Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TVSLTEKYKEFFKIGAAVTVKDFEGIHGRILTKHFNSLTPENDMKFERIHPKEDFYNFEATDKIKDFALKHNMQLRGHTL
VWHNQTPEWVFRDNDKEAPKELVIERLREHIKTICTRYRDVVYSWDVVNAAVEDKTDVLLRDSKWRRIIGDDYIKIAFEI
AKKYTGNGKLFYNDYNNEMPYKLEKTYKVLKSLLEEGTPIDGVGIQAHWNIWDKNLIDNLKRAIETYASLGLEIQITELD
ISVFEFEDRRTDLLEPTEEMVELQAKVYEDVFRVFREYRDVITSVTLWGISDRHTWKDNFPVIGRKDWPLLFDIDGKPKK
AFFRIIDF

The query sequence (length=328) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 4pmd:A 329 328 1.0000 0.9970 1.0000 0.0 4l4p:A
2 3emq:A 331 325 0.5305 0.5257 0.5354 6.41e-132 3emz:A
3 3msd:A 330 325 0.5183 0.5152 0.5231 4.24e-121 3msd:B, 3msg:A, 3msg:B, 3mua:A, 3mua:B, 3mui:A, 3mui:B
4 6wqw:A 305 325 0.4726 0.5082 0.4769 1.11e-101
5 7cpl:A 358 353 0.4817 0.4413 0.4476 9.29e-93 7cpk:A, 6lps:A, 2uwf:A, 8xy0:A, 8y1m:A, 8y1m:B
6 5eb8:A 354 352 0.4634 0.4294 0.4318 3.55e-88 5eb8:B, 5eba:A, 5efd:A, 5efd:B, 5eff:A, 5eff:B, 2f8q:A, 2f8q:B, 2fgl:A, 2fgl:B, 4qce:A, 4qce:B, 4qcf:A, 4qdm:A, 4qdm:B, 5xc0:A, 5xc0:B, 5xc1:A, 5xc1:B
7 8bbi:A 335 333 0.4268 0.4179 0.4204 1.29e-84 8bbi:B, 7nl2:A, 7nl2:B
8 3w25:A 324 335 0.4116 0.4167 0.4030 5.38e-77 3w26:A, 3w27:A, 3w28:A, 3w29:A
9 5ofk:A 339 333 0.3780 0.3658 0.3724 1.84e-74 5ofl:A
10 1hiz:A 375 364 0.4451 0.3893 0.4011 3.94e-74 3mmd:A, 4prw:A, 4pud:A, 4pue:A, 1r85:A, 1r86:A, 1r87:A
11 1ur2:A 351 347 0.3994 0.3732 0.3775 1.55e-73 2cnc:A, 1uqy:A, 1uqz:A, 1ur1:A
12 4w8l:A 352 342 0.4116 0.3835 0.3947 4.26e-73 4w8l:B, 4w8l:C
13 5d4y:A 314 334 0.3902 0.4076 0.3832 1.74e-72 5d4y:B
14 3rdk:B 334 349 0.3476 0.3413 0.3266 3.21e-58 4e4p:A, 4e4p:B, 3rdk:A, 3ro8:A, 3ro8:B, 3ro8:C, 3ro8:D, 3ro8:E, 3ro8:F, 3ro8:G, 3ro8:H
15 3nj3:A 327 298 0.3293 0.3303 0.3624 2.00e-54 3nj3:B, 1vbr:A, 1vbr:B
16 1isv:A 436 300 0.2835 0.2133 0.3100 1.84e-47 2d20:A, 2d20:B, 2d22:A, 2d22:B, 2d23:A, 2d23:B, 2d24:A, 2d24:B, 1e0v:A, 1e0x:A, 1e0x:B, 2g3j:A, 5gqd:A, 5gqd:B, 5gqe:A, 5gqe:B, 1isv:B, 1isw:A, 1isw:B, 1isx:A, 1isx:B, 1isy:A, 1isy:B, 1isz:A, 1isz:B, 1it0:A, 1it0:B, 1od8:A, 1v0k:A, 1v0l:A, 1v0m:A, 1v0n:A, 1v6u:A, 1v6u:B, 1v6v:A, 1v6v:B, 1v6w:A, 1v6w:B, 1v6x:A, 1v6x:B
17 1b30:A 302 301 0.3171 0.3444 0.3455 1.35e-46 1b3v:A, 1b3w:A, 1b3x:A, 1b3y:A, 1b3z:A, 1bg4:A
18 2wys:B 516 359 0.3598 0.2287 0.3287 5.07e-45 2w5f:A, 2w5f:B, 2wys:A, 2wze:A, 2wze:B
19 3u7b:B 326 314 0.3110 0.3129 0.3248 4.07e-43
20 4xx6:B 321 297 0.2866 0.2928 0.3165 1.25e-40 4xx6:A
21 6jdy:A 319 266 0.2591 0.2665 0.3195 8.24e-39 6jdy:B, 6jdz:A, 6jdz:B, 6je0:A, 6je0:B, 6je1:A, 6je1:B, 6je2:A, 6je2:B, 7wh7:A, 7wh7:B, 7whe:B
22 3cuf:A 314 307 0.2805 0.2930 0.2997 8.26e-39 3cug:A, 3cuh:A, 3cui:A, 3cuj:A, 1exp:A, 1fh7:A, 1fh8:A, 1fh9:A, 1fhd:A, 2his:A, 1j01:A, 2xyl:A
23 3wub:A 313 299 0.2988 0.3131 0.3278 1.45e-38 3wue:A, 3wuf:A, 3wug:A
24 1us2:A 507 336 0.3384 0.2189 0.3304 1.86e-38 1gny:A
25 7k4u:A 305 305 0.2683 0.2885 0.2885 8.86e-36 2bnj:A, 4bs0:A, 4bs0:B, 8fos:A, 1goq:A, 1gor:A, 7k4q:A, 7k4q:B, 7k4w:A, 7k4x:A, 7k4x:B, 7k4z:A, 8kh3:A, 3nyd:A, 3nyd:B, 8rd5:A, 8rd5:B, 5rga:A, 5rga:B, 5rgb:A, 5rgb:B, 5rgc:A, 5rgc:B, 5rgd:A, 5rgd:B, 5rge:A, 5rgf:A, 5rgf:B, 6srw:A, 6srw:B, 6sry:A, 6sry:B, 6srz:A, 6srz:B, 6ss1:A, 6ss1:B, 6ss3:A, 6ss3:B, 6tu6:A, 6tu6:B, 6tu6:C, 6tu6:D, 6tu6:E, 6tu6:F, 6tu6:G, 6tu6:H, 6tu6:I, 6tu6:J, 6tu6:K, 6tu6:L, 6tu6:M, 6tu6:N, 6tu6:O, 6tu6:P, 8usf:A, 8usf:B, 8ush:A, 8ush:B, 8usj:A, 8usj:B, 8usj:C, 8usl:A, 8usl:B
26 1w3h:A 348 352 0.3171 0.2989 0.2955 6.79e-35 1clx:A, 1clx:B, 1clx:C, 1clx:D, 1e5n:A, 1e5n:B, 1w2p:A, 1w2p:B, 1w2v:A, 1w2v:B, 1w32:A, 1w32:B, 1w3h:B
27 6q8n:A 321 266 0.2470 0.2523 0.3045 2.71e-33 6q8n:B
28 5xzu:A 334 291 0.2561 0.2515 0.2887 3.40e-33
29 7d88:A 364 303 0.2409 0.2170 0.2607 1.89e-20 7d89:A
30 4pmx:A 306 323 0.2439 0.2614 0.2477 9.44e-18 4pmy:A, 4pmy:B, 4pmz:A, 4pmz:B, 4pn2:A, 4pn2:B
31 7rd6:A 929 98 0.0854 0.0301 0.2857 0.25 7rd7:A, 7rd8:A
32 8i7h:A 297 124 0.0793 0.0875 0.2097 2.5 8i7h:B, 8i7h:C, 8i7h:D
33 3pse:A 164 68 0.0579 0.1159 0.2794 2.7 3phw:A, 3phw:C, 3phw:E, 3phw:G, 3phx:A, 3pt2:A, 5v5h:A
34 4blv:A 280 71 0.0610 0.0714 0.2817 2.9 4blv:B, 4blw:A, 4blw:B, 7p8q:A, 7p9i:A, 7p9i:B, 7p9o:A, 6qdx:A, 6qdx:B, 6qdx:C, 6qdx:D, 6qe0:A, 6qe5:A, 6qe5:B
35 6ks6:A 550 45 0.0518 0.0309 0.3778 4.2 6ks6:a, 4v81:A, 4v81:a, 4v8r:AA, 4v8r:Aa, 4v8r:BA, 4v8r:Ba, 4v94:A, 4v94:I, 4v94:a, 4v94:i, 7ylw:A, 7ylw:a, 7ylx:A, 7ylx:a, 7yly:A, 7yly:a
36 1pz0:A 311 69 0.0610 0.0643 0.2899 4.8
37 7d5c:A 919 102 0.0823 0.0294 0.2647 5.2
38 2dqn:A 485 97 0.0793 0.0536 0.2680 6.2 2f2a:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218