Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VIQVKEIKFRPGTDEGDYQVKLRSLIRFLEEGDKAKITLRFRGREMAHQQIGMEVLNRVKDDLQELAVVESFPTKIEGRQ
MIMVLAPKKKQ

The query sequence (length=91) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8jsg:A 167 91 1.0000 0.5449 1.0000 2.15e-61 8jsh:A, 5me0:Z, 5me1:Z
2 5lmn:X 168 87 0.5385 0.2917 0.5632 1.03e-25 5lmo:X, 5lmp:X, 5lmq:X, 5lmr:X, 5lms:X, 5lmt:X, 5lmu:X, 5lmv:X
3 5jyx:B 109 25 0.0989 0.0826 0.3600 1.4 5jyx:A, 5jyx:E, 5jyx:C, 5jyx:J, 5jyx:D, 5jyx:H, 5jyx:F, 5jyx:O, 5jyx:G, 5jyx:L, 5jyx:I, 5jyx:K, 5jyx:M, 5jyx:N
4 6yxx:EC 373 57 0.1978 0.0483 0.3158 1.9 7aoi:XP, 6yxy:EC
5 4p4s:B 336 60 0.1758 0.0476 0.2667 2.0 4p4s:A, 4p4t:A
6 8adg:A 787 76 0.2308 0.0267 0.2763 3.5 8adi:A, 8bvq:A, 6lyq:A, 6lyr:A, 7nre:A, 7nrf:A, 7nri:A, 7p1c:A, 8pzu:A, 8pzv:A, 2qdf:A, 6qgw:A, 6qgx:A, 6qgy:C, 7r1w:A, 7tsz:A, 7tt0:A, 7tt1:A, 7tt2:A, 7tt3:A, 7tt4:A, 7ttc:A
7 5ojy:A 222 73 0.2308 0.0946 0.2877 3.8
8 8c45:A 1218 67 0.1978 0.0148 0.2687 4.5 8c45:B, 8q56:A
9 4kky:X 411 31 0.1319 0.0292 0.3871 4.8 2a1m:A, 2a1m:B, 2a1n:A, 2a1n:B, 2a1o:A, 2a1o:B, 1akd:A, 1c8j:A, 1c8j:B, 1cp4:A, 2cp4:A, 2cpp:A, 3cp4:A, 3cpp:A, 4cp4:A, 4cpp:A, 5cp4:A, 5cpp:A, 6cp4:A, 6cpp:A, 7cpp:A, 8cpp:A, 1dz4:A, 1dz4:B, 1dz6:A, 1dz6:B, 1dz8:A, 1dz8:B, 1dz9:A, 1dz9:B, 4ek1:A, 4ek1:B, 2fe6:A, 2fer:A, 2feu:A, 2feu:B, 2frz:A, 2frz:B, 3fwf:A, 3fwf:B, 3fwg:A, 3fwg:B, 3fwi:A, 3fwj:A, 4g3r:A, 4g3r:B, 1geb:A, 1gek:A, 1gem:A, 1gjm:A, 2gqx:A, 2gqx:B, 2gr6:A, 2gr6:B, 5gxg:A, 2h7q:A, 2h7r:A, 2h7s:A, 2h7s:C, 5ik1:A, 1iwi:A, 1iwj:A, 1iwk:A, 1j51:A, 1j51:B, 1j51:C, 1j51:D, 4jws:A, 4jws:B, 4jwu:A, 4jwu:B, 4jx1:A, 4jx1:B, 4jx1:E, 4jx1:F, 1k2o:A, 1k2o:B, 4l49:A, 4l4a:A, 4l4b:A, 4l4c:A, 4l4c:B, 4l4d:A, 4l4e:A, 4l4f:A, 4l4g:A, 3l61:A, 3l62:A, 3l63:A, 2l8m:A, 2lqd:A, 1lwl:A, 2m56:A, 1mpw:A, 1mpw:B, 6nbl:A, 6nbl:B, 1noo:A, 1o76:A, 1o76:B, 3oia:A, 3ol5:A, 1p2y:A, 3p6m:A, 3p6n:A, 3p6o:A, 3p6p:A, 3p6q:A, 3p6r:A, 3p6s:A, 3p6t:A, 3p6u:A, 3p6v:A, 3p6w:A, 3p6x:A, 1p7r:A, 1pha:A, 1phb:A, 1phc:A, 1phd:A, 1phe:A, 1phf:A, 1phg:A, 2qbl:A, 2qbm:A, 2qbn:A, 2qbo:A, 1qmq:A, 1re9:A, 1rf9:A, 1t85:A, 1t86:A, 1t86:B, 1t87:A, 1t87:B, 1t88:A, 1t88:B, 1uyu:A, 1uyu:B, 3w9c:A, 6we6:A, 6we6:B, 6wfl:A, 5wk7:A, 5wk9:A, 3wrh:A, 3wrh:E, 3wri:A, 3wri:B, 3wrj:A, 3wrj:E, 3wrk:A, 3wrk:D, 3wrl:A, 3wrl:E, 3wrm:A, 3wrm:F, 1yrc:A, 1yrd:A, 2z97:A, 2zaw:A, 2zax:A, 2zuh:A, 2zui:A, 2zuj:A, 2zwt:A, 2zwu:A
10 6xzd:CP1 772 38 0.1319 0.0155 0.3158 6.3
11 4g7e:B 833 63 0.1758 0.0192 0.2540 6.5
12 5clt:A 646 42 0.1429 0.0201 0.3095 8.2 5clt:B, 5clt:C, 5clw:A, 5clw:C, 5clw:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218