Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

●I-TASSER ●I-TASSER-MTD ●C-I-TASSER ●CR-I-TASSER ●QUARK ●C-QUARK ●LOMETS ●MUSTER ●CEthreader ●SEGMER ●DeepFold ●DeepFoldRNA ●FoldDesign ●COFACTOR ●COACH ●MetaGO ●TripletGO ●IonCom ●FG-MD ●ModRefiner ●REMO ●DEMO ●DEMO-EM ●DMFold ●SPRING ●COTH ●Threpp ●PEPPI ●BSpred ●ANGLOR ●EDock ●BSP-SLIM ●SAXSTER ●FUpred ●ThreaDom ●ThreaDomEx ●EvoDesign ●BindProf ●BindProfX ●SSIPe ●GPCR-I-TASSER ●MAGELLAN ●ResQ ●STRUM ●DAMpred

●TM-score ●TM-align ●US-align ●MM-align ●RNA-align ●NW-align ●LS-align ●EDTSurf ●MVP ●MVP-Fit ●SPICKER ●HAAD ●PSSpred ●3DRobot ●MR-REX ●I-TASSER-MR ●SVMSEQ ●NeBcon ●ResPRE ●TripletRes ●DeepPotential ●WDL-RF ●ATPbind ●DockRMSD ●DeepMSA ●FASPR ●EM-Refiner ●GPU-I-TASSER

●BioLiP ●E. coli ●GLASS ●GPCR-HGmod ●GPCR-RD ●GPCR-EXP ●Tara-3D ●TM-fold ●DECOYS ●POTENTIAL ●RW/RWplus ●EvoEF ●HPSF ●THE-DB ●ADDRESS ●Alpaca-Antibody ●CASP7 ●CASP8 ●CASP9 ●CASP10 ●CASP11 ●CASP12 ●CASP13 ●CASP14

BioLiP
>protein
VDSVYRTRSLGVAAEGIPDQYADGEAARVWQLYIGDTRSRTAEYKAWLLGLLRQHGCHRVLDVACGTGVDSIMLVEEGFS
VTSVDASDKMLKYALKERWNRRKEPAFDKWVIEEANWLTLDKDVPAGDGFDAVICLGNSFAHLPDSKGDQSEHRLALKNI
ASMVRPGGLLVIDHRNYDYILSTGCAPPGKNIYYKSDLTKDITTSVLTVNNKAHMVTLDYTVQVPGAFSKFRLSYYPHCL
ASFTELVQEAFGGRCQHSVLGDFKPYRPGQAYVPCYFIHVLKKTG

The query sequence (length=285) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length 		Aligned
length 		Identity
(normalized by query) 		Identity
(normalized by hit) 		Identity (normalized
by aligned length) 		E-value Homologs
to hit
1 1nbh:A 292 292 1.0000 0.9760 0.9760 0.0 1d2h:A, 1d2h:B, 1d2h:C, 1d2h:D, 2idk:B, 2idk:C, 2idk:D, 2idk:A, 1kia:A, 1kia:B, 1kia:C, 1kia:D, 1nbh:B, 1nbh:C, 1nbh:D, 1nbi:A, 1nbi:B, 1nbi:C, 1nbi:D, 3thr:A, 3thr:B, 3thr:C, 3thr:D, 3ths:B, 3ths:C, 3ths:D, 3ths:A, 1xva:A, 1xva:B
2 5h02:A 252 272 0.3018 0.3413 0.3162 7.23e-28 5gwx:A, 5hik:A, 5hil:A, 5him:A
3 7zkh:A 266 121 0.1298 0.1391 0.3058 2.03e-08 7zkg:A, 7zkg:B
4 1wzn:A 244 120 0.1088 0.1270 0.2583 2.81e-08 1wzn:B, 1wzn:C
5 7wzg:B 243 114 0.1333 0.1564 0.3333 6.42e-07 7wzg:A, 7wzg:C, 7wzg:D, 7wzg:E, 7wzg:F
6 1ve3:B 226 137 0.1263 0.1593 0.2628 1.59e-06 1ve3:A
7 4oqd:C 241 158 0.1614 0.1909 0.2911 2.00e-06 6m81:A, 6m81:B, 6m81:C, 6m81:D, 6m82:A, 6m83:A, 4oqd:A, 4oqd:B, 4oqd:D, 4oqe:A, 4oqe:B, 3pfg:A, 3pfh:A, 3pfh:D, 3px2:A, 3px2:D, 3px3:A, 3px3:D
8 2avn:A 247 119 0.1298 0.1498 0.3109 2.10e-05 2avn:B
9 7qcb:A 240 121 0.1333 0.1583 0.3140 1.69e-04
10 5bsz:A 247 118 0.1333 0.1538 0.3220 1.70e-04
11 4qtu:B 191 78 0.0982 0.1466 0.3590 0.001 4qtu:D
12 7wzf:A 243 137 0.1298 0.1523 0.2701 0.002
13 6uk5:A 240 115 0.1158 0.1375 0.2870 0.005 6uk5:B
14 3bus:A 251 140 0.1509 0.1713 0.3071 0.007 3bus:B
15 4kdr:A 208 111 0.1018 0.1394 0.2613 0.015 5dpm:A
16 6uv6:C 264 118 0.1368 0.1477 0.3305 0.017 6uv6:A, 6uv6:B
17 7wtt:q 235 82 0.0947 0.1149 0.3293 0.017 6g4w:q, 7wts:q, 7wtu:q, 7wtv:q, 7wtw:q
18 3bxo:A 236 114 0.1018 0.1229 0.2544 0.019 3bxo:B
19 3jwh:A 191 65 0.0737 0.1099 0.3231 0.023 3jwh:B
20 5ufm:A 225 113 0.1123 0.1422 0.2832 0.028 5ufm:B, 5ufn:A, 5ufn:B
21 6uak:A 297 114 0.1088 0.1044 0.2719 0.032
22 6mro:A 194 79 0.0877 0.1289 0.3165 0.034 8gdu:A
23 2i62:B 261 49 0.0561 0.0613 0.3265 0.059 2i62:A, 2i62:C, 2i62:D, 5xvk:A, 5xvk:B, 5yji:A, 5yji:B
24 1ri1:A 252 158 0.1579 0.1786 0.2848 0.090 2hv9:A, 1ri2:A, 1ri3:A, 1ri4:A, 1z3c:A
25 7pd7:B 250 114 0.1123 0.1280 0.2807 0.093 7pd7:A, 7pd7:C, 7pd7:D
26 8c9v:A 187 137 0.1228 0.1872 0.2555 0.14
27 5u1e:A 321 47 0.0561 0.0498 0.3404 0.21 5tyq:A, 5u0n:A, 5u0t:A, 5u18:A, 5u19:A, 5u1i:A, 5u4t:A
28 4nec:B 244 35 0.0526 0.0615 0.4286 0.25 4nec:A, 4nec:C, 4nec:D
29 6sjy:B 175 36 0.0491 0.0800 0.3889 0.29 6sjy:A, 6sjy:C, 6sk1:A, 6sl8:A, 6sll:A, 6sll:B
30 7ux7:A 378 122 0.1228 0.0926 0.2869 0.30 7ux6:A, 7ux6:B, 7ux7:B, 7ux8:A, 7ux8:B
31 9fce:B 209 115 0.1298 0.1770 0.3217 0.35 9fce:A
32 5w7m:A 273 120 0.1088 0.1136 0.2583 0.60
33 6orr:C 273 49 0.0561 0.0586 0.3265 0.76 7bkg:A, 7bkg:B, 7bkg:C, 7bkg:D, 7ble:A, 7ble:B, 7ble:C, 7ble:D, 6chh:A, 6chh:B, 6chh:C, 6chh:D, 7egu:A, 7ehz:A, 7ei2:A, 7et7:A, 7et7:B, 7et7:C, 7et7:D, 7eu5:A, 7eu5:B, 7eu5:C, 7eu5:D, 2iip:A, 2iip:B, 2iip:C, 2iip:D, 7nbj:A, 7nbj:B, 7nbj:C, 7nbj:D, 7nbm:A, 7nbm:B, 7nbm:C, 7nbm:D, 7nbq:A, 7nbq:B, 7nbq:C, 7nbq:D, 6orr:A, 6orr:B, 6orr:D, 6pve:A, 6pve:B, 6pve:C, 6pve:D, 6pvs:A, 6pvs:B, 6pvs:C, 6pvs:D, 7rkk:A, 7rkk:B, 7rkl:A, 7rkl:B, 7rkl:C, 7rkl:D, 3rod:A, 3rod:B, 3rod:C, 3rod:D, 7sok:C, 7sok:A, 7sok:B, 7sok:D, 7wmc:A, 7wmc:B, 7wmt:A, 5xvq:A, 5xvq:B, 5yjf:A, 5yjf:B, 5yjf:C, 5yjf:D
34 5f8f:B 361 150 0.1193 0.0942 0.2267 1.1 5f8e:A, 5f8e:B, 5f8f:A, 5f8f:C
35 7lxr:B 344 34 0.0386 0.0320 0.3235 1.3 7lxr:A, 6vpo:C, 2wbe:C
36 4qdk:A 219 101 0.1018 0.1324 0.2871 1.6 4qdj:A, 4qdk:B
37 4ex4:A 684 71 0.0877 0.0365 0.3521 1.6
38 2iv7:A 370 81 0.0772 0.0595 0.2716 1.7 2iw1:A
39 7bgg:A 216 42 0.0526 0.0694 0.3571 1.8 7ndm:A, 7nmk:A, 7noy:A
40 6m1y:A 938 35 0.0456 0.0139 0.3714 2.1 6m1y:B, 6m22:A, 6m22:B
41 6hp2:A 297 154 0.1298 0.1246 0.2403 2.3
42 5bp9:A 237 124 0.0912 0.1097 0.2097 2.5
43 3dwo:X 444 68 0.0632 0.0405 0.2647 2.5
44 3e23:A 198 121 0.1053 0.1515 0.2479 3.1
45 2cju:H 121 75 0.0702 0.1653 0.2667 3.1 2uud:H, 2uud:J
46 8joz:A 257 124 0.1053 0.1167 0.2419 3.3 4htf:A, 4htf:B
47 6cx6:B 333 124 0.1439 0.1231 0.3306 3.5 6cx6:A, 5eg5:A, 4fr0:A, 4fsd:A, 4kw7:A, 4rsr:A
48 4y2h:B 352 54 0.0807 0.0653 0.4259 3.8 4c03:A, 4c03:B, 4c04:A, 4c05:A, 4c07:A, 4c08:A, 5e8r:A, 5e8r:B, 5egs:A, 5egs:B, 5egs:C, 5egs:D, 5fqn:A, 5fqo:A, 4hc4:A, 5hzm:A, 5lv4:A, 5lv5:A, 7nr4:A, 7nr4:B, 7nr4:C, 7nr4:D, 7nud:A, 7nud:B, 7nue:A, 7nue:B, 7p2r:A, 7p2r:B, 6p7i:A, 6p7i:B, 6p7i:C, 6p7i:D, 4qpp:B, 4qpp:C, 4qpp:A, 4qqk:A, 6sq3:A, 6sq3:B, 6sq4:A, 6sq4:B, 6sqi:A, 6sqk:B, 6sqk:A, 6w6d:A, 6wad:A, 5wcf:A, 4y2h:A, 4y30:A, 4y30:B
49 7q4v:B 599 53 0.0667 0.0317 0.3585 4.4 8a5e:B, 7q4v:F, 7q4w:B, 7q4w:F
50 5y6p:ex 233 58 0.0526 0.0644 0.2586 4.8 5y6p:ew, 5y6p:fz, 5y6p:fd
51 6d03:C 679 95 0.1053 0.0442 0.3158 4.9 1a8e:A, 1a8f:A, 1b3e:A, 8brc:A, 6ctc:A, 6d03:D, 6d04:C, 6d04:D, 6d05:C, 6d05:D, 1d3k:A, 1d4n:A, 1dtg:A, 5dyh:A, 5dyh:B, 7ffm:A, 7ffu:A, 3fgs:A, 1fqe:A, 1fqf:A, 4h0w:A, 5h52:A, 6jas:A, 1jqf:A, 1n7w:A, 1n7x:A, 1n84:A, 2o7u:B, 2o7u:A, 2o7u:C, 2o7u:D, 2o7u:E, 2o7u:F, 2o7u:G, 2o7u:H, 2o7u:I, 2o84:X, 1oqg:A, 1oqh:A, 3qyt:A, 1ryo:A, 6soy:C, 6soz:C, 1suv:C, 1suv:D, 6uj6:A, 3v83:A, 3v83:B, 3v83:C, 3v83:D, 3v83:E, 3v83:F, 3ve1:B, 3ve1:D, 5wtd:A, 4x1b:A, 4x1d:A, 4x1d:B, 5x5p:A, 5y6k:A
52 3dtn:A 220 37 0.0561 0.0727 0.4324 5.5 3dtn:B
53 6p0y:A 502 85 0.0982 0.0558 0.3294 6.7 4drs:A, 4drs:B, 6p0y:B
54 1sg9:A 274 99 0.0877 0.0912 0.2525 7.9 1nv8:A, 1nv8:B, 1nv9:A, 1sg9:B, 1sg9:C, 1vq1:A, 1vq1:B
55 8pjd:A 347 72 0.0702 0.0576 0.2778 9.2 8bva:A, 8c1j:A, 5ful:A, 5fwa:A, 5fwd:A, 5jmq:A
56 8d2k:A 1105 100 0.0912 0.0235 0.2600 9.7 8d2l:A, 8d2n:A, 8d2p:A

[Back]
Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).

    • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218