Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VSEDLKDALSTFQQTFVVSDATKPDYPIMYASAGFFNMTGYTSKEVVGRNCRFLQGSGTDADELAKIRETLAAGNNYCGR
ILNYKKDGTSFWNLLTIAPIKDESGKVLKFIGMQVEVSKHT

The query sequence (length=121) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 2z6c:A 121 121 1.0000 1.0000 1.0000 3.37e-89 2z6c:B
2 2z6d:A 118 118 0.7025 0.7203 0.7203 2.42e-63 2z6d:B
3 8j68:A 129 114 0.6198 0.5814 0.6579 5.80e-54 8i11:A, 8il9:A, 8iyn:A
4 8qi8:A 110 107 0.5124 0.5636 0.5794 3.48e-44 1n9l:A, 1n9n:A, 1n9o:A, 8qi9:A, 8qia:A, 8qib:A, 8qif:A, 8qig:A, 8qih:A, 8qii:A, 8qik:A, 8qil:A, 8qim:A, 8qin:A, 8qio:A, 8qip:A, 8qiq:A, 8qir:A, 8qis:A, 8qit:A, 8qiu:A, 8qiv:A, 8qiw:A
5 6i21:A 135 115 0.4793 0.4296 0.5043 2.45e-38 6i20:A, 6i20:B, 6i20:C, 6i20:D, 6i22:A, 6i22:B, 6i22:C, 6i22:D, 6i23:A, 6i23:B, 6i24:A, 6i25:A
6 6t74:B 141 113 0.4628 0.3972 0.4956 5.22e-38 5a8b:A, 5a8b:B, 5a8b:C, 5a8b:D, 5dkk:A, 5dkk:B, 5dkl:A, 5dkl:B, 6t73:A, 6t73:B, 6t73:C, 6t74:A
7 3ue6:E 138 115 0.4380 0.3841 0.4609 1.57e-36 3ue6:A, 3ue6:B, 3ue6:C, 3ue6:D, 3ue6:F, 3ulf:A, 3ulf:B, 3ulf:C, 3ulf:D, 3ulf:E, 3ulf:F
8 8pm1:A 109 105 0.4298 0.4771 0.4952 2.73e-35 7ab6:A, 7ab6:B, 7ab7:A, 7ab7:B, 8pky:A, 8pky:B, 8pm1:B, 6rhf:A, 6rhf:B, 6rhg:A, 6rhg:B, 6y7r:A, 6y7r:B, 6y7u:A, 6y7u:B, 6ywg:A, 6ywg:B, 6ywh:A, 6ywh:B, 6ywi:A, 6ywi:B, 6ywq:A, 6ywq:B, 6ywr:B, 6ywr:A, 6yx4:A, 6yx4:B, 6yx6:A, 6yx6:B, 6yxb:A, 6yxb:B, 6yxb:C, 6yxb:D, 6yxc:A, 6yxc:B
9 4hhd:A 152 116 0.3884 0.3092 0.4052 1.09e-31 4hhd:B
10 4eeu:A 109 103 0.3636 0.4037 0.4272 8.14e-31 7aby:A, 4eet:D, 4nxb:A, 4nxb:B, 4nxe:A, 4nxe:B, 4nxf:A, 4nxf:B, 4nxg:A, 4nxg:B
11 1g28:A 104 104 0.3802 0.4423 0.4423 8.24e-30 1g28:B, 1g28:C, 1g28:D, 1jnu:A, 1jnu:B, 1jnu:C, 1jnu:D
12 7qf2:AAA 117 104 0.3554 0.3675 0.4135 8.33e-30 8a2v:A, 8a2w:A, 8a2w:B, 8a4e:A, 4eep:A, 4eer:A, 4ees:A, 4eet:B, 6gpu:A, 6gpv:A, 8q5f:A, 8q5f:B, 7qf3:AAA, 7qf4:AAA, 7qf5:AAA, 6qqh:A, 6qqi:A, 6qqj:A, 6qqk:A, 6qsa:A, 6s45:A, 6s46:A
13 2wkp:A 320 116 0.3802 0.1437 0.3966 2.02e-29 6agp:A, 7ajk:BBB, 6bc1:A, 6bc1:B, 2c2h:A, 2c2h:B, 1ds6:A, 1e96:A, 2fju:A, 2g0n:A, 2g0n:B, 1g4u:R, 4gzl:A, 4gzl:B, 4gzm:A, 4gzm:B, 2h7v:A, 2h7v:B, 1he1:C, 1he1:D, 1hh4:A, 1hh4:B, 1i4d:D, 1i4l:D, 1i4t:D, 2ic5:A, 2ic5:B, 1mh1:A, 5n6o:A, 5n6o:B, 5o33:A, 2ov2:A, 2ov2:F, 2ov2:B, 2ov2:C, 2ov2:G, 2ov2:D, 2ov2:E, 2ov2:H, 2p2l:A, 2p2l:B, 2p2l:C, 8q0n:C, 2qme:A, 5qqd:A, 5qqe:A, 5qqf:A, 5qqg:A, 5qqh:A, 5qqi:A, 5qqj:A, 5qqk:A, 5qql:A, 5qqm:A, 5qqn:A, 2rmk:A, 1ryf:A, 1ryf:B, 1ryh:A, 1ryh:B, 3ryt:C, 3sbd:A, 3sbd:B, 3sbe:A, 3su8:A, 3sua:A, 3sua:B, 3sua:C, 3th5:A, 3th5:B, 7usd:F, 7use:F, 7use:G, 2w2t:A, 2w2v:A, 2w2v:B, 2w2v:C, 2w2v:D, 2w2x:A, 2w2x:B, 8wej:E, 2wkq:A, 2wkr:A
14 6gb3:A 120 105 0.3967 0.4000 0.4571 3.61e-28 6gay:A, 6gay:B, 6gba:A, 6gbv:A, 4kuk:A, 4kuo:A, 7zqu:A
15 5hzi:A 476 121 0.3802 0.0966 0.3802 4.94e-28 5djt:A, 5dju:A, 5dju:C, 5efw:A, 5hzi:B, 5hzj:A, 5hzj:B, 5hzk:B, 5hzk:D, 7pgx:AAA, 7pgy:AAA, 7pgz:AAA, 7ph0:AAA, 2v0u:A, 2v0w:A, 2v1a:A, 2v1b:A
16 6hmj:A 359 104 0.3471 0.1170 0.4038 7.90e-28 6hmj:B, 6hmj:C, 6hmj:D
17 5hzh:A 320 112 0.3636 0.1375 0.3929 1.00e-27
18 7tbq:A 375 116 0.3802 0.1227 0.3966 1.23e-27 7tal:A, 7tbn:A, 7tbq:B, 7tbq:C, 7tbq:D, 7tbq:E
19 2mwg:A 261 118 0.4132 0.1916 0.4237 2.13e-27 2mwg:B, 2pr5:A, 2pr5:B, 2pr6:A, 2pr6:B
20 7oo9:A 106 103 0.4132 0.4717 0.4854 4.20e-27 7oo9:B
21 4gcz:B 378 118 0.4132 0.1323 0.4237 2.62e-26 4gcz:A
22 6ph4:B 460 103 0.3471 0.0913 0.4078 2.69e-26 5epv:A, 5epv:B, 5epv:C, 5epv:D, 6ph2:A, 6ph2:B, 6ph2:C, 6ph2:D, 6ph3:A, 6ph3:B, 6ph3:C, 6ph3:D, 6ph4:A, 6pps:A, 6pps:B, 6pps:C, 6pps:D, 3t50:A, 3t50:B
23 8a5r:AAA 206 101 0.3967 0.2330 0.4752 7.14e-26 8a5s:AAA, 3p7n:A, 3p7n:B
24 7wa4:B 107 100 0.3719 0.4206 0.4500 9.15e-26
25 4wuj:C 145 109 0.3802 0.3172 0.4220 6.11e-25 4wuj:A, 4wuj:B, 4wuj:D
26 7tcd:A 436 108 0.3471 0.0963 0.3889 8.45e-25 4wf0:A, 4wf0:B
27 5svu:B 135 117 0.3636 0.3259 0.3761 2.31e-23 5svg:B, 5svg:A, 5svg:C, 5svg:D, 5svu:A, 5svu:C, 5svu:D, 5svv:D, 5svv:A, 5svv:B, 5svv:C, 5svw:B, 5svw:A, 5svw:C, 5svw:D, 6wle:B, 6wle:A, 6wle:C, 6wle:D, 6wle:E, 6wle:F, 6wle:G, 6wlp:B, 6wlp:A, 6wlp:C, 6wlp:D, 6wlp:E, 6wlp:F, 6wlp:G
28 4r3a:A 318 114 0.3306 0.1258 0.3509 3.07e-23 4r38:A, 4r38:B, 4r38:C, 4r38:D, 4r39:A, 4r39:B, 4r39:C, 4r39:D
29 7r56:A 137 107 0.3471 0.3066 0.3925 2.85e-22 8a33:A, 8a36:A, 8a36:B, 8a36:C, 8a36:D, 8a37:A, 6gg9:A, 6gg9:B, 6gg9:C, 6gg9:D, 5j3w:A, 5j3w:B, 5j3w:C, 5j3w:D, 5j4e:A, 5j4e:B, 5j4e:C, 5j4e:D, 8q5e:A, 8q5e:B, 7r4s:A, 7r4s:B, 7r4s:C, 7r4s:D, 3sw1:A, 3sw1:B
30 8c05:A 305 101 0.3058 0.1213 0.3663 2.89e-22
31 7yx0:A 166 104 0.3471 0.2530 0.4038 3.48e-22 7yx0:C
32 7a6p:A 149 103 0.2975 0.2416 0.3495 4.30e-22 7a6p:B
33 7r5n:B 151 104 0.3388 0.2715 0.3942 4.87e-21 7r5n:A
34 8a6x:B 368 104 0.3058 0.1005 0.3558 8.28e-21 8a3u:A, 8a52:A, 8a52:B, 8a6x:A, 8a7f:A, 8a7f:B, 8a7h:A, 8a7h:B
35 3hjk:A 150 112 0.3306 0.2667 0.3571 1.63e-20 6cny:A, 6cny:B, 6cny:C, 6cny:D, 3d72:A, 3d72:B, 3hji:A, 3hji:B, 3hjk:B, 3is2:A, 3is2:B, 2pd7:A, 2pd7:B, 2pd8:A, 2pd8:B, 2pdr:A, 2pdr:B, 2pdr:C, 2pdr:D, 3rh8:B, 3rh8:D
36 4r3a:B 278 105 0.2975 0.1295 0.3429 6.16e-19
37 7yid:A 660 101 0.2727 0.0500 0.3267 4.98e-16 7yid:B, 7yid:C, 7yid:D
38 4hj6:B 178 105 0.2810 0.1910 0.3238 1.06e-15 4hia:A, 4hia:B, 4hj3:A, 4hj3:B, 4hj4:A, 4hj4:B, 4hj6:A, 4hnb:A, 4hnb:B, 7ob0:A, 7ob0:B, 7ob0:C, 7ob0:D, 7obz:A, 7obz:B, 7obz:C, 7obz:D, 7obz:E, 7obz:F
39 2gj3:A 119 92 0.2479 0.2521 0.3261 2.97e-12 2gj3:B
40 3ewk:A 227 91 0.2149 0.1145 0.2857 4.50e-10
41 8dik:A 127 91 0.1736 0.1654 0.2308 6.57e-05 8dik:B
42 1d06:A 130 101 0.2231 0.2077 0.2673 0.34 1ew0:A
43 7ava:A 138 52 0.1488 0.1304 0.3462 0.72 8ao0:A, 9az7:A, 1kou:A, 6mhi:A, 6mhn:A, 6umz:A, 6un0:A
44 6lg0:B 444 34 0.1157 0.0315 0.4118 3.8 6lg0:A, 6lg0:C, 6lg0:D, 6lg0:E, 6lg0:F
45 1s66:L 119 84 0.1818 0.1849 0.2619 4.4 1s66:U, 1s67:L, 1s67:U, 1v9y:A, 1v9y:B, 1v9z:A, 1v9z:B, 1vb6:A, 1vb6:B
46 8tzc:A 872 33 0.1157 0.0161 0.4242 5.0
47 8rjf:A 424 32 0.1074 0.0307 0.4062 6.2 8rjf:B, 8rjf:C, 8rjf:D, 8rjf:E, 8rjf:F, 8rkd:F, 8rkd:A, 8rkd:C, 8rkd:D
48 5hsa:A 662 36 0.1157 0.0211 0.3889 6.5 5hsa:B, 5hsa:C, 5hsa:D, 5hsa:E, 5hsa:F, 5hsa:G, 5hsa:H, 5i68:A
49 8bx8:A 4453 41 0.1074 0.0029 0.3171 7.4 7k58:A, 7k5b:A, 7kek:A
50 5hb0:D 502 30 0.0992 0.0239 0.4000 9.1

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218