Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VDNKLNKEQQNAFYEILHLPNLNEEQRKAFIQSLIDGGGDTNGNGYLDAEESANLLAEAKKLNDARA

The query sequence (length=67) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6fgo:F 67 67 1.0000 1.0000 1.0000 2.06e-43 6fgo:E, 6fgo:G, 6fgo:H
2 5coc:A 124 62 0.6567 0.3548 0.7097 4.74e-21
3 8cpl:C 499 64 0.6418 0.0862 0.6719 1.53e-19 8cpl:A, 8cpl:B, 8cpl:D, 1lp1:B, 4uox:A, 4uox:B, 4uox:C, 4uox:D, 4uoy:A, 4uoy:B, 4uoy:C, 4uoy:D
4 5cbn:A 176 62 0.6269 0.2386 0.6774 1.66e-18
5 5h75:D 225 63 0.6269 0.1867 0.6667 9.06e-18 5h75:A, 5h75:B, 5h75:C, 1p3y:1
6 5ewx:B 214 60 0.5821 0.1822 0.6500 1.04e-16 5ewx:A
7 5h7d:E 113 61 0.4776 0.2832 0.5246 3.50e-11 5h7d:F, 5h7d:G, 5h7d:H, 5h7d:K, 5h7d:L, 5h7d:O, 5h7d:P
8 4bxl:A 46 53 0.4179 0.6087 0.5283 1.05e-09 4bxl:B, 5k5g:B, 5k5g:C, 2otk:E, 2otk:F
9 7rxc:B 439 60 0.4328 0.0661 0.4833 3.74e-08 7rxd:B
10 8jxr:C 341 60 0.4328 0.0850 0.4833 4.35e-08
11 1jfk:A 134 50 0.2388 0.1194 0.3200 0.50 3li6:A, 3li6:D, 3li6:G, 3li6:J, 2m7m:A, 2m7n:A, 2nxq:A, 2nxq:B, 3ulg:A, 3ulg:B, 5xop:A, 5xop:B, 5xop:C, 5xop:D, 5xop:E, 5xop:F
12 8b08:A 269 37 0.1940 0.0483 0.3514 2.0 1a50:A, 1a5b:A, 1a5s:A, 5bw6:A, 1c29:A, 6c73:A, 1c8v:A, 1c9d:A, 3cep:A, 5cgq:A, 2cle:A, 2clf:A, 2clh:A, 2cli:A, 2clk:A, 2cll:A, 2clm:A, 2clo:A, 1cw2:A, 1cx9:A, 6d0v:A, 6duc:A, 6dzo:A, 1fuy:A, 4hn4:A, 4hpj:A, 4hpx:A, 4ht3:A, 2j9x:A, 7jhw:A, 7jll:A, 7jmq:A, 7jqw:A, 7jtt:A, 1k3u:A, 7k5a:A, 1k7e:A, 1k7f:A, 1k8z:A, 7ka1:A, 7kbn:A, 1kfb:A, 7kh6:A, 7ki7:A, 4kkx:A, 7kqf:A, 7ku9:A, 7kwv:A, 7kxc:A, 7kyt:A, 7l03:A, 7l1h:A, 7lgx:A, 7lkl:A, 7lpf:A, 7lt4:A, 7ltp:A, 7lv5:A, 7lvx:A, 7ly8:A, 7m2l:A, 7m3s:A, 7mt4:A, 7mt5:A, 7mt6:A, 6o1h:A, 3pr2:A, 1qoq:A, 2rh9:A, 2rhg:A, 1tjp:A, 2trs:A, 2tsy:A, 6vfd:A, 6vnt:A, 1wbj:A, 4wx2:A, 6wx3:A, 6x0c:A, 6xe3:A, 6xin:A, 6xnc:A, 6xoy:A, 6xrh:A, 6xsy:A, 6xt0:A, 4xug:A, 4y6g:A, 4zqc:A
13 1b9h:A 384 31 0.1194 0.0208 0.2581 2.1 1b9i:A
14 2jnx:A 134 50 0.2239 0.1119 0.3000 2.2
15 8cdu:T 95 37 0.1791 0.1263 0.3243 2.3 8buu:f, 8cdv:T, 8cec:T, 8ced:T, 8cee:T, 6ha1:f, 6ha8:f, 6htq:f, 3j9w:AF, 7o5b:F, 8qcq:f, 7qgu:k, 7qh4:j, 8qpp:F, 7qv1:f, 7qv2:f, 7qv3:f, 8r55:F
16 7kv8:A 493 28 0.2090 0.0284 0.5000 2.5 7kv8:B, 7kv8:C, 5n09:A, 5n09:B, 5n0a:A, 5n0a:B, 1oan:A, 1oan:B, 1oke:A, 1oke:B, 4ut6:A, 4ut6:B, 4uta:A, 4utb:A, 4utb:B, 4utc:A, 4utc:B
17 5jwa:A 495 45 0.2090 0.0283 0.3111 2.6 5jwa:H, 5jwb:A, 5jwb:H, 5jwc:A, 5jwc:H
18 6yxx:E1 473 28 0.2090 0.0296 0.5000 2.6
19 4al5:A 189 32 0.1642 0.0582 0.3438 4.9 6b44:L, 6b45:L, 6b46:L, 6b47:L, 6b48:L, 7ecv:L, 7elm:I, 7elm:S, 7eln:I, 7eln:S, 7eqg:L, 7jzw:C, 7jzx:C, 7jzy:C, 7jzz:C, 6ne0:L, 7t3j:C, 7t3k:C, 7t3k:c, 7t3l:C, 7t3l:c, 7taw:C, 7taw:c, 7tax:C, 5uz9:L, 6vqv:K, 6vqx:J, 6w1x:L, 7we6:I, 7we6:S, 6whi:L, 2xlj:A, 2xlk:A, 2xlk:B, 7yhs:L
20 2rcc:C 311 46 0.2090 0.0450 0.3043 4.9 2rcc:B
21 7ezx:MC 280 36 0.1493 0.0357 0.2778 5.1 7ezx:ME, 7y4l:ZG, 7y4l:MG, 7y5e:ZI, 7y5e:MI, 7y7a:MJ, 7y7a:Mk, 7y7a:ZJ, 7y7a:Zk
22 2xli:A 167 32 0.1642 0.0659 0.3438 5.3 4al6:A, 4al7:A
23 5pal:A 109 42 0.1940 0.1193 0.3095 5.6 5zgm:A, 5zgm:B
24 8qnc:A 486 19 0.1343 0.0185 0.4737 5.9 8qmy:A, 8qmy:B, 8qmy:C, 8qnb:A, 8qnr:A
25 5e37:A 313 18 0.1493 0.0319 0.5556 6.5 5e37:C
26 4xbr:A 316 38 0.1791 0.0380 0.3158 7.0 8ahg:A, 8ahh:A, 8ahi:A, 4app:A, 5bms:A, 2cdz:A, 7cmb:A, 7cp3:A, 7cp4:A, 4fie:A, 4fie:B, 4fif:A, 4fif:B, 4fig:A, 4fig:B, 4fii:A, 5i0b:A, 4jdh:A, 4jdi:A, 4jdj:A, 4jdk:A, 4l67:A, 4njd:A, 4o0v:A, 4o0x:A, 4o0y:A, 2q0n:A, 7s46:A, 7s47:A, 7s48:A, 5upk:B, 5ved:A, 5vee:A, 5vef:A, 6wlx:A, 6wly:A, 2x4z:A, 4xbu:A, 5xva:A, 5xvf:A, 5xvg:A, 5zjw:A
27 3j79:U 180 17 0.1343 0.0500 0.5294 7.9 3jbn:AU, 3jbo:AU, 3jbp:AU, 8tpu:AU, 5umd:U
28 5erl:D 258 18 0.1642 0.0426 0.6111 8.7 5ep9:A, 5ep9:B, 5ep9:C, 5ep9:D, 5equ:A, 5equ:B, 5equ:C, 5equ:D, 5erl:A, 5erl:B, 5erl:C
29 8jhz:A 2615 22 0.1642 0.0042 0.5000 9.1
30 3j4s:A 414 46 0.2090 0.0338 0.3043 9.4 3m89:A, 2xka:A, 2xka:B, 2xka:C, 2xka:D, 2xka:E, 2xka:F, 2xka:G, 2xkb:A, 2xkb:B, 2xkb:D, 2xkb:E, 2xkb:F, 2xkb:G, 2xkb:I, 2xkb:J, 2xkb:K

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218