Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VTCLVCRKGDNDEFLLLCDGCDRGCHIYCHRPKMEAVPEGDWFCTVCLAQ

The query sequence (length=50) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4q6f:A 56 50 1.0000 0.8929 1.0000 4.63e-33 6fap:A, 6fap:B, 6fap:C, 6fap:D, 6fhu:A, 6fhu:B, 6fhu:D, 6fhu:C, 6fi0:A, 6fi0:B, 6fi0:C, 6fi0:D, 6fkp:A, 6fkp:D, 6fkp:C, 6fkp:B, 4q6f:B, 4q6f:C, 4q6f:D, 4qf2:A, 4qf2:B, 4qf2:C, 4qf2:D, 5t8r:D, 5t8r:A, 5t8r:B, 5t8r:C
2 6fhq:A 58 50 0.6800 0.5862 0.6800 5.18e-24 6fhq:B, 6fi1:A, 6fi1:B, 4qf3:A, 4qf3:B
3 2mny:A 55 49 0.5000 0.4545 0.5102 1.27e-12 2mnz:A
4 5vab:A 54 47 0.4800 0.4444 0.5106 2.20e-12
5 7klo:A 59 49 0.4600 0.3898 0.4694 3.59e-12 7klr:A
6 5b79:A 118 46 0.4800 0.2034 0.5217 5.28e-12 5vdc:A
7 2miq:A 94 48 0.4000 0.2128 0.4167 1.22e-11
8 5szb:A 115 46 0.4400 0.1913 0.4783 4.23e-11 5i3l:A, 5i3l:B, 2kwj:A, 2kwk:A, 2kwn:A, 2kwo:A, 5szc:A
9 1f62:A 51 47 0.4200 0.4118 0.4468 6.61e-11
10 2e6r:A 92 46 0.4400 0.2391 0.4783 8.74e-11
11 9atn:A 98 45 0.4000 0.2041 0.4444 1.34e-09
12 6oie:B 111 50 0.4400 0.1982 0.4400 1.07e-08 6oie:A, 5u2j:B, 5u2j:A
13 4lk9:A 126 50 0.4200 0.1667 0.4200 3.04e-08 5b75:A, 5b76:A, 5b77:A, 5b78:A, 4ljn:A, 4lka:A, 4llb:A, 4llb:B, 2ln0:A, 6lsb:A, 3v43:A
14 6ryr:W 708 45 0.3600 0.0254 0.4000 4.17e-08 2l75:A, 1mm2:A, 6q3m:D, 6ryu:W, 6ryu:V
15 2ysm:A 111 45 0.3600 0.1622 0.4000 6.52e-08
16 2ke1:A 66 46 0.4000 0.3030 0.4348 1.23e-07 2kft:A, 1xwh:A
17 2l5u:A 61 45 0.4000 0.3279 0.4444 8.12e-07
18 5hh7:A 192 45 0.3800 0.0990 0.4222 1.31e-06
19 7xga:A 126 47 0.4000 0.1587 0.4255 1.74e-06 6vfo:A
20 2puy:B 60 48 0.4000 0.3333 0.4167 2.30e-06 2puy:A
21 2yql:A 56 48 0.4000 0.3571 0.4167 3.03e-06
22 3u5m:E 173 45 0.3800 0.1098 0.4222 3.58e-06
23 3u5o:C 195 45 0.3800 0.0974 0.4222 4.57e-06 8bd8:A, 8bd9:A, 8bdy:A, 5mr8:A, 3u5m:A, 3u5m:B, 3u5m:C, 3u5m:D, 3u5m:F, 3u5m:G, 3u5m:H, 3u5m:I, 3u5m:K, 3u5m:J, 3u5m:L, 3u5n:A, 3u5n:B, 3u5o:A, 3u5o:B, 3u5o:D, 3u5o:E, 3u5o:F, 3u5o:G, 3u5o:H, 3u5p:A, 3u5p:B, 3u5p:C, 3u5p:D, 3u5p:E, 3u5p:F, 3u5p:G, 3u5p:H, 7zdd:A
24 1mm3:A 61 45 0.4000 0.3279 0.4444 8.91e-06
25 2e6s:A 77 47 0.3800 0.2468 0.4043 1.23e-05
26 6ieu:A 170 45 0.3800 0.1118 0.4222 2.14e-05 6iet:A
27 3o36:A 184 45 0.3600 0.0978 0.4000 2.37e-05 7b9x:A, 5h1t:A, 5h1t:B, 5h1t:C, 5h1t:D, 5h1u:B, 5h1u:A, 5h1u:C, 5h1u:D, 5h1v:A, 5h1v:B, 3o33:A, 3o33:B, 3o33:C, 3o33:D, 3o34:A, 3o35:B, 3o35:A, 3o36:B, 3o37:A, 3o37:B, 3o37:C, 3o37:D, 4yab:A, 4yab:B, 4yad:A, 4yad:B, 4yat:A, 4yat:B, 4yax:A, 4yax:B, 4ybm:A, 4ybm:B, 4ybs:A, 4ybt:A, 4yc9:A, 4zql:A, 4zql:B
28 7ebk:A 183 45 0.3800 0.1038 0.4222 5.09e-05 7ebj:A
29 4gy5:A 215 47 0.3600 0.0837 0.3830 9.50e-05 3ask:A, 3ask:B, 3ask:D, 3asl:A, 3db3:A, 7fb7:B, 4gy5:B, 6iiw:A, 2lgg:A, 2lgk:A, 2lgl:A, 4qqd:A, 4qqd:B, 3shb:A, 3sou:A, 3sou:B, 3sow:A, 3sow:B, 3sox:A, 3sox:B, 3t6r:B, 3t6r:A, 8wms:A, 5xpi:A, 5yy9:A, 5yy9:B, 3zvy:A, 3zvy:B, 3zvz:B
30 6q3m:C 219 45 0.3600 0.0822 0.4000 1.09e-04 6q3m:A, 6q3m:B
31 6guu:B 204 45 0.3400 0.0833 0.3778 1.65e-04 6guu:A
32 1fp0:A 88 47 0.3200 0.1818 0.3404 7.19e-04
33 8hxx:N 375 44 0.2800 0.0373 0.3182 7.29e-04 8hxy:N, 8hy0:N, 8i3f:B, 8jho:N, 8tof:G, 8w9c:E, 8w9d:E, 8w9e:E, 8w9f:E
34 8ihn:M 357 44 0.2800 0.0392 0.3182 8.96e-04 8kd4:E
35 2ro1:A 189 45 0.3200 0.0847 0.3556 0.001
36 2l43:A 80 50 0.3400 0.2125 0.3400 0.001 2ku3:A
37 7yi2:D 321 44 0.2800 0.0436 0.3182 0.002 7yi0:D, 7yi3:D, 7yi4:D, 7yi5:D
38 8kd6:E 301 44 0.2800 0.0465 0.3182 0.002 8kd2:E
39 4tvr:A 222 46 0.3400 0.0766 0.3696 0.003
40 8w9c:F 156 44 0.2800 0.0897 0.3182 0.003 8hxx:P, 8hy0:P, 8jho:P, 8w9d:F, 8w9e:F, 8w9f:F
41 8i02:F 235 36 0.2800 0.0596 0.3889 0.006
42 6u04:A 168 49 0.3200 0.0952 0.3265 0.010 5erc:A
43 5tdr:A 70 47 0.3200 0.2286 0.3404 0.011 5tdw:A
44 4ptb:A 178 45 0.3600 0.1011 0.4000 0.014 5fb0:A, 5fb0:C, 5fb1:A, 6g5n:A, 6g5n:B, 6g5p:A, 6g5p:B, 4ptb:B, 5pwc:A, 5pwc:B, 5pwd:A, 5pwd:B, 5pwe:A, 5pwe:B, 5pwf:A, 5pwf:B, 5pwg:A, 5pwg:B, 5pwh:A, 5pwh:B, 5pwi:A, 5pwi:B, 5pwj:A, 5pwj:B, 5pwk:A, 5pwk:B, 5pwl:A, 5pwl:B, 5pwm:A, 5pwm:B, 5pwn:A, 5pwn:B, 5pwo:A, 5pwo:B, 5pwp:A, 5pwp:B, 5pwq:A, 5pwq:B, 5pwr:A, 5pwr:B, 5pws:A, 5pws:B, 5pwt:A, 5pwt:B, 5pwu:A, 5pwu:B, 5pwv:A, 5pwv:B, 5pww:A, 5pww:B, 5pwx:A, 5pwx:B, 5pwy:A, 5pwy:B, 5pwz:A, 5pwz:B, 5px0:A, 5px0:B, 5px1:A, 5px1:B, 5px2:A, 5px2:B, 5px3:A, 5px3:B, 5px4:A, 5px4:B, 5px5:A, 5px5:B, 5px6:A, 5px6:B, 5px7:A, 5px7:B, 5px8:A, 5px8:B, 5px9:A, 5px9:B, 5pxa:A, 5pxa:B, 5pxb:A, 5pxb:B, 5pxc:A, 5pxc:B, 5pxd:A, 5pxd:B, 5pxe:A, 5pxe:B, 5pxf:A, 5pxf:B, 5pxg:A, 5pxg:B, 5pxh:A, 5pxh:B, 5pxi:A, 5pxi:B, 5pxj:A, 5pxj:B, 5pxk:A, 5pxk:B, 5pxl:A, 5pxl:B, 5pxm:A, 5pxm:B, 5pxn:A, 5pxn:B, 5pxo:A, 5pxo:B, 5pxp:A, 5pxp:B, 5pxq:A, 5pxq:B, 5pxr:A, 5pxr:B, 5pxs:A, 5pxs:B, 5pxt:A, 5pxt:B, 5pxu:A, 5pxu:B, 5pxv:A, 5pxv:B, 5pxw:A, 5pxw:B, 5pxx:A, 5pxx:B, 5pxy:A, 5pxy:B, 5pxz:A, 5pxz:B, 5py0:A, 5py0:B, 5py1:A, 5py1:B, 5py2:A, 5py2:B, 5py3:A, 5py3:B, 5py4:A, 5py4:B, 5py5:A, 5py5:B, 5py6:A, 5py6:B, 5py7:A, 5py7:B, 5py8:A, 5py8:B, 5py9:A, 5py9:B, 5pya:A, 5pya:B, 5pyb:A, 5pyb:B, 5pyc:A, 5pyc:B, 5pyd:A, 5pyd:B, 5pye:A, 5pye:B, 5pyf:A, 5pyf:B, 5pyg:A, 5pyg:B, 5pyh:A, 5pyh:B, 5pyi:A, 5pyi:B, 5pyj:A, 5pyj:B, 5pyk:A, 5pyk:B, 5pyl:A, 5pyl:B, 5pym:A, 5pym:B, 5pyn:A, 5pyn:B, 5pyo:A, 5pyo:B, 5pyp:A, 5pyp:B, 5pyq:A, 5pyq:B, 5pyr:A, 5pyr:B, 5pys:A, 5pys:B, 5pyt:A, 5pyt:B, 5pyu:A, 5pyu:B, 5pyv:A, 5pyv:B, 5pyw:A, 5pyw:B, 5pyx:A, 5pyx:B, 5pyy:A, 5pyy:B, 5pyz:A, 5pyz:B, 5pz0:A, 5pz0:B, 5pz1:A, 5pz1:B, 5pz2:A, 5pz2:B, 5pz3:A, 5pz3:B, 5pz4:A, 5pz4:B, 5pz5:A, 5pz5:B, 5pz6:A, 5pz6:B, 5pz7:A, 5pz7:B, 5pz8:A, 5pz8:B, 5pz9:A, 5pz9:B, 5pza:A, 5pza:B, 5pzb:A, 5pzb:B, 5pzc:A, 5pzc:B, 5pzd:A, 5pzd:B, 5pze:A, 5pze:B, 5pzf:A, 5pzf:B, 5pzg:A, 5pzg:B, 5pzh:A, 5pzh:B, 5pzi:A, 5pzi:B, 5pzj:A, 5pzj:B
45 5b73:A 313 46 0.4000 0.0639 0.4348 0.039 4cos:A, 7cwh:B, 5y1z:C, 5y1z:D
46 7yi0:F 120 35 0.2600 0.1083 0.3714 0.043
47 8ge0:A 188 49 0.3400 0.0904 0.3469 0.050 8gdx:A, 8ge0:B, 8ge0:C
48 8bpa:C 213 48 0.3400 0.0798 0.3542 0.067 8c60:C
49 8bpa:C 213 43 0.2800 0.0657 0.3256 0.088 8c60:C
50 8bpb:C 126 43 0.2800 0.1111 0.3256 0.078 8bpc:C
51 2yt5:A 66 51 0.2600 0.1970 0.2549 0.094
52 7mju:A 184 45 0.3200 0.0870 0.3556 0.15 5dag:A, 5dah:B, 5dah:A
53 6j2p:A 98 46 0.3000 0.1531 0.3261 0.19 6j2p:B, 6j2p:D, 6j2p:C
54 7oik:A 4426 46 0.2800 0.0032 0.3043 0.19 7oim:A, 6tax:A, 6tay:A
55 6g8r:B 164 45 0.3800 0.1159 0.4222 0.23 2md7:B, 2md8:C
56 5xfr:A 309 53 0.3000 0.0485 0.2830 0.30 5xfr:B
57 7kwo:A 1200 34 0.2800 0.0117 0.4118 0.43
58 2k16:A 75 48 0.3000 0.2000 0.3125 0.56 5c13:A, 5c13:C, 5c13:E, 5c13:G, 2k17:A, 5wxg:A, 5wxh:C, 5wxh:A, 5xmy:A, 5xmy:C
59 4jc0:A 424 23 0.1800 0.0212 0.3913 0.80 4jc0:B
60 5uw3:D 698 28 0.2200 0.0158 0.3929 1.4 5uw5:D, 5uw6:D, 5uw7:A, 5uw7:B, 5uzw:D
61 5o3w:B 717 28 0.2200 0.0153 0.3929 1.4 5o3u:A, 5o3u:B, 5o3u:C, 5o3u:D, 5o3v:B, 5o3v:A, 5o3w:A, 5o3w:C, 5o3w:D, 5uw3:A, 5uw3:B, 5uw3:C, 5uw5:A, 5uw5:B, 5uw5:C, 5uw6:A, 5uw6:B, 5uw6:C, 5uzw:A, 5uzw:B, 5uzw:C
62 7mo5:B 36 13 0.1800 0.2500 0.6923 2.3
63 5xfo:A 315 37 0.2600 0.0413 0.3514 3.0 8h43:A, 8h43:B, 8h43:C, 4hcz:A, 4hcz:B, 7lky:B, 7lky:H, 7lky:A, 7lky:C, 7lky:D, 7lky:E, 7lky:F, 7lky:G, 6wat:AA, 6wat:AC, 6wat:BA, 6wat:BC, 6wat:CA, 6wat:CC, 6wat:DA, 6wat:DC, 6wat:EC, 6wat:EA, 6wat:FA, 6wat:FC, 6wat:GA, 6wat:GC, 6wat:HA, 6wat:HC, 6wat:IA, 6wat:IC, 6wat:JA, 6wat:JC, 6wat:KA, 6wat:KC, 6wat:OC, 6wat:LA, 6wat:LC, 6wat:MA, 6wat:MC, 6wat:NA, 6wat:NC, 6wat:OA, 6wav:A, 6wav:C, 6wav:B, 6wav:D, 5xfn:A, 5xfp:B, 5xfp:A, 5xfp:E, 5xfq:A, 5xfq:B
64 9c0o:A 63 22 0.1800 0.1429 0.4091 3.3
65 5tab:A 53 43 0.2600 0.2453 0.3023 4.0
66 5y20:A 52 32 0.2400 0.2308 0.3750 6.0
67 1civ:A 374 15 0.1600 0.0214 0.5333 7.3
68 7z6e:C 534 23 0.1400 0.0131 0.3043 8.0 7z6e:A, 7z6e:B, 7z6e:D, 7z6e:E
69 2dek:A 265 23 0.2200 0.0415 0.4783 8.1 2dsg:A, 2dsh:A, 2dsi:A, 2dv3:A, 2dv4:A, 2dv5:A, 2dv7:A, 2dxv:A, 2dxw:A, 2dxx:A, 2e07:A, 2e08:A, 2e15:A, 2e16:A, 2e17:A, 2e4n:A, 2e4r:A, 2e7r:A, 2e8h:A, 2e8q:A, 2e8r:A, 2e8s:A, 2ed3:A, 2ed5:A, 2eeq:A, 2egb:A, 2egl:A, 2egs:A, 2eh2:A, 2eh4:A, 2eh5:A, 2ehc:A, 2ehl:A, 2ejj:A, 2ejk:A, 2ejz:A, 2ejz:B, 2ek2:A, 2ek3:A, 2ek4:A, 2ek7:A, 2eka:A, 2el0:A, 2el1:A, 2el2:A, 2el3:A, 2eld:A, 2ele:A, 2emr:A, 2emu:A, 2en5:A, 2eni:A, 2hr8:A, 2huq:A, 2hut:A, 2huv:A, 2hux:A, 2owf:A, 2owg:A, 2owk:A, 2owu:A, 2owv:A, 2p2x:A, 2p2x:B, 2p5c:A, 2p5f:A, 2p6d:A, 2p6i:A, 2p6k:A, 2p6l:A, 2p9d:A, 2pb4:A, 2pb5:A, 2pb6:A, 2pca:A, 2pcg:A, 2pch:A, 2pci:A, 2pck:A, 2pcm:A, 1vce:A, 1wng:A, 2z6r:A
70 5n9d:B 866 24 0.1600 0.0092 0.3333 9.3 5n8r:A, 5n8r:B, 5n8s:A, 5n8s:B, 5n8u:A, 5n8u:B, 5n8z:A, 5n8z:B, 5n90:A, 5n90:B, 5n94:A, 5n94:B, 5n96:A, 5n96:B, 5n98:A, 5n98:B, 5n9a:A, 5n9a:B, 5n9d:A, 5n9e:A, 5n9e:B, 5n9f:A, 5n9f:B
71 8f8y:B 433 45 0.3000 0.0346 0.3333 9.5 8f8y:A, 8f8z:A, 8f8z:B, 3kqi:A, 7m10:A, 3pu3:A, 3pu3:B, 3pu8:B, 3pu8:A, 3pua:A, 3pus:A, 3pus:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218