Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VYYPKKYELYKADEVPTEVVETDILIIGGGFSGCGAAYEAAYWAKLGGLKVTLVEKAAVERSGAVAQGLSAINTYIDLTG
RSERQNTLEDYVRYVTLDMMGLAREDLVADYARHVDGTVHLFEKWGLPIWKTPDGKYVREGQWQIMIHGESYKPIIAEAA
KMAVGEENIYERVFIFELLKDNNDPNAVAGAVGFSVREPKFYVFKAKAVILATGGATLLFRPRSTGEAAGRTWYAIFDTG
SGYYMGLKAGAMLTQFEHRFIPFRFKDGYGPVGAWFLFFKCKAKNAYGEEYIKTRAAELEKYKPYGAAQPIPTPLRNHQV
MLEIMDGNQPIYMHTEEALAELAGGDKKKLKHIYEEAFEDFLDMTVSQALLWACQNIDPQEQPSEAAPAEPYIMGSHSGE
AGFWVCGPEDLMPEEYAKLFPLKYNRMTTVKGLFAIGDCAGANPHKFSSGSFTEGRIAAKAAVRFILEQKPNPEIDDAVV
EELKKKAYAPMERFMQYKDLSTADDVNPEYILPWQGLVRLQKIMDEYAAGIATIYKTNEKMLQRALELLAFLKEDLEKLA
ARDLHELMRAWELVHRVWTAEAHVRHMLFRKETRWPGYYYRTDYPELNDEEWKCFVCSKYDAEKDEWTFEKVPYVQVIEW
SF

The query sequence (length=642) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2fja:A 642 642 0.9984 0.9984 0.9984 0.0 2fja:C, 2fjb:A, 2fjb:C, 2fjd:A, 2fjd:C, 2fje:A, 2fje:C, 1jnr:A, 1jnr:C, 1jnz:A, 1jnz:C
2 3gyx:A 662 647 0.5047 0.4894 0.5008 0.0 3gyx:C, 3gyx:E, 3gyx:G, 3gyx:I, 3gyx:K
3 8a8o:A 556 605 0.3598 0.4155 0.3818 5.07e-118 8a8o:B
4 6c12:B 537 487 0.1807 0.2160 0.2382 2.27e-13 6c12:A
5 2acz:A 588 487 0.1807 0.1973 0.2382 2.65e-13 1nek:A, 1nen:A, 2wdq:A, 2wdq:E, 2wdq:I, 2wdr:A, 2wdr:E, 2wdr:I, 2wdv:A, 2wdv:E, 2wdv:I, 2wp9:A, 2wp9:E, 2wp9:I, 2ws3:A, 2ws3:E, 2ws3:I, 2wu2:A, 2wu2:E, 2wu2:I, 2wu5:A, 2wu5:E, 2wu5:I
6 7d6v:A 601 647 0.2352 0.2512 0.2334 7.65e-12 7d6x:A
7 5vpn:E 585 531 0.1931 0.2120 0.2335 6.26e-11 6awf:A, 2b76:A, 2b76:M, 1kf6:A, 1kf6:M, 1kfy:A, 1kfy:M, 4kx6:A, 4kx6:M, 1l0v:A, 1l0v:M, 3p4p:A, 3p4p:M, 3p4q:A, 3p4q:M, 3p4r:A, 3p4r:M, 3p4s:A, 3p4s:M, 5vpn:A
8 6b58:C 544 522 0.1916 0.2261 0.2356 3.32e-10 6b58:A
9 3cir:A 541 525 0.1838 0.2181 0.2248 1.16e-09
10 1qo8:A 564 254 0.1028 0.1170 0.2598 3.41e-08 1qo8:D
11 5c2t:A 616 535 0.1885 0.1964 0.2262 1.08e-06 5c2t:E, 5c3j:A, 5c3j:E, 3vr8:A, 3vr8:E, 3vr9:A, 3vr9:E, 3vra:A, 3vra:E, 3vrb:A, 3vrb:E, 4ysx:A, 4ysx:E, 4ysy:A, 4ysy:E, 4ysz:A, 4ysz:E, 4yt0:A, 4yt0:E, 4ytm:A, 4ytm:E, 4ytn:A, 4ytn:E
12 8b6g:CA 599 549 0.1807 0.1937 0.2113 6.79e-06 8bqs:CA, 8gym:sa, 8gym:SA, 8gzu:sa, 8gzu:SA
13 8gs8:A 614 530 0.1791 0.1873 0.2170 1.45e-05 3abv:A, 3ae1:A, 3ae2:A, 3ae3:A, 3ae4:A, 3ae5:A, 3ae6:A, 3ae7:A, 3ae8:A, 3ae9:A, 3aea:A, 3aeb:A, 3aec:A, 3aed:A, 3aee:A, 3aef:A, 3aeg:A, 8dyd:A, 8dye:A, 2fbw:A, 2fbw:N, 2h88:A, 2h88:N, 2h89:A, 6myo:A, 6myp:A, 6myq:A, 6myr:A, 6mys:A, 6myt:A, 6myu:A, 3sfd:A, 3sfe:A, 6vax:A, 6vax:C, 2wqy:A, 2wqy:N, 1yq3:A, 1yq4:A, 4ytp:A, 4yxd:A, 1zoy:A, 1zp0:A
14 1knp:A 529 617 0.2103 0.2552 0.2188 4.31e-05 1knr:A
15 6awf:E 487 194 0.0857 0.1129 0.2835 3.37e-04
16 6awf:E 487 164 0.0623 0.0821 0.2439 0.003
17 3cir:M 504 217 0.0919 0.1171 0.2719 3.43e-04
18 3cir:M 504 164 0.0623 0.0794 0.2439 0.002
19 7jz2:A 481 89 0.0405 0.0541 0.2921 0.001 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
20 7jz2:A 481 215 0.0810 0.1081 0.2419 0.036 7jz2:E, 7jz2:I, 6wu6:A, 6wu6:E, 6wu6:I
21 5kxj:A 481 430 0.1433 0.1913 0.2140 0.002
22 4x9m:A 384 34 0.0296 0.0495 0.5588 0.007 4x9n:A
23 3atq:A 452 58 0.0343 0.0487 0.3793 0.046 3atr:A, 4opc:A, 4opd:A, 4opd:B, 4opg:A, 4opi:A, 4opl:A, 4opt:A, 4opu:A
24 2bs2:A 655 218 0.0763 0.0748 0.2248 0.048 2bs2:D, 2bs3:A, 2bs3:D, 2bs4:A, 2bs4:D, 1e7p:A, 1e7p:D, 1e7p:G, 1e7p:J, 1qlb:A, 1qlb:D
25 6gna:A 284 58 0.0343 0.0775 0.3793 0.065 6gnb:A, 6gnd:A, 6gnd:C, 6gnd:E, 6gnd:G
26 6gnc:A 287 45 0.0312 0.0697 0.4444 0.083
27 6lum:A 539 256 0.0826 0.0983 0.2070 0.12 6lum:J, 6lum:P
28 5tue:A 388 53 0.0327 0.0541 0.3962 0.13 5tue:B, 5tuf:A, 5tuf:B, 5tui:A, 5tui:B
29 7yx4:A 650 38 0.0280 0.0277 0.4737 0.37 7ptv:A, 7ptv:B, 7yx4:B, 7yx5:A
30 5xmj:A 622 217 0.0841 0.0868 0.2488 0.40 5xmj:E, 5xmj:I, 5xmj:M
31 4mlp:C 492 122 0.0452 0.0589 0.2377 0.92 7ej9:A, 7ej9:B, 4i6g:A, 4i6g:B, 6kx8:A, 6kx8:B, 4mlp:A, 4mlp:B, 4mlp:D, 4u8h:A, 4u8h:C, 7v8y:A, 7v8z:A
32 4ntc:A 325 79 0.0374 0.0738 0.3038 1.6 4ntc:B
33 2wet:B 501 63 0.0327 0.0419 0.3333 1.7 2wes:A, 2wes:B, 2wes:C, 2wes:D, 2wet:A, 2wet:C, 2wet:D, 2weu:A, 2weu:B, 2weu:C, 2weu:D
34 8twf:C 385 53 0.0296 0.0494 0.3585 1.8 8twf:D, 8twf:A, 8twf:B
35 7u6l:D 436 33 0.0234 0.0344 0.4545 2.0 7e7h:A, 7e7h:B, 7u6l:A, 7u6l:B, 7u6l:C
36 1jg1:A 215 41 0.0218 0.0651 0.3415 2.0 1jg2:A, 1jg3:A, 1jg3:B, 1jg4:A
37 5tum:A 369 53 0.0296 0.0515 0.3585 2.2 5tum:B
38 6h3o:F 650 41 0.0265 0.0262 0.4146 2.2 6h3g:A, 6h3g:B, 6h3g:C, 6h3g:F, 6h3g:D, 6h3g:E, 6h3g:G, 6h3g:H, 6h3o:A, 6h3o:B, 6h3o:C, 6h3o:D, 6h3o:E, 6h3o:G, 6h3o:H, 8il5:A
39 8il5:B 595 41 0.0265 0.0286 0.4146 2.4
40 4gsk:B 572 51 0.0249 0.0280 0.3137 2.7 4gsk:A
41 7koe:C 438 50 0.0296 0.0434 0.3800 2.7 7koe:G
42 8twg:B 385 53 0.0280 0.0468 0.3396 2.8
43 4gsl:A 598 51 0.0249 0.0268 0.3137 2.8 4gsl:B, 3rui:A, 3t7e:A, 3t7g:B, 3t7g:A, 3vh1:A, 3vh2:A, 3vh3:A, 3vh4:A, 5yec:A, 5yec:C
44 1ebd:A 455 137 0.0561 0.0791 0.2628 3.0 1ebd:B
45 5nii:B 298 47 0.0265 0.0570 0.3617 3.0 5nii:A
46 4ffl:A 353 33 0.0234 0.0425 0.4545 3.2 4ffm:A, 4ffn:A, 4ffo:A, 4ffp:A, 4ffr:A
47 5amv:A 399 46 0.0187 0.0301 0.2609 3.4 1bn8:A, 2bsp:A, 3krg:A, 2nzm:A, 2o04:A, 2o0v:A, 2o0w:A, 2o17:A, 2o1d:A, 5x2i:A
48 3jsk:A 292 44 0.0265 0.0582 0.3864 3.8 3jsk:B, 3jsk:C, 3jsk:D, 3jsk:E, 3jsk:F, 3jsk:G, 3jsk:H, 3jsk:I, 3jsk:J, 3jsk:K, 3jsk:L, 3jsk:M, 3jsk:N, 3jsk:O, 3jsk:P
49 1rp0:A 278 44 0.0234 0.0540 0.3409 4.1 1rp0:B
50 4hgp:A 179 67 0.0312 0.1117 0.2985 4.3 1k1e:A, 1k1e:B, 1k1e:C, 1k1e:D, 1k1e:E, 1k1e:F, 1k1e:G, 1k1e:H, 1k1e:I, 1k1e:J, 1k1e:K, 1k1e:L
51 2e5v:A 472 246 0.0966 0.1314 0.2520 4.6 2e5v:B
52 6hk1:A 261 39 0.0280 0.0690 0.4615 5.2 6hk1:B, 6hk1:F, 6hk1:C, 6hk1:D, 6hk1:E
53 4emj:A 406 34 0.0249 0.0394 0.4706 6.3 3ef6:A, 4emi:A
54 8jhz:A 2615 105 0.0436 0.0107 0.2667 7.1
55 7sba:A 320 76 0.0358 0.0719 0.3026 7.5 7sba:B, 7sba:C, 7sba:D, 7sba:E, 7sba:F, 7sba:G, 7sbb:A, 7sbb:B, 7sbb:C, 7sbb:D, 7sbb:E, 7sbb:F, 7sbb:G
56 3cp8:A 611 66 0.0358 0.0376 0.3485 9.5 3cp8:B, 3cp8:C, 3cp8:D
57 3gr7:A 340 113 0.0452 0.0853 0.2566 9.9 3gr7:B, 3gr8:A, 3gr8:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218