Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
VPMDYSWARELGLIRKPASFMTSICDERGQELIYAGMPITEVFKEEMGIGGVLGLLWFQKRLPKYSCQFIEMCLMVTADH
GPAVSGAHNTIICARAGKDLVSSLTSGLLTIGDRFGGALDAAAKMFSKAFDSGIIPMEFVNKMKKEGKLIMGIGHRVKSI
NNPDMRVQILKDYVRQHFPATPLLDYALEVEKITTSKKPNLILNVDGLIGVAFVDMLRNCGSFTREEADEYIDIGALNGI
FVLGRSMGFIGHYLDQKRLKQGLYRHPWDDISYVLPEHM

The query sequence (length=279) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 8g1e:A 1037 279 0.9964 0.2681 0.9964 0.0 8g1e:B, 8g1e:D, 8g1e:C, 8g1f:A, 8g1f:C, 8g1f:B, 8g1f:D, 8g5c:A, 8g5c:B, 8g5c:C, 8g5c:D, 8g5d:A, 8g5d:B, 8g5d:C, 8g5d:D, 6hxh:A, 6hxh:B, 6hxh:C, 6hxh:D, 6hxh:E, 6hxh:F, 6hxh:G, 6hxh:H, 6hxk:A, 6hxk:B, 6hxk:C, 6hxk:D, 6hxl:A, 6hxl:B, 6hxl:C, 6hxl:D, 6hxl:E, 6hxl:F, 6hxl:G, 6hxl:H, 6hxm:A, 6hxm:B, 7liw:B, 7liw:D, 7lj9:A, 7lj9:B, 7lj9:C, 7lj9:D, 7lla:A, 7lla:C, 7lla:B, 7lla:D, 3mwe:A, 6o0h:A, 6o0h:B, 6o0h:C, 6o0h:D, 3pff:A, 6poe:B, 6poe:D, 6poe:A, 6poe:C, 6qfb:A, 6qfb:B, 6qfb:D, 7rig:A, 7rig:C, 7rig:B, 7rig:D, 7rkz:A, 7rkz:C, 7rkz:B, 7rkz:D, 7rmp:A, 7rmp:C, 7rmp:B, 7rmp:D, 5tde:A, 5tde:B, 5tdf:A, 5tdm:A, 5tdm:B, 5tdz:A, 5te1:A, 5te1:B, 5teq:A, 5teq:B, 5tes:A, 5tet:A, 6ui9:A, 6ui9:C, 6ui9:B, 6ui9:D, 6uia:C, 6uia:A, 6uia:D, 6uia:B, 6uuw:A, 6uuw:C, 6uuw:B, 6uuw:D, 6uuz:A, 6uuz:C, 6uuz:B, 6uuz:D, 6uv5:A, 6uv5:C, 6uv5:B, 6uv5:D, 6z2h:A, 6z2h:C, 6z2h:D
2 6qfb:C 1011 275 0.9857 0.2720 1.0000 0.0
3 6hxi:B 616 278 0.5771 0.2614 0.5791 2.26e-119 6hxi:D, 6znw:B
4 6hxj:D 591 247 0.3907 0.1844 0.4413 1.08e-56 6hxj:B, 6hxj:F, 6hxj:H, 6hxn:A, 6hxn:B, 6hxo:A, 6hxo:B, 6hxo:F, 6hxo:G, 6hxo:H, 6nzy:A, 6nzy:D, 6qcl:B, 6qcl:E, 6qcl:F, 6qcl:G, 6qcl:H
5 6qcl:A 215 245 0.3047 0.3953 0.3469 1.33e-37
6 6hxo:E 180 181 0.2294 0.3556 0.3536 1.16e-25
7 6hxo:E 180 61 0.0753 0.1167 0.3443 0.004
8 6hxp:A 256 203 0.1935 0.2109 0.2660 3.18e-08
9 6abw:A 369 224 0.1935 0.1463 0.2411 5.01e-06
10 1iom:A 374 206 0.1864 0.1390 0.2524 5.34e-06 1ixe:A, 1ixe:B, 1ixe:C, 1ixe:D
11 2ifc:C 382 219 0.1756 0.1283 0.2237 8.20e-06 2ifc:A, 2ifc:B, 2ifc:D, 2r26:A, 2r26:B, 2r26:C, 2r26:D, 2r9e:A, 2r9e:B, 2r9e:C, 2r9e:D, 4ybo:B, 4ybo:C
12 1aj8:A 371 203 0.1792 0.1348 0.2463 2.11e-05 1aj8:B
13 6aby:A 372 156 0.1577 0.1183 0.2821 2.36e-05 6abx:A, 6abx:B, 6aby:B
14 4jae:A 426 195 0.1792 0.1174 0.2564 2.45e-05 4jae:B, 4jaf:A, 4jaf:B, 4jag:A, 4jag:B, 1nxg:A, 1nxg:B, 1owb:A, 1owb:B
15 2h12:B 426 191 0.1792 0.1174 0.2618 3.48e-05 2h12:A, 2h12:C, 2h12:D, 2h12:E, 2h12:F
16 8glb:D 374 208 0.1792 0.1337 0.2404 3.92e-05 8gi7:A, 8gi7:B, 8gi7:C, 8gi7:D, 8giw:A, 8giw:B, 8giw:C, 8giw:D, 8glb:A, 8glb:B, 8glb:C, 8gmi:A, 8gmi:B, 8gmi:C, 8gmi:D, 8gmi:E, 8gmi:F, 8gmi:G, 8gmi:H, 8gmk:A, 8gmk:B, 8s9d:A
17 2c6x:A 363 123 0.1290 0.0992 0.2927 3.30e-04 2c6x:B, 2c6x:C, 2c6x:D
18 5uqr:A 439 214 0.1900 0.1207 0.2477 0.012 6bol:A, 6bon:B, 6boo:B, 6boo:A, 6boo:D, 5uqr:B, 5uqu:A, 5uqu:B
19 6c8z:A 488 85 0.0932 0.0533 0.3059 0.028 6xio:A
20 4nj5:A 482 44 0.0538 0.0311 0.3409 0.29
21 8bp7:E 379 198 0.1577 0.1161 0.2222 0.40 8bp7:B, 8bp7:D, 8bp7:F
22 6wge:B 490 66 0.0609 0.0347 0.2576 0.92
23 7w1m:B 528 66 0.0609 0.0322 0.2576 1.1
24 6wg3:B 693 66 0.0609 0.0245 0.2576 1.1
25 8p0a:B 314 60 0.0573 0.0510 0.2667 1.3
26 8rok:A 381 60 0.0573 0.0420 0.2667 1.3 8pq5:B
27 8rol:A 411 60 0.0573 0.0389 0.2667 1.7 8roi:A, 8roj:A, 8rok:C
28 7yiv:A 484 60 0.0717 0.0413 0.3333 2.1 7yiv:D, 7yiv:C, 7yiv:B, 7yiv:G, 7yiv:H, 7yiv:F, 7yiv:E, 7yiw:A, 7yiw:D, 7yiw:C, 7yiw:B, 7yiw:G, 7yiw:H, 7yiw:F, 7yiw:E, 7yix:A, 7yix:B
29 4m1m:A 1188 40 0.0502 0.0118 0.3500 2.4 8avy:A, 6fn1:A, 3g60:A, 3g60:B, 3g61:A, 3g61:B, 5koy:A, 5koy:B, 4m1m:B, 4m2s:A, 4m2s:B, 4m2t:A, 4m2t:B, 7otg:A, 8pee:A, 6q81:A, 4q9i:A, 4q9j:A, 4q9k:A, 4q9l:A, 6qee:A, 6ujn:A, 6ujp:A, 6ujr:A, 6ujs:A, 6ujt:A, 6ujw:A, 4xwk:A, 7zk4:A, 7zk5:A, 7zk6:A, 7zk7:A, 7zk8:A, 7zk9:A, 7zka:A, 7zkb:A
30 1a81:E 220 32 0.0430 0.0545 0.3750 2.9 1a81:G, 1a81:K
31 4fl2:A 555 32 0.0430 0.0216 0.3750 3.4 1a81:A, 1a81:C, 1a81:I, 8bi2:A, 5c26:A, 5c27:A, 1csy:A, 1csz:A, 5cxh:A, 5cxz:A, 5cy3:A, 4dfl:A, 4dfn:A, 3emg:A, 4f4p:A, 4fl1:A, 4fl3:A, 3fqe:A, 3fqh:A, 3fqh:B, 3fqs:A, 4fyn:A, 4fyo:A, 4fz6:A, 4fz7:A, 4gfg:A, 5ghv:A, 5ghv:B, 6hm6:A, 6hm7:A, 4i0r:A, 4i0s:A, 4i0t:A, 5lma:A, 5lmb:A, 5lmb:B, 4puz:A, 4puz:B, 4pv0:A, 4px6:A, 7q5t:EEE, 7q5t:CCC, 7q5t:DDD, 7q5t:AAA, 7q5t:BBB, 7q5t:FFF, 7q5u:FFF, 7q5u:DDD, 7q5u:BBB, 7q5u:CCC, 7q5u:EEE, 7q5u:AAA, 7q5w:BBB, 7q5w:DDD, 7q5w:FFF, 7q5w:EEE, 7q5w:AAA, 7q5w:CCC, 8rrq:A, 8rrz:A, 4rss:A, 4rx7:A, 4rx8:A, 4rx9:A, 3srv:A, 3srv:B, 6ssb:A, 5t68:A, 5t68:B, 5tiu:A, 5tr6:A, 5tt7:A, 3tub:A, 3tuc:A, 3tud:A, 3vf8:A, 3vf9:A, 6vov:A, 6vov:B, 4wnm:A, 8x5k:A, 1xbb:A, 1xbc:A, 4xg3:A, 4xg3:B, 4xg4:A, 4xg6:A, 4xg7:A, 4xg8:A, 4xg8:C, 4xg9:A, 4xg9:B, 5y5t:A, 5y5u:A, 5y5u:B, 4yjo:A, 4yjp:A, 4yjq:A, 4yjr:A, 4yjs:A, 4yjt:A, 4yju:A, 4yjv:A, 6zc0:A, 6zcp:A, 6zcq:A, 6zcr:A, 6zcs:A, 6zcu:A, 6zcx:A, 6zcy:A
32 4mej:A 167 63 0.0573 0.0958 0.2540 3.4 4mej:C, 4mej:B, 1s2d:A, 1s2d:B, 1s2d:C, 1s2g:A, 1s2g:B, 1s2g:C, 1s2i:A, 1s2i:B, 1s2i:C, 1s3f:A, 1s3f:B, 1s3f:C
33 8oh5:B 584 80 0.0896 0.0428 0.3125 3.7 8oh5:E, 8oh5:H, 8oh5:K, 8oh9:B, 8oh9:E, 8oh9:H, 8oh9:K
34 6qex:A 1182 130 0.1362 0.0321 0.2923 5.1 7a65:A, 7a69:A, 7a6c:A, 7a6e:A, 7a6f:A, 6c0v:A, 7o9w:A
35 1i1n:A 224 60 0.0645 0.0804 0.3000 7.9 1kr5:A
36 6eri:BF 113 39 0.0394 0.0973 0.2821 8.3 5mmj:f, 5mmm:f, 4v61:AF, 5x8p:f, 5x8r:f
37 3peh:B 262 62 0.0573 0.0611 0.2581 8.6 3peh:A, 3pej:A, 3pej:B
38 5a9y:A 562 47 0.0502 0.0249 0.2979 8.6 5a9x:A
39 8adb:A 209 86 0.0753 0.1005 0.2442 8.7

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218