Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VYPIFTVRWLAIHGIAVPTIFFLGAITAMQFIQR

The query sequence (length=34) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8kde:F 34 34 1.0000 1.0000 1.0000 1.11e-18 6kaf:F, 6kaf:f, 8zee:F
2 7y5e:FL 41 33 0.8824 0.7317 0.9091 5.16e-17 6kac:F, 6kac:f, 6kad:F, 6kad:f, 8r2i:F, 8wb4:F, 8wb4:f, 8xlp:f, 8xlp:F, 7y5e:F6, 7y5e:f6, 7y5e:fL, 7y7a:F9, 7y7a:f9, 7y7a:FE, 7y7a:fE, 7y7a:FO, 7y7a:fO, 7y7a:FZ, 7y7a:fZ, 7y7a:Fm, 7y7a:fm
3 8bd3:F 37 33 0.8529 0.7838 0.8788 5.71e-17 8bd3:f, 7pi0:F, 7pi0:f, 7pi5:F, 7pi5:f, 7pin:F, 7pin:f, 7pin:F1, 7pin:f1, 7piw:F, 7piw:f, 7piw:F1, 7piw:f1, 7pnk:F, 7pnk:f
4 3jcu:F 32 32 0.8235 0.8750 0.8750 5.02e-16 8c29:F, 8c29:f, 3jcu:f, 5xnl:F, 5xnl:f, 5xnm:F, 5xnm:f, 6yp7:f, 6yp7:F
5 8wql:fD 37 33 0.8235 0.7568 0.8485 1.03e-15 7n8o:F, 7n8o:f, 7rcv:F, 7rcv:f, 8tow:F, 8tow:f, 6wj6:F, 8wql:FD, 8wql:FE, 8wql:F1, 8wql:f1, 8wql:fE
6 3kzi:F 38 33 0.8235 0.7368 0.8485 1.61e-15 3a0b:F, 3a0b:f, 3a0h:F, 3a0h:f, 2axt:F, 2axt:f, 5b5e:F, 5b5e:f, 5b66:F, 5b66:f, 7cji:F, 7cji:f, 7cjj:F, 7cjj:f, 7cou:F, 7cou:f, 7czl:F, 7d1t:F, 7d1t:f, 7d1u:F, 7d1u:f, 6dhe:F, 6dhe:f, 6dhf:F, 6dhf:f, 6dhg:F, 6dhg:f, 6dhh:F, 6dhh:f, 6dho:F, 6dho:f, 6dhp:F, 6dhp:f, 5e79:F, 5e79:f, 5e7c:F, 5e7c:f, 7eda:F, 9evx:F, 9evx:f, 8ez5:F, 8ez5:f, 8f4c:F, 8f4c:f, 8f4d:F, 8f4d:f, 8f4e:F, 8f4e:f, 8f4f:F, 8f4f:f, 8f4g:F, 8f4g:f, 8f4h:F, 8f4h:f, 8f4i:F, 8f4i:f, 8f4j:F, 8f4j:f, 8f4k:F, 8f4k:f, 4fby:F, 4fby:S, 8gn0:F, 8gn0:f, 8gn1:F, 8gn1:f, 8gn2:F, 8gn2:f, 5gth:F, 5gth:f, 5gti:F, 5gti:f, 5h2f:F, 5h2f:f, 4il6:F, 4il6:f, 8ir5:F, 8ir5:f, 8ir6:F, 8ir6:f, 8ir7:F, 8ir7:f, 8ir8:F, 8ir8:f, 8ir9:F, 8ir9:f, 8ira:F, 8ira:f, 8irb:F, 8irb:f, 8irc:F, 8irc:f, 8ird:F, 8ird:f, 8ire:F, 8ire:f, 8irf:F, 8irf:f, 8irg:F, 8irg:f, 8irh:F, 8irh:f, 8iri:F, 8iri:f, 4ixq:F, 4ixq:f, 4ixr:F, 4ixr:f, 6jlj:F, 6jlj:f, 6jlk:F, 6jlk:f, 6jll:F, 6jll:f, 6jlm:F, 6jlm:f, 6jln:F, 6jln:f, 6jlo:F, 6jlo:f, 6jlp:F, 6jlp:f, 5kaf:F, 5kaf:f, 5kai:F, 5kai:f, 5mx2:F, 5mx2:f, 7nho:F, 7nhp:F, 7nhq:F, 4pbu:F, 4pbu:f, 4pj0:F, 4pj0:f, 7rf1:F, 7rf1:f, 7rf2:F, 7rf2:f, 7rf3:F, 7rf3:f, 7rf4:F, 7rf4:f, 7rf5:F, 7rf5:f, 7rf6:F, 7rf6:f, 7rf7:F, 7rf7:f, 7rf8:F, 7rf8:f, 4rvy:F, 4rvy:f, 1s5l:F, 1s5l:f, 5tis:F, 5tis:f, 4tnh:F, 4tnh:f, 4tni:F, 4tni:f, 4tnj:F, 4tnj:f, 4tnk:F, 4tnk:f, 4ub6:F, 4ub6:f, 4ub8:F, 4ub8:f, 5v2c:F, 5v2c:f, 4v62:AF, 4v62:BF, 4v82:AF, 4v82:BF, 6w1o:F, 6w1o:f, 6w1p:F, 6w1p:f, 6w1q:F, 6w1q:f, 6w1r:F, 6w1r:f, 6w1t:F, 6w1t:f, 6w1u:F, 6w1u:f, 6w1v:F, 6w1v:f, 1w5c:F, 1w5c:L, 5ws5:F, 5ws5:f, 5ws6:F, 5ws6:f, 3wu2:F, 3wu2:f, 7yq2:F, 7yq2:f, 7yq7:F, 7yq7:f, 5zzn:F, 5zzn:f
7 6jlu:F 32 32 0.7647 0.8125 0.8125 6.94e-15 8iwh:f, 8iwh:F, 8j5k:F, 8j5k:f, 6jlu:f, 4yuu:F2
8 8eqm:F 30 30 0.6471 0.7333 0.7333 1.88e-12 8eqm:f, 7sa3:F
9 7ymi:F 30 30 0.5588 0.6333 0.6333 3.16e-09 7ymi:f, 7ymm:1F, 7ymm:2F, 7ymm:3F, 7ymm:4F
10 4iv6:B 383 35 0.3235 0.0287 0.3143 2.1 4iv6:A
11 6qwi:A 448 17 0.2647 0.0201 0.5294 4.8 1bgg:B, 1bgg:C, 1bgg:D, 1e4i:A, 6qwi:B, 6r4k:A, 6r4k:B, 1uyq:A
12 6jlu:E 79 21 0.2647 0.1139 0.4286 5.6 8iwh:e, 8iwh:E, 6j3y:E, 6j3y:e, 6j3z:E, 6j3z:e, 6j40:E, 6j40:e, 8j5k:E, 8j5k:e, 6jlu:e, 7vd5:E, 7vd5:e, 8wb4:E, 8wb4:e, 8xlp:e, 8xlp:E, 8xr6:E, 8xr6:e, 7y5e:EL, 7y5e:E6, 7y5e:e6, 7y5e:eL, 7y7a:E9, 7y7a:e9, 7y7a:EE, 7y7a:eE, 7y7a:EO, 7y7a:eO, 7y7a:EZ, 7y7a:eZ, 7y7a:Em, 7y7a:em
13 3a0b:E 82 21 0.2647 0.1098 0.4286 6.0 3a0b:e, 3a0h:E, 3a0h:e, 2axt:E, 2axt:e, 5b5e:E, 5b5e:e, 5b66:E, 5b66:e, 7cji:E, 7cji:e, 7cjj:E, 7cjj:e, 7cou:E, 7cou:e, 7czl:e, 7czl:E, 7d1t:E, 7d1t:e, 7d1u:E, 7d1u:e, 6dhe:E, 6dhe:e, 6dhf:E, 6dhf:e, 6dhg:E, 6dhg:e, 6dhh:E, 6dhh:e, 6dho:E, 6dho:e, 6dhp:E, 6dhp:e, 7dxa:e, 7dxh:e, 5e79:E, 5e79:e, 5e7c:E, 5e7c:e, 7eda:E, 9evx:E, 9evx:e, 8ez5:E, 8ez5:e, 8f4c:E, 8f4c:e, 8f4d:E, 8f4d:e, 8f4e:E, 8f4e:e, 8f4f:E, 8f4f:e, 8f4g:E, 8f4g:e, 8f4h:E, 8f4h:e, 8f4i:E, 8f4i:e, 8f4j:E, 8f4j:e, 8f4k:E, 8f4k:e, 4fby:E, 4fby:R, 8gn0:E, 8gn0:e, 8gn1:E, 8gn1:e, 8gn2:E, 8gn2:e, 5gth:E, 5gth:e, 5gti:E, 5gti:e, 5h2f:E, 5h2f:e, 4il6:E, 4il6:e, 8ir5:E, 8ir5:e, 8ir6:E, 8ir6:e, 8ir7:E, 8ir7:e, 8ir8:E, 8ir8:e, 8ir9:E, 8ir9:e, 8ira:E, 8ira:e, 8irb:E, 8irb:e, 8irc:E, 8irc:e, 8ird:E, 8ird:e, 8ire:E, 8ire:e, 8irf:E, 8irf:e, 8irg:E, 8irg:e, 8irh:E, 8irh:e, 8iri:E, 8iri:e, 4ixq:E, 4ixq:e, 4ixr:E, 4ixr:e, 1izl:E, 6jlj:E, 6jlj:e, 6jlk:E, 6jlk:e, 6jll:E, 6jll:e, 6jlm:E, 6jlm:e, 6jln:E, 6jln:e, 6jlo:E, 6jlo:e, 6jlp:E, 6jlp:e, 5kaf:E, 5kaf:e, 5kai:E, 5kai:e, 3kzi:E, 5mx2:E, 5mx2:e, 7nho:E, 7nhp:E, 7nhq:E, 4pbu:E, 4pbu:e, 4pj0:E, 4pj0:e, 7rf1:E, 7rf1:e, 7rf2:E, 7rf2:e, 7rf3:E, 7rf3:e, 7rf4:E, 7rf4:e, 7rf5:E, 7rf5:e, 7rf6:E, 7rf6:e, 7rf7:E, 7rf7:e, 7rf8:E, 7rf8:e, 4rvy:E, 4rvy:e, 1s5l:E, 1s5l:e, 5tis:E, 5tis:e, 4tnh:E, 4tnh:e, 4tni:E, 4tni:e, 4tnj:E, 4tnj:e, 4tnk:E, 4tnk:e, 4ub6:E, 4ub6:e, 4ub8:E, 4ub8:e, 5v2c:E, 5v2c:e, 4v62:AE, 4v62:BE, 4v82:AE, 4v82:BE, 6w1o:E, 6w1o:e, 6w1p:E, 6w1p:e, 6w1q:E, 6w1q:e, 6w1r:E, 6w1r:e, 6w1t:E, 6w1t:e, 6w1u:E, 6w1u:e, 6w1v:E, 6w1v:e, 1w5c:E, 1w5c:K, 5ws5:E, 5ws5:e, 5ws6:E, 5ws6:e, 3wu2:E, 3wu2:e, 7yq2:E, 7yq2:e, 7yq7:E, 7yq7:e, 5zzn:E, 5zzn:e
14 3jcu:E 79 21 0.2353 0.1013 0.3810 6.2 8c29:E, 8c29:e, 3jcu:e, 5mdx:e, 5mdx:E, 7oui:E, 7oui:e, 5xnl:E, 5xnl:e, 5xnm:E, 5xnm:e, 6yp7:e, 6yp7:E
15 4za2:D 247 26 0.2059 0.0283 0.2692 6.2
16 8bd3:E 81 19 0.2059 0.0864 0.3684 8.0 8bd3:e, 6kac:E, 6kac:e, 6kad:E, 6kad:e, 6kaf:E, 6kaf:e, 7pi0:E, 7pi0:e, 7pi5:E, 7pi5:e, 7pin:E, 7pin:e, 7pin:E1, 7pin:e1, 7piw:E, 7piw:e, 7piw:E1, 7piw:e1, 7pnk:E, 7pnk:e, 8r2i:E
17 8kde:E 78 19 0.2353 0.1026 0.4211 9.7 8zee:E

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218