Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
VPRGSHMTSEVIEDEKQFYSKAKTYWKQIPPTVDGMLGGYGHISSIDINSSRKFLQRFLREGPNKTGTSCALDCGAGIGR
ITKRLLLPLFREVDMVDITEDFLVQAKTYLGEEGKRVRNYFCCGLQDFTPEPDSYDVIWIQWVIGHLTDQHLAEFLRRCK
GSLRPNGIIVIKDNMAQEGVILDDVDSSVCRDLDVVRRIICSAGLSLLAEERQENLPDEIYHVYSFALR

The query sequence (length=229) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 6dtn:B 233 229 0.9913 0.9742 0.9913 4.56e-169 5cvd:A, 5cvd:B, 5cve:A, 5cve:B, 5e1b:A, 5e1b:B, 5e1d:A, 5e1d:B, 5e1m:A, 5e1m:B, 5e1o:A, 5e1o:B, 5e2a:A, 5e2a:B, 5e2b:A, 5e2b:B, 2ex4:A, 2ex4:B, 7k3d:B, 7k3d:A, 6kdq:A, 6kdq:B, 6pva:B, 6pvb:B, 7ss1:A, 7ss1:B, 7u1m:A, 7u1m:B, 6wh8:B, 6wh8:A, 6wj7:B
2 6dub:A 222 221 0.4934 0.5090 0.5113 1.08e-82 6dub:B, 6kdr:A, 6kdr:B, 6kds:A, 5ubb:A
3 1xtp:A 246 225 0.3537 0.3293 0.3600 5.61e-45
4 7d8f:A 234 231 0.3886 0.3803 0.3853 2.69e-44 7d8d:A
5 4krh:A 430 133 0.1659 0.0884 0.2857 1.58e-06 4krh:B, 4kri:A, 4kri:B, 4kri:C
6 4krg:A 466 175 0.2009 0.0987 0.2629 1.60e-05 4krg:B
7 6wlf:B 434 158 0.1528 0.0806 0.2215 1.94e-04 6wlf:A
8 4iv8:A 245 140 0.1878 0.1755 0.3071 5.66e-04 4iv8:B
9 9fce:B 209 100 0.1485 0.1627 0.3400 0.001 9fce:A
10 3dtn:A 220 122 0.1354 0.1409 0.2541 0.002 3dtn:B
11 5wp5:A 463 114 0.1354 0.0670 0.2719 0.003 5wp5:B
12 1kyw:C 361 144 0.1397 0.0886 0.2222 0.005 1kyw:F, 1kyz:A, 1kyz:C, 1kyz:E
13 3e23:A 198 115 0.1354 0.1566 0.2696 0.006
14 4mwz:B 265 138 0.1747 0.1509 0.2899 0.007 4iv0:A, 4iv0:B, 4mwz:A
15 4ine:A 431 133 0.1441 0.0766 0.2481 0.011 4ine:B
16 7yf2:A 275 107 0.1310 0.1091 0.2804 0.020 8gze:B, 8gze:A, 8gzf:A, 8gzf:B, 7y9c:A, 7y9c:B, 7yf2:B, 7yf3:A, 7yf3:B, 7yf4:A, 7yf4:B
17 1qzz:A 340 116 0.1397 0.0941 0.2759 0.026 1r00:A, 1xds:A, 1xds:B, 1xdu:A
18 1tw2:B 350 68 0.0961 0.0629 0.3235 0.027 5eeg:A, 5eeg:B, 5eeh:A, 5eeh:B, 5eeh:C, 5jr3:A, 5jr3:B, 5jr3:C, 7owb:A, 7oy1:A, 7oy1:B, 7pga:A, 7pga:B, 7pga:C, 7pga:D, 7pgj:A, 7phd:A, 7phd:B, 7phe:A, 7phe:B, 7phf:A, 7phf:D, 7phf:C, 1tw2:A, 1tw3:A, 1tw3:B, 4wxh:A, 4wxh:B
19 3p9i:A 357 45 0.0655 0.0420 0.3333 0.045 3p9c:A, 3p9i:B, 3p9i:C, 3p9i:D, 3p9k:A, 3p9k:B, 3p9k:C, 3p9k:D
20 1ve3:B 226 151 0.1703 0.1726 0.2583 0.056 1ve3:A
21 3uj7:A 259 147 0.1572 0.1390 0.2449 0.070 4fgz:A, 4fgz:B, 4r6w:A, 4r6w:B, 4r6x:A, 4r6x:B, 3uj6:A, 3uj7:B, 3uj8:A, 3uj9:A, 3uja:A, 3ujb:A, 3ujb:B, 3ujc:A, 3ujd:A
22 7v6l:B 347 135 0.1310 0.0865 0.2222 0.071 7v6j:A, 7v6j:B, 7v6l:A
23 5cvj:D 361 108 0.0917 0.0582 0.1944 0.091 5cvj:A, 5cvj:B, 5cvj:C, 5cvu:A, 5cvu:B, 5cvu:C, 5cvu:D, 5cvv:A, 5cvv:B, 3reo:A, 3reo:B, 3reo:C, 3reo:D, 3tky:A, 3tky:B, 3tky:C, 3tky:D
24 5wp4:A 485 114 0.1266 0.0598 0.2544 0.15
25 6i71:A 353 59 0.0611 0.0397 0.2373 0.21 6i71:B, 6i72:A, 6i72:B, 6i73:A, 6i73:B, 6yjw:A, 6yjw:B
26 3gwz:A 339 117 0.1310 0.0885 0.2564 0.23 3gwz:D, 3gwz:C, 3gwz:B, 3gxo:A, 3gxo:D, 3gxo:C, 3gxo:B
27 5mpt:A 379 145 0.1485 0.0897 0.2345 0.29
28 4obw:D 235 152 0.1659 0.1617 0.2500 0.35 4obw:A, 4obw:C, 4obw:B
29 4evi:A 360 51 0.0655 0.0417 0.2941 0.49 4e70:A, 4e70:B, 4evi:B
30 1fp1:D 340 155 0.1572 0.1059 0.2323 0.50 1fpq:A
31 4uy7:A 327 125 0.1266 0.0887 0.2320 0.73 6fnq:A, 6fnq:B, 6fnr:A, 6fnr:B, 6fns:A, 6fns:B, 6fnt:A, 6fnt:B, 4pin:A, 4pin:B, 4pio:A, 4pio:B, 4pip:A, 4pip:B, 4pip:C, 4pip:D, 4uy5:A, 4uy6:A, 4uy7:B
32 9fcx:A 214 109 0.1354 0.1449 0.2844 0.83 9fcd:A, 9fcl:A, 9fcq:A, 9fcs:A, 9fcs:B, 9fcu:A, 9fcu:B, 9fcu:C, 9fcu:D, 9fcx:B, 9fcy:A, 9fcy:B, 9fcy:C, 9fcy:D, 9fd3:A, 9g0k:A, 9g0k:B
33 8bir:A 321 83 0.0830 0.0592 0.2289 0.96 8big:A, 8big:B, 8big:C, 8big:D, 8big:E, 8big:F, 8big:G, 8big:H, 8bii:A, 8bii:B, 8bii:C, 8bii:D, 8bii:E, 8bii:F, 8bii:G, 8bii:H, 8bir:B
34 3kqg:A 169 73 0.1048 0.1420 0.3288 1.8 4ak8:A, 4ak8:B, 4ak8:C, 4ak8:D, 3c22:A, 3c22:B, 3c22:C, 3c22:D, 5g6u:A, 5g6u:B, 5g6u:D, 5g6u:C, 3kqg:B, 3kqg:C, 3kqg:D, 3kqg:E, 3kqg:F, 4n32:A, 4n32:B, 4n32:C, 4n32:D, 4n33:A, 4n33:B, 4n33:C, 4n33:D, 4n34:A, 4n34:B, 4n34:C, 4n34:D, 4n35:A, 4n35:B, 4n35:C, 4n35:D, 4n36:A, 4n36:B, 4n36:C, 4n36:D, 4n37:A, 4n37:B, 4n37:C, 4n37:D, 4n38:A, 4n38:B, 4n38:C, 4n38:D, 3p5d:A, 3p5d:B, 3p5d:C, 3p5d:D, 3p5e:A, 3p5e:B, 3p5e:C, 3p5e:D, 3p5f:B, 3p5f:C, 3p5f:A, 3p5f:D, 3p5g:A, 3p5g:B, 3p5g:C, 3p5g:D, 3p5h:B, 3p5h:D, 3p5h:A, 3p5h:C, 3p5i:A, 3p5i:B, 3p5i:C, 3p5i:D, 3p7f:A, 3p7f:B, 3p7f:C, 3p7f:D, 3p7g:A, 3p7g:B, 3p7g:C, 3p7g:D, 3p7h:A, 3p7h:B, 3p7h:C, 3p7h:D, 7ytq:A, 7ytq:B, 7ytq:C, 7ytq:D
35 7pg7:D 329 46 0.0699 0.0486 0.3478 1.9
36 8xlp:3 180 61 0.0917 0.1167 0.3443 2.3 8xlp:P
37 5umh:B 310 80 0.1092 0.0806 0.3125 2.5 5umh:A
38 7scf:A 321 187 0.1790 0.1277 0.2193 2.6 7scf:B, 7sew:A, 7sex:A, 7sey:A, 7sf4:A, 7sf4:B, 7sf5:A, 7sf5:B
39 7slp:A 239 48 0.0786 0.0753 0.3750 3.2 7slq:A
40 7xs0:A 376 210 0.2140 0.1303 0.2333 3.3
41 6sg9:F4 541 52 0.0830 0.0351 0.3654 3.4 6sgb:F4
42 6dcb:A 225 48 0.0786 0.0800 0.3750 3.4 6dcc:A, 5una:C, 5una:A, 5una:B, 5una:D, 5una:E, 5una:F
43 6clx:B 342 48 0.0568 0.0380 0.2708 3.6 6clx:A
44 8h72:A 328 46 0.0786 0.0549 0.3913 4.3 8h72:B
45 4pgh:D 358 36 0.0524 0.0335 0.3333 4.4 4pgh:A, 4pgh:B, 4pgh:C
46 3t7s:A 246 137 0.1310 0.1220 0.2190 4.8 3t7s:B, 3t7s:C, 3t7s:D, 3t7t:A, 3t7t:B, 3t7t:C, 3t7t:D
47 2czr:A 226 122 0.1092 0.1106 0.2049 7.4
48 8bic:B 323 102 0.0961 0.0681 0.2157 7.4 8bic:A
49 5vxt:B 312 36 0.0611 0.0449 0.3889 7.9 5td3:A, 5td3:B, 5vxt:A
50 8xxn:CD 347 45 0.0699 0.0461 0.3556 8.0 9bkd:U, 9bln:p, 8xxl:CD, 8xxm:CD
51 4im7:A 483 44 0.0611 0.0290 0.3182 8.2
52 6ut6:D 292 37 0.0611 0.0479 0.3784 8.6 6hz4:A, 6hz4:B, 6hz4:C, 6hz4:D, 6hz4:E, 6hz4:F, 6hz5:A, 6hz5:B, 6hz5:C, 6hz5:D, 6hz5:E, 6hz5:F, 6hz5:G, 6hz5:H, 6hz5:I, 6hz5:J, 6hz5:K, 6hz5:L, 6hz6:A, 6hz6:B, 6hz6:C, 6hz6:D, 6hz6:E, 6hz6:F, 6hz6:G, 6hz6:H, 6hz6:I, 6hz6:J, 6hz6:K, 6hz6:L, 6hz7:A, 6hz7:B, 6hz7:C, 6hz7:D, 6hz7:E, 6hz7:F, 6hz7:G, 6hz7:H, 6hz7:I, 6hz7:J, 6hz7:K, 6hz7:L, 6hz8:A, 6hz8:B, 6hz8:C, 6hz8:D, 6hz8:E, 6hz8:F, 6hz8:G, 6hz8:H, 6hz8:I, 6hz8:J, 6hz8:K, 6hz8:L, 6hz9:A, 6hz9:B, 6hz9:C, 6hz9:D, 6hz9:E, 6hz9:F, 6hz9:G, 6hz9:H, 6hz9:I, 6hz9:J, 6hz9:K, 6hz9:L, 6ut6:A, 6ut6:B, 6ut6:C, 6ut6:E, 6ut6:F, 7vsr:A, 7vsr:B, 7vsr:C, 7vsr:D, 7vsr:G, 7vsr:H, 7vsr:I
53 1gc1:G 297 68 0.1048 0.0808 0.3529 8.8

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218