Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VDTCSLASPASVCRTKHLHLRCSVDFTRRTLTGTAALTVQSQEDNLRSLVLDTKDLTIEKVVINGQEVKYALGERQSYKG
SPMEISLPIALSKNQEIVIEISFETSPKSSALQWLTPEQTSGKEHPYLFSQCQAIHCRAILPCQDTPSVKLTYTAEVSVP
KELVALMSAIRDGETPDPEDPSRKIYKFIQKVPIPCYLIALVVGALESRQIGPRTLVWSEKEQVEKSAYEFSETESMLKI
AEDLGGPYVWGQYDLLVLPPSFPYGGMENPCLTFVTPTLLAGDKSLSNVIAHEISHSWTGNLVTNKTWDHFWLNEGHTVY
LERHICGRLFGEKFRHFNALGGWGELQNSVKTFGETHPFTKLVVDLTDIDPDVAYSSVPYEKGFALLFYLEQLLGGPEIF
LGFLKAYVEKFSYKSITTDDWKDFLYSYFKDKVDVLNQVDWNAWLYSPGLPPIKPNYDMTLTNACIALSQRWITAKEDDL
NSFNATDLKDLSSHQLNEFLAQTLQRAPLPLGHIKRMQEVYNFNAINNSEIRFRWLRLCIQSKWEDAIPLALKMATEQGR
MKFTRPLFKDLAAFDKSHDQAVRTYQEHKASMHPVTAMLVGKDLKVD

The query sequence (length=607) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3b7r:L 610 607 1.0000 0.9951 1.0000 0.0 5aen:A, 7auz:A, 7av0:A, 7av1:A, 7av2:A, 8ava:A, 8awh:A, 3b7s:A, 3b7t:A, 3b7u:X, 5bpp:A, 3cho:A, 3chp:A, 3chq:A, 3chr:A, 3chs:A, 4dpr:A, 6enb:A, 6enc:A, 6end:A, 3fh5:A, 3fh7:A, 3fh8:A, 3fhe:A, 3fts:A, 3ftu:A, 3ftv:A, 3ftw:A, 3ftx:A, 3fty:A, 3ftz:A, 3fu0:A, 3fu3:A, 3fu5:A, 3fu6:A, 3fud:A, 3fue:A, 3fuf:A, 3fuh:A, 3fui:A, 3fuj:A, 3fuk:A, 3ful:A, 3fum:A, 3fun:A, 5fwq:A, 1gw6:A, 1h19:A, 1hs6:A, 7kze:A, 7kze:B, 7kze:C, 4l2l:A, 7llq:A, 7llq:B, 7llq:C, 4mkt:A, 4ms6:A, 5n3w:A, 5ni2:A, 5ni4:A, 5ni4:B, 5ni4:C, 5ni6:A, 5nia:A, 5nid:A, 5nie:A, 5nie:B, 5nie:C, 6o5h:A, 6o5h:B, 6o5h:C, 8qow:A, 8qpn:A, 8qq4:A, 2r59:A, 4r7l:A, 4rsy:A, 4rvb:A, 8rx3:A, 8rx7:A, 8rx9:A, 1sqm:A, 8twx:A, 8twx:B, 8twx:C, 3u9w:A, 2vj8:A
2 4gaa:A 606 605 0.6787 0.6799 0.6810 0.0 4gaa:B
3 2xpy:A 628 613 0.4053 0.3917 0.4013 3.20e-145 2xpz:A, 2xq0:A
4 5mj6:A 870 474 0.1960 0.1368 0.2511 2.20e-26 5c97:A, 5c97:B, 8cgp:A, 8cgp:B, 8cgw:A, 8cgw:B, 5mj6:B, 8p0i:A, 8p0i:B, 4p8q:A, 4p8q:B, 4pj6:A, 4pj6:B, 6ydx:A, 6ydx:B, 4z7i:A, 4z7i:B, 7zyf:A, 7zyf:B
5 8sw0:A 864 473 0.1928 0.1354 0.2474 1.50e-24 8sw1:A
6 5dll:A 854 492 0.1993 0.1417 0.2459 2.13e-24
7 7v9o:A 860 422 0.1812 0.1279 0.2607 8.56e-23 7v9n:A, 7v9p:A, 7v9p:B, 7v9q:A
8 3q7j:A 780 455 0.1895 0.1474 0.2527 1.06e-22 3q7j:B, 1z1w:A, 1z5h:A, 1z5h:B
9 6koz:A 436 436 0.1779 0.2477 0.2477 1.36e-22 6a8z:A, 6a8z:B, 6iff:A, 6iff:B, 6ifg:A, 6ifg:B, 6koy:A, 6koy:B, 6koz:B, 6kp0:A, 6kp0:B, 6kp1:A, 6kp1:B
10 7vpp:A 904 326 0.1532 0.1029 0.2853 1.66e-22 6buy:A, 6bv0:A, 6bv1:A, 6bv2:A, 6bv3:A, 6bv4:A, 4f5c:A, 4f5c:B, 4fke:A, 4fkh:A, 4fkk:A, 4hom:A, 5lds:D, 5lds:A, 5lds:B, 5lds:C, 5lg6:A, 5lg6:B, 4naq:A, 4nz8:A, 4ou3:A, 7vpp:C, 5z65:A
11 5lhd:C 905 306 0.1400 0.0939 0.2778 1.01e-21 6atk:C, 6atk:A, 6atk:B, 4fyq:A, 4fyr:A, 4fys:A, 4fyt:A, 5lhd:D, 5lhd:A, 5lhd:B, 6u7e:A, 6u7e:B, 6u7f:A, 6u7f:B, 6u7g:A, 6u7g:B, 7vpq:A, 7vpq:C, 7vpq:E
12 7u0l:A 904 314 0.1450 0.0973 0.2803 8.99e-21
13 8t41:A 859 433 0.1631 0.1153 0.2286 1.70e-19
14 6rqx:A 862 352 0.1483 0.1044 0.2557 6.02e-19 6m8p:A, 6m8p:B, 6m8p:C, 6m8p:D, 6m8p:E, 6m8p:F, 6m8p:G, 6m8p:H, 6m8p:I, 6m8p:J, 6m8p:K, 6m8p:L, 6m8p:M, 6m8p:N, 6m8p:O, 6m8p:P, 6m8p:Q, 6m8p:R, 6m8p:S, 6m8p:T, 6m8p:U, 6m8p:V, 3mdj:B, 6mgq:A, 6mgq:B, 6mgq:C, 6q4r:A, 3qnf:A, 3qnf:B, 3qnf:C, 6ryf:A, 6t6r:A, 2yd0:A, 7z28:A
15 4kx7:A 875 302 0.1367 0.0949 0.2748 3.92e-18 4kx8:A, 4kx9:A, 4kxa:A, 4kxb:A, 4kxc:A, 4kxd:A
16 3mdj:C 819 342 0.1483 0.1099 0.2632 7.12e-18 3mdj:A
17 6oiu:C 900 428 0.1829 0.1233 0.2593 1.28e-17 6oiu:A, 6oiu:B, 6oiu:D
18 4wz9:B 887 329 0.1433 0.0981 0.2644 2.43e-17 4wz9:A
19 4xo4:A 870 377 0.1516 0.1057 0.2440 5.54e-16 3b2p:A, 3b2x:A, 3b34:A, 3b37:A, 3b3b:A, 2dq6:A, 2dqm:A, 6g8b:A, 2hpo:A, 2hpt:A, 3ked:A, 5mfr:A, 5mfs:A, 5mft:A, 3puu:A, 4q4e:A, 4q4i:A, 3qjx:A, 4xmt:A, 4xmu:A, 4xmv:A, 4xmw:A, 4xmx:A, 4xmz:A, 4xn1:A, 4xn2:A, 4xn4:A, 4xn5:A, 4xn7:A, 4xn8:A, 4xn9:A, 4xna:A, 4xnb:A, 4xnd:A, 4xo3:A, 4xo5:A, 5yo1:A, 5yq1:A, 5yq2:A, 5yqb:A, 2zxg:A
20 6sbq:A 891 461 0.2026 0.1380 0.2668 8.44e-16 6ea1:A, 6ea2:A, 6eaa:A, 6eab:A, 3ebg:A, 3ebh:A, 3ebi:A, 6ee3:A, 6ee4:A, 6ee6:A, 6eed:A, 8ewz:A, 8ex3:A, 8eyd:A, 8eye:A, 8eyf:A, 8ez2:A, 4j3b:A, 4k5l:A, 4k5m:A, 4k5n:A, 4k5o:A, 4k5p:A, 3q43:A, 3q44:A, 4r5t:A, 4r5v:A, 4r5x:A, 6sbr:A, 8slo:A, 8svl:A, 8t6h:A, 8t7p:A, 3t8v:A, 8t83:A, 4x2u:A, 5xm7:A, 5y19:A, 5y1h:A, 5y1k:A, 5y1q:A, 5y1r:A, 5y1s:A, 5y1t:A, 5y1v:A, 5y1w:A, 5y1x:A, 5y3i:A, 4zqt:A, 4zw3:A, 4zw5:A, 4zw6:A, 4zw7:A, 4zw8:A, 4zx3:A, 4zx4:A, 4zx5:A, 4zx6:A
21 7pfs:A 916 299 0.1318 0.0873 0.2676 1.13e-15 5ab0:A, 5ab2:A, 5j6s:A, 5k1v:A, 7nsk:A, 7nup:A, 7nup:B, 7p7p:A, 7sh0:A
22 7nup:D 884 299 0.1318 0.0905 0.2676 1.14e-15 5ab0:C, 5ab2:B, 4e36:A, 4e36:B, 6ea4:A, 6ea4:B, 5j6s:B, 4jbs:A, 4jbs:B, 7nsk:B, 7nup:C, 7p7p:B, 7pfs:B, 3se6:A, 3se6:B
23 5k1v:B 849 299 0.1301 0.0931 0.2642 7.27e-15 7sh0:B
24 4qpe:A 867 412 0.1746 0.1223 0.2573 6.33e-14 5dyf:A, 2gtq:A, 4pu2:A, 4pvb:A, 4pw4:A, 4qhp:A, 4qir:A, 4qme:A, 4quo:A
25 5zi5:A 850 432 0.1483 0.1059 0.2083 2.29e-04 5zi5:B, 5zi7:A, 5zi7:B, 5zie:A, 5zie:B
26 6u7j:A 569 161 0.0593 0.0633 0.2236 0.42 6u7j:C, 6u7j:D
27 6wku:A 677 89 0.0379 0.0340 0.2584 2.0
28 4pd2:A 272 85 0.0379 0.0846 0.2706 2.3 3c58:A, 4cis:A, 4cis:B, 6fl1:A, 6h0s:A, 1kfv:A, 1kfv:B, 1nnj:A, 4pcz:A, 4pdg:A, 4pdi:A, 1pji:A, 1pjj:A, 1pm5:A, 6rnm:A, 6rno:A, 6rnr:A, 6ro2:A, 6rok:A, 6rp0:A, 6rp7:A, 1tdz:A, 1xc8:A, 2xzf:A, 2xzu:A
29 7ae4:A 476 91 0.0379 0.0483 0.2527 5.5 7ae4:B, 7ae4:C, 7ae4:D, 7ae4:E, 7ae4:F
30 7fgi:A 437 118 0.0461 0.0641 0.2373 6.0 7fgi:B, 7fgi:C, 7fgi:D, 7fgi:E, 7fgi:F, 7fgi:G, 7fgi:H, 7fgi:I, 7fgi:J, 7fgi:K, 7fgi:L
31 5olt:A 383 51 0.0280 0.0444 0.3333 6.0 5ojh:A
32 6jtd:A 477 120 0.0511 0.0650 0.2583 7.6 6jtd:B
33 7y38:A 471 158 0.0560 0.0722 0.2152 9.4 8aov:A, 8aov:C, 8aov:E, 8aov:G, 8aov:I, 8aov:K, 8aov:M, 8aov:O, 8aov:Q, 8aov:S, 8aov:V, 8aov:X, 8aow:A, 8aow:C, 8aow:E, 8aow:G, 8aow:I, 8aow:K, 8aow:M, 8aow:O, 8aow:Q, 8aow:S, 8aow:V, 8aow:X, 8aox:JA, 8aox:A, 8aox:C, 8aox:E, 8aox:G, 8aox:I, 8aox:K, 8aox:M, 8aox:O, 8aox:Q, 8aox:S, 8aox:V, 8aox:X, 8aox:Z, 8aox:BA, 8aox:DA, 8aox:FA, 8aox:HA, 8aox:LA, 8aox:NA, 8aox:PA, 8aox:RA, 8aox:TA, 8aox:VA, 8apx:A, 8apx:B, 8apx:C, 8apx:D, 8apx:E, 8apx:F, 8apx:G, 8apx:H, 8apx:I, 8apx:J, 8apx:K, 8apx:L, 8axv:A, 8axv:B, 8axv:C, 8axv:D, 8axv:E, 8axv:F, 8axv:G, 8axv:H, 8axv:I, 8axv:J, 8axv:K, 8axv:L, 7dop:A, 7dop:B, 7dop:C, 7dop:D, 7dop:E, 7dop:F, 7dop:G, 7dop:H, 7dop:I, 7dop:J, 7dop:K, 7dop:L, 7fgg:A, 7fgg:B, 7fgg:C, 7fgg:D, 7fgg:E, 7fgg:F, 7fgg:G, 7fgg:H, 7fgg:I, 7fgg:J, 7fgg:K, 7fgg:L, 7fgh:A, 7fgh:B, 7fgh:C, 7fgh:D, 7fgh:E, 7fgh:F, 7fgh:G, 7fgh:H, 7fgh:I, 7fgh:J, 7fgh:K, 7fgh:L, 8jce:A, 8jce:B, 8jce:C, 8jce:D, 8jce:E, 8jce:F, 8jce:G, 8jce:H, 8jce:I, 8jce:J, 8jce:K, 8jce:L, 7x01:A, 7x01:B, 7x01:C, 7x01:D, 7x01:E, 7x01:F, 7x01:G, 7x01:H, 7x01:I, 7x01:J, 7x01:K, 7x01:L, 7y38:B, 7y38:C, 7y38:D, 7y38:E, 7y38:F, 7y38:G, 7y38:H, 7y38:I, 7y38:J, 7y38:K, 7y38:L, 6z0u:A, 6z0u:C, 6z0u:E, 6z0u:G, 6z0u:I, 6z0u:K, 6z0u:M, 6z0u:O, 6z0u:Q, 6z0u:S, 6z0u:V, 6z0u:X, 6z0u:Z, 6z0u:BA, 6z0u:DA, 6z0u:FA, 6z0u:HA, 6z0u:JA, 6z0u:LA, 6z0u:NA, 6z0u:PA, 6z0u:RA, 6z0u:TA, 6z0u:VA, 6z0v:A, 6z0v:C, 6z0v:E, 6z0v:G, 6z0v:I, 6z0v:K, 6z0v:M, 6z0v:O, 6z0v:Q, 6z0v:S, 6z0v:V, 6z0v:X
34 8p5d:LDD 109 31 0.0198 0.1101 0.3871 9.5 8p60:LDD, 8p60:KDD, 7qca:LDD

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218