Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VPIIDLQQDHLLIVQQITKACQDFGLFQVINHGVPEKLMVEAMEVYKEFFALPAEEKEKFQPKGEPAKFELPLEQKAKLY
VEGERRCNEEFLYWKDTLAHGCYPLHEELLNSWPEKPPTYRDVIAKYSVEVRKLTMRILDYICEGLGLKLGYFDNELTQI
QMLLANYYPSCPDPSTTIGSGGHYDGNLITLLQQDLVGLQQLIVKDDKWIAVEPIPTAFVVNLGLTLKVMSNEKFEGSIH
RVVTHPIRNRISIGTLIGPDYSCTIEPIKELISQENPPLYKPYPYAEFAEIYLSDKSDYDAGVKPYKINQF

The query sequence (length=311) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6tto:A 311 311 1.0000 1.0000 1.0000 0.0 6ttm:A, 6ttn:A
2 8cvc:A 327 309 0.8585 0.8165 0.8641 0.0 8cv8:A, 8cv9:A, 8cva:A, 8cvb:A, 8cvd:A, 8cve:A, 8cvf:A, 8cvg:A, 8cvh:A
3 6lsv:A 338 293 0.3473 0.3195 0.3686 1.36e-55 6lsv:B
4 8y4u:A 298 292 0.3087 0.3221 0.3288 7.24e-45
5 5o9w:A 356 297 0.3087 0.2697 0.3232 9.66e-40
6 1gp6:A 349 312 0.2990 0.2665 0.2981 1.26e-39 2brt:A, 1gp4:A, 1gp5:A
7 7ekd:A 343 303 0.2669 0.2420 0.2739 3.16e-33
8 5gja:A 299 314 0.2862 0.2977 0.2834 4.81e-32 5gj9:A, 5gj9:B, 5gja:B, 5gja:C, 5gja:D, 5gja:E, 5gja:F, 5gja:G, 5gja:H
9 5tcv:A 299 301 0.2669 0.2776 0.2757 6.47e-31 1wa6:X
10 6ku3:B 318 320 0.2508 0.2453 0.2437 1.25e-27 6ku3:A, 6ku3:D, 6ku3:C
11 6kun:A 294 303 0.2412 0.2551 0.2475 5.58e-20 6kun:B
12 6kwa:A 267 288 0.2412 0.2809 0.2604 1.05e-18 6kwa:B, 6kwb:A, 6kwb:B
13 6xjj:A 291 272 0.2251 0.2405 0.2574 2.85e-14
14 5c3q:B 311 185 0.1576 0.1576 0.2649 9.98e-11 5c3o:A, 5c3p:D, 5c3q:C, 5c3r:B, 5c3r:C, 5c3s:B, 5c3s:C
15 5c3q:A 335 185 0.1576 0.1463 0.2649 1.24e-10 5c3p:A, 5c3p:B, 5c3p:C, 5c3q:D, 5c3r:A, 5c3r:D, 5c3s:A, 5c3s:D
16 8bbb:A 331 287 0.2186 0.2054 0.2369 4.41e-10 8a4g:A, 8ali:A, 8alj:A, 4bb3:A, 8bb9:A, 8bba:A, 8bbc:A, 8bbd:A, 2bjs:A, 1bk0:A, 1blz:A, 8bsv:A, 8bsw:A, 8bsx:A, 8bsy:A, 2bu9:A, 1hb1:A, 1hb2:A, 1hb3:A, 1hb4:A, 1ips:A, 1ips:B, 2ivi:B, 2ivj:A, 2jb4:A, 1obn:A, 1oc1:A, 1odm:A, 1odn:A, 7p3l:A, 8p46:A, 8p47:A, 8p48:A, 8p7o:A, 8p7p:A, 7poy:A, 7psw:A, 8ptv:A, 8py5:A, 8py6:A, 8py7:A, 8py8:A, 8py9:A, 8pya:A, 1qiq:A, 1qje:A, 1qjf:A, 1uzw:A, 2vau:A, 2vbb:A, 2vbd:A, 2vbp:A, 2vcm:A, 2ve1:A, 1w03:A, 1w04:A, 1w05:A, 1w06:A, 1w3v:A, 1w3x:A, 2wo7:A, 6y0o:A, 6y0p:A, 2y60:A, 2y6f:A, 6zae:A, 6zaf:A, 6zag:A, 6zah:A, 6zai:A, 6zaj:A, 6zak:A, 6zal:A, 6zam:A, 6zan:A, 6zao:A, 6zap:A, 6zaq:A, 3zku:A, 3zky:A, 3zoi:A, 7zoe:A, 6zw8:A
17 7e38:A 313 203 0.1576 0.1565 0.2414 7.12e-07 8ci9:C, 7e37:A, 7e37:B, 7e38:B
18 7v3n:A 317 95 0.0997 0.0978 0.3263 4.80e-05 8hiv:A, 7v2t:A, 7v2u:A, 7v2x:A, 7v34:A, 7v36:A, 7v3e:A, 7v3e:B, 7v3e:C, 7v3o:A
19 5v2z:A 349 288 0.2026 0.1805 0.2188 0.021 6cba:A, 6cf3:A, 5lsq:A, 5lun:A, 5lun:B, 5lun:C, 5lun:D, 5mof:A, 8uc2:A, 5v2t:A, 5v2x:A, 5v2x:B, 5v2y:A, 5v31:A, 5v32:A, 5v34:A, 5vka:A, 5vkb:A, 6vp4:A, 6vp4:B, 6vp4:C, 6vp4:D, 6vp5:A, 6vp5:B, 6vp5:C, 6vp5:D
20 7xn7:W 533 90 0.0611 0.0356 0.2111 0.88 7xse:W, 7xsx:W, 7xt7:W, 7xtd:W, 7xti:W
21 1iru:B 233 77 0.0675 0.0901 0.2727 1.1 8bzl:O, 8bzl:A, 1iru:P
22 7w5s:A 302 50 0.0547 0.0563 0.3400 1.6 7w5t:A, 7w5v:A
23 3hpv:A 297 77 0.0740 0.0774 0.2987 2.0 3hpv:B, 3hpv:C, 3hpv:D, 3hpy:A, 3hpy:B, 3hpy:C, 3hpy:D, 3hq0:A, 3hq0:B, 3hq0:C, 3hq0:D
24 7v7x:A 276 49 0.0547 0.0616 0.3469 2.4 7fh5:A, 7v52:A, 7v54:A, 7v56:A, 7v57:A
25 4yx6:A 518 37 0.0482 0.0290 0.4054 3.4 4yx6:B, 4z9r:A, 4z9r:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218