Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
VWKEATTTLFCASDAKAYDTEVHNVWATHACVPTDPNPQEVKLENVTENFNMWKNNMVEQMHEDIISLWDQSLKPCVKLT
GGSVITQACPKVSFEPIPIHYCAPAGFAILKCNDKKFNGTGPCTNVSTVQCTHGIRPVVSTQLLLNGSLAEEEIVIRSEN
FTNNAKTIIVQLNESVVINCTRPNNGDIRQAHCNLSKTQWENTLEQIAIKLKEQFGNNKTIIFNPSSGGDPEIVTHSFNC
GGEFFYCNSTQLFTWNDTRKLTGRNITLPCRIKQIINMWQEVGKAMYAPPIRGQIRCSSNITGLLLTRDGGNGTEIFRPG
GGDMRDNWRSELYKYKVVKIE

The query sequence (length=341) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 4laj:A 343 343 1.0000 0.9942 0.9942 0.0 4dvr:G, 2i5y:G, 2i5y:P, 2i60:G, 2i60:P, 4jzw:G, 4jzw:A, 4jzz:A, 4k0a:A, 4ka2:A, 4laj:J, 4laj:F, 4laj:B, 4r4f:A, 1yyl:G, 1yyl:P, 1yym:G, 1yym:P
2 6opp:A 389 365 0.8886 0.7789 0.8301 0.0 6opo:A, 6opo:D, 6opo:J, 6opp:D, 6opp:J, 6opq:A, 6opq:D, 6opq:E, 5vn3:G, 5vn3:I, 5vn3:J
3 6meo:G 398 387 0.8592 0.7362 0.7571 0.0 6met:G
4 6x5b:A 353 347 0.8475 0.8187 0.8329 0.0 6opn:A, 6opn:D, 6opn:G, 6x5b:D, 6x5b:J, 6x5c:A, 6x5c:D, 6x5c:E
5 4r4n:B 342 345 0.8065 0.8041 0.7971 0.0 4r4n:A, 4r4n:E, 4r4n:I, 4r4n:M, 4r4n:P, 4r4n:S, 4r4n:V
6 3tgs:A 345 348 0.7947 0.7855 0.7787 0.0 5f4l:A, 5f4l:B, 5f4p:D, 5f4p:A, 5f4r:A, 5f4r:C, 5f4u:A, 5f4u:B, 8fly:A, 8fly:B, 8fly:C, 8fly:D, 8flz:A, 8flz:D, 8flz:B, 8flz:C, 8fm0:B, 8fm0:A, 8fm0:C, 8fm0:D, 8fm2:D, 8fm2:B, 8fm2:A, 8fm2:C, 8fm3:A, 8fm3:C, 8fm3:D, 8fm3:B, 8fm4:B, 8fm4:D, 8fm4:A, 8fm4:C, 8fm5:D, 8fm5:A, 8fm5:C, 8fm5:B, 8fm7:A, 8fm7:B, 8fm7:C, 8fm7:D, 8fm8:C, 8fm8:D, 8fm8:A, 8fm8:B, 4i53:A, 4i53:B, 7rsx:C, 7rsx:B, 7rsx:A, 7rsx:D, 7rsy:A, 7rsy:B, 7rsy:C, 7rsy:D, 7rsz:B, 7rsz:A, 7rsz:C, 7rsz:D, 3tgs:B, 7tjo:D, 7tjo:A, 7tjo:C, 7tjo:B, 7tjp:A, 7tjp:B, 7tjp:D, 7tjp:C
7 4xmp:G 337 345 0.8035 0.8131 0.7942 0.0
8 6edu:D 401 394 0.8651 0.7357 0.7487 0.0 6edu:E, 6edu:F
9 6cm3:D 372 358 0.7947 0.7285 0.7570 0.0 6cm3:E, 6cm3:F, 7lo6:C, 7lo6:A, 7lo6:E, 7lok:A, 7lok:C, 7lok:E, 6u0l:B, 6u0l:C, 6u0n:A, 6u0n:C
10 5w4l:G 357 347 0.7859 0.7507 0.7723 0.0 6bf4:G, 8dcq:A, 4dko:A, 4dko:C, 4dkp:A, 4dkp:C, 4dkq:A, 4dkr:A, 4dkr:C, 4dku:A, 4dku:B, 4dkv:A, 4dkv:B, 4dvs:A, 4dvs:B, 4dvt:A, 4dvt:B, 4dvv:A, 4dvv:B, 4dvw:A, 4dvw:B, 4dvx:A, 4dvx:B, 8f9z:A, 8fa0:A, 8gcz:A, 8gd0:A, 8gd1:A, 8gd3:A, 8gd5:A, 8gdj:A, 8gdk:A, 8gjt:A, 4i54:A, 4i54:B, 5kjr:G, 4lsq:G, 6mfp:G, 6mfp:A, 6mg7:G, 7n8q:G, 3ngb:G, 3ngb:A, 3ngb:D, 3ngb:I, 6one:A, 6onf:A, 6onh:A, 6onv:A, 6ooo:A, 6p9n:A, 4rfn:G, 4rfn:A, 4rfo:G, 4rz8:A, 4rz8:B, 4rz8:C, 4rz8:D, 3se9:G, 5u6e:A, 5u6e:B, 5uem:G, 6usw:A, 6ut1:A, 5w4l:A, 6w4m:G
11 7txd:A 397 377 0.8006 0.6877 0.7241 0.0 7txd:E
12 4j6r:G 343 352 0.7859 0.7813 0.7614 0.0
13 5fa2:A 336 341 0.7507 0.7619 0.7507 0.0
14 5te4:G 341 349 0.7478 0.7478 0.7307 0.0
15 8czz:A 440 421 0.7830 0.6068 0.6342 6.23e-180 8czz:E, 8czz:I
16 1gc1:G 297 309 0.7361 0.8451 0.8123 6.18e-178
17 8d53:G 446 423 0.7830 0.5987 0.6312 3.11e-177
18 8tgw:A 387 407 0.7801 0.6873 0.6536 2.58e-174
19 7n6u:B 595 285 0.6716 0.3849 0.8035 3.43e-158 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
20 7n6u:B 595 80 0.2258 0.1294 0.9625 1.76e-46 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
21 8fae:A 468 295 0.6745 0.4915 0.7797 2.77e-157 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
22 8fae:A 468 80 0.2287 0.1667 0.9750 2.50e-48 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
23 6ch9:G 448 285 0.6628 0.5045 0.7930 7.10e-153 6mug:G
24 6ch9:G 448 80 0.2258 0.1719 0.9625 6.98e-48 6mug:G
25 8d0y:G 455 287 0.5982 0.4484 0.7108 3.19e-139 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
26 8d0y:G 455 87 0.2141 0.1604 0.8391 3.90e-44 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
27 7lu9:e 461 310 0.5953 0.4403 0.6548 3.40e-135 7lu9:f
28 7lu9:e 461 80 0.2082 0.1540 0.8875 8.96e-45 7lu9:f
29 6pwu:A 615 288 0.5836 0.3236 0.6910 1.34e-133 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
30 6pwu:A 615 80 0.2111 0.1171 0.9000 1.46e-44 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
31 5fyj:G 479 289 0.5689 0.4050 0.6713 2.34e-129
32 5fyj:G 479 80 0.2082 0.1482 0.8875 1.99e-44
33 7mxd:A 472 290 0.5630 0.4068 0.6621 6.62e-129 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
34 7mxd:A 472 94 0.2170 0.1568 0.7872 3.36e-44 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
35 6tyb:G 345 356 0.3636 0.3594 0.3483 1.53e-62 3fus:A
36 7t4g:A 493 293 0.2610 0.1805 0.3038 1.75e-35 7t4g:C, 7t4g:E
37 7t4g:A 493 91 0.1085 0.0751 0.4066 4.86e-11 7t4g:C, 7t4g:E
38 6j6o:A 192 63 0.0528 0.0938 0.2857 0.17 6j6p:A
39 4z67:A 309 41 0.0381 0.0421 0.3171 1.8 6e13:A, 3jxp:A, 1xto:A, 4z5y:A, 4z5z:A, 4z60:A, 4z6x:A
40 8qjp:A 250 88 0.0674 0.0920 0.2614 3.8 8qjl:A, 8qjm:A, 8qjm:B, 8qjn:A, 8qjn:B, 8qjo:A, 8qjo:B, 8qjp:B, 8qjq:A, 8qjq:B
41 6rmw:C 386 50 0.0411 0.0363 0.2800 3.8 6rmd:D, 6rme:A, 6rme:B, 6rme:C, 6rme:D, 6rme:E, 6rme:F, 6rme:G, 6rme:H, 6rmw:A, 6rmw:B, 6rmw:D, 6rmw:E, 6rmw:F, 6rmw:G, 6rmw:H
42 8hud:A 767 50 0.0323 0.0143 0.2200 4.3
43 5xg3:B 374 27 0.0264 0.0241 0.3333 4.9 5h67:A, 5xg3:A
44 2bty:A 282 46 0.0411 0.0496 0.3043 6.1 2bty:B, 2bty:C
45 2q04:A 211 31 0.0352 0.0569 0.3871 6.2 2q04:B, 2q04:C, 2q04:F
46 5w2i:A 239 38 0.0381 0.0544 0.3421 8.1 6m88:A, 6m89:A, 6m8a:A, 6m8b:A, 6m8c:A, 6m8d:A, 6m8e:A, 5w2h:A
47 3atp:A 151 34 0.0235 0.0530 0.2353 8.6 3atp:B
48 6lu0:A 937 62 0.0440 0.0160 0.2419 9.5

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218