Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
VWKDADTTLFCASDAKAHETEVHNVWATHACVPTDPNPQEIHLENVTENFNMWKNNMVEQMQEDVISLWDQSLQPCVKLS
VIKQACPKISFDPIPIHYCTPAGYVILKCNDKNFNGTGPCKNVSSVQCTHGIKPVVSTQLLLNGSLAEEEIIIRSENLTN
NAKTIIVHLNKSVEINCTRPSNGDIRKAYCEINGTKWNKVLKQVTEKLKEHFNNKTIIFQPPSGGDLEITMHSFNCRGEF
FYCNTTQLFNNTCINGTITLPCKIKQIINMWQGTGQAMYAPPIDGKINCVSNITGILLTRDGGANNTSNETFRPGGGNIK
DNWRSELYKYKVVQIE

The query sequence (length=336) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 5w4l:G 357 344 1.0000 0.9412 0.9767 0.0 6bf4:G, 8dcq:A, 4dko:A, 4dko:C, 4dkp:A, 4dkp:C, 4dkq:A, 4dkr:A, 4dkr:C, 4dku:A, 4dku:B, 4dkv:A, 4dkv:B, 4dvs:A, 4dvs:B, 4dvt:A, 4dvt:B, 4dvv:A, 4dvv:B, 4dvw:A, 4dvw:B, 4dvx:A, 4dvx:B, 8f9z:A, 8fa0:A, 8gcz:A, 8gd0:A, 8gd1:A, 8gd3:A, 8gd5:A, 8gdj:A, 8gdk:A, 8gjt:A, 4i54:A, 4i54:B, 5kjr:G, 4lsq:G, 6mfp:G, 6mfp:A, 6mg7:G, 7n8q:G, 3ngb:G, 3ngb:A, 3ngb:D, 3ngb:I, 6one:A, 6onf:A, 6onh:A, 6onv:A, 6ooo:A, 6p9n:A, 4rfn:G, 4rfn:A, 4rfo:G, 4rz8:A, 4rz8:B, 4rz8:C, 4rz8:D, 3se9:G, 5u6e:A, 5u6e:B, 5uem:G, 6usw:A, 6ut1:A, 5w4l:A, 6w4m:G
2 8d53:G 446 419 0.8780 0.6614 0.7041 0.0
3 4r4n:B 342 342 0.7619 0.7485 0.7485 0.0 4r4n:A, 4r4n:E, 4r4n:I, 4r4n:M, 4r4n:P, 4r4n:S, 4r4n:V
4 4laj:A 343 348 0.7887 0.7726 0.7615 0.0 4dvr:G, 2i5y:G, 2i5y:P, 2i60:G, 2i60:P, 4jzw:G, 4jzw:A, 4jzz:A, 4k0a:A, 4ka2:A, 4laj:J, 4laj:F, 4laj:B, 4r4f:A, 1yyl:G, 1yyl:P, 1yym:G, 1yym:P
5 3tgs:A 345 350 0.7827 0.7623 0.7514 0.0 5f4l:A, 5f4l:B, 5f4p:D, 5f4p:A, 5f4r:A, 5f4r:C, 5f4u:A, 5f4u:B, 8fly:A, 8fly:B, 8fly:C, 8fly:D, 8flz:A, 8flz:D, 8flz:B, 8flz:C, 8fm0:B, 8fm0:A, 8fm0:C, 8fm0:D, 8fm2:D, 8fm2:B, 8fm2:A, 8fm2:C, 8fm3:A, 8fm3:C, 8fm3:D, 8fm3:B, 8fm4:B, 8fm4:D, 8fm4:A, 8fm4:C, 8fm5:D, 8fm5:A, 8fm5:C, 8fm5:B, 8fm7:A, 8fm7:B, 8fm7:C, 8fm7:D, 8fm8:C, 8fm8:D, 8fm8:A, 8fm8:B, 4i53:A, 4i53:B, 7rsx:C, 7rsx:B, 7rsx:A, 7rsx:D, 7rsy:A, 7rsy:B, 7rsy:C, 7rsy:D, 7rsz:B, 7rsz:A, 7rsz:C, 7rsz:D, 3tgs:B, 7tjo:D, 7tjo:A, 7tjo:C, 7tjo:B, 7tjp:A, 7tjp:B, 7tjp:D, 7tjp:C
6 6cm3:D 372 353 0.7589 0.6855 0.7224 0.0 6cm3:E, 6cm3:F, 7lo6:C, 7lo6:A, 7lo6:E, 7lok:A, 7lok:C, 7lok:E, 6u0l:B, 6u0l:C, 6u0n:A, 6u0n:C
7 6meo:G 398 383 0.7857 0.6633 0.6893 0.0 6met:G
8 4j6r:G 343 347 0.7649 0.7493 0.7406 0.0
9 7txd:A 397 374 0.7649 0.6474 0.6872 0.0 7txd:E
10 6opp:A 389 364 0.7708 0.6658 0.7115 0.0 6opo:A, 6opo:D, 6opo:J, 6opp:D, 6opp:J, 6opq:A, 6opq:D, 6opq:E, 5vn3:G, 5vn3:I, 5vn3:J
11 5fa2:A 336 336 0.7321 0.7321 0.7321 0.0
12 4xmp:G 337 340 0.7560 0.7537 0.7471 0.0
13 6x5b:A 353 345 0.7530 0.7167 0.7333 0.0 6opn:A, 6opn:D, 6opn:G, 6x5b:D, 6x5b:J, 6x5c:A, 6x5c:D, 6x5c:E
14 6edu:D 401 390 0.7560 0.6334 0.6513 5.95e-178 6edu:E, 6edu:F
15 5te4:G 341 345 0.7202 0.7097 0.7014 3.33e-177
16 7mxd:A 472 289 0.6994 0.4979 0.8131 8.11e-161 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
17 7mxd:A 472 80 0.2173 0.1547 0.9125 2.95e-47 7mxd:F, 7mxd:G, 7n28:A
18 6ch9:G 448 425 0.7202 0.5402 0.5694 2.11e-159 6mug:G
19 1gc1:G 297 304 0.6369 0.7205 0.7039 2.62e-154
20 8tgw:A 387 405 0.6964 0.6047 0.5778 1.48e-153
21 8czz:A 440 282 0.6429 0.4909 0.7660 6.79e-152 8czz:E, 8czz:I
22 8czz:A 440 80 0.2143 0.1636 0.9000 1.57e-46 8czz:E, 8czz:I
23 7n6u:B 595 425 0.6637 0.3748 0.5247 6.77e-140 5fuu:A, 5fuu:D, 5fuu:E, 5fuu:F, 6j5e:K, 7n6u:C, 7n6u:A, 7n6w:A, 7n6w:B, 7n6w:C, 6olp:C, 7ska:B, 7ska:O, 7ska:Z, 6vpx:C, 5y14:C, 5y14:A, 5y14:B, 5yc0:B, 5yc0:C, 5yc0:F
24 8d0y:G 455 431 0.6726 0.4967 0.5244 1.09e-139 5cez:G, 6ch8:G, 6de7:G, 5i8h:A, 5i8h:C, 7l7u:A, 7l7u:C, 7l7u:E, 6mtj:G, 6mtn:G, 6mu6:G, 6mu7:G, 6mu8:G, 7pc2:A, 7rai:A, 7rai:C, 7rai:E, 8s2e:E, 5t3z:G, 8tjr:B, 8tjr:C, 8tjs:G, 8tjs:N, 8tjs:O, 8ttw:E, 8ttw:I, 8ttw:A, 4tvp:G, 5u7m:G, 5u7o:G, 7ucf:G, 5utf:G, 5v7j:G, 4zmj:G
25 7lu9:e 461 292 0.5952 0.4338 0.6849 4.70e-138 7lu9:f
26 7lu9:e 461 80 0.2024 0.1475 0.8500 2.75e-42 7lu9:f
27 8fae:A 468 295 0.5863 0.4209 0.6678 2.84e-133 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
28 8fae:A 468 80 0.2054 0.1474 0.8625 3.06e-43 8fad:C, 8fad:E, 8fad:A, 8fae:C, 8fae:E
29 5fyj:G 479 289 0.5536 0.3883 0.6436 1.73e-128
30 5fyj:G 479 80 0.2054 0.1441 0.8625 2.48e-43
31 6pwu:A 615 287 0.5387 0.2943 0.6307 1.32e-125 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
32 6pwu:A 615 80 0.2024 0.1106 0.8500 8.70e-43 6j5e:I, 6ulc:C, 6ulc:A, 3vtp:C, 5yb2:E, 5yb2:F, 5yb2:D, 5yb2:A, 5yb2:B, 5yb2:C, 5yb2:M, 5yb3:E, 5yb3:F, 5yb3:D, 5yc0:A, 5yc0:D, 5yc0:E, 5z0w:E, 5zcx:A, 5zpw:A, 5zpw:E, 5zpw:C
33 6tyb:G 345 359 0.3661 0.3565 0.3426 2.29e-60 3fus:A
34 7t4g:A 493 296 0.2738 0.1866 0.3108 1.61e-36 7t4g:C, 7t4g:E
35 7t4g:A 493 94 0.1101 0.0751 0.3936 8.74e-11 7t4g:C, 7t4g:E
36 4pyu:A 76 45 0.0536 0.2368 0.4000 0.19 4pyu:B, 4pyu:G, 4pyu:K, 4pyu:O, 4pyu:S, 8q7n:s
37 6qfo:A 1348 127 0.0833 0.0208 0.2205 1.4 8a19:A, 8a1a:A, 6qep:A, 6qev:B, 6qfk:A, 6sh9:B, 2zxq:A
38 1fay:A 236 29 0.0357 0.0508 0.4138 3.2 1f9k:A, 1f9k:B, 1fay:B, 1fay:C, 1fay:D, 1fay:E, 1fay:F, 1fay:G, 1fay:H
39 7s7b:F 352 39 0.0357 0.0341 0.3077 4.0 7s7b:B, 7s7c:B
40 3atp:A 151 37 0.0268 0.0596 0.2432 5.7 3atp:B
41 6rmw:C 386 48 0.0446 0.0389 0.3125 8.0 6rmd:D, 6rme:A, 6rme:B, 6rme:C, 6rme:D, 6rme:E, 6rme:F, 6rme:G, 6rme:H, 6rmw:A, 6rmw:B, 6rmw:D, 6rmw:E, 6rmw:F, 6rmw:G, 6rmw:H
42 5h3z:B 1113 52 0.0446 0.0135 0.2885 9.5 5h40:A, 5h40:B, 5h41:A, 5h41:B, 5h42:A, 5h42:B

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218