Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
YEESKPFTCLDGTATIPFDQVNDDYCDCKDGSDEPGTAACPNGSFHCTNTGYKPLYILSSRVNDGVCDCCDGTDEYNSGT
VCENTCR

The query sequence (length=87) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8d43:B 100 87 0.9195 0.8000 0.9195 7.53e-56 8emr:B, 5f0e:B, 5h9o:B, 5h9o:D, 5hjo:B, 5hjo:D, 5hjr:B, 5hjr:D, 5ied:B, 5iee:B, 5ief:B, 5ieg:B, 7jty:B, 7jty:D, 7k9n:B, 7k9n:D, 7k9o:B, 7k9o:D, 7k9q:B, 7k9q:D, 7k9t:B, 7k9t:D, 7kad:B, 7kad:D, 7kb6:B, 7kb6:D, 7kb8:B, 7kb8:D, 7kbj:B, 7kbj:D, 7kbr:B, 7kbr:D, 7kry:B, 7kry:D, 7l9e:B, 7l9e:D
2 5jqp:B 131 117 0.5632 0.3740 0.4188 2.96e-15
3 8em7:A 4378 80 0.3563 0.0071 0.3875 0.001 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
4 8em7:A 4378 53 0.2644 0.0053 0.4340 0.018 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
5 8em7:A 4378 72 0.2989 0.0059 0.3611 0.020 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
6 8em7:A 4378 79 0.3333 0.0066 0.3671 0.023 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
7 8em7:A 4378 78 0.3448 0.0069 0.3846 0.023 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
8 8em7:A 4378 73 0.3333 0.0066 0.3973 0.041 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
9 8em7:A 4378 76 0.3103 0.0062 0.3553 0.11 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
10 8em7:A 4378 75 0.3218 0.0064 0.3733 0.20 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
11 8em7:A 4378 57 0.2529 0.0050 0.3860 0.77 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
12 8em7:A 4378 86 0.3333 0.0066 0.3372 1.1 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
13 8em7:A 4378 78 0.2989 0.0059 0.3333 2.3 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
14 8em7:A 4378 77 0.3448 0.0069 0.3896 2.6 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
15 8em7:A 4378 71 0.2989 0.0059 0.3662 3.9 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
16 8em7:A 4378 78 0.2989 0.0059 0.3333 4.2 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
17 8em7:A 4378 73 0.3103 0.0062 0.3699 5.0 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
18 8em7:A 4378 72 0.2989 0.0059 0.3611 8.0 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
19 8em4:A 3818 80 0.3563 0.0081 0.3875 0.001 8em4:B
20 8em4:A 3818 72 0.2989 0.0068 0.3611 0.023 8em4:B
21 8em4:A 3818 79 0.3333 0.0076 0.3671 0.026 8em4:B
22 8em4:A 3818 74 0.3218 0.0073 0.3784 0.029 8em4:B
23 8em4:A 3818 73 0.3333 0.0076 0.3973 0.038 8em4:B
24 8em4:A 3818 76 0.3103 0.0071 0.3553 0.11 8em4:B
25 8em4:A 3818 57 0.2529 0.0058 0.3860 0.88 8em4:B
26 8em4:A 3818 78 0.2989 0.0068 0.3333 2.6 8em4:B
27 8em4:A 3818 51 0.2414 0.0055 0.4118 3.1 8em4:B
28 8em4:A 3818 73 0.3103 0.0071 0.3699 6.5 8em4:B
29 8jxc:A 1337 76 0.3563 0.0232 0.4079 0.007 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
30 8jxc:A 1337 77 0.3333 0.0217 0.3766 0.012 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
31 8jxc:A 1337 78 0.3103 0.0202 0.3462 0.27 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
32 8jxc:A 1337 57 0.2644 0.0172 0.4035 0.55 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
33 8jxc:A 1337 35 0.1839 0.0120 0.4571 1.1 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
34 8jxc:A 1337 71 0.2989 0.0194 0.3662 2.9 2i1p:A, 8jxb:B, 8jxh:B, 8jxi:A
35 1f5y:A 85 77 0.3103 0.3176 0.3506 0.084
36 8jxj:A 570 76 0.3448 0.0526 0.3947 0.38 8jxj:B
37 7qbg:D 81 75 0.3103 0.3333 0.3600 0.50 7qbd:C, 7qbd:D, 7qbf:C, 4zrp:C, 4zrp:D, 4zrq:C, 4zrq:D
38 8jxd:B 156 78 0.2874 0.1603 0.3205 0.55
39 7oik:A 4426 55 0.1954 0.0038 0.3091 0.72 7oim:A, 6tax:A, 6tay:A
40 1jrf:A 47 46 0.1954 0.3617 0.3696 0.89
41 3hhs:A 669 18 0.1034 0.0135 0.5000 1.5
42 2xrc:C 454 69 0.2759 0.0529 0.3478 3.1
43 2xrc:B 485 69 0.2759 0.0495 0.3478 3.2 5o32:D, 5o32:H, 2xrc:A, 2xrc:D
44 8xi4:M 79 75 0.2989 0.3291 0.3467 8.3 8ua4:R, 8ufb:V, 8ufb:W, 8ufb:X, 8ufb:Y, 8ufc:V, 8ufc:W, 8ufc:X, 8ufc:Y, 8xi4:N, 8xi4:O, 8xi4:P, 8ys2:M, 8ys2:N, 8ys2:O, 8ys2:P

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218