Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
VNECISNPCQNGATCLDQIGEFQCICMPGYEGVYCEINT

The query sequence (length=39) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 4xlw:C 118 39 0.9744 0.3220 0.9744 1.44e-21 5ky8:B, 5l0r:B, 4xl1:A, 4xl1:D, 4xlw:E, 4xlw:G
2 4xlw:C 118 34 0.3846 0.1271 0.4412 8.65e-06 5ky8:B, 5l0r:B, 4xl1:A, 4xl1:D, 4xlw:E, 4xlw:G
3 4xlw:C 118 36 0.3846 0.1271 0.4167 1.70e-04 5ky8:B, 5l0r:B, 4xl1:A, 4xl1:D, 4xlw:E, 4xlw:G
4 4d0f:A 125 39 0.8718 0.2720 0.8718 4.30e-20 4cud:A, 4cue:A, 4cuf:A, 4d0e:A, 5ub5:B, 2vj3:A, 4xlw:A
5 4d0f:A 125 38 0.4359 0.1360 0.4474 2.02e-06 4cud:A, 4cue:A, 4cuf:A, 4d0e:A, 5ub5:B, 2vj3:A, 4xlw:A
6 4d0f:A 125 41 0.4359 0.1360 0.4146 1.34e-05 4cud:A, 4cue:A, 4cuf:A, 4d0e:A, 5ub5:B, 2vj3:A, 4xlw:A
7 5uk5:A 194 36 0.8974 0.1804 0.9722 1.04e-18 2rqz:A, 2rr2:A
8 5uk5:A 194 40 0.4615 0.0928 0.4500 8.70e-06 2rqz:A, 2rr2:A
9 5uk5:A 194 38 0.3846 0.0773 0.3947 4.96e-04 2rqz:A, 2rr2:A
10 5uk5:A 194 34 0.3590 0.0722 0.4118 0.004 2rqz:A, 2rr2:A
11 5uk5:A 194 37 0.3846 0.0773 0.4054 0.73 2rqz:A, 2rr2:A
12 5mwb:A 118 37 0.6410 0.2119 0.6757 4.54e-14
13 5mwb:A 118 38 0.4872 0.1610 0.5000 4.77e-09
14 5mwb:A 118 41 0.4359 0.1441 0.4146 8.37e-05
15 7alj:A 115 38 0.5641 0.1913 0.5789 3.39e-11
16 7alj:A 115 38 0.4872 0.1652 0.5000 2.63e-07
17 7alj:A 115 39 0.3333 0.1130 0.3333 0.050
18 5l0t:B 40 36 0.4872 0.4750 0.5278 2.44e-10 5ky7:B, 5l0u:B, 5l0v:B
19 6r2w:L 143 38 0.4359 0.1189 0.4474 4.11e-08 2a2q:L, 2aei:L, 2aer:L, 2b8o:L, 2c4f:L, 8cn9:D, 8cn9:I, 8cn9:S, 1dan:L, 1dva:L, 1dva:M, 2ec9:L, 3ela:L, 1fak:L, 1ff7:A, 1ffm:A, 2fir:L, 4ibl:L, 1j9c:L, 5l0s:B, 5par:A, 2puq:L, 1qfk:L, 3th2:L, 3th3:L, 3th4:L, 1w0y:L, 1w2k:L, 1wqv:L, 1wss:L, 1wtg:L, 1wun:L, 1wv7:L, 4ylq:L, 1z6j:L, 4z6a:L, 4zma:L, 2zp0:L, 2zwl:L, 2zzu:L
20 5ky2:B 40 35 0.4359 0.4250 0.4857 9.71e-08 5ky3:B
21 1xkb:A 91 38 0.4359 0.1868 0.4474 3.98e-07 3k9x:A
22 5vyg:B 43 36 0.4359 0.3953 0.4722 8.19e-07 5vyg:A, 5vyg:C
23 8eph:A 91 37 0.4359 0.1868 0.4595 1.34e-06 1edm:B, 1edm:C, 8eph:C
24 3h5c:B 312 34 0.4359 0.0545 0.5000 4.84e-06
25 4xbm:B 401 39 0.3846 0.0374 0.3846 1.16e-05
26 4xbm:B 401 32 0.4103 0.0399 0.5000 4.02e-04
27 4xbm:B 401 34 0.3846 0.0374 0.4412 0.13
28 4xbm:B 401 27 0.2821 0.0274 0.4074 0.30
29 4xbm:B 401 25 0.2564 0.0249 0.4000 9.6
30 3poy:A 1005 34 0.3846 0.0149 0.4412 3.02e-04 3asi:A, 3b3q:E, 3b3q:F, 3biw:E, 3biw:F, 3biw:G, 3bod:A, 2h0b:A, 2h0b:B, 2h0b:C, 2h0b:D, 2r16:A, 2r1d:H, 2r1d:B, 2r1d:D, 2r1d:I, 3vkf:C, 3vkf:D, 2wqz:C, 2wqz:D, 2xb6:C, 2xb6:D, 5z8y:B, 5z8y:D, 5z8y:F, 5z8y:H
31 3poy:A 1005 33 0.3077 0.0119 0.3636 0.12 3asi:A, 3b3q:E, 3b3q:F, 3biw:E, 3biw:F, 3biw:G, 3bod:A, 2h0b:A, 2h0b:B, 2h0b:C, 2h0b:D, 2r16:A, 2r1d:H, 2r1d:B, 2r1d:D, 2r1d:I, 3vkf:C, 3vkf:D, 2wqz:C, 2wqz:D, 2xb6:C, 2xb6:D, 5z8y:B, 5z8y:D, 5z8y:F, 5z8y:H
32 5fm9:A 154 35 0.3333 0.0844 0.3714 5.60e-04 5fma:A, 5fma:B
33 5fm9:A 154 38 0.3846 0.0974 0.3947 0.001 5fma:A, 5fma:B
34 5fm9:A 154 36 0.3590 0.0909 0.3889 0.006 5fma:A, 5fma:B
35 5fm9:A 154 36 0.4103 0.1039 0.4444 0.008 5fma:A, 5fma:B
36 4rs0:A 557 36 0.3590 0.0251 0.3889 0.005 6bl3:A, 6bl3:B, 6bl3:C, 6bl3:D, 6bl4:A, 6bl4:B, 6bl4:C, 6bl4:D, 4cox:A, 4cox:B, 4cox:C, 4cox:D, 5cox:A, 5cox:B, 5cox:C, 5cox:D, 6cox:A, 6cox:B, 1cvu:B, 1cvu:A, 1cx2:A, 1cx2:B, 1cx2:C, 1cx2:D, 1ddx:A, 1ddx:B, 1ddx:C, 1ddx:D, 4e1g:A, 4e1g:B, 8et0:A, 8et0:B, 5fdq:A, 5fdq:B, 4fm5:A, 4fm5:B, 4fm5:C, 4fm5:D, 3hs5:A, 3hs5:B, 3hs6:A, 3hs6:B, 3hs7:A, 3hs7:B, 5jvy:A, 5jvy:B, 5jvz:A, 5jvz:B, 5jw1:A, 5jw1:B, 3krk:A, 3krk:B, 3ln0:A, 3ln0:B, 3ln0:C, 3ln0:D, 3ln1:A, 3ln1:B, 3ln1:C, 3ln1:D, 4m10:A, 4m10:B, 4m10:C, 4m10:D, 4m11:A, 4m11:B, 4m11:C, 4m11:D, 3mdl:A, 3mdl:B, 3mqe:A, 3mqe:B, 3mqe:C, 3mqe:D, 3nt1:A, 3nt1:B, 3ntb:A, 3ntb:B, 3ntb:C, 3ntb:D, 3ntg:A, 3ntg:B, 3ntg:C, 3ntg:D, 6ofy:A, 6ofy:B, 3olt:A, 3olt:B, 3olu:A, 3olu:B, 4otj:A, 4otj:B, 4otj:C, 4otj:D, 4oty:A, 4oty:B, 3pgh:A, 3pgh:B, 3pgh:C, 3pgh:D, 4ph9:A, 4ph9:B, 1pxx:A, 1pxx:B, 1pxx:C, 1pxx:D, 3q7d:A, 3q7d:B, 3qh0:A, 3qh0:B, 3qmo:A, 3qmo:B, 3rr3:A, 3rr3:B, 3rr3:C, 3rr3:D, 4rrw:A, 4rrw:B, 4rrw:C, 4rrw:D, 4rrx:A, 4rrx:B, 4rrz:A, 4rrz:B, 4rrz:C, 4rrz:D, 4rut:A, 4rut:B, 4rut:C, 4rut:D, 3tzi:A, 3tzi:B, 6v3r:A, 6v3r:B, 6v3r:C, 6v3r:D, 5w58:A, 4z0l:A, 4z0l:B, 4z0l:C, 4z0l:D
37 6pog:B 236 33 0.3590 0.0593 0.4242 0.017
38 6pog:B 236 22 0.2308 0.0381 0.4091 5.7
39 1prh:A 554 39 0.3846 0.0271 0.3846 0.020 2ayl:B, 2ayl:A, 1cqe:A, 1cqe:B, 1diy:A, 1ebv:A, 1eqg:A, 1eqg:B, 1eqh:A, 1eqh:B, 1fe2:A, 1ht5:A, 1ht5:B, 1ht8:A, 1ht8:B, 1igx:A, 1igz:A, 7jxt:A, 7jxt:B, 3kk6:A, 3kk6:B, 3n8v:A, 3n8v:B, 3n8w:A, 3n8w:B, 3n8x:A, 3n8x:B, 3n8y:A, 3n8y:B, 3n8z:A, 3n8z:B, 4o1z:A, 4o1z:B, 2oye:P, 2oyu:P, 1pge:A, 1pge:B, 1pgf:A, 1pgf:B, 1pgg:A, 1pgg:B, 1prh:B, 1pth:A, 1pth:B, 1q4g:A, 1q4g:B, 1u67:A, 5u6x:A, 5u6x:B, 5wbe:A, 5wbe:B
40 4d90:A 127 36 0.3333 0.1024 0.3611 0.026 4d90:B
41 4d90:A 127 42 0.3846 0.1181 0.3571 0.098 4d90:B
42 4d90:A 127 32 0.3333 0.1024 0.4062 3.9 4d90:B
43 6dlw:A 460 30 0.3333 0.0283 0.4333 0.028 6dlw:B, 6dlw:C, 6dlw:D, 6dlw:E, 6dlw:F, 6dlw:G, 6dlw:H, 6dlw:I, 6dlw:J, 6dlw:K, 6dlw:L, 6dlw:M, 6dlw:N, 6dlw:O, 6dlw:P, 6dlw:Q, 6dlw:R, 6dlw:S, 6dlw:T, 6dlw:U, 6dlw:V
44 5f1a:A 553 36 0.3333 0.0235 0.3611 0.031 5f19:A, 5f19:B, 5f1a:B, 5ikq:A, 5ikq:B, 5ikr:A, 5ikr:B, 5ikt:A, 5ikt:B, 5ikv:A, 5ikv:B, 5kir:A, 5kir:B
45 1emn:A 82 27 0.3590 0.1707 0.5185 0.039 1emo:A
46 1g1q:A 160 33 0.3333 0.0813 0.3939 0.047 1g1q:B, 1g1q:C, 1g1q:D, 1g1r:A, 1g1r:B, 1g1r:D, 1g1r:C, 1g1s:B, 1g1s:A
47 4c16:A 280 33 0.2821 0.0393 0.3333 0.060 4c16:B, 4csy:A, 4csy:B, 1esl:A, 6eyi:A, 6eyj:A, 6eyj:B, 6eyk:A, 1g1t:A
48 5b4x:A 710 31 0.3077 0.0169 0.3871 0.074 3a7q:A, 5b4x:C, 2e26:A
49 8dek:B 441 23 0.3077 0.0272 0.5217 0.15 8dek:A, 8df2:A, 8df2:B, 8df2:C, 8df2:D
50 7pfp:A 563 41 0.3846 0.0266 0.3659 0.17 7pfp:C, 7q3n:U
51 2bo2:A 140 36 0.2821 0.0786 0.3056 0.19 2bo2:B, 2bou:A, 7do4:A
52 2bo2:A 140 36 0.3333 0.0929 0.3611 0.42 2bo2:B, 2bou:A, 7do4:A
53 7nyc:D 487 38 0.3077 0.0246 0.3158 0.28 7nyd:D
54 7nyd:G 413 32 0.3333 0.0315 0.4062 0.35 8de6:A, 8de6:C, 8de6:G, 7nyc:H, 7nyd:H
55 6cxo:A 465 31 0.3077 0.0258 0.3871 0.47 6cxo:B
56 5b4x:B 479 31 0.3077 0.0251 0.3871 0.54 3a7q:B, 5b4x:D, 5b4y:B
57 8em4:A 3818 32 0.3077 0.0031 0.3750 0.72 8em4:B
58 8em4:A 3818 43 0.3590 0.0037 0.3256 2.3 8em4:B
59 8em4:A 3818 29 0.3077 0.0031 0.4138 2.3 8em4:B
60 8em7:A 4378 32 0.3077 0.0027 0.3750 0.82 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
61 8em7:A 4378 43 0.3590 0.0032 0.3256 2.2 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
62 8em7:A 4378 29 0.3077 0.0027 0.4138 2.2 8em7:B, 8jut:A, 8jut:B, 8juu:B, 8juu:A, 8jx8:B, 8jx8:A, 8jx9:B, 8jxa:A, 8jxb:A, 8jxd:A, 8jxe:A, 8jxe:B, 8jxf:B, 8jxg:A, 8jxh:A, 8jxi:B
63 6otf:B 521 22 0.3333 0.0250 0.5909 0.98 6otf:A, 6otf:C, 6ouc:A
64 2ygq:A 241 31 0.3846 0.0622 0.4839 1.5
65 2ff2:B 327 35 0.3077 0.0367 0.3429 2.2 3b9g:A, 3b9g:B, 3epw:A, 3epw:B, 3epx:A, 3epx:B, 2ff1:A, 2ff1:B, 2ff2:A, 1hoz:A, 1hoz:B, 1hp0:A, 1hp0:B, 1kic:A, 1kic:B, 1kie:A, 1kie:B, 1r4f:A, 1r4f:B
66 8jxj:A 570 30 0.3077 0.0211 0.4000 2.3 8jxj:B
67 1uzj:A 162 32 0.3590 0.0864 0.4375 2.6 1uzj:B, 1uzj:C, 1uzk:A
68 3ei9:A 412 26 0.2308 0.0218 0.3462 2.8 3ei5:A, 3ei5:B, 3ei6:A, 3ei6:B, 3ei8:A, 3ei8:B, 3ei9:B, 3eia:A, 3eia:B, 3eib:A, 3eib:B, 2z1z:A, 2z1z:B, 2z20:A, 2z20:B
69 5ms9:A 177 33 0.3333 0.0734 0.3939 2.9
70 5ms9:A 177 27 0.2821 0.0621 0.4074 5.8
71 5uk5:B 308 31 0.3333 0.0422 0.4194 3.6 4cbz:A, 4cc0:A, 4cc0:B, 4cc1:A, 4cc1:B
72 4i72:A 328 35 0.2821 0.0335 0.3143 3.6 4i70:A, 4i71:A, 4i72:B, 4i73:A, 4i73:B, 4i73:C, 4i73:D, 4i74:A, 4i75:A, 4i75:B
73 4xl1:E 229 26 0.2308 0.0393 0.3462 3.7
74 7pgn:B 438 13 0.1795 0.0160 0.5385 6.0 7pgm:B, 7pgn:A, 2wfx:B
75 7pgn:B 438 28 0.2564 0.0228 0.3571 9.3 7pgm:B, 7pgn:A, 2wfx:B
76 3i77:A 230 12 0.2051 0.0348 0.6667 7.2 3beu:A, 3beu:B, 2fmj:A, 1os8:A, 1oss:A, 1sgt:A
77 4d0t:A 496 25 0.2821 0.0222 0.4400 8.7 5ajn:A, 5ajo:A, 5ajp:A, 4d0t:C, 4d0t:F, 4d0t:B, 4d0t:D, 4d0t:E, 4d0z:B, 4d0z:E, 4d0z:A, 4d0z:C, 4d0z:D, 4d0z:F, 4d11:D, 4d11:E, 4d11:B, 4d11:A, 4d11:F, 6e7i:A, 6egs:A, 6egs:B, 2ffu:A, 2ffv:A, 2ffv:B, 5fv9:A, 5fv9:B, 5fv9:C, 5fv9:D, 5fv9:E, 5fv9:F, 5ndf:A, 5ndf:B, 5ndf:C, 5ndf:D, 5ndf:E, 5ndf:F, 6nqt:A, 6nqt:B, 6nqt:C, 6nqt:D, 6nqt:E, 6nqt:F
78 6pol:B 129 32 0.2564 0.0775 0.3125 8.8 6pol:D, 6pol:F
79 6lmt:A 254 14 0.2051 0.0315 0.5714 8.9 6lmt:B, 6lmt:H, 6lmt:C, 6lmt:D, 6lmt:E, 6lmt:F, 6lmt:G
80 7alt:A 270 26 0.2564 0.0370 0.3846 9.1 7alt:B
81 1lmj:A 86 36 0.3333 0.1512 0.3611 9.2
82 1lmj:A 86 32 0.2564 0.1163 0.3125 9.6

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218