Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TVPASVDWRKKGAVTSVKDQGQCGSCWAFSTIVAVEGINQIKTNKLVSLSEQELVDCDTDQNQGCNGGLMDYAFEFIKQR
GGITTEANYPYEAYDGTCDVSKENAPAVSIDGHENVPENDENALLKAVANQPVSVAIDAGGSDFQFYSEGVFTGSCGTEL
DHGVAIVGYGTTIDGTKYWTVKNSWGPEWGEKGYIRMERGISDKEGLCGIAMEASYPIKKSSNN

The query sequence (length=224) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 1s4v:B 226 224 1.0000 0.9912 1.0000 2.58e-168 1s4v:A
2 2fo5:A 224 221 0.6830 0.6830 0.6923 8.78e-113 2fo5:B, 2fo5:C, 2fo5:D
3 3p5u:A 220 219 0.5982 0.6091 0.6119 4.87e-91 3p5v:A, 3p5x:A
4 1iwd:A 215 218 0.5625 0.5860 0.5780 3.03e-89
5 1aec:A 218 219 0.5625 0.5780 0.5753 1.12e-84
6 2pre:A 208 218 0.5580 0.6010 0.5734 4.23e-84 2pre:B
7 3bcn:A 209 220 0.5491 0.5885 0.5591 5.70e-83 3bcn:B
8 5a24:A 222 221 0.5536 0.5586 0.5611 2.84e-80
9 2bdz:A 212 217 0.4911 0.5189 0.5069 9.25e-78 2bdz:D, 2bdz:B, 2bdz:C
10 8iui:A 218 221 0.5402 0.5550 0.5475 6.40e-76 8iui:B
11 6mis:A 215 216 0.4911 0.5116 0.5093 9.79e-76 6mis:B, 6ycc:A, 6ycc:B, 6ycd:A, 6ycd:B
12 6ycf:A 215 216 0.4866 0.5070 0.5046 2.73e-74 6ycf:B, 6ycg:B
13 7q8g:AA 222 223 0.5402 0.5450 0.5426 3.66e-72 1fh0:A, 1fh0:B, 7q8d:AA, 7q8d:BA, 7q8f:BA, 7q8f:AA, 7q8g:BA, 7q8h:AA, 7q8h:BA, 7q8i:AA, 7q8i:BA, 7q8j:AA, 7q8j:BA, 7q8k:AA, 7q8k:BA, 7q8l:AA, 7q8l:BA, 7q8m:AA, 7q8m:BA, 7q8n:AA, 7q8n:BA, 7q8o:BA, 7q8o:AA, 7q8p:AA, 7q8p:BA, 7q8q:AA, 7q8q:BA, 7q9c:AA, 7q9c:BA, 7q9h:AA, 7q9h:BA, 7qff:AA, 7qff:BA, 7qfh:AA, 7qfh:BA, 7qgw:A, 7qgw:B, 7qhj:AA, 7qhj:BA, 7qhk:AA, 7qhk:BA, 7qns:AA, 7qns:BA, 7qo2:AA, 7qo2:BA
14 1gec:E 216 218 0.5045 0.5231 0.5183 4.66e-72
15 1meg:A 216 218 0.4821 0.5000 0.4954 1.92e-71
16 6jd0:A 314 222 0.5312 0.3790 0.5360 1.95e-70 8a4u:A, 8a4u:B, 8a4u:C, 8a4u:D, 8a4v:A, 8a4v:B, 8a4v:C, 8a4v:D, 8a4w:A, 8a4w:B, 8a4w:C, 8a4w:D, 8a4x:A, 8a4x:B, 8a4x:C, 8a4x:D, 8a5b:A, 8a5b:B, 8a5b:C, 8a5b:D, 8ahv:A, 8ahv:B, 8ahv:C, 8ahv:D, 4axl:A, 4axm:A, 4axm:B, 4axm:F, 4axm:I, 4axm:L, 4axm:O, 8b4f:A, 8b4f:B, 8b4f:C, 8b4f:D, 3bc3:A, 3bc3:B, 8c77:A, 8c77:B, 8c77:C, 8c77:D, 6ezp:A, 6ezx:A, 6ezx:B, 5f02:A, 6f06:A, 6f06:B, 8gx2:A, 8gx2:B, 3h89:A, 3h89:B, 3h89:C, 3h89:D, 3h89:E, 3h89:F, 3h8b:A, 3h8b:B, 3h8b:C, 3h8b:F, 3h8b:D, 3h8b:E, 3h8c:A, 3h8c:B, 8het:A, 8hfv:A, 8hfv:B, 8hfv:C, 8hfv:D, 3hha:A, 3hha:B, 3hha:C, 3hha:D, 3hwn:A, 3hwn:B, 3hwn:C, 3hwn:D, 3k24:B, 3k24:A, 5mae:A, 5maj:A, 1mhw:A, 1mhw:B, 1mhw:C, 1mhw:D, 5mqy:A, 3of8:A, 3of9:A, 8ofa:A, 8ofa:B, 8ofa:C, 8ofa:D, 8oza:A, 8oza:B, 8oza:C, 8oza:D, 8prx:A, 8prx:B, 8prx:C, 8prx:D, 7qkb:A, 7qkb:B, 7qkb:C, 7qkb:D, 7qkc:A, 7qkc:B, 7qkc:C, 7qkc:D, 7qkd:A, 7qkd:B, 7qkd:C, 7qkd:D, 8qkb:A, 8qkb:B, 8qkb:C, 8qkb:D, 8uac:A, 8uac:B, 7w33:A, 7w34:A, 2xu1:A, 2xu1:B, 2xu1:C, 2xu1:D, 2xu3:A, 2xu4:A, 2xu5:A, 2yj2:A, 2yj8:A, 2yj9:A, 2yjb:A, 2yjc:A, 7z58:A, 7z58:B, 7z58:C, 7z58:D, 7zs7:A, 7zs7:B, 7zs7:C, 7zs7:D, 7zvf:A, 7zvf:B, 7zvf:C, 7zvf:D, 7zxa:A, 7zxa:B, 7zxa:C, 7zxa:D
17 1bp4:A 212 218 0.4688 0.4953 0.4817 2.24e-69 1bqi:A, 2cio:A, 1cvz:A, 6h8t:A, 6h8t:J, 1khp:A, 1khq:A, 3lfy:C, 1pad:A, 2pad:A, 4pad:A, 5pad:A, 6pad:A, 1pe6:A, 1pip:A, 1pop:A, 1ppp:A, 6tcx:AAA
18 4bpv:A 219 222 0.5000 0.5114 0.5045 1.80e-67 4bpv:B, 4bpv:C, 4bpv:D, 4bpv:E, 4bqv:A, 4bqv:B, 4bqv:C, 4bqv:D, 4bqv:E, 4bqv:F, 4bqv:G, 4bqv:H, 4bs5:A, 4bs6:A, 4bs6:B, 4bsq:A, 4mzo:A, 4mzo:B, 4mzo:C, 4mzo:D, 4mzo:E, 4mzo:F, 4mzo:G, 4mzo:H, 4mzs:A, 4mzs:B
19 8jcq:A 214 217 0.4375 0.4579 0.4516 1.44e-66 8jcr:A
20 3ioq:A 213 218 0.4732 0.4977 0.4862 4.93e-66
21 5j94:A 223 219 0.4866 0.4888 0.4977 2.23e-62 6ash:A, 1atk:A, 2ato:A, 1au0:A, 1au2:A, 1au3:A, 1au4:A, 2aux:A, 2auz:A, 1ayu:A, 1ayv:A, 1ayw:A, 2bdl:A, 1bgo:A, 8c3d:A, 3c9e:A, 4dmx:A, 4dmy:A, 4dmy:B, 2f7d:A, 2ftd:A, 2ftd:B, 3h7d:A, 3h7d:E, 6hgy:A, 5ja7:A, 5ja7:B, 3kw9:A, 3kwb:X, 3kwb:Y, 3kwz:A, 3kx1:A, 1mem:A, 1nl6:A, 1nl6:B, 1nlj:A, 1nlj:B, 7nxl:AAA, 7nxm:A, 3o0u:A, 3o1g:A, 3ovz:A, 6pxf:A, 1q6k:A, 6qbs:A, 6qbs:B, 7qbl:A, 7qbm:A, 7qbn:A, 7qbo:A, 6ql8:A, 6qlm:A, 6qlm:B, 6qlw:A, 6qlw:B, 6qlw:C, 6qlw:D, 6qlx:A, 6qm0:A, 6qm0:B, 2r6n:A, 1snk:A, 5tdi:A, 1tu6:A, 1tu6:B, 1u9v:A, 1u9w:A, 1u9x:A, 1vsn:A, 4x6h:A, 4x6i:A, 4x6j:A, 1yk7:A, 1yk8:A, 1yt7:A, 4yv8:A
22 5qcd:A 223 220 0.4777 0.4798 0.4864 3.19e-62 2f1g:A, 2f1g:B, 2fq9:A, 2fq9:B, 2fra:A, 2fra:B, 2frq:A, 2frq:B, 2ft2:A, 2ft2:B, 2fud:A, 2fud:B, 2fye:A, 2g6d:A, 2g7y:A, 2g7y:B, 9gj2:A, 9gj2:B, 2h7j:A, 2h7j:B, 2hh5:B, 2hh5:A, 2hhn:B, 2hxz:A, 2hxz:B, 2hxz:C, 3iej:A, 3iej:B, 1ms6:A, 3n3g:A, 3n3g:B, 3n4c:A, 3n4c:B, 1npz:A, 1npz:B, 1nqc:A, 2op3:A, 2op3:B, 3ovx:A, 3ovx:B, 4p6e:A, 4p6e:B, 4p6g:A, 4p6g:B, 4p6g:C, 4p6g:D, 8pi3:A, 5qbu:A, 5qbu:B, 5qbv:A, 5qbv:B, 5qbw:A, 5qbx:A, 5qbx:B, 5qby:A, 5qby:B, 5qbz:A, 5qc0:A, 5qc0:B, 5qc1:A, 5qc1:B, 5qc2:A, 5qc2:B, 5qc3:A, 5qc3:B, 5qc4:A, 5qc4:B, 5qc5:A, 5qc5:B, 5qc6:A, 5qc6:B, 5qc7:A, 5qc7:B, 5qc8:A, 5qc8:B, 5qc9:A, 5qc9:B, 5qca:A, 5qca:B, 5qcb:A, 5qcb:B, 5qcc:A, 5qcc:B, 5qce:A, 5qce:B, 5qcf:A, 5qcg:A, 5qcg:B, 5qch:A, 5qch:B, 5qch:D, 5qch:C, 5qci:A, 5qcj:A, 5qcj:B, 5qcj:C, 2r9m:A, 2r9m:B, 2r9n:A, 2r9n:B, 2r9o:A, 2r9o:B, 8rnd:A, 6yyn:AAA, 6yyn:BBB, 6yyo:AAA, 6yyo:BBB, 6yyp:AAA, 6yyq:AAA, 6yyq:BBB, 6yyq:CCC, 6yyr:AAA, 6yyr:BBB
23 2b1n:A 227 230 0.4821 0.4758 0.4696 7.46e-59
24 6ex8:A 217 203 0.4509 0.4654 0.4975 4.03e-56 6ex8:B, 6exo:A, 6exo:B, 6exq:A, 6exq:B, 2p7u:A, 2p86:A
25 6p4e:B 217 207 0.4241 0.4378 0.4589 4.16e-56 6p4e:A
26 7ei0:A 241 228 0.4375 0.4066 0.4298 4.34e-54 3bpf:A, 3bpf:B, 3bpf:C, 3bpf:D, 8gt7:C, 6jw9:A
27 6czs:A 312 223 0.4643 0.3333 0.4664 7.20e-54 1nb3:A, 1nb3:B, 1nb3:C, 1nb3:D, 1nb5:A, 1nb5:B, 1nb5:C, 1nb5:D, 8pch:A
28 1aim:A 215 203 0.4241 0.4419 0.4680 2.95e-53 2aim:A, 1ewl:A, 1ewm:A, 1ewo:A, 1ewp:A, 1f29:A, 1f29:B, 1f29:C, 1f2a:A, 1f2b:A, 1f2c:A, 3hd3:A, 3hd3:B, 3i06:A, 3iut:A, 7juj:A, 7juj:B, 7juj:C, 7juj:D, 7juj:E, 7juj:F, 3kku:A, 4klb:A, 4klb:B, 4klb:C, 3lxs:A, 3lxs:C, 1me3:A, 1me4:A, 2oz2:A, 2oz2:C, 4pi3:A, 4pi3:B, 4qh6:A, 7s18:A, 7s19:A, 1u9q:X, 6ux6:A, 4w5b:A, 4w5b:B, 4w5b:C, 4w5c:A, 4w5c:B, 4w5c:C, 4w5c:D, 4xui:A, 4xui:B, 4xui:C
29 3bpm:A 243 224 0.3750 0.3457 0.3750 2.59e-45 3bpm:B, 3bwk:A, 3bwk:B, 3bwk:C, 3bwk:D
30 1m6d:A 214 217 0.4286 0.4486 0.4424 1.59e-42 1m6d:B
31 5vpl:A 223 200 0.3080 0.3094 0.3450 8.56e-32
32 2as8:A 222 199 0.2946 0.2973 0.3317 1.95e-29 2as8:B, 3f5v:A, 3f5v:B, 5vcn:A, 5vcn:B, 5vco:E, 5vco:F, 5vpg:A, 5vph:A
33 3pdf:A 351 236 0.3661 0.2336 0.3475 2.03e-28 4cdc:B, 4cdc:E, 4cdc:F, 4cdc:H, 4cdc:K, 4cdd:A, 4cdd:B, 4cdd:D, 4cdd:E, 4cde:B, 4cde:C, 4cde:E, 4cde:F, 4cdf:A, 4cdf:B, 4cdf:C, 4cdf:D, 4cdf:E, 4cdf:F, 2djf:B, 2djf:C, 6ic5:A, 6ic5:B, 6ic5:C, 6ic6:A, 6ic6:B, 6ic7:A, 6ic7:B, 6ic7:C, 4oel:A, 4oem:A, 6rn6:E, 6rn6:F, 6rn7:A, 6rn7:B, 6rn7:C, 6rn9:A, 6rn9:B, 6rn9:C, 6rne:B, 6rne:C, 6rni:A, 6rni:B
34 3ai8:B 256 259 0.3348 0.2930 0.2896 3.65e-21 3ai8:A, 6ay2:A, 6ay2:B, 8b4t:A, 8b5f:A, 1csb:A, 1csb:B, 1csb:D, 1csb:E, 1gmy:A, 1gmy:B, 1gmy:C, 8he9:A, 8hei:A, 8hen:A, 2ipp:A, 1sp4:A
35 8cc2:AAA 254 239 0.3036 0.2677 0.2845 1.31e-20 8ccu:AAA, 8cd9:AAA, 5ogq:A, 5ogq:B, 5ogq:C, 5ogr:A, 5ogr:B, 5ogr:C, 3qsd:A, 3s3q:A, 3s3r:A, 3s3r:C, 3s3r:B, 6yi7:A
36 3hhi:B 260 240 0.3036 0.2615 0.2833 2.43e-19 3hhi:A
37 1cte:A 253 259 0.3170 0.2806 0.2741 1.76e-18 1cte:B, 1the:A, 1the:B
38 2dc6:A 251 249 0.3170 0.2829 0.2851 6.69e-14 2dc7:A, 2dc8:A, 2dc9:A, 2dca:A, 2dcb:A, 2dcc:A, 2dcd:A, 1ito:A, 1qdq:A, 1sp4:B
39 2wbf:X 265 226 0.2634 0.2226 0.2611 9.95e-13 3ch3:X, 6x42:X
40 4ci7:A 456 208 0.2277 0.1118 0.2452 0.008 4ci7:B, 4d59:A, 4d59:B, 4d5a:A, 4d5a:B
41 3pw3:A 374 26 0.0580 0.0348 0.5000 0.20 3pw3:B, 3pw3:C, 3pw3:E, 3pw3:F, 6w4n:E, 6w4n:F, 5wdk:A, 5wdk:D, 5wdk:F, 5wdl:A, 5wdl:B, 5wdl:C, 5wdl:D, 5wdl:E, 5wdl:F
42 3pw3:A 374 27 0.0491 0.0294 0.4074 0.53 3pw3:B, 3pw3:C, 3pw3:E, 3pw3:F, 6w4n:E, 6w4n:F, 5wdk:A, 5wdk:D, 5wdk:F, 5wdl:A, 5wdl:B, 5wdl:C, 5wdl:D, 5wdl:E, 5wdl:F
43 3pw3:D 353 26 0.0580 0.0368 0.5000 0.20 6w4n:A, 6w4n:B, 6w4n:C, 6w4n:D, 5wdk:B, 5wdk:C, 5wdk:E
44 3pw3:D 353 27 0.0491 0.0312 0.4074 0.50 6w4n:A, 6w4n:B, 6w4n:C, 6w4n:D, 5wdk:B, 5wdk:C, 5wdk:E
45 6e67:B 476 95 0.1071 0.0504 0.2526 0.44 3d4s:A, 5d5a:A, 5d5b:A, 5d6l:A, 6e67:A, 3ny8:A, 3ny9:A, 3nya:A, 6oba:A, 3pds:A, 6prz:A, 6ps0:A, 6ps1:A, 6ps2:A, 6ps3:A, 6ps4:A, 6ps5:A, 6ps6:A, 2rh1:A, 5x7d:A
46 4lde:A 454 95 0.1071 0.0529 0.2526 0.52 7bz2:R, 7dhi:R, 7dhr:R, 4ekp:A, 4ekp:B, 4ekq:A, 4ekq:B, 4ekr:A, 4ekr:B, 4eks:A, 4eks:B, 4gbr:A, 8gdz:R, 8ge1:R, 8ge2:R, 8ge3:R, 8ge4:R, 8ge5:R, 8ge6:R, 8ge7:R, 8ge8:R, 8ge9:R, 8gea:R, 8geb:R, 8gec:R, 8ged:R, 8gee:R, 8gef:R, 8geg:R, 8geh:R, 8gei:R, 8gfv:R, 8gfw:R, 8gfx:R, 8gfy:R, 8gfz:R, 8gg0:R, 8gg1:R, 8gg2:R, 8gg3:R, 8gg4:R, 8gg5:R, 8gg6:R, 8gg7:R, 8gg8:R, 8gg9:R, 8gga:R, 8ggb:R, 8ggc:R, 8ggi:R, 8ggj:R, 8ggk:R, 8ggl:R, 8ggm:R, 8ggn:R, 8ggo:R, 8ggp:R, 8ggq:R, 8ggr:R, 8ggs:R, 8ggt:R, 8ggu:R, 8ggv:R, 8ggw:R, 8ggx:R, 8ggy:R, 8ggz:R, 8gh0:R, 8gh1:R, 4i7m:A, 4i7m:B, 4i7n:A, 4i7n:B, 4i7o:A, 4i7o:B, 4i7p:B, 4i7q:A, 4i7q:B, 4i7r:A, 4i7r:B, 4i7s:A, 4i7s:B, 4i7t:A, 4i7t:B, 5jqh:A, 5jqh:B, 4ldl:A, 4ldo:A, 6mxt:A, 6n48:A, 6ni3:R, 3p0g:A, 4qkx:A, 7sj6:A, 7sj6:B, 3sn6:R, 8unl:R, 8unm:R, 8unn:R, 8uno:R, 8unp:R, 8unq:R, 8unr:R, 8uns:R, 8unt:R, 8unu:R, 8unv:R, 8unw:R, 8unx:R, 8uny:R, 8unz:R, 8uo0:R, 8uo1:R, 8uo2:R, 7xk9:A, 7xka:A
47 3ois:A 268 36 0.0670 0.0560 0.4167 0.54 3ois:B, 3ois:C, 3ois:D
48 8jj8:F 375 66 0.0848 0.0507 0.2879 0.66 8jjl:A, 8jjo:F
49 8w1v:A 441 95 0.1027 0.0522 0.2421 1.3 8w1v:B
50 7wr6:A 247 53 0.0759 0.0688 0.3208 1.5
51 1kyv:E 152 79 0.0938 0.1382 0.2658 3.9 2a57:A, 2a57:E, 2a57:B, 2a57:C, 2a57:D, 2a58:A, 2a58:B, 2a58:C, 2a58:D, 2a58:E, 2a59:A, 2a59:E, 2a59:B, 2a59:C, 2a59:D, 1kyv:A, 1kyv:B, 1kyv:C, 1kyv:D, 1kyx:A, 1kyx:E, 1kyx:B, 1kyx:C, 1kyx:D, 1kyy:A, 1kyy:E, 1kyy:B, 1kyy:C, 1kyy:D
52 4g9i:A 766 51 0.0804 0.0235 0.3529 5.4 4g9i:B, 4g9i:C, 4g9i:D, 4g9i:E, 4g9i:F

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218