Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VDAFLGTWKLVDSKNFDDYMKSLGVGFATRQVASMTKPTTIIEKNGDILTLKTHSTFKNTEISFKLGVEFDETTADDRKV
KSIVTLDGGKLVHLQKWDGQETTLVRELIDGKLILTLTHGTAVCTRTYEKE

The query sequence (length=131) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5hz9:A 135 131 1.0000 0.9704 1.0000 7.88e-93 5ce4:A, 7ego:A, 7euv:A, 7euw:A, 7fbf:A, 7fbm:A, 7fc4:A, 7fcg:A, 7fcx:A, 7fd7:A, 7fdt:A, 7fdu:A, 7fdx:A, 7fek:A, 7feu:A, 7fez:A, 7ff6:A, 7ffx:A, 7fg1:A, 8gew:A, 1hmr:A, 5hz9:G, 5hz9:B, 5hz9:C, 5hz9:D, 5hz9:E, 5hz9:F, 5hz9:H, 4tkj:A, 7v5u:A, 7vb1:A, 3wbg:A, 3wbg:B, 3wbg:C, 3wbg:D, 4wbk:A, 7wci:A, 7wd6:A, 7wdj:A, 7wj1:A, 7wkb:A, 7wkg:A, 7wom:A, 7wpg:A, 7wpu:A, 7wpw:A, 7wq7:A, 7x48:A, 7x4j:A, 7x50:A, 7xbc:A, 7xhm:A, 7xhu:A
2 7e25:A 139 130 0.6641 0.6259 0.6692 1.62e-62 1fdq:A, 1fdq:B, 1fe3:A, 8ivf:B, 8ivf:A, 8ivl:A, 5ura:A, 5ura:B, 5ura:C, 5ura:D
3 1yiv:A 131 129 0.6183 0.6183 0.6279 3.53e-59
4 4bvm:A 133 129 0.6260 0.6165 0.6357 8.47e-59 5n4m:A, 5n4p:A, 5n4q:A, 7nrw:A, 7nsr:A, 1pmp:A, 1pmp:B, 1pmp:C, 6s2m:A, 6s2s:A
5 2qm9:A 139 129 0.6412 0.6043 0.6512 8.51e-59
6 3p6d:A 139 129 0.6412 0.6043 0.6512 2.90e-58 1adl:A, 2ans:A, 2ans:B, 6ayl:A, 5d45:A, 5d47:A, 5d48:A, 5d4a:A, 5edb:A, 5edc:A, 3fr2:A, 3fr4:A, 3fr5:A, 7fvu:A, 7fvv:A, 7fvw:A, 7fvx:A, 7fvy:A, 7fvz:A, 7fw0:A, 7fw1:A, 7fw2:A, 7fw3:A, 7fw6:A, 7fw7:A, 7fw8:A, 7fw9:A, 7fwa:A, 7fwb:A, 7fwc:A, 7fwd:A, 7fwe:A, 7fwf:A, 7fwg:A, 7fwh:A, 7fwj:A, 7fwk:A, 7fwl:A, 7fwm:A, 7fwn:A, 7fwo:A, 7fwp:A, 7fwq:A, 7fwr:A, 7fws:A, 7fwu:A, 7fwv:A, 7fww:A, 7fwx:A, 7fwy:A, 7fwz:A, 7fx0:A, 7fx1:A, 7fx2:A, 7fx4:A, 7fx5:A, 7fx6:A, 7fx7:A, 7fx8:A, 7fx9:A, 7fxa:A, 7fxb:A, 7fxc:A, 7fxe:A, 7fxf:A, 7fxg:A, 7fxh:A, 7fxi:A, 7fxj:A, 7fxk:A, 7fxm:A, 7fxn:A, 7fxp:A, 7fxq:A, 7fxr:A, 7fxs:A, 7fxt:A, 7fxu:A, 7fxv:A, 7fxw:A, 7fxx:A, 7fxy:A, 7fxz:A, 7fy2:A, 7fy4:A, 7fy5:A, 7fy6:A, 7fy7:A, 7fy9:A, 7fyb:A, 7fyc:A, 7fye:A, 7fyf:A, 7fyg:A, 7fyh:A, 7fyi:A, 7fyj:A, 7fyj:B, 7fyk:A, 7fyl:A, 7fym:A, 7fyo:A, 7fyp:A, 7fyq:A, 7fyr:A, 7fys:A, 7fyt:A, 7fyu:A, 7fyv:A, 7fyx:A, 7fyy:A, 7fyz:A, 7fz0:A, 7fz1:A, 7fz2:A, 7fz3:A, 7fz4:A, 7fz5:A, 7fz6:A, 7fz7:A, 7fz8:A, 7fz9:A, 7fzb:A, 7fzc:A, 7fzd:A, 7fzf:A, 7fzh:A, 7fzi:A, 7fzj:A, 7fzl:A, 7fzm:A, 7fzn:A, 7fzo:A, 7fzp:A, 7fzr:A, 7fzs:A, 7fzt:A, 7fzu:A, 7fzv:A, 7fzv:B, 7fzw:A, 7fzx:A, 7fzy:A, 7fzz:A, 7g02:A, 7g03:A, 7g05:A, 7g06:A, 7g07:A, 7g08:A, 7g09:A, 7g0a:A, 7g0c:A, 7g0f:A, 7g0g:A, 7g0h:A, 7g0i:A, 7g0j:A, 7g0k:A, 7g0l:A, 7g0m:A, 7g0o:A, 7g0p:A, 7g0q:A, 7g0r:A, 7g0s:A, 7g0t:A, 7g0u:A, 7g0v:A, 7g0x:A, 7g0y:A, 7g0z:A, 7g10:A, 7g11:A, 7g12:A, 7g13:A, 7g14:A, 7g15:A, 7g16:A, 7g17:A, 7g18:A, 7g19:A, 7g1a:A, 7g1b:A, 7g1c:A, 7g1d:A, 7g1e:A, 7g1f:A, 7g1g:A, 7g1h:A, 7g1i:A, 7g1j:A, 7g1k:A, 7g1l:A, 7g1m:A, 7g1n:A, 7g1o:A, 7g1p:A, 7g1r:A, 7g1s:A, 7g1t:A, 7g1u:A, 7g1v:A, 7g1w:A, 7g1y:A, 7g1z:A, 7g20:A, 7g21:A, 1g74:A, 3hk1:A, 5hz6:A, 5hz8:A, 3jsq:A, 1lic:A, 1lid:A, 1lif:A, 6ljs:A, 6ljt:A, 6lju:A, 6ljv:A, 6ljw:A, 6ljx:A, 2nnq:A, 4nnt:A, 3p6e:A, 3p6f:A, 3p6g:A, 3p6h:A, 2q9s:A, 2qm9:B, 8s1k:A, 1tou:A, 1tow:A, 7wc3:A, 8wdx:A, 8we3:A, 5y0f:A, 5y0g:A, 5y0x:A, 5y12:A, 5y13:A
7 5bvs:A 132 129 0.5725 0.5682 0.5814 7.53e-55 5bvs:B
8 5ur9:F 138 130 0.4962 0.4710 0.5000 6.41e-42 4azm:A, 4azm:B, 4azr:A, 4azr:B, 7fwi:A, 7fwi:C, 7fxd:A, 7fy0:A, 7fyd:A, 7g01:A, 7g04:B, 7g0b:A, 7g0e:A, 7g1q:A, 5hz5:A, 4lkt:A, 4lkt:B, 4lkt:C, 4lkt:D, 5ur9:A, 5ur9:B, 5ur9:G, 5ur9:C, 5ur9:E, 5ur9:D, 5ur9:H
9 4azq:A 136 125 0.4733 0.4559 0.4960 5.67e-41 4azp:A
10 4i3b:A 139 135 0.5115 0.4820 0.4963 3.89e-38 4i3b:B, 4i3b:C, 4i3b:D, 4i3b:E, 4i3b:F, 4i3c:A, 4i3c:B, 4i3d:A, 4i3d:B, 4i3d:C, 4i3d:D
11 3ppt:A 133 127 0.4351 0.4286 0.4488 8.99e-34 3pp6:A, 3pp6:B, 3pp6:C
12 7ry5:BBB 143 135 0.4504 0.4126 0.4370 4.71e-29 7aa0:BBB, 7aa0:AAA, 7aa1:AAA, 1cbq:A, 1cbs:A, 2cbs:A, 3cbs:A, 3cr6:A, 3cwk:A, 3f8a:A, 3f9d:A, 3f9d:B, 3fa6:A, 3fa6:B, 3fep:A, 2fr3:A, 2g78:A, 2g79:A, 2g7b:A, 6hkr:A, 5hzq:A, 5hzq:B, 4i9r:A, 4i9s:A, 4m6s:A, 4m7m:A, 6mop:A, 6moq:A, 6mor:A, 6mov:A, 6mox:A, 6mpk:A, 6mqi:A, 6mqj:A, 6mqw:A, 6mqx:A, 6mqy:A, 6mqz:A, 6mr0:A, 6nnx:A, 6nny:A, 6noe:A, 5ogb:A, 4qgv:A, 4qgw:A, 4qgx:A, 7ry5:AAA, 4ybp:A, 4ybu:A, 4yce:A, 4ych:A, 4yda:A, 4ydb:A, 4yfp:A, 4yfq:A, 4yfr:A, 4ygg:A, 4ygh:A, 4ygz:A, 4yh0:A, 4ykm:A, 4ykm:B, 4yko:A, 4yko:B, 6z2z:A, 6zsw:A, 6zsx:A
13 7a9y:AAA 137 134 0.4275 0.4088 0.4179 9.84e-29 7a9z:AAA, 1cbr:A, 1cbr:B, 2cbr:A
14 1o8v:A 133 132 0.4122 0.4060 0.4091 5.07e-28
15 1vyf:A 135 131 0.4198 0.4074 0.4198 1.49e-27 1vyg:A
16 6e6k:A 134 127 0.3817 0.3731 0.3937 3.07e-27
17 2rct:A 141 129 0.4198 0.3901 0.4264 3.71e-27 6bth:A, 6bth:B, 6bti:A, 6bti:B, 6c7z:A, 6c7z:B, 8d6h:A, 8d6l:A, 8d6n:A, 8db2:A, 8dn1:A, 6e5s:A, 6e5s:C, 6e5s:G, 6e5s:I, 6e5s:F, 6e5s:H, 6e5s:B, 6e5s:J, 6e5s:D, 6e5s:K, 6e5s:E, 6e5s:L, 6e6l:A, 6e7m:B, 6e7m:D, 4ede:A, 4ede:B, 4eej:A, 4eej:B, 4efg:A, 4efg:B, 4exz:A, 4exz:B, 5f58:A, 5f58:B, 5f6b:A, 5f6b:B, 5f7g:A, 5f7g:B, 5faz:A, 5faz:B, 5fen:A, 5fen:B, 5ffh:A, 5ffh:B, 4gkc:A, 4gkc:B, 7jvy:A, 7jvy:B, 7jwd:A, 7jwd:B, 7jwr:A, 7jwr:B, 7jx2:A, 7jz5:A, 7jz5:B, 7k3i:A, 7lhj:A, 7lhj:B, 7lhm:A, 7lhm:B, 7lhn:A, 7lhn:B, 7lho:A, 7lho:B, 7lsq:A, 7lsq:B, 7lsq:C, 6mcu:F, 6mcu:G, 6mcu:E, 6mcu:H, 6mcu:J, 6mcu:K, 7mfx:A, 7mfx:B, 7mfx:C, 7mfx:D, 7mfy:A, 7mfz:A, 7mfz:B, 7mfz:C, 6mkv:B, 6mkv:D, 6mkv:A, 6mkv:C, 6mlb:A, 6mlb:C, 6mlb:B, 6mlb:D, 6on5:A, 1opb:A, 1opb:B, 1opb:C, 1opb:D, 4qyn:A, 4qyn:B, 4qyp:A, 4qyp:B, 4qyp:C, 4qzt:A, 4qzt:C, 4qzu:A, 4qzu:C, 4qzu:B, 4ruu:A, 5u6g:A, 5u6g:F, 5u6g:B, 5u6g:E, 5u6g:C, 5u6g:G, 5u6g:D, 5u6g:H, 5u6g:I, 5u6g:K, 5u6g:J, 5u6g:L, 8vzx:C, 8vzx:D, 8vzy:A, 8vzz:A, 8vzz:B, 8w00:A, 8w00:B, 8w02:B, 4zj0:A, 4zj0:B
18 1eii:A 134 129 0.4198 0.4104 0.4264 8.25e-27
19 1kqw:A 134 131 0.4198 0.4104 0.4198 1.67e-26
20 9bcb:A 137 128 0.3511 0.3358 0.3594 5.32e-22 6e5w:A, 6e5w:B, 6e5w:C, 6e5w:D
21 6e5l:A 140 129 0.3359 0.3143 0.3411 6.82e-21 1crb:A, 6e5t:A, 6e6m:A, 6e6m:B, 6e6m:C, 8gd2:B, 8gdm:A, 8gem:B, 8geu:A, 8gev:B, 8gey:B, 5h8t:A, 5ha1:A, 5hbs:A, 1kgl:A, 5ljb:A, 5ljc:A, 5ljd:A, 5lje:A, 1mx8:A
22 3akm:A 131 131 0.3282 0.3282 0.3282 4.37e-19 3akm:B, 3akm:C, 3akm:D, 2mji:A
23 3akn:A 130 130 0.3130 0.3154 0.3154 2.76e-17
24 1mdc:A 131 130 0.3282 0.3282 0.3308 1.30e-14
25 7o0k:B 126 106 0.2672 0.2778 0.3302 2.28e-11 2jn3:A, 2k62:A, 2lfo:A, 7o0k:A, 1tw4:A, 1tw4:B
26 2lba:A 127 129 0.2901 0.2992 0.2946 5.79e-08
27 3elz:B 135 136 0.3359 0.3259 0.3235 1.06e-07 3elz:A, 3elz:C, 3em0:A, 3em0:B
28 2mm3:A 127 91 0.2137 0.2205 0.3077 1.96e-06 5l8n:A, 5l8n:C, 1o1v:A
29 1eio:A 127 129 0.2672 0.2756 0.2713 4.26e-06
30 6i8x:A 149 34 0.1298 0.1141 0.5000 8.75e-05 6i8x:B
31 6mp4:E 137 91 0.2061 0.1971 0.2967 0.001 6drg:A, 7fy8:A, 7fy8:B, 7fy8:C, 7fy8:D, 7fy8:E, 7fy8:F, 7fy8:G, 7fy8:H, 7g00:A, 7g00:B, 7g00:C, 7g00:D, 7g00:E, 7g00:F, 7g00:G, 7g00:H, 7g00:I, 7g00:J, 7g00:K, 7g00:L, 7g00:M, 7g00:N, 7g00:O, 7g00:P, 2lkk:A, 6mp4:A, 6mp4:H, 3stk:A, 3stm:X
32 1lfo:A 127 85 0.1756 0.1811 0.2706 0.049
33 4aim:A 698 64 0.1756 0.0330 0.3594 3.0 4aid:A, 4aid:B, 4aid:C, 4am3:A, 4am3:C, 4am3:B
34 4uyk:B 90 33 0.0840 0.1222 0.3333 4.4 5aox:B, 5aox:E, 7nfx:t, 4uyj:B, 4uyj:D
35 3tas:B 301 75 0.1298 0.0565 0.2267 7.7 6fc7:A, 6fc7:B, 6fc7:C, 6fc7:D, 6fc7:E, 6fc7:F, 6fc7:G, 6fc7:H, 6fc7:I, 6fc7:J, 6fc7:L, 6fc7:K, 6fdj:A, 6fdj:B, 6fdj:C, 6fdj:D, 6fdj:F, 6fdj:E, 6fdj:G, 6fdj:I, 6fdj:H, 6fdj:J, 6fdj:K, 6fdj:L, 5lhl:A, 5lhl:B, 5lhl:C, 5lhl:D, 5lhl:F, 5lhl:E, 4m3h:A, 4m3h:B, 4m3h:C, 5mkm:A, 5mkm:B, 5mkm:C, 5mkm:D, 5mkm:E, 5mkm:F, 5o3k:A, 5o3k:C, 5o3k:B, 5o3k:D, 5o3k:E, 5o3k:F, 5o3k:G, 5o3k:H, 5o3k:I, 5o3k:J, 5o3k:K, 5o3k:L, 5o4i:A, 5o4i:B, 5o4i:C, 5o4i:D, 5o4i:E, 5o4i:F, 5o4i:G, 5o4i:H, 5o4i:I, 5o4i:J, 5o4i:K, 5o4i:L, 5o4q:A, 5o4q:B, 5o4q:C, 5o4q:D, 5o4q:E, 5o4q:F, 5o4q:G, 5o4q:H, 5o4q:I, 5o4q:J, 5o4q:K, 5o4q:L, 8p9u:A, 8p9u:C, 8p9u:B, 8p9u:D, 8p9u:F, 8p9u:E, 8p9v:A, 8p9v:B, 8p9v:C, 8p9v:D, 8p9v:E, 8p9v:F, 7pen:A, 7pen:B, 7pen:C, 7pen:D, 7pen:E, 7pen:F, 7pes:A, 7pes:B, 7pes:C, 7pes:D, 7pes:E, 7pes:F, 7pfr:A, 7pfr:B, 7pfr:C, 7pfr:D, 7pfr:E, 7pfr:F, 7ptm:A, 7ptm:C, 7ptm:B, 7ptm:D, 7ptm:F, 7ptm:E, 7pu0:A, 7pu0:B, 7pu0:C, 7pu0:D, 7pu0:E, 7pu0:F, 7puh:A, 7puh:C, 7puh:B, 7puh:D, 7puh:F, 7puh:E, 6rh9:A, 6rh9:B, 6rh9:C, 6rh9:D, 6rh9:E, 6rh9:F, 6rh9:G, 6rh9:H, 6rh9:I, 6rh9:J, 6rh9:K, 6rh9:L, 6rhq:A, 6rhq:B, 6rhq:C, 6rhq:D, 6rhq:E, 6rhq:F, 6s0o:A, 6s0o:B, 6s0o:C, 6s0o:D, 6s0o:E, 6s0o:F, 3tas:A, 3tas:C, 3tbb:A, 3tbb:B, 3tbb:C, 3tbc:A, 3tbc:B, 3tbc:C, 4uah:A, 4uah:B, 4uah:C, 4uan:A, 4uan:B, 4uan:C, 4w1t:A, 4w1t:B, 4w1t:C, 4wtq:A, 4wtq:B, 4wtq:C, 6y4a:AAA, 6y4a:BBB, 6y4a:CCC, 6yo5:AAA, 6yo5:BBB, 6yo5:CCC, 6yzd:AAA, 6yzd:BBB, 6yzd:CCC, 6yzf:CCC, 6yzf:AAA, 6yzf:BBB, 6yzy:AAA, 6yzy:BBB, 6yzy:CCC, 6zij:A, 6zij:C, 6zij:B, 6zij:D, 6zij:F, 6zij:E, 6zip:A, 6zip:B, 6zip:C, 6zip:D, 6zip:E, 6zip:F, 6zip:G, 6zip:H, 6zip:I, 6zip:J, 6zip:L, 6zip:K
36 2oga:A 371 22 0.0611 0.0216 0.3636 8.5 2oga:B, 2oga:C, 2oga:D
37 6dnt:A 310 49 0.1145 0.0484 0.3061 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218