6s:B, 2o72:A, 2omt:B, 2omv:B, 2omx:B, 2omy:B, 7stz:D, 6vel:C, 4zt1:A, 4zt1:B, 4zte:A, 4zte:B
65 4nqq:A 213 32 0.0502 0.0657 0.4375 2.9 4nqq:B, 4nqq:C, 4nqq:D
66 8om2:W 402 77 0.0717 0.0498 0.2597 4.3 8d8k:W, 8d8l:W, 5mrc:WW, 5mre:WW, 5mrf:WW, 8om3:W, 8om4:W
67 4icy:A 462 52 0.0681 0.0411 0.3654 7.3
68 2qa1:A 488 52 0.0681 0.0389 0.3654 8.3
69 3q2v:A 532 32 0.0502 0.0263 0.4375 9.1 1edh:A, 1edh:B, 1ff5:B, 1ff5:A, 3lne:A, 3lnf:A, 3lnf:B, 3lng:A, 3lng:B, 3lnh:A, 3lnh:B, 3lni:A, 3lni:B, 1q1p:A, 3q2l:A, 3q2l:B, 3q2n:A, 3q2n:B, 3q2v:B, 4qd2:E, 4qd2:J, 3qrb:A, 3qrb:B, 2qvf:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218