Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VSEAQARRAVADIFNSTLASSAIGAAWELGALDELRENGKLDVSDFAVRHDLHEPAVVGMFTALASVGIVRREGATVVVG
PYFDEANHHRSLFHWLNQGSGELFRRMPQVLPNENRTGKFYQLDAGAISYACREISERYFDPAFWAAVDGLGYTPTTVAD
LGSGSGERLIQIARRFPGVRGLGVDIADGAIAMAEKEVAAKGFGDQISFVRGDARTIDQVSARGEFAEVDLLTCFMMGHD
FWPRENCVQTLRKLRAAFPNVRRFLLGDATRTVGIPDRELPVFTLGFEFGHDMMGEYLPTLDEWDGVFEEGGWRCVKKHA
IDSLSVSVVFELE

The query sequence (length=333) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4kif:B 339 333 0.9940 0.9764 0.9940 0.0 4kib:A, 4kib:B, 4kic:A, 4kic:B, 4kif:A, 4kig:A, 4kig:B, 4m6x:A, 4m6x:B, 4m6y:A, 4m6y:B, 4m71:A, 4m71:B, 4m72:A, 4m72:B, 4m73:A, 4m73:B, 4m74:A, 4m74:B
2 8rpr:A 338 281 0.2222 0.2189 0.2633 1.37e-16 8ftr:A, 8fts:A, 8ftv:A, 8rww:A, 8rxf:A, 8rxg:A
3 6c5b:A 332 170 0.1532 0.1536 0.3000 2.16e-06 6c5b:B
4 5epe:A 248 182 0.1502 0.2016 0.2747 2.66e-06
5 8tjj:C 330 267 0.2132 0.2152 0.2659 8.12e-06 8tjj:A, 8tjj:B, 8tjj:D, 8tjk:A, 8tjk:B
6 8pha:A 450 114 0.0991 0.0733 0.2895 4.67e-05 8pha:B
7 7clf:A 335 125 0.1141 0.1134 0.3040 1.48e-04 7clf:B
8 5bp7:A 249 59 0.0751 0.1004 0.4237 1.53e-04 5bp7:B, 5bp7:C
9 5f8f:B 361 130 0.1261 0.1163 0.3231 1.93e-04 5f8e:A, 5f8e:B, 5f8f:A, 5f8f:C
10 7ud6:A 265 126 0.0931 0.1170 0.2460 2.97e-04 3a7d:A, 2cl5:A, 2cl5:B, 5fhq:A, 5fhr:A, 5fhr:B, 6gy1:A, 1h1d:A, 3hvh:A, 3hvi:A, 3hvj:A, 3hvj:B, 3hvk:A, 1jr4:A, 5k01:A, 5k03:A, 5k05:A, 5k05:B, 5k09:A, 5k09:B, 5k09:C, 5k09:D, 5k09:E, 5k09:F, 5k09:G, 5k09:H, 5k09:I, 5k09:J, 5k09:K, 5k09:L, 5k09:M, 5k09:N, 5k09:O, 5k09:P, 5k09:Q, 5k09:R, 5k09:S, 5k09:T, 5k09:U, 5k09:V, 5k09:W, 5k09:X, 5k0b:A, 5k0b:B, 5k0b:C, 5k0b:D, 5k0b:E, 5k0b:F, 5k0b:G, 5k0b:H, 5k0c:A, 5k0c:B, 5k0e:A, 5k0f:A, 5k0f:B, 5k0g:A, 5k0l:A, 5k0l:B, 5k0l:C, 5k0l:D, 5k0n:A, 5k0n:B, 5k0n:C, 5k0n:D, 6lfe:A, 5lqa:A, 5lqc:A, 5lqj:B, 5lqj:C, 5lqj:D, 5lqk:A, 5lqn:A, 5lqr:A, 5lqu:A, 5lqu:B, 5lr6:A, 5lr6:B, 5lr6:C, 5lr6:D, 3nw9:A, 3nwb:A, 3nwe:A, 3oe4:A, 3oe5:A, 3ozr:A, 3ozs:A, 3ozt:A, 4p58:A, 5p8w:A, 5p8w:B, 5p8w:C, 5p8x:A, 5p8y:A, 5p8z:A, 5p90:A, 5p91:A, 5p92:A, 5p93:A, 5p94:A, 5p95:A, 5p96:A, 5p97:A, 5p98:A, 5p99:A, 5p9a:A, 5p9b:A, 5p9c:A, 5p9d:A, 5p9e:A, 5p9n:A, 5p9o:A, 5p9p:A, 5p9q:A, 5p9r:A, 5p9r:B, 5p9s:A, 5p9t:A, 5p9u:A, 5p9v:A, 5p9w:A, 5p9x:A, 5p9y:A, 5p9z:A, 5pa0:A, 5pa1:A, 5pa2:A, 5pa3:A, 5pa4:A, 5pa5:A, 5pa6:A, 5pa7:A, 5pa7:B, 4pyl:A, 4pyn:A, 4pyo:A, 4pyo:B, 4pyq:A, 4pyq:B, 3r6t:A, 3s68:A, 3u81:A, 1vid:A, 7xgi:A, 7xjb:A, 7xjb:B, 7xjb:C, 7xjb:D, 2zth:A, 2zvj:A
11 6mro:A 194 85 0.0751 0.1289 0.2941 7.08e-04 8gdu:A
12 5m58:A 230 60 0.0661 0.0957 0.3667 7.82e-04 5m58:B
13 5k0g:B 220 126 0.0931 0.1409 0.2460 0.001 6aw7:A, 6aw7:B, 6aw8:A, 6aw8:B, 6aw8:C, 6aw9:A, 6aw9:B, 6aw9:C, 5k0j:A, 5k0j:B, 4p7k:A
14 5mgz:A 230 61 0.0631 0.0913 0.3443 0.002 5mgz:B
15 7wm6:A 240 95 0.0631 0.0875 0.2211 0.002 7wm6:C, 7wm6:D
16 1qzz:A 340 133 0.1231 0.1206 0.3083 0.002 1r00:A, 1xds:A, 1xds:B, 1xdu:A
17 5bxy:A 155 54 0.0631 0.1355 0.3889 0.002 5bxy:B
18 5dm2:A 258 119 0.0901 0.1163 0.2521 0.005 5dm1:A, 5dm4:A, 4kwc:A
19 3tm5:A 368 88 0.0841 0.0761 0.3182 0.006 3tlj:A, 3tlj:B, 3tm4:A, 3tm4:B, 3tm5:B
20 5aip:A 141 101 0.0871 0.2057 0.2871 0.009 5aip:B
21 6i71:A 353 128 0.0871 0.0822 0.2266 0.010 6i71:B, 6i72:A, 6i72:B, 6i73:A, 6i73:B, 6yjw:A, 6yjw:B
22 5dm0:B 272 82 0.0751 0.0919 0.3049 0.014 5dly:A, 5dm0:A, 4kvz:A
23 5fad:A 160 80 0.0691 0.1437 0.2875 0.016 5fa8:A
24 3dlc:A 219 115 0.1021 0.1553 0.2957 0.021
25 5icc:A 352 106 0.0811 0.0767 0.2547 0.025 5ice:A, 5icf:A
26 6hp2:A 297 57 0.0480 0.0539 0.2807 0.029
27 5dpl:A 520 42 0.0420 0.0269 0.3333 0.033 5doo:A, 5dpl:B
28 6uv6:C 264 57 0.0631 0.0795 0.3684 0.053 6uv6:A, 6uv6:B
29 7wdq:A 336 227 0.1622 0.1607 0.2379 0.076 7wdq:B, 7wdq:C, 7wdw:A, 7wdw:B, 7wdw:C, 7wdw:D
30 3lst:A 333 114 0.0961 0.0961 0.2807 0.079 3lst:B
31 6ms8:G 209 113 0.1111 0.1770 0.3274 0.12 6ms8:A, 6ms8:D, 6ms8:E, 6ms8:F
32 3gwz:A 339 289 0.2162 0.2124 0.2491 0.13 3gwz:D, 3gwz:C, 3gwz:B, 3gxo:A, 3gxo:D, 3gxo:C, 3gxo:B
33 3gdh:A 211 57 0.0601 0.0948 0.3509 0.20 3egi:A, 3egi:B, 3egi:C, 3egi:D, 3gdh:B, 3gdh:C
34 5dpd:A 511 79 0.0691 0.0450 0.2911 0.20 5dnk:A, 5dnk:B, 5dpd:B
35 7v6l:B 347 128 0.0871 0.0836 0.2266 0.24 7v6j:A, 7v6j:B, 7v6l:A
36 1kyw:C 361 130 0.0871 0.0803 0.2231 0.34 1kyw:F, 1kyz:A, 1kyz:C, 1kyz:E
37 5xoh:A 348 116 0.0691 0.0661 0.1983 0.34
38 5cvj:D 361 116 0.0781 0.0720 0.2241 0.41 5cvj:A, 5cvj:B, 5cvj:C, 5cvu:A, 5cvu:B, 5cvu:C, 5cvu:D, 5cvv:A, 5cvv:B, 3reo:A, 3reo:B, 3reo:C, 3reo:D, 3tky:A, 3tky:B, 3tky:C, 3tky:D
39 1gws:A 503 40 0.0511 0.0338 0.4250 0.42 2cvc:A, 1h29:A, 1h29:B, 1h29:C, 1h29:D
40 7nzi:A 207 86 0.0571 0.0918 0.2209 0.43 2fca:A, 2fca:B, 7nyb:A, 7nyb:B, 7nzi:B
41 8upk:A 739 184 0.1471 0.0663 0.2663 0.59 8uph:A, 8uph:B, 8upk:B, 8upm:A, 8upm:B
42 8joz:A 257 67 0.0571 0.0739 0.2836 0.79 4htf:A, 4htf:B
43 6uk5:A 240 98 0.0841 0.1167 0.2857 0.96 6uk5:B
44 1fp1:D 340 127 0.0931 0.0912 0.2441 0.99 1fpq:A
45 7bgg:A 216 108 0.0901 0.1389 0.2778 1.1 7ndm:A, 7nmk:A, 7noy:A
46 6dcb:A 225 104 0.0721 0.1067 0.2308 1.2 6dcc:A, 5una:C, 5una:A, 5una:B, 5una:D, 5una:E, 5una:F
47 1sg9:A 274 76 0.0721 0.0876 0.3158 1.3 1nv8:A, 1nv8:B, 1nv9:A, 1sg9:B, 1sg9:C, 1vq1:A, 1vq1:B
48 3vog:A 362 76 0.0661 0.0608 0.2895 1.9 3voh:A, 3voi:A
49 5i2h:A 335 109 0.0751 0.0746 0.2294 2.0 5i2h:B
50 2b3x:A 888 78 0.0691 0.0259 0.2949 2.1 2b3y:A, 2b3y:B
51 2vdv:E 216 91 0.0721 0.1111 0.2637 2.2 2vdv:F
52 5u1e:A 321 54 0.0571 0.0592 0.3519 2.8 5tyq:A, 5u0n:A, 5u0t:A, 5u18:A, 5u19:A, 5u1i:A, 5u4t:A
53 2ydc:A 217 117 0.0991 0.1521 0.2821 2.9 4wcc:A, 4wda:A, 4wdb:A, 4wdf:A, 4wdg:A, 4wfr:A, 2ydb:A, 2ydd:A, 2yoz:A, 2yp0:A, 2ypc:A, 2ype:A, 2yph:A, 2yq9:A, 3zbr:A, 3zbr:B, 3zbs:A, 3zbz:A
54 1l3i:A 186 55 0.0511 0.0914 0.3091 3.3 1l3i:B, 1l3i:C, 1l3i:D, 1l3i:E, 1l3i:F
55 8oz5:A 514 33 0.0420 0.0272 0.4242 3.5 8oz5:B, 8oz5:C, 8oz5:D, 8oz5:E, 8oz5:F, 8p02:A, 8p02:B, 8p02:C, 8p02:D, 8p02:E, 8p02:F, 8pmk:A, 8pmk:B, 8pmk:C, 8pmk:D, 8pmk:E, 8pmk:F
56 3snp:A 850 77 0.0691 0.0271 0.2987 3.5 3sn2:A, 3snp:B
57 4fce:A 441 67 0.0601 0.0454 0.2985 4.3
58 1woj:A 209 113 0.0871 0.1388 0.2566 4.3
59 8fjm:A 251 81 0.0691 0.0916 0.2840 4.6 8fjm:B, 8fjn:A
60 6p7e:C 672 73 0.0691 0.0342 0.3151 4.7 1sl0:A, 1sl0:C
61 4as2:A 327 77 0.0661 0.0673 0.2857 4.8 4as2:B, 4as2:C, 4as2:D, 4as3:A, 4as3:B, 4as3:C, 4as3:D
62 2ajq:A 704 73 0.0691 0.0327 0.3151 5.0 2ajq:F, 6n7w:H, 6p7e:A, 6p7e:B, 1t8e:A, 1tk0:A, 1tk8:A, 1tkd:A
63 1m6y:A 293 61 0.0511 0.0580 0.2787 5.5 1m6y:B, 1n2x:A, 1n2x:B
64 4u1q:A 341 98 0.0781 0.0762 0.2653 5.5 4u1q:B, 4u1q:C, 4u1q:D, 4x3q:A, 4x3q:B, 4x3q:C, 4x3q:D
65 8bir:A 321 113 0.0841 0.0872 0.2478 5.8 8big:A, 8big:B, 8big:C, 8big:D, 8big:E, 8big:F, 8big:G, 8big:H, 8bii:A, 8bii:B, 8bii:C, 8bii:D, 8bii:E, 8bii:F, 8bii:G, 8bii:H, 8bir:B
66 8ogi:B 465 22 0.0330 0.0237 0.5000 5.9
67 8r4z:A 341 116 0.0721 0.0704 0.2069 6.0 8r4z:B, 8rvc:A, 8rvc:B, 8rvs:A, 8rvs:B, 8rwm:A, 8rwm:B
68 4nec:B 244 63 0.0631 0.0861 0.3333 6.1 4nec:A, 4nec:C, 4nec:D
69 2b3t:A 276 50 0.0420 0.0507 0.2800 6.6 1t43:A
70 3p9i:A 357 43 0.0390 0.0364 0.3023 6.8 3p9c:A, 3p9i:B, 3p9i:C, 3p9i:D, 3p9k:A, 3p9k:B, 3p9k:C, 3p9k:D
71 7epu:B 748 43 0.0390 0.0174 0.3023 7.3 8b0a:K, 7enn:K, 7otq:K
72 3e8s:A 220 76 0.0781 0.1182 0.3421 8.0
73 8saz:H 126 48 0.0420 0.1111 0.2917 8.4 8saz:M, 8saz:C, 8sb0:C, 8sb0:H, 8sb0:M
74 3t7s:A 246 66 0.0541 0.0732 0.2727 8.4 3t7s:B, 3t7s:C, 3t7s:D, 3t7t:A, 3t7t:B, 3t7t:C, 3t7t:D
75 3cjt:A 254 77 0.0781 0.1024 0.3377 8.9 3cjq:A, 3cjq:D, 3cjq:G, 3cjr:A, 3cjt:C, 3cjt:E, 3cjt:G, 3cjt:I, 3cjt:K, 3cjt:M, 3cjt:O, 3egv:A, 2nxe:A, 2nxe:B, 2zbp:A, 2zbq:A, 2zbr:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218