Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
YFQSNAMTAQPQTLKIRRPDDWHIHLRDDEMLSTVLPYTSEVFARAIVMPNLAQPITTVASAIAYRERILAAVPAGHKFT
PLMTCYLTNSLDAKELTTGFEQGVFTAAKLYPANATTNSTHGVSDIPAIYPLFEQMQKIGMPLLIHGEVTDAAVDIFDRE
ARFIDQILEPIRQKFPELKIVFEHITTKDAADYVLAGNRFLGATVTPQHLMFNRNHMLVGGIRPHLFCLPILKRSTHQQA
LRAAVASGSDRFFLGTDSAPHAKHRKESSCGCAGVFNAPAALPAYASVFEELNALQHLEAFCALNGPRFYGLPVNDDVVE
LVRTPFLQPEEIPLGNESVIPFLAGQTLNWSVK

The query sequence (length=353) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6cty:C 353 353 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6cty:A, 6cty:B, 6cty:D, 6cty:E, 6cty:F
2 3mjm:A 344 342 0.6997 0.7180 0.7222 0.0 2e25:A, 2eg6:A, 2eg6:B, 2eg7:A, 2eg7:B, 2eg8:A, 2eg8:B, 1j79:A, 1j79:B, 3mjm:B, 1xge:A, 1xge:B, 2z24:A, 2z24:B, 2z25:A, 2z25:B, 2z26:A, 2z26:B, 2z27:A, 2z27:B, 2z28:A, 2z28:B, 2z29:A, 2z29:B, 2z2a:A, 2z2a:B, 2z2b:A
3 3jze:A 344 342 0.7025 0.7209 0.7251 0.0 3jze:B, 3jze:C, 3jze:D
4 4lfy:B 353 352 0.5496 0.5496 0.5511 8.24e-137 4lfy:A
5 5vgm:B 342 350 0.5382 0.5556 0.5429 6.81e-135 5vgm:A
6 3pnu:A 338 357 0.3909 0.4083 0.3866 3.39e-71 3pnu:B
7 6l0a:C 365 356 0.3456 0.3342 0.3427 5.62e-50 7ca0:A, 7ca0:B, 7ca0:C, 7ca0:D, 7ca1:A, 7ca1:C, 7ca1:B, 7ca1:D, 6l0a:A, 6l0a:B, 6l0a:D, 6l0b:A, 6l0b:C, 6l0b:B, 6l0b:D, 6l0f:A, 6l0f:B, 6l0f:C, 6l0f:D, 6l0g:A, 6l0g:B, 6l0g:C, 6l0g:D, 6l0h:A, 6l0h:B, 6l0h:C, 6l0h:D, 6l0i:A, 6l0i:B, 6l0i:C, 6l0i:D, 6l0j:A, 6l0j:D, 6l0j:B, 6l0j:C, 6l0k:A, 6l0k:B, 6l0k:C, 6l0k:D
8 6hg1:A 371 350 0.2380 0.2264 0.2400 0.003 4by3:A, 4c6c:A, 4c6d:A, 4c6e:A, 4c6f:A, 4c6i:A, 4c6j:A, 4c6k:A, 4c6l:A, 4c6m:A, 4c6n:A, 4c6o:A, 4c6p:A, 4c6q:A, 8gvz:A, 8gw0:A, 6hfd:A, 6hfe:A, 6hff:A, 6hfh:A, 6hfi:A, 6hfj:A, 6hfk:A, 6hfl:A, 6hfn:A, 6hfp:A, 6hfq:A, 6hfr:A, 6hfs:A, 6hfu:A, 6hg2:A, 6hg3:A, 8pbe:A, 8pbg:A, 8pbh:A, 8pbi:A, 8pbj:A, 8pbk:A, 8pbm:A, 8pbn:A, 8pbp:A, 8pbq:A, 8pbr:A, 8pbs:A, 8pbt:A, 8pbu:A, 5ynz:A
9 2gwn:A 451 41 0.0510 0.0399 0.4390 0.043
10 4icm:A 335 87 0.0652 0.0687 0.2644 0.77 4icm:B, 4icm:C, 4icm:D, 4icm:E, 4icm:F, 4icm:G, 4icm:H, 4l6d:A, 4l6d:B, 4l6d:C, 4l6d:D, 4l6d:E, 4l6d:F, 4l6d:G, 4l6d:H, 4ng3:A, 4ng3:B, 4ng3:C, 4ng3:D, 4ng3:E, 4ng3:F, 4ng3:G, 4ng3:H, 4ni8:A, 4ni8:B, 4ni8:C, 4ni8:D, 4ni8:E, 4ni8:F, 4ni8:G, 4ni8:H
11 2gwg:A 329 55 0.0482 0.0517 0.3091 0.87 2gwg:B
12 3gri:B 423 105 0.0765 0.0638 0.2571 1.7 3gri:A
13 1eep:A 314 82 0.0652 0.0732 0.2805 1.9
14 3o8o:E 752 41 0.0368 0.0173 0.3171 2.3 3o8o:A, 3o8o:C, 3o8o:G
15 6cxh:A 382 71 0.0567 0.0524 0.2817 4.6 7s4l:A, 7s4l:D, 7s4l:E
16 3pvl:A 597 119 0.0850 0.0503 0.2521 4.8
17 3kru:A 335 41 0.0340 0.0358 0.2927 5.7 3kru:B, 3kru:C, 3kru:D, 3krz:A, 3krz:B, 3krz:C, 3krz:D
18 1j5p:A 235 33 0.0425 0.0638 0.4545 7.9 1h2h:A
19 7ev9:A 382 12 0.0255 0.0236 0.7500 9.7 7ev9:E, 7ev9:I, 8oyi:A, 8oyi:E, 8oyi:I, 3rgb:A, 3rgb:E, 3rgb:I, 7s4h:A, 7s4h:E, 7s4h:I, 7s4i:A, 7s4i:E, 7s4i:I, 7s4j:A, 7s4j:E, 7s4j:I, 7s4k:A, 7s4k:E, 7s4k:I, 8sqw:A, 8sqw:E, 8sqw:I, 8sr1:A, 8sr1:E, 8sr1:I, 8sr2:A, 8sr2:E, 8sr2:I, 8sr4:A, 8sr4:E, 8sr4:I, 8sr5:A, 8sr5:E, 8sr5:I, 7t4o:A, 7t4o:E, 7t4o:I, 7t4p:A, 7t4p:E, 7t4p:I, 1yew:A, 1yew:E, 1yew:I
20 4a8f:B 664 116 0.0822 0.0437 0.2500 10.0 4a8f:A, 4a8f:C, 4a8k:B, 4a8k:A, 4a8k:C, 4a8m:Q, 4a8m:P, 4a8m:R, 4a8o:A, 4a8o:B, 4a8o:C, 4a8q:A, 4a8q:B, 4a8q:C, 4a8s:A, 4a8s:B, 4a8s:C, 4a8w:A, 4a8w:B, 4a8w:C, 4a8y:A, 4a8y:B, 4a8y:C, 4b02:A, 4b02:B, 4b02:C, 5fj6:A, 5fj7:C, 1hhs:A, 1hhs:B, 1hhs:C, 1hht:P, 1hht:Q, 1hht:R, 1hi0:P, 1hi0:Q, 1hi0:R, 1hi1:A, 1hi1:B, 1hi1:C, 1hi8:A, 1hi8:B, 2jlf:A, 2jlf:B, 2jlg:A, 2jlg:B, 2jlg:C, 1uvi:A, 1uvi:B, 1uvi:C, 1uvj:A, 1uvj:B, 1uvj:C, 1uvk:A, 1uvk:C, 1uvk:E, 1uvl:A, 1uvl:C, 1uvl:E, 1uvm:A, 1uvm:B, 1uvm:C, 1uvn:A, 1uvn:C, 1uvn:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218