Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VQQVQKKLAALEKQSGGRLGVALINTADNSQVLYRADERFAMCSTSKVMTAAAVLKQSETHDGILQQKMTIKKADLTNWN
PVTEKYVGNTMTLAELSAATLQYSDNTAMNKLLAHLGGPGNVTAFARSIGDTTFRLDRKEPELNTAIPGDERDTTSPLAM
AKSLRKLTLGDALAGPQRAQLVDWLKGNTTGGQSIRAGLPAHWVVGDKTGACDYGTTNDIAVIWPEDRAPLVLVTYFTQP
QQDAKWRKDVLAAAAKIVTEGK

The query sequence (length=262) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3bfc:A 262 262 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 3bfc:B, 3bfc:C, 3bfc:D, 3bff:A, 3bff:B, 3bff:C, 3bff:D, 3bfg:A, 3bfg:B, 3bfg:C, 3bfg:D
2 4bd0:A 261 258 0.7672 0.7701 0.7791 3.13e-148 5a92:A, 5a93:A, 4bd1:A, 4c3q:A, 6c79:A, 5g18:A, 1iyo:A, 1iyp:A, 1iyq:A, 1iys:A, 5kmw:A, 5ksc:A, 4x69:A, 4x69:B, 2zq8:A, 2zq9:A, 2zqa:A, 2zqc:A, 2zqd:A
3 7u48:A 264 258 0.7481 0.7424 0.7597 3.66e-146 7bh5:A, 7bh7:A, 8ehh:A, 5fa7:A, 5fa7:B, 5fao:A, 5fao:B, 5fap:B, 5fap:A, 4hbu:A, 6ity:A, 6ity:B, 6j2b:A, 6j2b:B, 6j2k:A, 6j2k:B, 6j2o:A, 6j2o:B, 6qw8:A, 4s2i:A, 4s2i:B, 6sp6:A, 5t66:A, 5t66:B, 7ti0:A, 7u48:B, 7u48:C, 7u49:A, 7u49:B, 7u49:C, 7u4b:A, 7u4b:B, 7u4b:C, 4xuz:A, 6z7k:A
4 6v7t:A 264 258 0.7519 0.7462 0.7636 5.02e-144 8b2o:A, 8b2v:A, 8b2w:A, 8b3m:A, 6bt6:A, 6bt6:B, 6bu3:A, 6bu3:B, 6cyq:A, 6cyq:B, 6cyq:C, 6cyq:D, 6cyq:E, 6cyq:F, 6cyq:G, 6cyq:H, 6cyu:A, 4dds:A, 4dds:B, 4ddy:A, 4ddy:B, 4de0:A, 4de0:B, 4de1:A, 4de1:B, 4de2:A, 4de2:B, 4de3:A, 4de3:B, 8ela:A, 8ela:B, 3g2y:A, 3g2y:B, 3g2z:A, 3g2z:B, 3g30:A, 3g31:A, 3g31:B, 3g32:A, 3g32:B, 3g34:A, 3g34:B, 3g35:A, 3g35:B, 6gth:A, 3hlw:A, 3hlw:B, 3huo:A, 3huo:B, 3hvf:A, 3hvf:B, 7k2w:A, 7k2y:A, 4len:A, 4len:B, 6md8:A, 6md8:B, 6mia:A, 6mia:B, 6mz1:A, 6mz1:B, 6mz2:A, 6mz2:B, 6ooe:A, 6ooe:B, 6oof:A, 6oof:B, 6ooh:A, 6ooh:B, 6ooj:A, 6ooj:B, 6ook:A, 6ook:B, 8pcl:A, 8pcm:A, 8pcn:A, 8pco:A, 8pcp:A, 8pcq:A, 8pcr:A, 8pcs:A, 8pct:A, 8pcu:A, 8pcv:A, 4pm5:A, 4pm7:A, 4pm9:A, 3q07:A, 3q07:B, 7q0y:A, 3q1f:A, 3q1f:B, 7q11:A, 8r7m:A, 7s0v:A, 5top:A, 5top:B, 5toy:B, 5toy:A, 5tw6:A, 5twe:A, 5u53:A, 7u70:A, 7u70:B, 4ua7:A, 4ua7:B, 4ua9:A, 4ua9:B, 4uaa:A, 4uaa:B, 5ujo:A, 5ujo:B, 6unb:A, 6unb:B, 6v7h:A, 6v7h:B, 6v7t:B, 6v83:A, 6v8v:A, 6vhs:A, 6vhs:B, 5vle:A, 5vle:B, 6vnu:A, 6vnu:B, 4xxr:A, 4xxr:B, 1ylj:A, 1ylp:A, 1ylt:A, 1yly:A, 1yly:B, 1ylz:A, 1ylz:B, 1ym1:A, 1ym1:B, 1yms:A, 1yms:B, 1ymx:A, 1ymx:B
5 6bpf:A 265 257 0.6260 0.6189 0.6381 4.72e-116
6 7doo:A 260 252 0.5878 0.5923 0.6111 3.35e-111 7ddm:A, 7doo:B, 7doo:C
7 8ix8:A 264 255 0.5725 0.5682 0.5882 7.81e-106 8ixx:A, 8iy4:A
8 6afn:A 268 246 0.5420 0.5299 0.5772 3.85e-96 6afp:A, 6afp:B, 5glb:A, 5gld:A
9 7ua7:A 271 243 0.5305 0.5129 0.5720 1.34e-93 7a61:A, 8aki:A, 8akj:A, 8akk:A, 8akl:A, 8akm:A, 6b1f:A, 6b1f:B, 6b1h:A, 6b1h:B, 6b1j:A, 6b1j:B, 6b1w:A, 6b1w:B, 6b1x:A, 6b1x:B, 6b1y:A, 6b1y:B, 6d15:A, 6d16:A, 6d17:A, 6d18:A, 6d19:A, 7e9a:A, 7e9a:B, 7e9a:C, 7e9a:D, 5eec:A, 5eec:B, 8g2r:A, 8g2t:A, 6j8q:A, 6j8q:B, 6j8q:C, 6j8q:D, 6jn3:A, 6jn3:D, 6jn3:B, 6jn3:C, 6jn4:A, 6jn4:D, 6jn4:B, 6jn4:C, 6jn5:A, 6jn5:D, 6jn5:B, 6jn5:C, 5ll7:A, 7llb:A, 7llb:B, 7llh:A, 7llh:B, 7lnl:A, 7lnl:B, 7lr9:A, 7lr9:B, 6m7i:A, 6mey:A, 5mgi:A, 6mll:A, 6mnp:A, 2ov5:A, 2ov5:B, 2ov5:C, 6qw9:A, 6qwa:A, 6qwb:A, 6qwc:A, 3rxw:A, 3rxx:A, 7tc1:A, 6td0:A, 6td1:A, 7ti2:A, 8tmr:A, 8tmt:A, 7u8s:A, 7u9b:A, 5uj3:A, 5uj4:A, 7utb:A, 6v1j:A, 6v7i:A, 7vqn:C, 7vqn:D, 6xd7:A, 6xj8:A, 6z23:A, 6z24:A, 6z25:A, 4zbe:A
10 6dmh:A 270 256 0.5267 0.5111 0.5391 6.16e-91 4euz:A, 4ev4:A
11 8ek9:A 266 246 0.5076 0.5000 0.5407 2.23e-90
12 6tww:A 266 255 0.5420 0.5338 0.5569 2.21e-85 5fqj:A, 5fqk:A, 6ty6:A, 6ty6:B, 6ty6:C
13 6wjm:A 269 240 0.4771 0.4647 0.5208 2.56e-83
14 8qnn:A 259 254 0.4847 0.4903 0.5000 3.53e-81
15 1bul:A 265 256 0.4733 0.4679 0.4844 1.23e-80
16 6w2z:B 261 254 0.4351 0.4368 0.4488 4.53e-72 6w2z:A
17 9bzq:A 271 249 0.4427 0.4280 0.4659 3.15e-71 9bzr:A
18 6mkq:A 262 259 0.4580 0.4580 0.4633 1.82e-70
19 5zft:A 258 251 0.4313 0.4380 0.4502 2.68e-68 4a5r:A, 4a5r:B, 3b3x:A, 3b3x:B, 5ghy:B, 5ghy:A, 5ghz:B, 5ghz:A, 1i2w:A, 1i2w:B, 3ly4:A, 3m2j:A, 3m2k:A, 3m2k:B, 4n9k:B, 4n9k:A, 4n9l:B, 4n9l:A, 3sh7:A, 3sh7:B, 3sh8:A, 3sh8:B, 3sh9:A, 3sh9:B, 2wk0:A, 2wk0:B, 2x71:A, 2y91:A, 2y91:B, 5zft:B, 5zg6:B, 5zg6:A
20 5nj2:A 272 259 0.4695 0.4522 0.4749 4.70e-68 7a72:A, 6b5y:A, 6b5y:B, 6b5y:C, 6b5y:D, 6b68:A, 6b68:B, 6b68:C, 6b68:D, 6b69:A, 6b69:B, 6b69:C, 6b69:D, 6b6a:A, 6b6a:B, 6b6a:C, 6b6a:D, 6b6c:A, 6b6d:A, 6b6e:A, 6b6f:A, 8btv:A, 8btw:A, 8bv4:A, 3cg5:A, 4df6:A, 3dwz:A, 4ebl:B, 4ebl:C, 4ebn:B, 4ebn:C, 4ebp:B, 4ebp:C, 8ebi:B, 8ebi:D, 8ebr:A, 8ebr:B, 8ebr:C, 8ebr:D, 8ec4:A, 8ec4:B, 8ec4:C, 8ec4:D, 8ecf:A, 8ecf:B, 8ecf:C, 8ecf:D, 8gcx:A, 8gcx:B, 8gcx:C, 8gcx:D, 6h2a:A, 6h2c:A, 6h2c:B, 6h2g:A, 6h2g:B, 6h2h:A, 6h2h:B, 6h2i:A, 6h2i:B, 6h2k:A, 6h2k:B, 3iqa:A, 7k8e:B, 7k8e:D, 7k8f:B, 7k8f:D, 7k8h:A, 7k8h:B, 7k8h:C, 7k8h:D, 7k8k:A, 7k8k:B, 7k8k:C, 7k8k:D, 3m6b:A, 3m6h:A, 6n14:A, 3n6i:A, 3n7w:A, 3n8l:A, 3n8r:A, 3n8s:A, 3nbl:A, 3nc8:A, 3nck:A, 3nde:A, 3ndg:A, 5nj2:B, 3ny4:A, 4q8i:A, 4qb8:A, 4qhc:A, 3vff:A, 3vff:B, 3vff:C, 3vff:D, 3vfh:B, 3vfh:C, 4x6t:A
21 3lez:A 260 254 0.4198 0.4231 0.4331 8.55e-68
22 5ne1:B 270 251 0.4580 0.4444 0.4781 2.55e-65 5ne2:A, 5ne2:B, 5ne3:A, 5ne3:B, 6qw7:A, 6qw7:B
23 8isq:A 261 245 0.4275 0.4291 0.4571 3.34e-65 8isp:A, 8isr:A, 8isr:B
24 8of9:A 254 242 0.4313 0.4449 0.4669 4.30e-65 8rqu:B
25 8jk3:B 267 255 0.4084 0.4007 0.4196 1.47e-61 5eph:A, 5eph:B, 5eph:C, 5eph:D, 5eua:A, 5eua:B
26 6h2a:C 248 259 0.4504 0.4758 0.4556 4.23e-60
27 2a3u:A 265 227 0.3702 0.3660 0.4273 2.15e-58 2a49:A, 3d4f:A, 5ee8:A, 4fcf:A, 4fd8:A, 4fh2:A, 4fh4:A, 4gd6:A, 4gd8:A, 4gdb:A, 2h0t:A, 2h0y:A, 2h10:A, 2h5s:A, 4jpm:A, 4mbf:A, 4mbh:A, 4mbk:A, 3mke:A, 3mkf:A, 3mxr:A, 3mxs:A, 1n9b:A, 1ong:A, 3oph:A, 3opl:A, 3opp:A, 3opr:A, 1q2p:A, 4r3b:A, 1rcj:A, 1shv:A, 1tdg:A, 1tdl:A, 3v50:A, 3v5m:A, 1vm1:A, 4zam:A, 2zd8:A
28 2v1z:A 270 219 0.3550 0.3444 0.4247 3.87e-56 1axb:A, 1bt5:A, 8de0:A, 8de0:B, 8de0:C, 8de0:D, 8de1:A, 8de1:B, 8de1:C, 8de1:D, 8de2:A, 8de2:B, 8de2:C, 8de2:D, 1erm:A, 1ero:A, 1erq:A, 1esu:A, 1fqg:A, 1jvj:A, 1jwv:A, 1jwz:A, 1li0:A, 1m40:A, 1nxy:A, 1ny0:A, 1nym:A, 1nyy:A, 4opz:A, 4oq0:A, 4oqg:A, 4oqg:B, 4oqg:C, 4oqg:D, 4oqg:F, 4oqh:A, 1pzo:A, 1pzp:A, 7qlp:A, 7qlp:C, 7qlp:D, 7qlp:E, 7qnk:A, 7qnk:B, 7qnk:C, 7qnk:D, 7qnk:E, 4rva:A, 1tem:A, 2v20:A, 1xpb:A
29 5f83:A 268 254 0.3702 0.3619 0.3819 2.15e-55 5f83:B, 4gog:A, 4gog:B, 4h8r:A, 4h8r:B, 3nia:A, 6q35:A, 6q35:B, 4qu3:A, 4qu3:B, 8v9g:A, 8v9g:B, 8v9h:A, 8v9h:B
30 1blc:A 257 255 0.3359 0.3424 0.3451 2.38e-47 1blh:A, 1ghi:A, 1ghm:A, 1ghp:A, 1kgg:A
31 4dxb:A 637 197 0.3282 0.1350 0.4365 3.08e-45 4dxb:B, 4dxc:A
32 4dxb:A 637 39 0.0496 0.0204 0.3333 1.3 4dxb:B, 4dxc:A
33 1alq:A 259 222 0.3053 0.3089 0.3604 3.98e-44
34 6nvu:A 277 256 0.2519 0.2383 0.2578 1.66e-20 5gs8:A, 5gwa:A, 6pq8:A, 5x5g:A
35 6d3g:C 281 227 0.2519 0.2349 0.2907 1.66e-18 6d3g:A, 6d3g:B, 6d3g:D
36 8eo6:A 268 268 0.2634 0.2575 0.2575 7.11e-17 8eo6:B
37 2jbf:D 274 211 0.2061 0.1971 0.2559 1.03e-06 2j8y:A, 2j8y:B, 2j8y:C, 2j8y:D, 2jbf:A, 2jbf:B, 2jbf:C
38 5hux:A 429 59 0.0687 0.0420 0.3051 1.6 5htp:A, 5hv7:A
39 5zqa:A 248 124 0.1298 0.1371 0.2742 3.3 5zqb:A, 5zqb:B, 5zqb:C, 5zqb:D, 5zqc:A, 5zqc:B, 5zqc:C, 5zqc:D, 5zqd:A, 5zqd:B, 5zqd:C, 5zqd:D, 5zqd:E, 5zqd:F, 5zqd:G, 5zqd:H, 5zqe:A, 5zqe:B, 5zqe:C, 5zqe:D, 5zqe:E, 5zqe:F, 5zqe:G, 5zqe:H
40 8htu:2 211 42 0.0649 0.0806 0.4048 7.1 8htu:6, 7ksq:2, 7kux:2, 6l35:2, 7xqp:2, 7xqp:6
41 2r02:A 697 30 0.0534 0.0201 0.4667 9.4 3c3o:A, 3c3q:A, 3c3r:A, 2r03:A, 2r05:A, 5v3r:A, 5wa1:A, 2xs1:A, 2xs8:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218