Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VMKKRTYCTYCPSKIRRKANASCKKCKKVICREHNIDMCQSCF

The query sequence (length=43) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6x67:C 478 43 0.9767 0.0879 0.9767 2.21e-23 5lme:A, 6x67:D, 6x68:C, 6x68:D
2 7kya:A 1174 18 0.2093 0.0077 0.5000 2.7 7ky5:A, 7ky7:A, 7ky8:A, 7ky9:A
3 7kyc:A 1178 17 0.2093 0.0076 0.5294 2.9 7drx:A, 7dsh:A, 7dsi:A, 7f7f:A, 7ky6:A, 7kyb:A, 7whv:A, 7whw:A
4 5vqe:A 559 24 0.2558 0.0197 0.4583 3.4
5 9ja1:A 1286 29 0.2326 0.0078 0.3448 3.7
6 8tvs:A 1316 29 0.2326 0.0076 0.3448 3.7
7 3cqz:A 1349 29 0.2326 0.0074 0.3448 3.7
8 1k83:A 1366 29 0.2326 0.0073 0.3448 3.7 1twa:A, 1twc:A, 1twg:A, 1twh:A
9 8tug:A 1367 29 0.2326 0.0073 0.3448 3.7 8tvp:A, 8tvq:A, 8tvv:A, 8tvw:A, 8tvx:A
10 8u9x:A 1398 29 0.2326 0.0072 0.3448 3.7 6blo:A, 6blp:A, 6bm2:A, 6bm4:A, 6bqf:A, 1i6h:A, 7ked:A, 1nik:A, 1r5u:A, 1r9s:A, 7rim:A, 7rip:A, 7riw:A, 7rix:A, 7riy:A, 8u9r:A, 8ukq:A, 8ukr:A, 8uks:A, 8ukt:A, 8uku:A, 6upx:A, 6upy:A, 6upz:A, 6uq0:A, 6uq1:A, 6uq2:A, 6uq3:A, 5w4u:A, 5w51:A
11 5vvs:A 1455 29 0.2326 0.0069 0.3448 3.7 5c4j:A, 3gtg:A, 3gtk:A, 8tvy:A, 5vvr:A
12 8cen:A 1508 29 0.2326 0.0066 0.3448 3.7 4a3b:A, 4a3c:A, 4a3d:A, 4a3e:A, 4a3f:A, 4a3g:A, 4a3i:A, 4a3j:A, 4a3k:A, 4a3l:A, 4a3m:A, 4a93:A, 2b63:A, 2b8k:A, 4bbr:A, 4bbs:A, 4bxx:A, 4bxz:A, 4by1:A, 4by7:A, 5c3e:A, 5c44:A, 5c4a:A, 5c4x:A, 8ceo:A, 2e2h:A, 2e2i:A, 2e2j:A, 3fki:A, 5fmf:A, 5fyw:A, 5fz5:A, 3gtj:A, 3gtl:A, 3gtm:A, 3gto:A, 3gtp:A, 3gtq:A, 6gyk:A, 6gyl:A, 6gym:A, 3h3v:B, 3hou:A, 3hou:M, 3hov:A, 3how:A, 3hox:A, 3hoy:A, 3hoz:A, 1i3q:A, 3i4m:A, 3i4n:A, 1i50:A, 6i84:A, 5ip7:A, 5ip9:A, 3j0k:A, 2ja5:A, 2ja6:A, 2ja7:A, 2ja7:M, 2ja8:A, 8jch:A, 3k1f:A, 8k5p:A, 3k7a:A, 7kee:A, 7kef:A, 3m3y:A, 3m4o:A, 7mei:a, 7mei:A, 7mk9:A, 7mka:a, 7ml0:A, 7ml1:A, 7ml2:A, 7ml4:A, 7nkx:A, 7nky:A, 2nvq:A, 2nvt:A, 2nvx:A, 2nvy:A, 2nvz:A, 7o4i:A, 7o4j:A, 6o6c:A, 7o72:A, 7o73:A, 7o75:A, 5oqj:A, 5oqm:A, 5ot2:A, 3po2:A, 3po3:A, 3qt1:A, 2r7z:A, 1r9t:A, 2r92:A, 2r93:A, 7riq:A, 3rzd:A, 3rzo:A, 3s14:A, 3s15:A, 3s16:A, 3s17:A, 3s1m:A, 3s1n:A, 3s1q:A, 3s1r:A, 3s2d:A, 3s2h:A, 1sfo:A, 5sva:A, 1twf:A, 5u5q:A, 4v1m:A, 4v1n:A, 4v1o:A, 2vum:A, 1wcm:A, 4x67:A, 4x6a:A, 1y1v:A, 1y1w:A, 4y52:A, 1y77:A, 4y7n:A, 2yu9:A, 7zs9:A, 7zsa:A, 7zsb:A
13 2e5r:A 63 36 0.2791 0.1905 0.3333 3.9
14 7evg:A 426 11 0.1860 0.0188 0.7273 3.9 7don:B, 7evb:B, 7evc:B, 7evd:B, 7eve:B, 7evh:A, 7evi:B, 7evk:B, 7evl:B, 7f1a:B, 7f1b:A
15 4wjw:B 673 22 0.1860 0.0119 0.3636 5.6
16 7odf:A 703 19 0.1628 0.0100 0.3684 7.2
17 3j7a:T 48 17 0.1860 0.1667 0.4706 7.6 3jbn:T, 3jbo:T, 3jbp:T, 6okk:T, 8tpu:ST
18 6zu5:SDD 59 44 0.2558 0.1864 0.2500 7.7
19 2rar:A 261 37 0.3256 0.0536 0.3784 8.7 2rav:A, 2rb5:A, 2rbk:A, 1ymq:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218