Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
YSIVHRKCRSQFTDLNGSKRFGINTWHDESGIYANSDVKQKLYPLTSGPIVP

The query sequence (length=52) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 7ung:0 52 52 1.0000 1.0000 1.0000 3.67e-35
2 2ej9:A 237 38 0.2692 0.0591 0.3684 3.1
3 1j5u:A 127 24 0.1731 0.0709 0.3750 3.9
4 7pd1:B 367 50 0.2692 0.0381 0.2800 4.1 7pd1:A, 7pd2:A, 7pd2:B
5 2jg0:A 507 32 0.2115 0.0217 0.3438 4.1 2jf4:A, 2jjb:A, 2jjb:B, 2jjb:C, 2jjb:D, 2wyn:A, 2wyn:B, 2wyn:C, 2wyn:D
6 1mwq:A 100 30 0.1923 0.1000 0.3333 4.3
7 5k8o:B 425 40 0.2692 0.0329 0.3500 4.4 5k8n:A, 5k8n:G, 5k8n:B, 5k8n:D, 5k8n:C, 5k8n:H, 5k8n:E, 5k8n:F, 5k8o:A, 5k8o:H, 5k8o:E, 5k8o:C, 5k8o:D, 5k8o:F, 5k8o:G, 5k8p:A, 5k8p:B, 5k8p:C, 5k8p:F, 5k8p:D, 5k8p:E, 5k8p:G, 5k8p:H
8 7uxu:A 134 24 0.1346 0.0522 0.2917 5.3 7uxu:B, 7uxu:C, 7uxu:D
9 6pmi:F 239 39 0.2500 0.0544 0.3333 5.9 6pmj:F
10 6p4f:C 436 15 0.1731 0.0206 0.6000 6.6 6p4f:A, 6p4w:A
11 2oyq:A 848 23 0.1731 0.0106 0.3913 9.8 4i9q:A, 2oyq:B, 2p5g:B, 2p5o:B
12 3cfo:A 906 23 0.1731 0.0099 0.3913 9.8 2atq:A, 3cfp:A, 3cfr:A, 1clq:A, 3cq8:A, 2dtu:A, 2dtu:B, 2dtu:C, 2dtu:D, 4dtj:A, 4dtm:A, 4dtn:A, 4dto:A, 4dtp:A, 4dtr:A, 4dts:A, 4dtu:A, 4dtx:A, 4du1:A, 4du3:A, 4du4:A, 2dy4:A, 2dy4:B, 2dy4:C, 2dy4:D, 4e3s:A, 7f4y:A, 7f4y:B, 4fj5:A, 4fj7:A, 4fj8:A, 4fj9:A, 4fjg:A, 4fjh:A, 4fji:A, 4fjj:A, 4fjk:A, 4fjl:A, 4fjm:A, 4fjn:A, 4fjx:A, 4fk0:A, 4fk2:A, 4fk4:A, 4i9l:A, 1ig9:A, 1ih7:A, 4j2a:A, 4j2b:A, 4j2d:A, 4j2e:A, 3kd1:E, 3kd5:E, 4khn:A, 4khq:A, 4khs:A, 4khu:A, 4khw:A, 4khy:A, 4ki4:A, 4ki6:A, 3l8b:A, 3l8b:B, 3lds:A, 3lzi:A, 3lzj:A, 4m3r:A, 4m3t:A, 4m3u:A, 4m3w:A, 4m3x:A, 4m3y:A, 4m3z:A, 4m41:A, 4m42:A, 4m45:A, 3nae:A, 3nci:A, 3ndk:A, 3ne6:A, 3ngi:A, 3nhg:A, 2oyq:C, 2oyq:D, 2ozm:A, 2ozs:A, 2p5g:A, 2p5g:C, 2p5g:D, 1q9x:A, 1q9x:B, 1q9x:C, 1q9x:D, 1q9y:A, 3qei:A, 3qep:A, 3qer:A, 3qes:A, 3qet:A, 3qev:A, 3qew:A, 3qex:A, 3qnn:A, 3qno:A, 3rma:A, 3rma:B, 3rma:C, 3rma:D, 3rmb:A, 3rmb:B, 3rmb:C, 3rmb:D, 3rmc:A, 3rmc:B, 3rmc:C, 3rmc:D, 3rmd:A, 3rmd:B, 3rmd:C, 3rmd:D, 3rwu:A, 3s9h:A, 3scx:A, 3si6:A, 3sjj:A, 3snn:A, 3spy:A, 3spz:A, 3sq0:A, 3sq1:A, 3sq2:A, 3sq4:A, 3sun:A, 3suo:A, 3sup:A, 3suq:A, 3tab:A, 3tab:B, 3tab:C, 3tab:D, 3tae:A, 3tae:C, 3tae:B, 3tae:D, 3taf:A, 3taf:B, 3taf:C, 3taf:D, 3tag:A, 3tag:C, 3tag:B, 3tag:D, 3uiq:A, 1waf:A, 1waf:B, 1waj:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218