Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VIKSDMKIKLRMEGTVNGHKFVIEGEGEGKPYEGTQTMNLKVKEGAPLPFAYDILTTVFGNRVFAKYPKHIPDYFKQSFP
EGYSWERSMTFEDGGICTARNDITLEGDCFFYEIRFDGVNFPPNGPVMQKKTLKWEPSTEKMYVRDGVLTGDINMALLLE
GGGHYRCDFKTTYKAKKGVQLPDYHFVDHCIEILSHDKDYNNVKLYEHAVAHSGLP

The query sequence (length=216) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4dxp:A 216 216 1.0000 1.0000 1.0000 1.66e-164
2 4ljb:C 223 217 0.8194 0.7937 0.8157 3.46e-134 4ljb:A, 4ljc:C, 4ljd:A, 4ljd:B, 4ljd:C, 4ljd:D, 3p8u:A, 3p8u:B, 3p8u:D, 3tmr:A, 3tmr:B, 3tmr:C, 3tmr:D, 2vvh:A, 2vvh:B, 2vvh:C, 2vvh:D, 2vvi:A, 2vvi:B, 2vvi:C, 2vvi:D, 2vvj:A, 2vvj:B, 2vvj:C, 2vvj:D
3 8hgi:A 220 217 0.8380 0.8227 0.8341 6.34e-134 8hgi:B, 8tjh:A, 8tjh:B
4 2gx2:F 217 216 0.8287 0.8249 0.8287 2.29e-133 2gx2:A, 2gx2:D, 2gx2:H, 2gx2:K, 5hzs:A, 5hzs:B, 5hzs:C, 5hzs:D, 5hzs:E, 5hzs:F, 5hzs:G, 5hzs:H, 5hzs:I, 5hzs:J, 5hzs:K, 5hzs:L, 5hzt:B, 5hzt:C, 5hzt:D, 5hzt:E, 5hzt:F, 5hzt:G, 5hzt:H, 5hzt:I, 5hzt:J, 5hzt:L
5 4q9x:A 213 213 0.7222 0.7324 0.7324 2.22e-115 4r6d:A
6 5hzt:A 192 213 0.7407 0.8333 0.7512 4.14e-112 5hzt:K
7 7x2b:A 217 214 0.6204 0.6175 0.6262 2.41e-97
8 5exc:gg 165 157 0.5926 0.7758 0.8153 2.11e-94 5exc:ee, 5exc:ff, 5exc:hh
9 2vad:A 217 215 0.6111 0.6083 0.6140 2.43e-94
10 2arl:A 218 212 0.5648 0.5596 0.5755 1.58e-91
11 7qgk:A 217 214 0.5602 0.5576 0.5654 6.70e-83
12 6u1a:A 220 217 0.5602 0.5500 0.5576 1.27e-81
13 7dna:I 207 145 0.5093 0.5314 0.7586 4.62e-79 7dna:F
14 7dna:I 207 68 0.2500 0.2609 0.7941 2.46e-29 7dna:F
15 1uis:A 224 214 0.5231 0.5045 0.5280 3.42e-76 1uis:B
16 1xmz:B 231 213 0.5046 0.4719 0.5117 2.61e-70 1xmz:A
17 4q7r:A 223 209 0.5231 0.5067 0.5407 1.06e-68 8bgl:A, 8bgl:B, 4q7r:B
18 5ukg:A 393 142 0.3981 0.2188 0.6056 1.78e-57 5ukg:B
19 5ukg:A 393 80 0.1574 0.0865 0.4250 1.77e-11 5ukg:B
20 3u0k:A 397 142 0.3843 0.2091 0.5845 1.80e-56
21 3u0k:A 397 77 0.1620 0.0882 0.4545 1.07e-11
22 4i2y:A 381 142 0.3657 0.2073 0.5563 9.21e-44 4i2y:B
23 4i2y:A 381 71 0.1620 0.0919 0.4930 1.98e-14 4i2y:B
24 5exc:E 59 59 0.2083 0.7627 0.7627 9.38e-28 5exc:F, 5exc:G, 5exc:H
25 7bwn:J 280 208 0.2870 0.2214 0.2981 1.64e-23 7bwn:O, 7bwn:C, 7bwn:M, 4gf6:B, 4w74:A, 4w74:B, 4w74:H, 4w74:C, 4w74:D, 4w74:E, 4w76:A, 4w76:B, 4w77:A, 4w77:B, 4w7a:A, 4w7a:B, 4w7c:B, 4w7d:A, 4w7f:A, 4w7r:A, 4w7r:B, 4w7r:C, 4w7r:D
26 6wvb:A 408 153 0.2315 0.1225 0.3268 6.96e-21 6wv8:A
27 7ydq:A 598 140 0.2176 0.0786 0.3357 7.69e-21 4as8:A, 2b3q:A, 2b3q:D, 8dhy:A, 8dpd:A, 4eul:A, 6gqg:A, 6ir7:A, 4jfg:A, 4jfg:B, 4jfg:C, 4jfg:D, 4jfg:E, 4jfg:F, 4jfg:G, 4jfg:H, 6jgj:A, 4ka9:A, 4kw9:A, 1kyr:A, 1kys:A, 4l1i:A, 5nhn:B, 5nhn:A, 5ni3:A, 5ni3:D, 5ni3:B, 5ni3:C, 2o24:A, 7pca:A, 6sm0:A, 5t3i:A, 4w7c:D, 4w7e:A
28 4z4k:A 282 181 0.2731 0.2092 0.3260 1.11e-20 5aas:A, 4bmj:A, 4bmj:B, 4bmj:D, 4bmj:E, 4bmj:F, 4bmj:G, 4bmj:I, 4bmj:K, 3vht:B, 5yt6:D, 4z4k:B, 4z4m:A, 4z4m:B
29 6hr1:A 406 181 0.2731 0.1453 0.3260 1.46e-20 6hr1:B
30 6wv7:B 388 127 0.2083 0.1160 0.3543 3.12e-20 6wv3:A, 6wv4:A, 6wv5:A, 6wv6:A, 6wv7:A, 6wvh:A, 6wvh:B
31 4anj:A 995 181 0.2731 0.0593 0.3260 3.63e-20 1jbz:A
32 8ovo:A 503 124 0.2037 0.0875 0.3548 3.89e-20 8ovo:B, 8ovp:A, 8ovp:B, 2vha:A, 2vha:B
33 6m63:A 359 127 0.2130 0.1281 0.3622 3.93e-20 6m63:B
34 6quh:B 228 140 0.2083 0.1974 0.3214 5.64e-20 6quh:E, 6qui:B, 6qui:E, 6quj:B, 6quj:E
35 6wvf:A 386 127 0.2083 0.1166 0.3543 7.89e-20 3e9j:C, 3e9j:F, 2hi7:B, 2leg:B, 2ltq:A, 2zup:B, 2zuq:A, 2zuq:D
36 7s7t:A 509 127 0.2083 0.0884 0.3543 8.75e-20 8i4o:A, 8i4o:C, 8i4o:E, 8i4o:G, 8i4o:I, 8i4o:K
37 4pa0:A 974 185 0.2685 0.0595 0.3135 1.33e-19 4db1:A, 4db1:B, 8efe:A, 8efh:A, 9f6c:A, 6fsa:A, 6fsa:B, 5n69:A, 5n69:B, 5n6a:A, 8qyu:A
38 3o78:A 402 127 0.2176 0.1169 0.3701 1.67e-19 7aug:A, 3ek4:A, 3ek7:A, 3ek8:A, 3ekh:A, 3evr:A, 3evu:A, 3evv:A, 4ik1:A, 4ik3:A, 4ik4:A, 4ik5:A, 4ik8:A, 4ik9:A, 3o77:A, 3o78:B, 3sg2:A, 3sg3:A, 3sg4:A, 3sg5:A, 3sg6:A, 3sg7:A, 7st4:A, 6tv7:A, 3wlc:A, 3wld:A, 6ya9:A, 6zsm:A, 6zsn:A
39 6gez:B 532 140 0.2222 0.0902 0.3429 1.82e-19 6gel:A, 6gel:B, 6gez:A
40 6gez:B 532 190 0.2685 0.1090 0.3053 5.23e-19 6gel:A, 6gel:B, 6gez:A
41 6xu4:A 389 127 0.2083 0.1157 0.3543 4.72e-19 6xu4:B, 6xu4:E
42 7vcm:A 371 127 0.2083 0.1213 0.3543 6.80e-19 7pvc:A, 7vcm:B
43 7e9y:A 563 127 0.2083 0.0799 0.3543 1.57e-18
44 8b6s:A 517 184 0.2639 0.1103 0.3098 1.77e-18 8b6r:A, 8b6s:B, 8b6t:A, 8b6t:B, 1cqw:A, 4fwb:A, 4hzg:A, 8j1o:A, 4kac:A, 4kac:B, 4kaj:A, 4kyv:A, 4kyv:B, 7o3o:A, 7o8b:A, 7ond:A, 7ond:B, 7oo4:A, 7pcw:A, 7pcw:B, 7pcw:C, 7pcw:D, 7pcx:A, 7pcx:B, 7pcx:F, 7pcx:C, 7pcx:D, 7pcx:E, 3rk4:A, 8sw8:AAA, 6u32:A, 5uxz:A, 5uxz:B, 5vnp:A, 5vnp:B, 7wam:A, 7wan:A, 5y2y:A, 5y2y:B, 6y7a:A, 6y7b:A, 6y7b:B, 6y7b:E, 6y7b:C, 6y7b:D, 7zba:A, 7zba:B, 7zbb:A, 7zbb:B, 7zbd:A, 7zbd:B, 6zcc:A, 7ziv:A, 7ziw:A, 7ziw:B, 7zix:A, 7zix:B, 7ziy:A, 7ziy:B, 7ziz:A, 7zj0:A, 7zj0:B, 6zvu:A, 6zvv:A, 6zvv:B, 6zvv:C, 6zvv:D, 6zvw:A, 6zvw:B, 6zvx:A, 6zvy:A, 6zvy:B
45 3osq:A 607 127 0.2083 0.0741 0.3543 2.33e-18
46 3osr:A 603 127 0.2083 0.0746 0.3543 2.55e-18 3osr:B
47 8xld:A 213 153 0.1991 0.2019 0.2810 3.68e-16 8ill:B
48 4w75:B 187 154 0.2130 0.2460 0.2987 1.17e-15
49 4pa0:B 920 86 0.1620 0.0380 0.4070 1.28e-11 8qyu:B
50 3u8p:A 336 142 0.1898 0.1220 0.2887 2.39e-11 3c63:A, 3c63:B, 3c63:C, 3c63:D, 8drj:A, 6dy8:A, 6dy8:B, 6dy8:D, 6dy8:C, 6dyf:A, 6dyf:B, 6dyg:A, 6dyg:B, 6dyh:A, 6dyh:D, 7lr5:C, 7lr5:A, 7lra:C, 7lra:A, 7lrb:A, 7lrb:B, 7lrr:A, 7lrr:B, 7lrv:C, 7lrv:A, 7lv1:C, 7lv1:A, 7lv4:C, 7lv4:A, 7mk4:A, 7mk4:B, 7n4f:C, 7n4f:A, 7n4g:C, 7n4g:A, 3u8p:B, 3u8p:C, 6wyu:A, 6wyu:B, 6wyu:C, 6wz0:A, 6wz0:B, 6wz0:C
51 3u8p:A 336 49 0.0972 0.0625 0.4286 0.094 3c63:A, 3c63:B, 3c63:C, 3c63:D, 8drj:A, 6dy8:A, 6dy8:B, 6dy8:D, 6dy8:C, 6dyf:A, 6dyf:B, 6dyg:A, 6dyg:B, 6dyh:A, 6dyh:D, 7lr5:C, 7lr5:A, 7lra:C, 7lra:A, 7lrb:A, 7lrb:B, 7lrr:A, 7lrr:B, 7lrv:C, 7lrv:A, 7lv1:C, 7lv1:A, 7lv4:C, 7lv4:A, 7mk4:A, 7mk4:B, 7n4f:C, 7n4f:A, 7n4g:C, 7n4g:A, 3u8p:B, 3u8p:C, 6wyu:A, 6wyu:B, 6wyu:C, 6wz0:A, 6wz0:B, 6wz0:C
52 8smu:D 394 142 0.1898 0.1041 0.2887 5.06e-11 8smu:A, 8smu:C, 8smu:B
53 8smu:D 394 27 0.0648 0.0355 0.5185 0.16 8smu:A, 8smu:C, 8smu:B
54 5mwc:D 275 135 0.1944 0.1527 0.3111 1.37e-09
55 8c0t:A 281 141 0.2130 0.1637 0.3262 1.43e-09
56 8osi:A 400 125 0.1991 0.1075 0.3440 2.53e-09
57 6xw2:A 387 125 0.1991 0.1111 0.3440 3.56e-09
58 8ckk:B 121 93 0.1343 0.2397 0.3118 0.20 8ckg:A, 8ckg:B, 8ckk:A, 8ckl:A, 8ckl:B
59 4cok:B 549 129 0.1528 0.0601 0.2558 1.0 4cok:A
60 2vz9:B 2086 78 0.1019 0.0105 0.2821 1.3 2vz9:A
61 8uat:F 351 48 0.0602 0.0370 0.2708 5.0 3hf3:A, 3hf3:B, 3hf3:C, 3hf3:D, 3hgj:A, 3hgj:B, 3hgj:C, 3hgj:D, 5nux:A, 5nux:B, 5nux:C, 5nux:D, 5ogt:A, 5ogt:B, 5ogt:C, 5ogt:D, 8uaj:A, 8uaj:B, 8uaj:C, 8uaj:D, 8uat:B, 8uat:C, 8uat:D, 8uat:E, 8uat:G, 8uat:H, 8uat:A
62 8x90:A 1377 25 0.0463 0.0073 0.4000 6.9 8x91:A, 8x93:A
63 5tma:A 567 58 0.0694 0.0265 0.2586 7.3 3oe1:A, 3oe1:B, 3oe1:C, 3oe1:D, 5tma:B, 2wva:A, 2wva:B, 2wva:E, 2wva:F, 2wva:V, 2wva:Z, 2wva:X, 2wva:Y, 2wvg:A, 2wvg:B, 2wvg:E, 2wvg:F, 1zpd:A, 1zpd:B, 1zpd:E, 1zpd:F, 4zp1:A, 4zp1:B, 4zp1:C, 4zp1:D
64 7vfs:A 1266 33 0.0556 0.0095 0.3636 8.2 7vfu:A, 7vfv:A, 7vfw:A
65 7mix:A 1326 33 0.0556 0.0090 0.3636 8.2 7miy:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218