Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VEHVEIAAFENVDGLSSSTFLNDVILVHQGFPGISFSEINTKTKFFRKEISVPVMVTGMTNELGRINKIIAEVAEKFGIP
MGVGSQRVAIEKAEARESFAIVRKVAPTIPIIANLGMPQLVKGYGLKEFQDAIQMIEADAIAVHLNPAQEVFQPEGEPEY
QIYALEKLRDISKELSVPIIVKESGNGISMETAKLLYSYGIKNFDTSGQGGTNWIAIEMIRDIRRGNWKAESAKNFLDWG
VPTAASIMEVRYSVPDSFLVGSGGIRSGLDAAKAIALGADIAGMALPVLKSAIEGKESLEQFFRKIIFELKAAMMLTGSK
DVDALKKTSIVILGKLKEWAEYRGINLSIYEKVRKR

The query sequence (length=356) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3b03:B 364 359 1.0000 0.9780 0.9916 0.0 3b03:A, 3b03:C, 3b03:D, 3b04:A, 3b04:B, 3b04:C, 3b04:D, 3b05:A, 3b05:B, 3b05:C, 3b05:D, 3b06:A, 3b06:B, 3b06:C, 3b06:D, 3vkj:A, 3vkj:B, 3vkj:C, 3vkj:D, 2zru:A, 2zru:B, 2zru:C, 2zru:D, 2zrv:A, 2zrv:B, 2zrv:C, 2zrv:D, 2zrw:A, 2zrw:B, 2zrw:C, 2zrw:D, 2zrx:A, 2zrx:B, 2zrx:C, 2zrx:D, 2zry:A, 2zry:B, 2zry:C, 2zry:D, 2zrz:A, 2zrz:B, 2zrz:C, 2zrz:D
2 1p0k:B 309 337 0.3315 0.3819 0.3501 8.05e-53 1p0k:A, 1p0n:A, 1p0n:B
3 3dh7:A 318 320 0.3315 0.3711 0.3688 8.05e-47 3dh7:B, 3dh7:C, 3dh7:D, 1vcf:A, 1vcf:B, 1vcg:A, 1vcg:B, 1vcg:C, 1vcg:D
4 4n02:A 332 331 0.2697 0.2892 0.2900 6.20e-33
5 6r9v:A 369 98 0.0815 0.0786 0.2959 2.64e-05 6rhs:A, 6rht:A
6 6dvi:D 338 95 0.0787 0.0828 0.2947 9.70e-05
7 6dvh:A 394 95 0.0787 0.0711 0.2947 9.95e-05 6dvh:B, 6dvh:C, 6dvh:D, 6dvh:E, 6dvh:F, 6dvi:A, 6dvi:B, 6dvi:C, 6dvi:E, 6dvi:F
8 2du2:A 374 72 0.0758 0.0722 0.3750 2.67e-04 2du2:B, 2du2:C, 2du2:D, 2e77:A, 2e77:B, 2e77:C, 2e77:D, 5ebu:A, 5ebu:B, 5ebu:C, 5ebu:D, 5ebu:E, 5ebu:F, 5ebu:G, 5ebu:H, 7f1y:A, 7f1y:B, 7f20:A, 7f20:B, 7f21:A, 7f21:B, 7f22:A, 7f22:B, 2j6x:A, 2j6x:B, 2j6x:C, 2j6x:D, 2j6x:E, 2j6x:F, 2j6x:G, 2nli:A, 4rje:A, 4rje:B, 4rje:C, 4rje:D, 8ufy:A, 4yl2:A, 4yl2:B, 4yl2:C, 4yl2:D, 2zfa:A
9 2j6x:H 348 72 0.0758 0.0776 0.3750 2.85e-04 8ufy:B, 2zfa:B
10 2nli:B 326 72 0.0758 0.0828 0.3750 2.92e-04
11 6a08:A 335 67 0.0702 0.0746 0.3731 8.21e-04 6a00:A, 6a01:A, 6a0b:A, 6a0d:A, 6a0g:A, 6a0m:A, 6a0o:A, 6a0v:A, 6a0y:A, 6a11:A, 6a13:A, 6a19:A, 6a1a:A, 6a1b:A, 6a1h:A, 6a1l:A, 6a1m:A, 6a1n:A, 6a1p:A, 6a1r:A, 6a1w:A, 6a21:A, 6a23:A, 6a36:A, 6a39:A, 6a3d:A, 6a3t:A, 6a4g:A, 6a4h:A, 6ai7:A, 7bsr:A, 5zzr:A, 5zzs:A, 5zzt:A, 5zzx:A, 5zzy:A, 5zzz:A
12 5zzq:A 355 66 0.0702 0.0704 0.3788 8.23e-04 6a24:A, 5zzp:A
13 7r4p:A 337 70 0.0618 0.0653 0.3143 0.001 7m2o:A, 2rdt:A, 2w0u:A, 2w0u:B, 2w0u:C, 2w0u:D, 6w44:A, 6w45:A, 6w4c:A
14 6gmb:A 362 70 0.0618 0.0608 0.3143 0.001 6gmc:A, 2nzl:A, 5qib:A, 5qic:A, 5qid:A, 5qie:A, 5qif:A, 5qig:A, 5qih:A, 7r4n:A, 7r4o:A, 2rdu:A, 2rdw:A
15 3sgz:A 336 61 0.0590 0.0625 0.3443 0.001 3sgz:B, 3sgz:C, 1tb3:A, 1tb3:B, 1tb3:C, 1tb3:D, 1tb3:E, 1tb3:F, 1tb3:G, 1tb3:H
16 5zbm:B 353 70 0.0646 0.0652 0.3286 0.002 1al7:A, 1al8:A, 1gox:A, 1gyl:A, 5zbm:A
17 6m73:A 364 108 0.0843 0.0824 0.2778 0.004 6m74:A
18 3oix:A 310 93 0.0758 0.0871 0.2903 0.030 3oix:B, 3oix:C, 3oix:D
19 1kbi:A 504 66 0.0590 0.0417 0.3182 0.033 1fcb:A, 1fcb:B, 1kbi:B, 1kbj:A, 1kbj:B, 3ks0:A, 3ks0:B, 1lco:A, 1lco:B, 1ldc:A, 1ltd:A, 1ltd:B, 2oz0:A, 2oz0:B, 1qcw:A, 1qcw:B, 1sze:A, 1sze:B, 1szf:A, 1szf:B, 1szg:A, 1szg:B
20 1ldc:B 382 66 0.0590 0.0550 0.3182 0.035
21 5ahn:A 297 94 0.0787 0.0943 0.2979 0.13
22 1b3o:A 304 237 0.1573 0.1842 0.2363 0.13
23 7rfh:H 451 128 0.0927 0.0732 0.2578 0.14 7rfh:A, 7rfh:B, 7rfh:C, 7rfh:D, 7rfh:E, 7rfh:F, 7rfh:G
24 8c51:A 449 83 0.0815 0.0646 0.3494 0.22 8c51:B, 8c53:A, 8c53:B, 8cgy:A, 8cgy:B, 6rfu:A, 6rfu:B
25 7l01:B 385 61 0.0562 0.0519 0.3279 0.32 5boo:A, 5boo:B, 4cq8:A, 4cq8:B, 4cq9:A, 4cq9:B, 4cqa:A, 4cqa:B, 5del:A, 6e0b:A, 5fi8:A, 6gjg:A, 6gjg:B, 6i4b:A, 6i4b:B, 6i55:A, 6i55:B, 3i65:A, 3i68:A, 3i6r:A, 7kyk:A, 7kyk:B, 7kyk:C, 7kyk:D, 7kyv:A, 7kyy:A, 7kyy:B, 7kyy:C, 7kyy:D, 7kz4:A, 7kz4:B, 7kzy:A, 7kzy:B, 7l01:A, 7l0k:A, 7l0k:B, 3o8a:A, 4orm:A, 4rx0:A, 7s87:A, 7s87:B, 3sfk:A, 5tbo:A, 1tv5:A, 6vtn:A, 6vty:A, 6vty:B, 6vty:C, 6vty:D, 7wyf:A
26 8p4q:E 390 170 0.1011 0.0923 0.2118 0.38 8p37:A, 8p4q:A, 8p4q:B, 8p4q:C, 8p4q:D, 8p4q:F, 8p4q:G, 8p4q:H
27 4mm1:A 238 26 0.0393 0.0588 0.5385 1.2 4mm1:B, 4mm1:C, 4mm1:D, 4mm1:E, 4mm1:F
28 6jig:A 480 158 0.1124 0.0833 0.2532 1.3 6lk4:A
29 1eep:A 314 43 0.0478 0.0541 0.3953 1.4
30 6da9:A 463 123 0.0899 0.0691 0.2602 1.7
31 4k9q:A 531 52 0.0506 0.0339 0.3462 1.7 4k9q:B
32 6uc2:A 453 131 0.0871 0.0684 0.2366 2.0 6i0m:B, 6i0o:A, 6uc2:B, 6uc2:C, 6uc2:D, 6uc2:E, 6uc2:F, 6uc2:G, 6uc2:H
33 3tsd:B 426 114 0.0787 0.0657 0.2456 2.6
34 8si6:A 1107 42 0.0421 0.0136 0.3571 2.7 8si2:A, 8si2:B, 8si2:D, 8si2:C, 8si3:A, 8si3:B, 8si3:C, 8si3:D, 8si4:A, 8si4:B, 8si4:C, 8si4:D, 8si5:A, 8si5:B, 8si5:D, 8si5:C, 8si6:B, 8si6:C, 8si6:D, 8si7:A, 8si7:B, 8si7:D, 8si7:C, 8si8:A, 8si8:B, 8si8:D, 8si8:C, 8sia:A, 8sia:D, 8sia:B, 8sia:C, 8w2l:A, 8w2l:B, 8w2l:C, 8w2l:D
35 7oj1:B 425 76 0.0618 0.0518 0.2895 2.7
36 7pji:A 445 109 0.0899 0.0719 0.2936 3.3 4dqw:A, 4dqw:B, 6gk9:A, 6gk9:D, 7pji:B
37 1jcn:A 395 190 0.1208 0.1089 0.2263 3.4 1jcn:B
38 1b3o:B 410 191 0.1236 0.1073 0.2304 3.5
39 4zg5:D 252 52 0.0449 0.0635 0.3077 3.8 4zg5:A, 4zg5:C, 4zg5:G
40 1h76:A 677 89 0.0646 0.0340 0.2584 5.2
41 1qdd:A 144 110 0.0674 0.1667 0.2182 5.5
42 7vbc:A 1477 56 0.0393 0.0095 0.2500 5.7 7vba:A, 7vbb:A
43 2cu0:A 358 43 0.0506 0.0503 0.4186 5.7 2cu0:B
44 7obb:A 1510 56 0.0393 0.0093 0.2500 5.7
45 7ob9:A 1535 56 0.0393 0.0091 0.2500 5.8 7oba:A
46 3w87:A 314 42 0.0449 0.0510 0.3810 5.9 3c3n:A, 3c3n:B, 3c3n:C, 3c3n:D, 2djl:A, 2djl:B, 2djx:A, 2djx:B, 2e68:A, 2e68:B, 2e6a:A, 2e6a:B, 2e6d:A, 2e6d:B, 2e6f:A, 2e6f:B, 5e93:A, 5e93:B, 5ea9:A, 5ea9:B, 4jd4:A, 4jd4:B, 4jdb:A, 4jdb:B, 3w1a:A, 3w1a:B, 3w1l:A, 3w1l:B, 3w1m:A, 3w1m:B, 3w1n:A, 3w1n:B, 3w1p:A, 3w1p:B, 3w1q:A, 3w1q:B, 3w1r:A, 3w1r:B, 3w1t:A, 3w1t:B, 3w1u:A, 3w1u:B, 3w1x:A, 3w1x:B, 3w22:A, 3w22:B, 3w23:A, 3w23:B, 3w2j:A, 3w2j:B, 3w2k:A, 3w2k:B, 3w2l:A, 3w2l:B, 3w2m:A, 3w2m:B, 3w2n:A, 3w2n:B, 3w2u:A, 3w2u:B, 3w3o:A, 3w3o:B, 3w6y:A, 3w6y:B, 3w70:A, 3w70:B, 3w71:A, 3w71:B, 3w72:A, 3w72:B, 3w73:A, 3w73:B, 3w74:A, 3w74:B, 3w75:A, 3w75:B, 3w76:A, 3w76:B, 3w7c:A, 3w7c:B, 3w7d:A, 3w7d:B, 3w7e:A, 3w7e:B, 3w7g:A, 3w7g:B, 3w7h:A, 3w7h:B, 3w7i:A, 3w7i:B, 3w7j:A, 3w7j:B, 3w7k:A, 3w7k:B, 3w7l:A, 3w7l:B, 3w7m:A, 3w7m:B, 3w7n:A, 3w7n:B, 3w7o:A, 3w7o:B, 3w7p:A, 3w7p:B, 3w7q:A, 3w7q:B, 3w83:A, 3w83:B, 3w84:A, 3w84:B, 3w85:A, 3w85:B, 3w86:A, 3w86:B, 3w87:B, 3w88:A, 3w88:B
47 8u7m:A 451 203 0.1208 0.0953 0.2118 6.5 8u7m:B, 8u7m:C, 8u7m:D, 8u7m:E, 8u7m:F, 8u7m:G, 8u7m:H
48 2bsl:A 311 85 0.0730 0.0836 0.3059 8.3 2bsl:B, 2bx7:A, 2bx7:B, 1dor:A, 1dor:B, 2dor:A, 2dor:B, 1jqv:A, 1jqv:B, 1jqx:A, 1jqx:B, 1jrb:A, 1jrb:B, 1jrc:A, 1jrc:B, 1jub:A, 1jub:B, 1jue:A, 1jue:B, 1ovd:A, 1ovd:B

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218