Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
YTAFLGNLPYDVTEESIKEFFRGLNISAVRLPREPSNPERLKGFGYAEFEDLDSLLSALSLNEESLGNRRIRVDVA

The query sequence (length=76) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6fec:u 76 76 1.0000 1.0000 1.0000 6.05e-50
2 2x1f:A 94 75 0.3553 0.2872 0.3600 3.59e-06 2km8:B, 2x1a:A
3 2kg0:A 92 71 0.3026 0.2500 0.3239 1.52e-05
4 5x8p:v 190 79 0.3421 0.1368 0.3291 5.88e-05 5mmj:v, 5mmm:v, 5x8r:v
5 4a8x:A 88 59 0.2632 0.2273 0.3390 2.09e-04
6 2rs2:A 84 74 0.2632 0.2381 0.2703 4.96e-04
7 5en1:A 184 67 0.2237 0.0924 0.2537 7.67e-04 8hni:A, 8hni:B, 8hni:G, 8hni:I, 8hni:H, 8hni:E, 8hni:K, 8hni:C, 8hni:D, 8hni:J, 8hni:F, 8hni:L, 5ho4:A, 7wm3:A, 7wm3:B, 7wm3:C, 7wm3:D, 5wwe:A, 5wwf:A, 5wwf:C, 5wwg:A
8 1wtb:A 79 74 0.2500 0.2405 0.2568 0.001 1x0f:A
9 5kw6:A 201 75 0.2895 0.1095 0.2933 0.001 5kvy:A, 5kvy:B, 5kw1:A, 5kw1:B, 5kw6:B, 7q8a:B, 7q8a:A, 2qfj:A, 2qfj:B, 7z3x:A, 7z3x:B
10 6xlv:A 203 65 0.2368 0.0887 0.2769 0.001 5ev1:A, 5ev2:A, 5ev3:A, 5ev4:A, 2g4b:A, 2hzc:A, 7s3a:A, 7s3b:A, 7s3c:A, 4tu7:A, 4tu7:B, 4tu8:A, 4tu8:B, 4tu9:A, 4tu9:B, 3vaf:A, 3vaf:B, 3vag:A, 3vag:B, 3vah:B, 3vah:A, 3vai:A, 3vai:B, 3vaj:A, 3vaj:B, 3vak:A, 3vak:B, 3val:I, 3val:A, 3val:D, 3val:B, 3vam:A, 3vam:B, 5w0g:A, 6xlw:A, 6xlx:A, 2yh1:A
11 7dvq:Y 140 76 0.3553 0.1929 0.3553 0.001 8i0p:Y, 8i0r:Y
12 9gpj:A 184 59 0.2500 0.1033 0.3220 0.002 6dcl:A, 6dcl:B, 9f4d:A, 9f4e:A, 9f4f:A, 9f4g:A, 9f4h:A, 9f4j:A, 9f4k:A, 9f4l:A, 9f4m:A, 9f4n:A, 9f4o:A, 9f4p:A, 9f4q:A, 9f4r:A, 9f4s:A, 9f4t:A, 9f4u:A, 9f4v:A, 9f4w:A, 9f4x:A, 9f4y:A, 9f4z:A, 9f50:A, 9f51:A, 9f52:A, 9f53:A, 9f54:A, 9f55:A, 9f5c:A, 9f5d:A, 9f5e:A, 9f5f:A, 9f5g:A, 9f5k:A, 9f7f:A, 9f7h:A, 5mpg:A, 5mpl:A, 1pgz:A, 1po6:A, 8rzv:A, 1u1k:A, 1u1l:A, 1u1m:A, 1u1n:A, 1u1o:A, 1u1p:A, 1u1q:A, 1u1r:A, 2up1:A, 4yoe:A
13 2cjk:A 167 48 0.1974 0.0898 0.3125 0.003 2km8:C
14 7pcv:A 116 68 0.2895 0.1897 0.3235 0.004 2lk0:A, 2lk1:A, 7pcv:B, 7pdv:E, 7pdv:A, 7pdv:C, 7pdv:G
15 2mkk:A 213 65 0.3026 0.1080 0.3538 0.004
16 2mkc:A 118 72 0.2632 0.1695 0.2778 0.012 2my3:A
17 7dco:X 128 72 0.2632 0.1562 0.2778 0.016 5gm6:V, 5zwm:X
18 3ka7:A 422 32 0.1842 0.0332 0.4375 0.017
19 2kg1:A 105 73 0.2763 0.2000 0.2877 0.019
20 2mgz:B 105 73 0.2105 0.1524 0.2192 0.026 4ch1:A, 4cio:A, 2ru3:A
21 7zew:A 117 75 0.2763 0.1795 0.2800 0.028 7zex:A
22 5x3z:A 96 75 0.2500 0.1979 0.2533 0.033
23 5mqf:o 223 75 0.2763 0.0942 0.2800 0.039 6id1:y, 7w59:y, 7w5a:y, 7w5b:y
24 7q33:A 93 72 0.2763 0.2258 0.2917 0.041 6pai:D, 6q0r:D, 6q0v:D, 6q0w:D, 6sj7:C, 6ud7:C, 6ue5:C
25 6n7p:A 186 51 0.1974 0.0806 0.2941 0.054 6n7r:A, 6n7x:A, 7oqc:B, 7oqe:B, 8w2o:A, 5zwn:Q
26 6jvx:A 87 73 0.2105 0.1839 0.2192 0.057 6jvy:A
27 6g90:B 193 51 0.1974 0.0777 0.2941 0.060
28 8idf:A 459 74 0.2632 0.0436 0.2703 0.073
29 7s7b:C 79 75 0.3026 0.2911 0.3067 0.075 7s7b:G, 7s7c:C
30 4bs2:A 174 53 0.1711 0.0747 0.2453 0.10 4iuf:A, 4y00:A, 4y00:B, 4y00:C, 4y00:D, 4y0f:A, 4y0f:B
31 4bs2:A 174 75 0.2763 0.1207 0.2800 4.1 4iuf:A, 4y00:A, 4y00:B, 4y00:C, 4y00:D, 4y0f:A, 4y0f:B
32 5vsu:A 387 75 0.2895 0.0568 0.2933 0.11 6aso:A, 2kh9:A, 4n0t:A, 5tf6:A, 5tf6:C
33 5vsu:A 387 41 0.1579 0.0310 0.2927 7.5 6aso:A, 2kh9:A, 4n0t:A, 5tf6:A, 5tf6:C
34 7zap:A 97 66 0.2500 0.1959 0.2879 0.12
35 7uj1:B 270 76 0.2895 0.0815 0.2895 0.15 7pu5:B, 7pu5:D, 7pu5:H, 7pu5:J, 7pu5:L, 7sp0:B, 7uj1:A
36 6r5k:H 394 74 0.2500 0.0482 0.2568 0.40 6r5k:D, 6r5k:F
37 5ifm:C 256 74 0.2632 0.0781 0.2703 0.45 5ifm:A
38 7dco:4 174 76 0.3158 0.1379 0.3158 0.54 6g90:R, 5gm6:e, 5nrl:R, 7oqb:R, 7oqe:R, 5zwm:4
39 7dco:4 174 75 0.2368 0.1034 0.2400 0.87 6g90:R, 5gm6:e, 5nrl:R, 7oqb:R, 7oqe:R, 5zwm:4
40 2mki:A 203 68 0.2368 0.0887 0.2647 0.77
41 4z8m:B 158 39 0.1842 0.0886 0.3590 0.94 6a33:A, 1lb5:A, 1lb6:A, 4z8m:A, 5zuj:A
42 2kfy:A 102 75 0.2500 0.1863 0.2533 1.0
43 2ebf:X 711 21 0.1053 0.0113 0.3810 1.2 2ebh:X
44 3r2q:A 202 46 0.1974 0.0743 0.3261 1.4
45 4x2h:A 192 38 0.1974 0.0781 0.3947 2.5 4x2o:A
46 8by6:B 152 75 0.2763 0.1382 0.2800 3.6 7abg:A1, 6d0y:A, 1h2t:Z, 1h2u:X, 1h2u:Y, 1n52:B, 5oo6:B, 5oo6:E, 5oo6:H, 5oo6:K, 5oo6:N, 5oo6:Q, 5oo6:T, 5oo6:W, 5oob:D, 5oob:J, 5oob:B, 5oob:G, 8pmp:B, 8pnt:B, 8srr:B, 8suy:B
47 7qde:B 169 72 0.2500 0.1124 0.2639 4.3 7qdd:B
48 6qhd:B 532 25 0.1579 0.0226 0.4800 4.8
49 1bg1:A 559 25 0.1579 0.0215 0.4800 4.9 4e68:A, 6njs:A, 6nuq:A, 6qhd:A
50 6kz8:A 784 24 0.1053 0.0102 0.3333 5.7 6kz8:B, 6kz9:A
51 6ylg:t 431 60 0.2368 0.0418 0.3000 6.0 6ylh:t
52 7msn:A 417 69 0.3026 0.0552 0.3333 6.2 7msn:B, 7msp:A, 7msp:B
53 1fje:B 175 50 0.2237 0.0971 0.3400 6.6 1rkj:A
54 4lmz:A 176 57 0.2105 0.0909 0.2807 6.7 3nmr:A, 3nna:A, 3nnc:A, 3nnh:A, 3nnh:C, 3nnh:B, 3nnh:D
55 3smz:A 280 70 0.2632 0.0714 0.2857 7.2
56 4azc:B 421 47 0.2237 0.0404 0.3617 7.4 4azc:A, 4azc:C, 4azc:D, 4azg:A, 4azg:B, 4azh:A, 4azh:B, 4azh:C, 4azh:D, 4azi:A, 4azi:B, 2yl5:A, 2yl5:C, 2yl9:C, 2yla:B, 2yla:C
57 8dfv:A 1664 38 0.2105 0.0096 0.4211 9.7
58 8dg5:A 1635 38 0.2105 0.0098 0.4211 9.8 8dg7:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218