Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VLERNETMYYGGSLWSPPSNWNPFTPWNAVPGTTGLVYETMFFYDPLTGNFDPWLAEKGEWLDSKTYRVVLREGIYWHDN
VPLTSEDVRFTFEIAKKYKGIHYSSVWEWLDHIETPDNRTVIFVFKDPRYHEWNELLYTLPIVPKHIWEEKDETTILQSS
NEYPLGSGPYVAHSWDQNKMIFERFENWWGTKVMGVKPAPKYVVIVRVLSNNVALGMLMKGELDFSNFMLPGVPILKKVY
NLNTWYDEPPYHLSSTVVGLFLNARKYPLSLPEFRRAIAMSINADPIVQRVYEGAVLKADPLGFLPNSVWMKYYPKEVVE
KHGFKYDPEEAKSILDKLGFRDVNGDGFRETPDGKPIKLTIECPYGWTDWMQAIQVIVDQLKVVGINAEPYFPDSSKYYE
NMYKGEFDIEMNANGTGISSTPWTYFNTIFYPDALESEFSYTGNYGRYQNPEVESLLEELNRTPLDNVEKVTELCGKLGE
ILLKDLPFIPLWYGAMAFITQDNVWTNWPNEHNPYAWPCGWANWWQTGALKILFNLKPAK

The query sequence (length=540) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4pfu:B 542 540 1.0000 0.9963 1.0000 0.0 5hm4:B, 4pfu:A, 4pfw:A, 4pfw:B
2 4pfy:A 539 537 0.6074 0.6085 0.6108 0.0 4pft:A, 4pft:B, 4pfy:B
3 3i5o:A 582 548 0.3148 0.2921 0.3102 6.08e-69 3i5o:B, 4jsd:A, 4jso:A, 2o7i:A
4 7ebi:A 537 553 0.2944 0.2961 0.2875 1.81e-52 7ebm:A, 6lzq:A, 6lzt:A, 6lzu:A, 6lzv:A, 6lzw:A
5 4gfr:A 529 534 0.2852 0.2911 0.2884 1.94e-48 8i5j:A, 8i5j:B, 8i5k:A, 1zu0:A
6 1xoc:A 504 445 0.2056 0.2202 0.2494 8.89e-27
7 1dpp:A 507 493 0.2333 0.2485 0.2556 7.26e-20 1dpp:C, 1dpp:E, 1dpp:G
8 6hlx:A 491 473 0.1981 0.2179 0.2262 1.07e-17
9 5f1q:A 513 452 0.2000 0.2105 0.2389 7.01e-17 5f1q:B
10 7kz9:A 478 482 0.2278 0.2573 0.2552 3.27e-16 7kz9:B
11 6ofq:A 512 487 0.2259 0.2383 0.2505 6.11e-15 6pu3:A
12 7z8e:A 590 547 0.2167 0.1983 0.2139 1.15e-13
13 4oev:A 494 447 0.1926 0.2105 0.2327 1.88e-13 4oeu:A, 4oeu:B, 4oev:B
14 5z99:A 485 346 0.1537 0.1711 0.2399 2.40e-13 5yyb:A, 5yyb:B
15 3e3k:B 500 407 0.1759 0.1900 0.2334 7.62e-13 7a0c:A, 7a0c:B, 4dcx:A, 4dcx:B, 4dcy:A, 4dcy:B, 3dp8:A, 3dp8:B, 3dp8:C, 3e3k:A, 3e3k:C, 4i8c:A, 4i8c:B, 4i8c:C, 4i9d:A, 4i9d:B, 5l8d:A, 5l8d:B, 3mvw:A, 3mvw:B, 3mvx:A, 3mvx:B, 3mvy:A, 3mvy:B, 3mvz:A, 3mvz:B, 3mw0:A, 3mw0:B, 5mwu:A, 5mwu:B, 3mz9:A, 3mz9:B, 3mzb:A, 3mzb:B, 2noo:A, 5on0:A, 5on0:B, 5on1:A, 5on1:B, 5on4:A, 5on4:B, 5on5:A, 5on5:B, 5on8:A, 5on8:B, 5on9:A, 5on9:B, 6r4q:A, 6r4q:B, 8spm:A, 1zlq:A, 1zlq:B
16 8cko:A 492 404 0.1833 0.2012 0.2450 7.81e-13 8ckd:A, 8cke:A, 6i7w:A, 4ra1:A, 4ze9:A, 4zeb:A, 4zeb:B, 4zec:A, 4zed:A, 4zei:A, 4zek:A
17 8caw:A 491 364 0.1667 0.1833 0.2473 1.29e-12 8cay:A, 8cb9:A, 8cdo:A
18 1uqw:A 487 455 0.2019 0.2238 0.2396 1.75e-12 1uqw:B
19 5yh8:A 510 481 0.1981 0.2098 0.2225 3.10e-12 5yhe:A, 5yhe:B, 5yhg:A
20 8ch2:A 479 406 0.1759 0.1983 0.2340 1.63e-11 8ch1:A, 8ch3:A, 8chc:A, 8ci6:A, 8cju:A
21 3m8u:A 508 483 0.1981 0.2106 0.2215 1.74e-10
22 4oes:A 498 424 0.1815 0.1968 0.2311 2.14e-10
23 8arn:A 509 466 0.1815 0.1925 0.2103 6.80e-10 8are:A, 8arn:B
24 7z6f:E 581 515 0.2056 0.1910 0.2155 5.22e-09 7atr:A, 8fsq:A, 8fsr:A, 8fss:A
25 8upi:A 510 293 0.1241 0.1314 0.2287 1.08e-08
26 4gl8:A 500 492 0.2037 0.2200 0.2236 2.01e-08 4gl8:B
27 1b05:A 517 505 0.2056 0.2147 0.2198 2.57e-08 1b0h:A, 1b1h:A, 1b2h:A, 1b32:A, 1b3f:A, 1b3g:A, 1b3h:A, 1b3l:A, 1b3l:C, 1b40:A, 1b46:A, 1b4h:A, 1b4z:A, 1b51:A, 1b52:A, 1b58:A, 1b5h:A, 1b5i:A, 1b5j:A, 1b6h:A, 1b7h:A, 1b9j:A, 1jet:A, 1jeu:A, 1jev:A, 1ola:A, 1olc:A, 2olb:A, 1qka:A, 1qkb:A, 2rkm:A
28 3tcf:A 517 496 0.2000 0.2089 0.2177 4.84e-08 3tcf:B, 3tcf:C, 3tcf:D, 3tcf:E, 3tcf:F, 3tcf:G, 3tcf:H, 3tcg:A, 3tcg:B, 3tcg:C, 3tcg:D, 3tcg:E, 3tcg:F, 3tcg:G, 3tcg:H
29 8j5u:A 534 401 0.1704 0.1723 0.2294 1.02e-07 8j5q:A, 8j5s:A
30 7veu:A 612 177 0.0815 0.0719 0.2486 3.92e-07 7vev:A, 7vew:A, 7vew:B
31 7veu:A 612 30 0.0204 0.0180 0.3667 3.5 7vev:A, 7vew:A, 7vew:B
32 4ofo:A 497 336 0.1537 0.1670 0.2470 5.34e-07 4ofl:A, 4ofl:B, 4ofo:B, 4ofo:C, 4ofo:D
33 6epz:C 673 151 0.0704 0.0565 0.2517 1.37e-06 6epy:A, 6epy:B, 6epy:C, 6epy:D, 6epz:A, 6epz:D, 6epz:B, 6eq0:A, 6eq0:B, 6eq1:A, 6eq1:B, 6eq8:D, 6eq8:B, 6eq8:C, 6eq8:A
34 2d5w:A 602 546 0.2333 0.2093 0.2308 3.08e-05 2d5w:B
35 6tfx:B 494 361 0.1519 0.1660 0.2271 3.66e-05 6tfq:A, 6tfq:B, 6tfs:A, 6tfs:B, 6tfx:A
36 3ryb:A 563 448 0.1833 0.1758 0.2210 3.84e-04 3drf:A, 3drg:A, 3drh:A, 3dri:A, 3drj:A, 3drk:A, 3rya:A
37 2wop:A 554 198 0.0870 0.0848 0.2374 0.001 2wok:A
38 8wda:A 517 535 0.2037 0.2128 0.2056 0.003 6e3d:A, 6e4d:A, 7jls:A
39 7og0:B 498 346 0.1389 0.1506 0.2168 0.009 7ofw:A, 7ofz:A, 7og0:A
40 6dtg:A 522 483 0.1778 0.1839 0.1988 0.13 6dqq:A, 6dqr:A, 6dqt:A, 6dqu:A, 6dtf:A, 6dth:A
41 8ay0:B 496 261 0.1056 0.1149 0.2184 0.16 8ay0:A, 8ay0:C
42 3o9p:A 509 246 0.0944 0.1002 0.2073 0.35
43 7fi3:A 724 304 0.1130 0.0843 0.2007 0.41 7fi3:B, 7fi3:C, 7fi3:D
44 4ofj:A 465 336 0.1241 0.1441 0.1994 0.60 3rqt:A, 4xkn:A, 4xkp:A, 4xkq:A, 4xkr:A
45 2z23:A 517 291 0.1093 0.1141 0.2027 1.5
46 7dwe:A 212 47 0.0296 0.0755 0.3404 1.8 7dwg:A
47 2o1b:A 376 32 0.0222 0.0319 0.3750 2.9
48 3c4w:B 519 131 0.0704 0.0732 0.2901 4.1 3c4w:A, 3c4x:A, 3c4x:B, 3c4z:A, 3c50:A, 3c50:B, 3c51:A, 4l9i:A, 4l9i:B, 7mt8:G, 7mt9:G, 7mta:G, 7mtb:G, 4pni:A, 3qc9:A, 3qc9:B, 3qc9:C, 3qc9:D, 3t8o:A, 4wbo:A, 4wbo:B, 4wbo:C, 4wbo:D
49 5iwp:A 591 98 0.0519 0.0474 0.2857 4.2 5wo8:A
50 4faj:A 507 25 0.0185 0.0197 0.4000 6.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218