Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TTSAVNIYNISAGASVDLAAPVTTGDIVTFFSSALNLSAGAGSPNNTALNLLSENGAYLLHIAFRLQENVIVFNSRQPNA
PWLVEQRVSNVANQFIGSGGKAMVTVFDHGDKYQVVINEKTVIQYTKQISGTTSSLSYNSTEGTSIFSTVVEAVTYTGLA

The query sequence (length=160) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 3wg3:A 163 160 1.0000 0.9816 1.0000 1.71e-114 3wg1:A, 3wg1:B, 3wg3:B, 3wg4:A, 3wg4:B, 1ww4:A, 1ww4:B, 1ww4:C, 1ww4:D, 1ww5:A, 1ww5:B, 1ww5:C, 1ww5:D, 1ww6:A, 1ww6:B, 1ww6:C, 1ww6:D, 1ww7:A, 1ww7:B, 1ww7:C, 5xfd:A, 5xfd:B
2 3afk:A 167 156 0.8750 0.8383 0.8974 2.85e-100 3afk:B, 3m3c:A, 3m3c:B, 3m3e:A, 3m3e:B, 3m3e:C, 3m3e:D, 3m3o:A, 3m3q:A, 3m3q:B, 2zgm:A, 2zgm:B, 2zgn:B, 2zgo:A, 2zgo:B
3 1ulc:A 150 145 0.3125 0.3333 0.3448 8.13e-18 1ulc:B, 1uld:A, 1uld:B, 1uld:C, 1uld:D, 1ule:A, 1ule:B, 1ulf:A, 1ulf:B, 1ulg:A, 1ulg:B, 1ulg:C, 1ulg:D, 2wkk:A, 2wkk:B, 2wkk:C, 2wkk:D
4 5glt:A 278 91 0.1500 0.0863 0.2637 0.001 5glt:B, 5glu:A, 5glu:B, 5glw:A, 5glz:A, 5glz:B, 5glz:C, 5gm0:A, 5gm0:B
5 5glt:A 278 27 0.0813 0.0468 0.4815 3.0 5glt:B, 5glu:A, 5glu:B, 5glw:A, 5glz:A, 5glz:B, 5glz:C, 5gm0:A, 5gm0:B
6 7df6:A 139 74 0.1375 0.1583 0.2973 0.081 7cxb:A, 7cxc:A, 7cxc:B, 7cxd:A, 7cxd:B, 7cxd:D, 7cxd:E, 7df6:B, 8ilu:A, 8ilu:B, 8iu1:A
7 5xzv:A 375 165 0.2562 0.1093 0.2485 0.51 2a0t:A, 1g6g:A, 1g6g:B, 1j4p:A, 1j4q:A, 2jqi:A, 1k3n:A, 1k3q:A, 5xzv:B
8 8ila:A 429 120 0.2062 0.0769 0.2750 0.77 8ila:C, 8ila:B, 8ila:D, 8ixq:B, 8ixq:D
9 2ymz:B 130 78 0.1562 0.1923 0.3205 0.78 2ymz:D
10 6fof:A 153 74 0.1313 0.1373 0.2838 1.0 1a3k:A, 3aya:A, 3aya:B, 3ayc:B, 3ayd:A, 3aye:A, 3aye:B, 6b8k:A, 4bli:A, 4blj:A, 4bm8:A, 8bz3:A, 7cxa:A, 7cxa:B, 7df5:A, 5e88:A, 5e89:A, 5e8a:A, 6eog:A, 6eol:A, 5exo:A, 6exy:A, 6eym:A, 6f6y:A, 6fk2:A, 6fof:C, 6fof:D, 6fof:E, 6fof:G, 6fof:B, 6fof:F, 6fof:H, 6fof:I, 6fof:J, 6fof:K, 6fof:L, 6g0v:A, 6h64:A, 6h64:F, 6h64:B, 6h64:E, 6h64:C, 6h64:D, 5h9p:A, 5h9r:A, 6i74:A, 6i75:A, 6i76:A, 6i77:A, 6i78:A, 8itx:A, 8itx:B, 8itz:A, 5iuq:A, 4jc1:A, 4jck:A, 1kjl:A, 1kjr:A, 6kxa:A, 6kxb:A, 4lbj:A, 4lbk:A, 4lbl:A, 4lbm:A, 4lbn:A, 4lbo:A, 5nf7:A, 5nf9:A, 5nfa:A, 5nfb:A, 2nmn:A, 2nmo:A, 2nn8:A, 5oax:A, 5ody:A, 8oji:A, 8ojk:A, 8ojm:A, 8ojo:A, 8pbf:A, 8pf9:A, 8pff:A, 8ppn:A, 6q0q:A, 6q17:A, 6qge:A, 6qgf:A, 6qln:A, 6qlo:A, 6qlp:A, 6qlq:B, 6qlr:A, 6qls:A, 6qlt:A, 6qlu:A, 4r9a:A, 4r9b:A, 4r9c:A, 4r9d:A, 7rdo:A, 7rdp:A, 7rgx:A, 7rgy:A, 7rgz:A, 6rhl:A, 6rhm:A, 7rh0:A, 7rh1:A, 7rh3:A, 7rh4:A, 4rl7:A, 6rzf:A, 6rzg:A, 6rzh:A, 6rzi:A, 6rzj:A, 6rzk:A, 6rzl:A, 6rzm:A, 3t1l:A, 3t1m:A, 6tf6:A, 6tf7:A, 4xbn:A, 7xfa:A, 2xg3:A, 6y4c:A, 6y78:A, 7zqx:A, 3zsj:A, 3zsk:A
11 1w0c:A 276 36 0.0938 0.0543 0.4167 2.1 2bf7:A, 2bf7:B, 2bfa:A, 2bfa:B, 2bfm:A, 2bfm:B, 2bfo:A, 2bfo:B, 2bfp:A, 2bfp:B, 1e7w:A, 1e7w:B, 1e92:A, 1e92:B, 1e92:C, 3h4v:A, 3h4v:B, 3h4v:C, 3h4v:D, 3h4v:E, 3h4v:F, 3h4v:G, 3h4v:H, 5l42:A, 5l42:B, 5l4n:C, 5l4n:D, 7pxx:A, 7pxx:B, 2qhx:A, 2qhx:B, 2qhx:D, 6rxc:A, 6rxc:B, 6rxc:C, 1w0c:B, 1w0c:C, 1w0c:E, 1w0c:F, 1w0c:G, 1w0c:H
12 4eq5:A 516 60 0.1062 0.0329 0.2833 2.2
13 8fia:A 1772 35 0.0813 0.0073 0.3714 4.2
14 1b8g:B 425 47 0.1187 0.0447 0.4043 4.9 1b8g:A, 1m4n:A, 1m7y:A, 3piu:A, 1ynu:A
15 6otf:B 521 25 0.0750 0.0230 0.4800 7.1 6otf:A, 6otf:C, 6ouc:A
16 7yed:H 1288 67 0.1125 0.0140 0.2687 7.3 7yed:I, 7yed:J, 7yed:K, 7yed:L, 7yev:H, 7yev:I, 7yev:J, 7yev:K, 7yev:L, 7yez:H, 7yez:I, 7yez:J, 7yez:K, 7yez:L
17 3pa1:A 315 25 0.0688 0.0349 0.4400 8.8 5bsx:A, 5bsy:A, 6gw1:A, 6gw1:B, 6gw2:A, 6gw2:B, 6gy9:A, 6gy9:B, 5hza:A, 5hza:B, 5hzb:B, 5hzb:A, 3ony:A, 3ony:B, 3ony:C, 3pa1:B, 3pa2:A, 3pa2:B, 3q38:A, 3q39:A, 3q39:B, 3q3a:B, 3q3a:A, 3ry8:A, 8y6c:B, 8y6c:A, 8y6d:B, 8y6d:A, 4z4r:A, 4z4r:B, 4z4s:A, 4z4s:B, 4z4t:A, 4z4t:B, 4z4u:A, 4z4u:B, 4z4v:A, 4z4v:B, 4z4w:A, 4z4w:B, 4z4y:A, 4z4z:A, 4z4z:B
18 8pvs:A 731 116 0.1875 0.0410 0.2586 9.4 8pvs:B
19 1wnb:A 474 72 0.1250 0.0422 0.2778 9.6 1wnb:B, 1wnb:C, 1wnb:D, 1wnd:A, 1wnd:B, 1wnd:C, 1wnd:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218