Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TTDGVYRVMTRRLLGSTQVGVGVMQEGVFHTMWHVTKGAALRSGEGRLDPYWGDVKQDLVSYCGPWKLDAAWDGLSEVQL
LAVPPGERAKNIQTLPGIFKTKDGDIGAVALDYPAGTSGSPILDKCGRVIGLYGNGVVIKNGSYVSAITQGK

The query sequence (length=152) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5lc0:A 193 150 0.9605 0.7565 0.9733 3.95e-105 8a15:B, 8aqa:A, 8aqa:B, 8aqb:A, 8aqb:B, 8aqk:A, 8aqk:B, 7doc:A, 7doc:B, 7h1h:B, 7h1i:B, 7h1j:B, 7h1k:B, 7h1l:B, 7h1m:B, 7h1n:B, 7h1o:B, 7h1p:A, 7h1p:B, 7h1q:B, 7h1r:B, 7h1s:B, 7h1t:B, 7h1u:B, 7h1v:B, 7h1w:B, 7h1x:B, 7h1y:B, 7h1z:B, 7h20:B, 7h21:B, 7h22:A, 7h22:B, 7h23:B, 7h24:B, 7h25:B, 7h27:B, 7h28:B, 7h29:B, 7h2a:B, 7h2b:B, 7h2c:B, 7h2c:A, 7h2d:B, 7h2e:B, 7h2f:B, 7h2g:B, 7h2h:B, 7h2i:B, 7h2j:B, 7h2k:B, 7h2l:B, 7h2m:B, 7h2n:B, 7h2o:B, 7h2p:A, 7h2p:B, 7h2q:B, 7h2r:B, 7h2s:B, 5h4i:B, 5h6v:A, 5h6v:B, 6jpw:C, 6jpw:D, 6jpw:E, 6jpw:F, 6jpw:G, 6jpw:H, 6kk2:A, 6kk2:B, 6kk3:A, 6kk3:B, 6kk4:A, 6kk4:B, 6kk5:A, 6kk5:B, 6kk6:A, 6kk6:B, 6kpq:B, 6l4z:H, 6l50:H, 5lc0:B, 7o2m:A, 7o2m:B, 7o55:A, 7o55:B, 7obv:A, 7obv:B, 7oc2:A, 7oc2:B, 7pfq:A, 7pfq:B, 7pfy:A, 7pfy:B, 7pfz:A, 7pfz:B, 7pg1:A, 7pg1:B, 7pgc:A, 7pgc:B, 7vlg:A, 7vlg:B, 7vlh:A, 7vlh:B, 7vli:A, 7vli:B, 7vxx:D, 7vxy:C, 7vxy:D, 6y3b:A, 6y3b:B, 8y9v:C, 8y9v:D, 5yof:A, 5yof:B, 7zlc:A, 7zlc:B, 7zld:A, 7zld:B, 5zmq:C, 5zmq:D, 5zmq:G, 5zmq:H, 5zms:A, 5zms:B, 5zms:D, 5zms:E, 7zmi:A, 7zmi:B, 7zno:A, 7zno:B, 5zob:A, 5zob:B, 5zob:C, 5zob:D, 7zpd:A, 7zpd:B, 7zq1:B, 7zqf:B, 7ztm:B, 7zum:A, 7zum:B, 7zv4:A, 7zv4:B, 7zvv:B, 7zvv:A, 7zw5:A, 7zw5:B, 7zwk:A, 7zwk:B, 7zys:A, 7zys:B
2 7m1v:A 166 142 0.8750 0.8012 0.9366 1.98e-94
3 2yol:A 212 152 0.6974 0.5000 0.6974 1.80e-75 3e90:B, 3e90:D, 2fp7:A, 2fp7:B, 5idk:A, 5idk:B, 5idk:C
4 4r8t:B 141 137 0.5724 0.6170 0.6350 5.31e-63
5 3u1i:B 168 148 0.5789 0.5238 0.5946 9.03e-63 3u1i:D, 3u1j:B
6 2vbc:A 600 151 0.5921 0.1500 0.5960 1.51e-59 2jlr:A, 2jls:A, 2jlu:A, 2jlu:B, 2jlv:A, 2jlv:B, 2jlw:A, 2jlw:B, 2jlx:A, 2jlx:B, 2jly:A, 2jly:B, 2jlz:A, 2jlz:B, 2whx:A, 2wzq:A, 5xc6:A, 5xc6:B, 5yvj:B
7 2m9p:A 240 148 0.5592 0.3542 0.5743 1.67e-59 2m9q:A
8 6mo0:A 164 132 0.4868 0.4512 0.5606 8.81e-52 6mo0:B, 6mo1:A, 6mo1:B, 6mo2:A, 6mo2:B
9 6p6t:A 159 128 0.1974 0.1887 0.2344 0.049 6p6z:A
10 6p6s:A 192 139 0.2368 0.1875 0.2590 0.13
11 1rgq:B 186 128 0.1908 0.1559 0.2266 0.14 2o8m:A
12 6p6v:A 193 133 0.1908 0.1503 0.2180 0.26
13 6kxh:B 294 31 0.0789 0.0408 0.3871 0.46 7clz:A, 7clz:C, 7clz:D, 6kxh:A, 6kxh:C, 6kxh:D
14 3woj:A 698 41 0.1053 0.0229 0.3902 0.48 3woi:B, 3woj:B, 3wol:A, 3wol:B, 3wom:A, 3wom:B, 3won:A, 3won:B, 3woo:A, 3woo:B, 3wop:A, 3wop:B, 3woq:A, 3woq:B, 3wor:A, 3wor:B, 4y06:A, 4y06:B
15 7dkb:A 697 26 0.0855 0.0187 0.5000 0.62 7dkb:B, 7dkc:A, 7dkc:B, 7dkd:A, 7dkd:B, 7dke:A, 7dke:B, 8grt:A, 8grt:B
16 6bqj:C 207 128 0.1776 0.1304 0.2109 0.67 1a1r:A, 1a1r:B, 2a4g:A, 2a4g:C, 2a4q:A, 2a4q:C, 2a4r:A, 2a4r:C, 6bqj:A, 6bqj:B, 6bqk:A, 6bqk:B, 6c2m:A, 6c2m:B, 6c2m:C, 6c2m:D, 6c2n:A, 6c2o:A, 6cvw:A, 6cvx:A, 6cvy:A, 7d5l:A, 7d5l:B, 7d5l:D, 7d5l:E, 6diq:A, 6dir:A, 6dis:A, 6dit:A, 6diu:A, 6div:A, 6diw:A, 5epn:A, 5epy:A, 5eqq:A, 5eqr:A, 5eqs:A, 5esb:A, 5etx:A, 5etx:B, 5etx:C, 5etx:D, 3eyd:A, 3eyd:C, 2f9u:A, 2f9u:C, 2f9v:A, 2f9v:C, 2fm2:A, 2fm2:C, 2gvf:A, 2gvf:C, 3kf2:A, 3kf2:B, 3kn2:A, 3kn2:C, 3knx:A, 3knx:C, 7l7l:A, 7l7n:A, 7l7o:A, 7l7p:A, 3lon:A, 3lon:C, 3lox:A, 3lox:C, 3m5l:A, 3m5m:B, 3m5m:A, 3m5n:B, 3m5n:C, 3m5n:D, 3m5n:A, 3m5o:A, 3m5o:B, 7mm2:A, 7mm3:A, 7mm4:A, 7mm5:A, 7mm6:A, 7mm7:A, 7mm8:A, 7mm9:A, 7mma:A, 7mmb:A, 7mmc:A, 7mmd:A, 7mme:A, 7mmf:A, 7mmg:A, 7mmg:B, 7mmh:A, 7mmi:A, 7mmj:A, 7mmk:A, 7mml:A, 1n1l:A, 1n1l:B, 6n4n:A, 6n4n:B, 4nwk:A, 4nwl:A, 4nwl:B, 6nzt:A, 6nzv:A, 2o8m:B, 2obo:A, 2obo:C, 2obq:A, 2obq:C, 2oc0:A, 2oc0:C, 2oc1:A, 2oc1:C, 2oc7:A, 2oc7:C, 2oc8:A, 2oc8:C, 2oin:A, 2oin:B, 2p59:A, 2p59:B, 6p6l:A, 6p6m:A, 6p6o:A, 6p6q:A, 6p6q:B, 6p6r:A, 6piu:A, 6piv:A, 6piw:A, 6pix:A, 6piy:A, 6piz:A, 6pj0:A, 6pj1:A, 6pj2:A, 2qv1:A, 2qv1:B, 3rc4:A, 3rc5:A, 3rc6:A, 1rgq:A, 1rtl:A, 1rtl:B, 3su0:A, 3su1:A, 3su2:A, 3su3:A, 3su4:A, 3su4:B, 3su5:A, 3su6:A, 3sud:A, 3sud:B, 3sud:C, 3sud:D, 3sue:A, 3sue:B, 3sue:C, 3sue:D, 3suf:A, 3suf:B, 3suf:C, 3suf:D, 3sug:A, 3sv6:A, 3sv7:A, 3sv8:A, 3sv9:A, 6ue3:A, 6vdl:A, 6vdm:A, 6vdn:A, 6vdo:A, 5voj:A, 5vp9:A, 4wf8:A, 4wh6:A, 4wh8:A, 4wh8:B, 2xcf:A, 2xcf:B, 2xcn:A, 2xcn:B, 2xni:A, 2xni:B
17 4b6f:A 645 128 0.1842 0.0434 0.2188 1.2 1a1v:A, 4a1t:A, 4a1t:B, 4a1v:A, 4a1v:B, 4a1x:A, 4a1x:B, 4a92:A, 4a92:B, 4b6e:B, 4b6f:B, 4b71:A, 4b71:B, 4b73:A, 4b73:B, 4b74:A, 4b74:B, 4b75:A, 4b75:B, 4b76:A, 4b76:B, 1bt7:A, 1cu1:A, 1cu1:B, 1dxp:A, 1dxp:B, 1dxw:A, 1dy8:A, 1dy8:B, 1dy9:A, 1dy9:B, 5e4f:A, 5e4f:B, 2f55:A, 2f55:B, 2f55:C, 6fe6:A, 5fps:A, 5fps:B, 5fpt:A, 5fpt:B, 5fpy:A, 5fpy:B, 1hei:A, 4i31:A, 4i31:B, 4i32:A, 4i32:B, 4i33:A, 4i33:B, 4jmy:A, 4jmy:B, 1jxp:A, 1jxp:B, 2k1q:A, 4k8b:A, 4k8b:B, 3kee:A, 3kee:B, 3kee:C, 3kee:D, 3kqh:B, 3kqh:A, 3kqk:B, 3kqk:A, 3kql:A, 3kql:B, 3kqn:A, 3kqu:A, 3kqu:B, 3kqu:C, 3kqu:D, 3kqu:E, 3kqu:F, 4ktc:A, 4ktc:C, 1ns3:A, 1ns3:B, 3o8b:A, 3o8b:B, 3o8c:A, 3o8c:B, 3o8d:A, 3o8d:B, 3o8r:A, 3o8r:B, 4ojq:A, 4ok3:A, 4ok5:A, 4ok6:A, 4oks:A, 4oks:B, 3oyp:A, 3oyp:B, 3p8n:A, 3p8n:B, 3p8o:A, 3p8o:B, 3rvb:A, 4tyd:A, 4tyd:D, 4tyd:B, 4tyd:E, 4tyd:C, 4tyd:F, 4tyd:G, 4tyd:M, 4tyd:H, 4tyd:J, 4tyd:L, 4tyd:K, 4u01:A, 4u01:B, 4u01:C, 4u01:D, 4u01:E, 4u01:F, 4u01:G, 4u01:H, 4u01:J, 1w3c:A, 1w3c:B, 4wxp:A, 4wxr:A, 4wxr:B, 2zjo:A
18 4ghl:A 132 70 0.1316 0.1515 0.2857 1.8 4gha:A, 4gha:E, 4gha:G, 4gha:C, 4ghl:D, 4ghl:B, 4ghl:C
19 2as9:A 207 67 0.1316 0.0966 0.2985 3.5 2as9:B
20 7elh:B 1264 72 0.1447 0.0174 0.3056 6.7 1mwh:A, 1n1h:A, 1n35:A, 1n38:A, 1uon:A, 7yed:R, 7yfe:R
21 8juq:A 350 61 0.1250 0.0543 0.3115 9.4 7eqm:A, 7eqm:B, 7eqm:C, 7eqr:A, 7eqr:B, 7eqr:C, 7eqr:D, 7eqr:E, 7eqr:F, 8juq:B, 8juq:C, 8juq:G, 8juq:H, 8jur:A, 8jur:B, 5mdo:A, 5mdo:B, 5mdo:C, 5mdo:D, 5mdo:E, 5mdr:A, 5mdr:B, 5mdr:C, 5mdr:D, 5mdr:E, 7x5p:A, 7x5p:B, 7x5p:C, 7x5p:D, 7x5p:E, 7x5p:F, 7x5q:B, 7x5q:A, 7x5q:D
22 3e10:B 167 67 0.1184 0.1078 0.2687 9.7 3e10:A
23 4kkm:B 280 52 0.1316 0.0714 0.3846 9.8

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218