Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VSKANVPKIDVSPLFGDDQAAKMRVAQQIDAASRDTGFFYAVNHGINVQRLSQKTKEFHMSITPEEKWDLAIRAYNKEHQ
DQVRAGYYLSIPGKKAVESFCYLNPNFTPDHPRIQAKTPTHEVNVWPDETKHPGFQDFAEQYYWDVFGLSSALLKGYALA
LGKEENFFARHFKPDDTLASVVLIRYPYLDPYPEAAIKTAADGTKLSFEWHEDVSLITVLYQSNVQNLQVETAAGYQDIE
ADDTGYLINCGSYMAHLTNNYYKAPIQRVKWVNAERQSLPFFVNLGYDSVIDPFDPREPNGKSDREPLSYGDYLQNGLVS
LINKNGQT

The query sequence (length=328) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8bbb:A 331 328 0.9970 0.9879 0.9970 0.0 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
2 6lsv:A 338 298 0.2317 0.2249 0.2550 5.11e-13 6lsv:B
3 8y4u:A 298 307 0.2348 0.2584 0.2508 1.09e-12
4 8cvc:A 327 295 0.2165 0.2171 0.2407 7.65e-12 8cv8:A, 8cv9:A, 8cva:A, 8cvb:A, 8cvd:A, 8cve:A, 8cvf:A, 8cvg:A, 8cvh:A
5 6tto:A 311 287 0.2073 0.2186 0.2369 2.95e-10 6ttm:A, 6ttn:A
6 5c3q:A 335 338 0.2409 0.2358 0.2337 2.24e-09 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
7 1gp6:A 349 284 0.2012 0.1891 0.2324 1.11e-08 2brt:A, 1gp4:A, 1gp5:A
8 6xjj:A 291 314 0.2104 0.2371 0.2197 1.69e-08
9 5c3q:B 311 327 0.2226 0.2347 0.2232 2.59e-07 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
10 5tcv:A 299 293 0.2134 0.2341 0.2389 1.05e-06 1wa6:X
11 5gja:A 299 294 0.2073 0.2274 0.2313 1.28e-05 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
12 5o9w:A 356 315 0.2073 0.1910 0.2159 1.18e-04
13 1uof:A 267 74 0.0671 0.0824 0.2973 0.001 1e5i:A, 1hjg:A, 1rxf:A, 1uog:A
14 7e38:A 313 82 0.0732 0.0767 0.2927 0.022 8ci9:C, 7e37:A, 7e37:B, 7e38:B
15 1unb:A 288 90 0.0701 0.0799 0.2556 0.028 1e5h:A, 1hjf:A, 2jb8:A, 1rxg:A, 1uo9:A, 1uob:A, 1w2a:X, 1w2n:A, 1w2o:A
16 6ku3:B 318 275 0.1768 0.1824 0.2109 0.047 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
17 7xfz:A 241 47 0.0457 0.0622 0.3191 0.22 7xg0:A, 7xg1:A, 7xg2:A, 7xg3:A, 7xg4:A
18 7qb6:A 164 91 0.0884 0.1768 0.3187 0.74 4gy9:A, 4jhg:A, 4jhh:A, 4jhi:A
19 2qhf:A 392 48 0.0549 0.0459 0.3750 3.9 2o12:A
20 4ltw:A 251 75 0.0762 0.0996 0.3333 7.4 4fn9:A, 4fn9:B, 4fne:A, 2q1h:A, 2q1v:A, 2q3y:A
21 5er9:A 394 48 0.0457 0.0381 0.3125 7.4 5eqd:A, 5eqd:B, 5er9:B, 5f3r:A
22 3ugv:F 364 43 0.0366 0.0330 0.2791 9.4 3ugv:A, 3ugv:B, 3ugv:C, 3ugv:D, 3ugv:E, 3ugv:G, 3ugv:H
23 3irb:A 137 34 0.0366 0.0876 0.3529 9.6 3irb:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218