Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
VALHPHDLDERIPGLADLHNQTLGDPQITIVIIDGDPDYTLSCFEGAEVSKVFPYWHEPAEPITPEDYAAFQSIRDQGLK
GKEKEEALEAVIPDTKDRIVLNDAACHVTSTIVGQEHSPVFGIAPNCRVINMPQDADVMSPLNLARAIDLALELGANIIH
CAFCRPTQTSEGEEILVQAIKKCQDNNVLIVSPTGNNSNESWCLPAVLPGTLAVGAAKVDGTPCHFSNWGGNNTKEGILA
PGEEILGAQPCTEEPVRLTGTSMAAPVMTGISALLMSLQVQQGKPVDAEAVRTALLKTAIPCDPEVVEEPERCLRGFVNI
PGAMKVLFGQ

The query sequence (length=330) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4akt:A 330 330 1.0000 1.0000 1.0000 0.0
2 7y6m:C 290 219 0.1818 0.2069 0.2740 3.98e-11 7y6m:D
3 1bh6:A 274 205 0.1667 0.2007 0.2683 5.68e-11
4 3afg:B 507 233 0.1818 0.1183 0.2575 2.10e-09 3afg:A
5 5aqe:A 269 186 0.1545 0.1896 0.2742 3.44e-09 5arb:A, 5arc:A, 5ard:A, 3bx1:A, 3bx1:B, 1c9j:A, 1c9m:A, 1c9n:A, 4cfy:A, 4cfz:A, 4cg0:A, 1gci:A, 1iav:A, 1jea:A, 1mpt:A, 1ndq:A, 1ndu:A, 1q5p:A, 1st3:A, 1svn:A, 1tk2:A, 1wsd:A, 6y5s:A, 6y5t:A
6 1dbi:A 271 215 0.1788 0.2177 0.2744 8.02e-09
7 8gkp:C 282 108 0.1212 0.1418 0.3704 6.56e-08 8gkp:D, 8gkq:C, 8u45:C
8 3lpa:A 340 182 0.1424 0.1382 0.2582 7.34e-08 3lpc:A, 3lpd:A
9 4m1z:A 317 215 0.1788 0.1861 0.2744 2.01e-07 4m1z:B
10 2xrm:A 301 216 0.1879 0.2060 0.2870 2.96e-07
11 3wiv:C 397 127 0.1121 0.0932 0.2913 1.27e-06 3a3n:A, 3a3n:B, 3a3o:A, 3a3o:B, 3a3p:A, 3a3p:B, 2e1p:A, 4jp8:A, 3vhq:A, 3vv2:A, 3vv2:B, 3wiu:A, 3wiu:B, 3wiu:C, 3wiv:A, 3wiv:B, 2z2x:A, 2z2y:A, 2z2y:B, 2z2y:C, 2z2y:D, 2z2z:A, 2z30:A, 2z30:B, 2z56:A, 2z56:B, 2z57:A, 2z57:B, 2z58:A, 2z58:B, 2zrq:A, 2zwo:A, 2zwo:B, 2zwo:C, 2zwp:A, 2zwp:B
12 3ti9:A 341 126 0.1273 0.1232 0.3333 3.47e-06 3ti7:A
13 3whi:A 355 182 0.1394 0.1296 0.2527 8.72e-06 4dww:A, 5gl8:B, 1mee:A, 6o44:A, 6o44:B, 6pak:A, 6pak:B, 1scj:A, 3vyv:A, 3vyv:B, 3whi:B
14 7a9f:A 279 116 0.1121 0.1326 0.3190 1.75e-05 7a9k:A, 7a9m:A, 3aj8:A, 3aj9:A, 5avj:A, 5b1d:A, 5b1e:A, 4b5l:A, 1bjr:E, 7c0p:A, 1cnm:A, 5cw1:A, 3d9q:X, 3ddz:X, 3de0:X, 3de1:X, 3de2:X, 3de5:X, 3de6:X, 3de7:X, 2dp4:E, 2dqk:A, 2duj:A, 3dvq:X, 3dvr:X, 3dvs:X, 3dw1:X, 3dw3:X, 3dwe:X, 3dyb:A, 8e52:AAA, 8e53:AAA, 1egq:A, 8f05:A, 8f06:A, 8f07:A, 6fjs:A, 4fon:A, 8fyo:A, 8fyp:A, 8fyq:A, 8fyr:A, 8fys:A, 2g4v:A, 3gt3:A, 3gt4:A, 2hd4:A, 2hpz:A, 1ht3:A, 3i2y:X, 3i30:X, 3i34:X, 3i37:X, 1ic6:A, 2id8:A, 6j43:A, 7jsy:A, 6k2p:A, 6k2r:A, 6k2s:A, 6k2t:A, 6k2v:A, 6k2w:A, 5k7s:A, 6k8m:E, 6kkf:A, 5kxu:A, 5kxv:A, 3l1k:A, 7ln7:A, 7lpt:A, 7lpu:A, 7lpv:A, 7lq8:A, 7lq9:A, 7lqa:A, 7lqb:A, 7lqc:A, 7ltd:A, 7lti:A, 7ltv:A, 7lu0:A, 7lu1:A, 7lu2:A, 7lu3:A, 6mh6:A, 5mjl:A, 6n4u:A, 7nuz:A, 3osz:A, 1oyo:A, 1p7v:A, 1p7w:A, 1pek:E, 1pfg:A, 1pj8:A, 2pq2:A, 6pq0:A, 6pq4:A, 2prk:A, 3prk:E, 1ptk:A, 3ptl:A, 6pu4:A, 6pu5:A, 2pwa:A, 2pwb:A, 2pyz:A, 3q40:A, 3q5g:A, 6qf1:A, 3qmp:A, 6qxv:A, 5rof:A, 5rol:A, 5ron:A, 5rop:A, 5roq:A, 5ror:A, 5row:A, 5rp6:A, 5rp7:A, 5rp9:A, 5rpa:A, 5rpc:A, 5rpd:A, 5rpg:A, 5rph:A, 5rpj:A, 5rpk:A, 5rpm:A, 6rug:A, 6ruh:A, 6ruk:A, 6run:A, 6ruw:A, 6rve:A, 6rvg:A, 6rzp:A, 7s4z:A, 8sdk:A, 7skx:C, 8sog:A, 8sou:A, 8sov:A, 8spl:A, 8sqv:A, 6txg:A, 5uvl:A, 2v8b:A, 6v8r:A, 5whw:A, 5wjg:A, 5wjh:A, 5wrc:A, 4zar:A, 6zet:AAA, 6zeu:AAA, 6zev:AAA
15 1tec:E 279 196 0.1515 0.1792 0.2551 3.29e-05 2tec:E, 3tec:E, 1thm:A
16 1r6v:A 671 217 0.1576 0.0775 0.2396 4.47e-05
17 7bj3:A 936 76 0.0818 0.0288 0.3553 3.44e-04 8bty:A, 3eif:A, 1xf1:A, 1xf1:B, 7yzx:A
18 2b6n:A 278 117 0.1061 0.1259 0.2991 4.86e-04
19 1af4:A 274 227 0.1485 0.1788 0.2159 5.29e-04 1be6:A, 1be8:A, 1bfk:A, 1bfu:A, 1c3l:A, 4c3u:A, 4c3v:A, 1cse:E, 6dwq:A, 4hx2:A, 4hx2:C, 1oyv:A, 1oyv:B, 1r0r:E, 1sbc:A, 1sca:A, 1scb:A, 1scd:A, 1scn:E, 1sel:A, 1sel:B, 2sec:E, 3unx:A, 2wuv:A, 2wuw:E, 1yu6:A, 1yu6:B
20 5xxz:B 1310 107 0.1121 0.0282 0.3458 6.10e-04
21 5xya:A 1358 110 0.1152 0.0280 0.3455 0.001 5xxz:A
22 7edd:A 1394 110 0.1152 0.0273 0.3455 0.001 5xyr:A
23 8c4z:B 282 140 0.1212 0.1418 0.2857 0.002
24 6vjb:A 1346 110 0.1121 0.0275 0.3364 0.003
25 8pol:B 479 199 0.1394 0.0960 0.2312 0.012 4lvn:A, 4lvo:A, 8pol:A
26 6u2f:A 582 110 0.1061 0.0601 0.3182 0.014 7kev:A, 7kfa:A, 4ne9:B, 4nmx:B, 5oca:A, 3p5b:A, 3p5c:A, 2qtw:B, 7s5g:B, 7s5h:B, 6u2p:B, 6u36:B, 6u38:B, 6u3i:A, 6u3x:B, 5vla:A, 5vlh:A, 5vlk:A, 5vll:A, 5vlp:A, 2w2m:A, 2w2n:A, 2w2q:A, 6xib:B, 6xic:B, 6xid:B, 6xie:B, 6xif:B, 2xtj:A
27 6u26:B 479 110 0.1061 0.0731 0.3182 0.019 7kev:B, 7kfa:B, 6u2n:B
28 5wsl:A 282 120 0.1091 0.1277 0.3000 0.020 5wsl:B, 5wsl:C
29 5yl7:A 339 122 0.1000 0.0973 0.2705 0.028
30 4dzt:A 276 105 0.0970 0.1159 0.3048 0.033
31 3d43:B 310 201 0.1455 0.1548 0.2388 0.049 3d43:A, 1ea7:A, 2ixt:A, 2ixt:B
32 3vv3:A 329 112 0.0909 0.0912 0.2679 0.058 3vv3:B
33 8uw8:A 738 136 0.1182 0.0528 0.2868 0.063
34 6uai:S 266 75 0.0788 0.0977 0.3467 0.078 6uao:S, 6ube:S
35 4hvl:A 369 234 0.1606 0.1436 0.2265 0.11
36 3f7o:A 284 100 0.1000 0.1162 0.3300 0.15 3f7o:B
37 6nfe:B 299 82 0.0727 0.0803 0.2927 0.24 6nfe:A
38 7w2a:A 354 79 0.0758 0.0706 0.3165 0.32 7w2a:B
39 1s2n:A 281 82 0.0848 0.0996 0.3415 0.43 1s2n:B, 1sh7:A, 1sh7:B
40 4yn3:A 596 87 0.0788 0.0436 0.2989 0.62 3vta:A, 3vta:B
41 5ffn:A 311 199 0.1515 0.1608 0.2513 0.72
42 4tr2:B 474 58 0.0545 0.0380 0.3103 0.83 8coy:A, 8coy:B, 8coz:A, 8coz:B, 8cp0:A, 8qke:A, 8qke:B, 8qkg:A, 8qkg:B, 8qkj:A, 8qkj:B, 4tr2:A
43 6y41:F 220 122 0.0909 0.1364 0.2459 1.1 6y41:A, 6y41:B, 6y41:C, 6y41:D, 6y41:E, 6y41:G, 6y41:H, 6y41:I, 6y41:J, 6y41:K, 6y41:L, 6y41:M, 6y41:N, 6y41:O, 6y41:P
44 6p24:B 793 39 0.0485 0.0202 0.4103 2.3
45 3qbo:B 359 24 0.0364 0.0334 0.5000 2.8 3qbo:A
46 8e7f:A 614 98 0.0939 0.0505 0.3163 2.8
47 1rcw:B 214 52 0.0485 0.0748 0.3077 2.9 1rcw:A, 1rcw:C
48 8pdg:AAA 462 109 0.0848 0.0606 0.2569 3.3 8pdh:AAA, 8pdi:A, 8pdj:AAA, 5rw2:A, 5rw4:A, 5rw5:A, 5rw6:A, 5rw7:A, 5rw8:A, 5rw9:A, 5rwa:A, 5rwb:A, 5rwc:A, 5rwd:A, 5rwe:A, 5rwf:A, 5rwg:A, 5rwh:A, 5rwj:A, 5rwk:A, 5rwl:A, 5rwn:A, 5rwp:A, 5rwq:A, 5rwr:A, 5rws:A, 5rwt:A, 5rwu:A, 5rwv:A, 5rww:A, 5rwx:A, 5rwy:A, 5rwz:A, 5rx0:A, 5rx1:A, 5rx2:A, 5rx3:A, 5rx4:A, 5rx5:A, 5rx6:A, 5rx7:A, 5rx8:A, 5rx9:A, 5rxa:A, 5rxb:A, 5rxc:A, 5rxd:A, 5rxe:A, 5rxf:A, 5rxg:A, 5rxh:A, 5rxi:A, 5rxj:A, 5rxk:A, 5rxl:A, 5rxo:A, 5rxp:A, 5rxq:A, 5rxr:A, 5rxs:A, 5rxt:A, 5rxu:A, 5rxv:A, 5rxw:A, 5rxy:A, 5rxz:A, 5ry0:A, 5ry1:A, 5ry2:A, 5ry3:A, 5ry4:A, 5ry5:A, 5ry6:A, 5ry7:A, 5ry8:A, 5ry9:A, 5rya:A, 5ryb:A, 5ryc:A, 5ryd:A, 5rye:A, 5ryg:A, 5ryh:A, 5ryi:A, 5ryj:A, 5ryk:A, 5ryl:A, 6xy7:AAA
49 5xd8:B 367 55 0.0636 0.0572 0.3818 3.9 5xd7:A, 5xd8:A, 5xd9:A
50 7kct:A 453 47 0.0485 0.0353 0.3404 4.8 7kbl:A, 7kbl:B, 7kc7:A, 7kct:B
51 7rs5:K 346 44 0.0394 0.0376 0.2955 4.9 7rs5:a, 7rs5:b, 7rs5:c, 7rs5:d, 7rs5:e, 7rs5:f, 7rs5:g, 7rs5:h, 7rs6:K, 7rs6:a, 7rs6:b, 7rs6:c, 7rs6:d, 7rs6:e, 7rs6:f, 7rs6:g, 7rs6:h
52 7t7j:B 360 24 0.0364 0.0333 0.5000 5.8 7t7j:A
53 5z6o:A 282 93 0.0909 0.1064 0.3226 6.6
54 1bjo:A 360 24 0.0333 0.0306 0.4583 8.9 1bjo:B
55 8fkp:NO 305 91 0.0788 0.0852 0.2857 9.1 8fkr:NO, 8fkt:NO, 8fkv:NO

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218