Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
WGLNNAARADGKLWFGTAADIPGLEQDDRYYMKEYNNTHDFGGTTPANIMKFMFTEPEQNVFNFTGAQEFLDIAFASHKL
VRCHNLIWQSELPTWVTNPTTNWTNETLSKVLQNHVYTLVSHFGDQCYSWDVVNEALSDDPAGSYQNNIWFDTIGPEYVA
MAFEYAEKAVKDHKLNVKLYYNDYNIEYPGPKSTAAQNIVKELKARNIQIDGVGLESHFIAGETPSQATQITNMADFTSL
DIDVAVTELDVRLYLPPNATSEAQQVADYYATVAACAATERCIGITVWDFDDTYSWVPSTFAGQGYADLFFQPDGPNTPL
VKKAAYDGCLQALQ

The query sequence (length=334) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5xzu:A 334 334 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 6jdy:A 319 332 0.4731 0.4953 0.4759 6.58e-103 6jdy:B, 6jdz:A, 6jdz:B, 6je0:A, 6je0:B, 6je1:A, 6je1:B, 6je2:A, 6je2:B, 7wh7:A, 7wh7:B, 7whe:B
3 6q8n:A 321 332 0.4671 0.4860 0.4699 1.38e-92 6q8n:B
4 3wub:A 313 331 0.4251 0.4537 0.4290 2.89e-76 3wue:A, 3wuf:A, 3wug:A
5 3u7b:B 326 341 0.3892 0.3988 0.3812 1.50e-73
6 4xx6:B 321 328 0.3772 0.3925 0.3841 6.49e-68 4xx6:A
7 3cuf:A 314 294 0.3234 0.3439 0.3673 5.03e-58 3cug:A, 3cuh:A, 3cui:A, 3cuj:A, 1exp:A, 1fh7:A, 1fh8:A, 1fh9:A, 1fhd:A, 2his:A, 1j01:A, 2xyl:A
8 3nj3:A 327 273 0.3024 0.3089 0.3700 1.41e-55 3nj3:B, 1vbr:A, 1vbr:B
9 1b30:A 302 329 0.3443 0.3808 0.3495 5.26e-49 1b3v:A, 1b3w:A, 1b3x:A, 1b3y:A, 1b3z:A, 1bg4:A
10 1isv:A 436 329 0.3353 0.2569 0.3404 1.69e-46 2d20:A, 2d20:B, 2d22:A, 2d22:B, 2d23:A, 2d23:B, 2d24:A, 2d24:B, 1e0v:A, 1e0x:A, 1e0x:B, 2g3j:A, 5gqd:A, 5gqd:B, 5gqe:A, 5gqe:B, 1isv:B, 1isw:A, 1isw:B, 1isx:A, 1isx:B, 1isy:A, 1isy:B, 1isz:A, 1isz:B, 1it0:A, 1it0:B, 1od8:A, 1v0k:A, 1v0l:A, 1v0m:A, 1v0n:A, 1v6u:A, 1v6u:B, 1v6v:A, 1v6v:B, 1v6w:A, 1v6w:B, 1v6x:A, 1v6x:B
11 7k4u:A 305 328 0.3293 0.3607 0.3354 2.13e-45 2bnj:A, 4bs0:A, 4bs0:B, 8fos:A, 1goq:A, 1gor:A, 7k4q:A, 7k4q:B, 7k4w:A, 7k4x:A, 7k4x:B, 7k4z:A, 8kh3:A, 3nyd:A, 3nyd:B, 8rd5:A, 8rd5:B, 5rga:A, 5rga:B, 5rgb:A, 5rgb:B, 5rgc:A, 5rgc:B, 5rgd:A, 5rgd:B, 5rge:A, 5rgf:A, 5rgf:B, 6srw:A, 6srw:B, 6sry:A, 6sry:B, 6srz:A, 6srz:B, 6ss1:A, 6ss1:B, 6ss3:A, 6ss3:B, 6tu6:A, 6tu6:B, 6tu6:C, 6tu6:D, 6tu6:E, 6tu6:F, 6tu6:G, 6tu6:H, 6tu6:I, 6tu6:J, 6tu6:K, 6tu6:L, 6tu6:M, 6tu6:N, 6tu6:O, 6tu6:P, 8usf:A, 8usf:B, 8ush:A, 8ush:B, 8usj:A, 8usj:B, 8usj:C, 8usl:A, 8usl:B
12 1hiz:A 375 311 0.3114 0.2773 0.3344 3.12e-42 3mmd:A, 4prw:A, 4pud:A, 4pue:A, 1r85:A, 1r86:A, 1r87:A
13 5ofk:A 339 325 0.2665 0.2625 0.2738 5.05e-35 5ofl:A
14 3rdk:B 334 283 0.2725 0.2725 0.3216 1.52e-34 4e4p:A, 4e4p:B, 3rdk:A, 3ro8:A, 3ro8:B, 3ro8:C, 3ro8:D, 3ro8:E, 3ro8:F, 3ro8:G, 3ro8:H
15 3w25:A 324 304 0.2725 0.2809 0.2993 1.90e-34 3w26:A, 3w27:A, 3w28:A, 3w29:A
16 1w3h:A 348 328 0.3174 0.3046 0.3232 4.53e-34 1clx:A, 1clx:B, 1clx:C, 1clx:D, 1e5n:A, 1e5n:B, 1w2p:A, 1w2p:B, 1w2v:A, 1w2v:B, 1w32:A, 1w32:B, 1w3h:B
17 7cpl:A 358 289 0.2665 0.2486 0.3080 3.25e-33 7cpk:A, 6lps:A, 2uwf:A, 8xy0:A, 8y1m:A, 8y1m:B
18 4pmd:A 329 291 0.2515 0.2553 0.2887 3.60e-33 4l4p:A
19 3emq:A 331 298 0.2575 0.2598 0.2886 9.89e-33 3emz:A
20 5eb8:A 354 286 0.2635 0.2486 0.3077 1.87e-32 5eb8:B, 5eba:A, 5efd:A, 5efd:B, 5eff:A, 5eff:B, 2f8q:A, 2f8q:B, 2fgl:A, 2fgl:B, 4qce:A, 4qce:B, 4qcf:A, 4qdm:A, 4qdm:B, 5xc0:A, 5xc0:B, 5xc1:A, 5xc1:B
21 8bbi:A 335 265 0.2096 0.2090 0.2642 2.35e-31 8bbi:B, 7nl2:A, 7nl2:B
22 5d4y:A 314 266 0.2305 0.2452 0.2895 2.44e-30 5d4y:B
23 3msd:A 330 267 0.2246 0.2273 0.2809 4.75e-30 3msd:B, 3msg:A, 3msg:B, 3mua:A, 3mua:B, 3mui:A, 3mui:B
24 6wqw:A 305 290 0.2515 0.2754 0.2897 8.38e-30
25 1us2:A 507 287 0.2844 0.1874 0.3310 1.47e-29 1gny:A
26 4w8l:A 352 257 0.2305 0.2188 0.2996 2.49e-23 4w8l:B, 4w8l:C
27 1ur2:A 351 214 0.1916 0.1823 0.2991 3.64e-21 2cnc:A, 1uqy:A, 1uqz:A, 1ur1:A
28 2wys:B 516 265 0.2186 0.1415 0.2755 2.76e-16 2w5f:A, 2w5f:B, 2wys:A, 2wze:A, 2wze:B
29 4pmx:A 306 259 0.1826 0.1993 0.2355 2.12e-09 4pmy:A, 4pmy:B, 4pmz:A, 4pmz:B, 4pn2:A, 4pn2:B
30 7d88:A 364 245 0.1737 0.1593 0.2367 6.94e-08 7d89:A
31 5lnk:L 599 54 0.0449 0.0250 0.2778 0.26
32 8fl2:NT 501 96 0.0808 0.0539 0.2812 0.48 8fl3:NT, 8fl4:NT
33 8idy:u 554 96 0.0808 0.0487 0.2812 0.50 8inf:f, 8ink:N, 8ipy:N
34 3rwc:A 276 69 0.0509 0.0616 0.2464 1.8 3rwc:D, 3rwd:A, 3rwd:D, 3rwe:A, 3rwf:A, 3rwg:A, 3rwh:A, 3rwh:D, 3rwi:A, 3rwj:A
35 3vif:A 473 36 0.0389 0.0275 0.3611 2.2 3ahz:A, 3ai0:A, 3vig:A, 3vij:A, 3vik:A, 3vil:A, 3vim:A, 3vin:A, 3vio:A, 3vip:A
36 6y0f:C 722 25 0.0359 0.0166 0.4800 2.3 6y0f:A, 6y0f:B, 6y0f:D
37 6nu8:A 488 92 0.0599 0.0410 0.2174 3.3
38 5jk5:A 400 79 0.0569 0.0475 0.2405 4.5 5jk5:B, 5jk6:A, 5jk6:B, 5jk8:A, 5jk8:B
39 4lc9:A 567 33 0.0419 0.0247 0.4242 5.6
40 4p4s:B 336 136 0.1168 0.1161 0.2868 5.9 4p4s:A, 4p4t:A
41 1mjt:B 347 102 0.0749 0.0720 0.2451 6.0 1mjt:A
42 4bb9:A 596 33 0.0419 0.0235 0.4242 6.2 4bba:A, 4ly9:A, 4ly9:B, 4mqu:A, 4mqu:B, 4mro:A, 4mro:B, 4msu:A, 4msu:B, 4ohk:A, 4ohk:B, 4ohm:A, 4ohm:B, 4oho:A, 4oho:B, 4ohp:A, 4ohp:B, 4olh:A, 4olh:B, 4op1:A, 4op1:B, 4op2:A, 4op2:B, 4op3:A, 4op3:B, 4px2:A, 4px2:B, 4px3:A, 4px3:B, 4px5:A, 4px5:B, 4pxs:A, 4pxs:B
43 6fkk:A 513 69 0.0599 0.0390 0.2899 7.6
44 6ncx:B 559 59 0.0539 0.0322 0.3051 8.1 6ncx:D, 6ncx:A, 6ncx:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218