Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VYRAFDIYNDKVAGFAKFLKRLTKYTMADLVYALRHFDEGNCDTLKEILVTYNCCDDDYFNKKDWYDFVENPDILRVYAN
LGERVRQALLKTVQFCDAMRNAGIVGVLTLDNQDLNGNWYDFGDFIQTTPGSGVPVVDSYYSLLMPILTLTRALTAESHV
DTDLTKPYIKWDLLKYDFTEERLKLFDRYFKYWDQTYHPNCVNCLDDRCILHCANFNVLFSTVFPPTSFGPLVRKIFVDG
VPFVVSTGYHFRELGVVHNQDVNLSFKELLVYAADPAMHAASGNLLLDKRTTCFSVAALTNNVAFQTVKPGNFNKDFYDF
AVSKGFFKEGSSVELKHFFFAQDGNAAISDYDYYRYNLPTMCDIRQLLFVVEVVDKYFDCYDGGCINANQVIVNNLDKSA
GFPFNKWGKARLYYDSMSYEDQDALFAYTKRNVIPTITQMNLKYAISAKNRARTVAGVSICSTMTNRQFHQKLLKSIAAT
RGATVVIGTSKFYGGWHNMLKTVYSDVENPHLMGWDYPKCDRAMPNMLRIMASLVLARKHTTCCSLSHRFYRLANECAQV
LSEMVMCGGSLYVKPGGTSSGDATTAYANSVFNICQAVTANVNALLSTDGNKIADKYVRNLQHRLYECLYRNRDVDTDFV
NEFYAYLRKHFSMMILSDDAVVCFNSTYASQGLVASIKNFKSVLYYQNNVFMSEAKCWTETDLTKGPHEFCSQHTMLVKQ
GDDYVYLPYPDPSRILGAGCFVDDIVKTDGTLMIERFVSLAIDAYPLTKHPNQEYADVFHLYLQYIRKLHDELTDNTSRY
WEPEFYEAMYTPHT

The query sequence (length=814) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8gwe:A 931 828 0.9803 0.8571 0.9638 0.0 7aap:A, 7b3b:A, 7b3c:A, 7b3d:A, 7btf:A, 7bv1:A, 7bv2:A, 7bw4:A, 7bzf:A, 7c2k:A, 7ctt:A, 7cxm:A, 7cxn:A, 7cyq:A, 7d4f:A, 7dfg:A, 7dfh:A, 7doi:A, 7dok:A, 7dte:A, 7ed5:A, 7egq:A, 7egq:N, 7eiz:A, 8gw1:A, 8gwb:A, 8gwf:A, 8gwg:A, 8gwi:A, 8gwk:A, 8gwm:A, 8gwn:A, 8gwo:A, 8gy6:A, 7krn:A, 7kro:A, 7krp:A, 7l1f:A, 6nur:A, 7oyg:A, 7oyg:D, 7ozu:A, 7ozv:A, 7rdx:A, 7rdy:A, 7rdz:A, 7re0:A, 7re1:A, 7re2:A, 7re3:A, 7re3:G, 8sq9:A, 8sqj:A, 8sqk:A, 7uo4:A, 7uo7:A, 7uo9:A, 7uob:A, 7uoe:A, 6xez:A, 6xqb:A, 6yyt:A
2 8gwe:A 931 20 0.0246 0.0215 1.0000 3.62e-04 7aap:A, 7b3b:A, 7b3c:A, 7b3d:A, 7btf:A, 7bv1:A, 7bv2:A, 7bw4:A, 7bzf:A, 7c2k:A, 7ctt:A, 7cxm:A, 7cxn:A, 7cyq:A, 7d4f:A, 7dfg:A, 7dfh:A, 7doi:A, 7dok:A, 7dte:A, 7ed5:A, 7egq:A, 7egq:N, 7eiz:A, 8gw1:A, 8gwb:A, 8gwf:A, 8gwg:A, 8gwi:A, 8gwk:A, 8gwm:A, 8gwn:A, 8gwo:A, 8gy6:A, 7krn:A, 7kro:A, 7krp:A, 7l1f:A, 6nur:A, 7oyg:A, 7oyg:D, 7ozu:A, 7ozv:A, 7rdx:A, 7rdy:A, 7rdz:A, 7re0:A, 7re1:A, 7re2:A, 7re3:A, 7re3:G, 8sq9:A, 8sqj:A, 8sqk:A, 7uo4:A, 7uo7:A, 7uo9:A, 7uob:A, 7uoe:A, 6xez:A, 6xqb:A, 6yyt:A
3 7thm:A 860 795 0.9337 0.8837 0.9560 0.0
4 6nus:A 715 788 0.8378 0.9538 0.8655 0.0
5 9cpo:A 930 832 0.6376 0.5581 0.6238 0.0
6 8urb:A 921 810 0.6044 0.5342 0.6074 0.0 8g6r:A
7 7e7q:A 1958 54 0.0221 0.0092 0.3333 0.62
8 7e7o:A 2003 27 0.0160 0.0065 0.4815 0.82 7lkp:A
9 4zg8:A 426 85 0.0246 0.0469 0.2353 4.1 4zg8:B, 4zh5:A, 4zh5:B
10 4e8c:A 594 68 0.0258 0.0354 0.3088 4.9 4e8c:B
11 6yuf:D 1272 48 0.0209 0.0134 0.3542 5.0
12 7f2w:A 300 101 0.0307 0.0833 0.2475 7.6 7f2w:B
13 4r2i:A 207 134 0.0442 0.1739 0.2687 7.6 4kfu:D, 4r2h:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218