Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VGSVAALLTVVFYIAAVMATNLYGATFPEWFGDLSKSLYTLFQVMTLESWSMGIVRPVMNVHPNAWVFFIPFIMLTTFTV
LNLFIGIIVD

The query sequence (length=90) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6sxc:A 271 90 0.9889 0.3284 0.9889 6.11e-60 5bzb:B, 5bzb:C, 5bzb:D, 4cbc:A, 4cbc:B, 4cbc:C, 4cbc:D, 4oxs:A, 4oxs:B, 4oxs:C, 4oxs:D, 4p2z:B, 4p30:A, 4p30:B, 4p30:C, 4p30:D, 4p9o:A, 4p9o:B, 4p9o:C, 4p9o:D, 4p9p:B, 4p9p:D, 4pa3:A, 4pa3:B, 4pa3:C, 4pa3:D, 4pa4:A, 4pa4:B, 4pa4:C, 4pa4:D, 4pa6:A, 4pa6:B, 4pa6:C, 4pa6:D, 4pa7:A, 4pa7:B, 4pa7:C, 4pa7:D, 4pa9:A, 4pa9:B, 4pa9:C, 4pa9:D, 8s6j:A, 6sx5:A, 6sx7:A, 6sxe:A, 6sxf:A, 6sxf:B, 6sxg:A, 4x88:A, 4x88:B, 4x88:C, 4x88:D, 4x89:B, 4x8a:B, 4x8a:C, 4x8a:D, 6yz0:A, 6yz2:A, 6z8c:A, 3zjz:A, 3zjz:B, 3zjz:C, 3zjz:D
2 7pgg:A 147 90 0.6444 0.3946 0.6444 3.39e-39 7pgg:B, 7pgi:E
3 5ek0:A 250 88 0.6778 0.2440 0.6932 6.94e-39 5ek0:B, 5ek0:C, 5ek0:D
4 6n4i:C 226 88 0.6667 0.2655 0.6818 2.09e-38 6n4i:A, 6n4i:D, 6n4i:B
5 5hk7:A 139 87 0.6111 0.3957 0.6322 9.67e-38 5hk7:B, 5hk7:C, 7pgb:c, 7pgb:Z, 7pgb:d, 7pgb:o, 7pgb:l, 7pgb:h, 7pgb:e
6 5klb:A 267 88 0.6444 0.2172 0.6591 2.11e-36 6c1e:A, 6c1e:B, 6c1k:A, 6c1k:B, 6c1m:A, 6c1m:B, 8h9w:A, 6juh:C, 6ke5:A, 6ke5:B, 6ke5:C, 6ke5:D, 6keb:C, 6keb:D, 5klb:B, 5klb:C, 5klb:D, 5klg:D, 5klg:C, 5kls:C, 5kmf:A, 5kmh:A
7 4dxw:A 210 87 0.4222 0.1810 0.4368 7.20e-16
8 8j7m:A 257 92 0.3333 0.1167 0.3261 4.70e-09 8j7m:C, 8j7m:D, 8j7m:B
9 8j7h:B 290 67 0.2556 0.0793 0.3433 1.16e-08 8j7f:A, 8j7f:B, 8j7f:C, 8j7f:D, 8j7h:C, 8j7h:D, 7x5v:A, 7x5v:B, 7x5v:C
10 7eeb:A 258 95 0.3333 0.1163 0.3158 4.36e-06
11 6kzo:A 967 70 0.2333 0.0217 0.3000 3.26e-05
12 6kzo:A 967 94 0.2556 0.0238 0.2447 0.002
13 6kzo:A 967 59 0.2111 0.0196 0.3220 0.85
14 6kzo:A 967 62 0.1556 0.0145 0.2258 3.4
15 6kzp:A 1014 70 0.2333 0.0207 0.3000 3.67e-05
16 6kzp:A 1014 95 0.2556 0.0227 0.2421 0.003
17 6kzp:A 1014 59 0.2111 0.0187 0.3220 0.88
18 6kzp:A 1014 62 0.1556 0.0138 0.2258 3.6
19 9ayh:A 1056 70 0.2333 0.0199 0.3000 6.60e-05 9ayg:A, 9ayj:A, 9ayk:A, 9ayl:A
20 9ayh:A 1056 93 0.2444 0.0208 0.2366 0.001 9ayg:A, 9ayj:A, 9ayk:A, 9ayl:A
21 9ayh:A 1056 59 0.2111 0.0180 0.3220 0.58 9ayg:A, 9ayj:A, 9ayk:A, 9ayl:A
22 7wli:A 1135 86 0.2667 0.0211 0.2791 2.25e-04 7wlj:A, 7wlk:A, 7wll:A
23 7wli:A 1135 102 0.2444 0.0194 0.2157 0.006 7wlj:A, 7wlk:A, 7wll:A
24 7wli:A 1135 59 0.2111 0.0167 0.3220 0.92 7wlj:A, 7wlk:A, 7wll:A
25 8e59:A 1230 113 0.3222 0.0236 0.2566 5.54e-04 8e5a:A, 8e5b:A, 7uhf:A, 7uhg:A
26 8e59:A 1230 67 0.2111 0.0154 0.2836 0.013 8e5a:A, 8e5b:A, 7uhf:A, 7uhg:A
27 8e59:A 1230 66 0.2000 0.0146 0.2727 0.25 8e5a:A, 8e5b:A, 7uhf:A, 7uhg:A
28 6jp5:A 1274 113 0.3111 0.0220 0.2478 0.001 6jp8:A, 6jpa:A, 6jpb:A
29 6jp5:A 1274 60 0.2000 0.0141 0.3000 0.008 6jp8:A, 6jpa:A, 6jpb:A
30 6jp5:A 1274 66 0.1889 0.0133 0.2576 0.37 6jp8:A, 6jpa:A, 6jpb:A
31 7jpx:A 1116 113 0.3111 0.0251 0.2478 0.001 8e56:A, 8e57:A, 8e58:A, 7jpk:A, 7jpl:A, 7jpv:A, 7jpw:A
32 7jpx:A 1116 60 0.2000 0.0161 0.3000 0.008 8e56:A, 8e57:A, 8e58:A, 7jpk:A, 7jpl:A, 7jpv:A, 7jpw:A
33 7jpx:A 1116 66 0.1889 0.0152 0.2576 0.33 8e56:A, 8e57:A, 8e58:A, 7jpk:A, 7jpl:A, 7jpv:A, 7jpw:A
34 7mix:A 1326 54 0.2000 0.0136 0.3333 0.002 7miy:A
35 7mix:A 1326 108 0.2889 0.0196 0.2407 0.015 7miy:A
36 7mix:A 1326 91 0.2667 0.0181 0.2637 5.0 7miy:A
37 8wea:A 1206 107 0.3111 0.0232 0.2617 0.002
38 8wea:A 1206 59 0.1889 0.0141 0.2881 0.093
39 8wea:A 1206 66 0.2000 0.0149 0.2727 0.16
40 7vfs:A 1266 60 0.2111 0.0150 0.3167 0.002 7vfu:A, 7vfv:A, 7vfw:A
41 7vfs:A 1266 108 0.2889 0.0205 0.2407 0.013 7vfu:A, 7vfv:A, 7vfw:A
42 7vfs:A 1266 91 0.2667 0.0190 0.2637 5.3 7vfu:A, 7vfv:A, 7vfw:A
43 7xm9:A 1230 70 0.2222 0.0163 0.2857 0.006 6j8g:A, 6j8h:A, 6j8i:A, 6j8j:A, 7xmf:A, 7xmg:A, 8xmm:A
44 7xm9:A 1230 84 0.2444 0.0179 0.2619 0.083 6j8g:A, 6j8h:A, 6j8i:A, 6j8j:A, 7xmf:A, 7xmg:A, 8xmm:A
45 8x90:A 1377 51 0.1889 0.0123 0.3333 0.006 8x91:A, 8x93:A
46 8x90:A 1377 87 0.3000 0.0196 0.3103 0.014 8x91:A, 8x93:A
47 8x90:A 1377 26 0.1333 0.0087 0.4615 0.091 8x91:A, 8x93:A
48 8fhs:A 1282 111 0.3111 0.0218 0.2523 0.008 8eog:K, 8fd7:K, 8hlp:A, 8hma:E, 8hmb:D, 8we6:A, 8we7:A, 8we8:A, 8we9:A
49 8fhs:A 1282 59 0.1889 0.0133 0.2881 0.090 8eog:K, 8fd7:K, 8hlp:A, 8hma:E, 8hmb:D, 8we6:A, 8we7:A, 8we8:A, 8we9:A
50 8fhs:A 1282 66 0.2000 0.0140 0.2727 0.15 8eog:K, 8fd7:K, 8hlp:A, 8hma:E, 8hmb:D, 8we6:A, 8we7:A, 8we8:A, 8we9:A
51 7w9l:A 1420 70 0.2222 0.0141 0.2857 0.008 8g1a:A, 7w9k:A, 7w9m:A, 7w9p:A, 7w9t:A, 8xmo:A
52 7w9l:A 1420 84 0.2444 0.0155 0.2619 0.080 8g1a:A, 7w9k:A, 7w9m:A, 7w9p:A, 7w9t:A, 8xmo:A
53 8epm:A 991 59 0.2000 0.0182 0.3051 0.008
54 8epm:A 991 87 0.2556 0.0232 0.2644 0.019
55 8epm:A 991 119 0.3222 0.0293 0.2437 0.019
56 7xlq:A 1319 50 0.1889 0.0129 0.3400 0.009 8epl:A, 7yg5:A
57 7xlq:A 1319 119 0.3222 0.0220 0.2437 0.018 8epl:A, 7yg5:A
58 7xlq:A 1319 87 0.2556 0.0174 0.2644 0.022 8epl:A, 7yg5:A
59 8fhd:A 1294 70 0.2222 0.0155 0.2857 0.010
60 8fhd:A 1294 83 0.2333 0.0162 0.2530 0.22
61 8gz2:B 1174 70 0.2222 0.0170 0.2857 0.011 8gz1:B
62 8gz2:B 1174 81 0.2111 0.0162 0.2346 0.28 8gz1:B
63 6agf:A 1138 62 0.2333 0.0185 0.3387 0.013
64 6agf:A 1138 84 0.2333 0.0185 0.2500 2.6
65 8eoi:K 1116 115 0.3222 0.0260 0.2522 0.028
66 8eoi:K 1116 59 0.1889 0.0152 0.2881 0.077
67 8eoi:K 1116 66 0.2000 0.0161 0.2727 0.14
68 7xsu:A 1085 71 0.2333 0.0194 0.2958 0.042
69 7xsu:A 1085 81 0.2222 0.0184 0.2469 0.64
70 8f6p:A 1091 71 0.2333 0.0192 0.2958 0.046
71 8f6p:A 1091 81 0.2222 0.0183 0.2469 0.65
72 6uz3:A 1126 70 0.2333 0.0187 0.3000 0.047 7fbs:A
73 6uz3:A 1126 81 0.2222 0.0178 0.2469 0.64 7fbs:A
74 8t6l:A 1237 70 0.2333 0.0170 0.3000 0.049 7k18:A, 6lqa:B, 6uz0:A
75 8t6l:A 1237 81 0.2222 0.0162 0.2469 0.68 7k18:A, 6lqa:B, 6uz0:A
76 6xiw:A 1256 67 0.1778 0.0127 0.2388 0.052
77 6xiw:A 1256 62 0.1667 0.0119 0.2419 1.00
78 6xiw:A 1256 61 0.1889 0.0135 0.2787 2.6
79 6xiw:A 1256 110 0.3000 0.0215 0.2455 4.5
80 6j8e:A 1139 71 0.2333 0.0184 0.2958 0.054 7dtd:A, 7w77:D, 7w7f:D
81 6j8e:A 1139 84 0.2444 0.0193 0.2619 0.21 7dtd:A, 7w77:D, 7w7f:D
82 7sx3:A 1386 67 0.1778 0.0115 0.2388 0.060 7sx4:A
83 7sx3:A 1386 62 0.1667 0.0108 0.2419 1.1 7sx4:A
84 7sx3:A 1386 61 0.1889 0.0123 0.2787 3.1 7sx4:A
85 7sx3:A 1386 110 0.3000 0.0195 0.2455 4.9 7sx4:A
86 7cu3:A 1277 67 0.1778 0.0125 0.2388 0.060
87 7cu3:A 1277 62 0.1667 0.0117 0.2419 1.2
88 7cu3:A 1277 61 0.1889 0.0133 0.2787 2.9
89 7cu3:A 1277 110 0.3000 0.0211 0.2455 4.6
90 8xmn:A 1277 70 0.2111 0.0149 0.2714 0.069 8i5b:A, 8i5g:A, 8i5x:A, 8i5y:A, 8j4f:A, 8s9b:A, 8s9c:A, 8thg:A, 8thh:A, 7xve:A, 7xvf:A
91 8xmn:A 1277 84 0.2444 0.0172 0.2619 0.078 8i5b:A, 8i5g:A, 8i5x:A, 8i5y:A, 8j4f:A, 8s9b:A, 8s9c:A, 8thg:A, 8thh:A, 7xve:A, 7xvf:A
92 7we4:A 1122 72 0.2556 0.0205 0.3194 0.11 7wel:A, 7wfr:A, 7wfw:A
93 7we4:A 1122 49 0.1444 0.0116 0.2653 5.6 7wel:A, 7wfr:A, 7wfw:A
94 7roq:A 1831 41 0.2000 0.0098 0.4390 0.40
95 8f0p:A 1116 73 0.2111 0.0170 0.2603 0.40 8f0q:A, 8f0r:A, 8f0s:A
96 6a91:A 1323 73 0.2111 0.0144 0.2603 0.47 6a95:A, 6nt3:A, 6nt4:A
97 6c9a:B 723 61 0.1667 0.0207 0.2459 0.97 6c9a:A
98 3gyy:D 311 23 0.1333 0.0386 0.5217 1.4 3gyy:A, 3gyy:B, 3gyy:C, 2vpn:A, 2vpn:B, 2vpo:A, 2vpo:B
99 8ee6:A 1808 38 0.1556 0.0077 0.3684 1.5 8edw:A
100 8eop:A 1687 38 0.1556 0.0083 0.3684 1.5
101 8ouo:A 648 103 0.2444 0.0340 0.2136 2.0
102 7tj9:A 1111 70 0.2000 0.0162 0.2571 2.1
103 8ouo:B 625 103 0.2444 0.0352 0.2136 2.1 6nq0:A, 6nq0:B, 6nq2:A, 6nq2:B
104 7tbw:A 1928 38 0.1778 0.0083 0.4211 5.6
105 4xzw:A 305 37 0.1333 0.0393 0.3243 5.9
106 7tby:A 1788 38 0.1778 0.0089 0.4211 6.1 7tc0:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218