Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TSTLVRVRKSAATLGIAIEGGANTRQPLPRIVTIQRGGSAHNCGQLKVGHVILEVNGQTLRGKEHKEAARIIAEAFKTKE
RDYIDFLVTE

The query sequence (length=90) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6kz1:A 97 89 0.9444 0.8763 0.9551 1.70e-58 6y38:A, 6y38:B, 6y9n:A, 6y9o:A, 6y9p:A, 6y9p:B, 6y9p:I, 6y9p:E, 6y9p:G, 6y9p:K, 6y9q:B
2 7weg:B 96 89 0.3444 0.3229 0.3483 2.76e-11 7weg:A
3 7pc5:A 405 89 0.3333 0.0741 0.3371 2.16e-08
4 4e34:A 87 83 0.3556 0.3678 0.3855 4.10e-08 4e34:B, 4e35:A, 4e35:B, 5ic3:A, 5ic3:B, 4joe:A, 4joe:B, 4jof:A, 4jof:B, 4jog:A, 4jog:B, 4joh:A, 4joh:B, 4joj:A, 4joj:B, 4jok:A, 4jok:B, 4jop:A, 4jop:B, 4jor:A, 4jor:B, 7jzo:A, 7jzo:B, 7jzp:A, 7jzp:B, 7jzq:A, 7jzr:A, 7jzr:B, 5k4f:A, 5k4f:B, 4k6y:A, 4k6y:B, 4k72:A, 4k72:B, 4k75:A, 4k76:A, 4k76:B, 4k76:C, 4k76:D, 4k78:A, 2lob:A, 4nmo:A, 4nmo:B, 4nmp:A, 4nmp:B, 4nmq:A, 4nmq:B, 4nmr:A, 4nmr:B, 4nms:A, 4nms:B, 4nmt:A, 4nmt:B, 4nmv:A, 4nmv:B, 6ov7:A, 6ov7:B, 4q6h:A, 4q6s:A, 4q6s:B, 6v84:A, 6v84:B, 6xnj:A
5 2pdz:A 86 69 0.3111 0.3256 0.4058 2.98e-06
6 7p70:A 407 71 0.2889 0.0639 0.3662 1.04e-05 7pc4:A, 7qql:A
7 1n7f:A 86 76 0.2667 0.2791 0.3158 1.27e-05 1n7f:B
8 2r4h:C 98 68 0.2111 0.1939 0.2794 1.98e-05
9 7d6f:A 87 75 0.2889 0.2989 0.3467 4.02e-05
10 2qt5:A 194 72 0.2778 0.1289 0.3472 8.29e-05 2qt5:B
11 2qt5:A 194 74 0.2889 0.1340 0.3514 3.42e-04 2qt5:B
12 4wyu:A 201 67 0.3000 0.1343 0.4030 1.52e-04 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
13 4wyu:A 201 71 0.2667 0.1194 0.3380 0.010 8b8o:B, 8b8o:A, 8b9t:A, 8bj0:A, 7qs8:A, 7qs8:B, 7qsa:A, 7qsa:B, 7qtu:B, 7qtu:A, 7qtu:E, 7qtu:G, 5vwi:A, 5vwi:B, 4wyu:B, 6xa6:B, 6xa6:A
14 1zub:A 109 72 0.2778 0.2294 0.3472 2.64e-04
15 5heb:A 119 72 0.2778 0.2101 0.3472 8.65e-04 1be9:A, 5d13:B, 5d13:A, 5d13:C, 5d13:D, 5hed:A, 5hey:A, 5hf1:A, 5hfb:A, 5hfc:A, 5hfe:A, 5hff:A, 1tp3:A, 1tp5:A
16 1ihj:B 95 58 0.2222 0.2105 0.3448 0.001 1ihj:A
17 7qqn:C 414 68 0.2222 0.0483 0.2941 0.001 7pc7:A, 7pc7:B, 7pc8:A, 7pc8:B, 7qql:C, 7qql:B, 7qqn:A
18 4wsi:A 372 80 0.2667 0.0645 0.3000 0.001 7m4r:A, 7ntj:B, 7ntj:A, 7ntk:A, 7ntk:D, 7ntk:B, 7ntk:F, 7qcs:A, 7qcs:B, 4uu5:A, 4wsi:B
19 7pc3:A 405 69 0.2556 0.0568 0.3333 0.001 2awu:B, 2aww:A, 2awx:B, 8cn3:A, 8cn3:B, 2g2l:A, 2g2l:B, 4g69:A, 2i0l:A, 2i0l:B, 2m3m:A, 4oaj:A, 2oqs:A, 3rl8:B
20 2koh:A 111 83 0.2556 0.2072 0.2771 0.002 9imp:A, 9imp:B, 9imp:C, 9imp:D, 9imp:E, 9imp:F, 6jue:L, 2k20:A
21 2m0z:A 97 66 0.2556 0.2371 0.3485 0.002 1d5g:A, 3lny:A, 2m10:A, 1vj6:A, 7xty:A, 7xty:B
22 3jxt:A 96 69 0.2667 0.2500 0.3478 0.002 3jxt:B
23 1u38:A 89 75 0.2444 0.2472 0.2933 0.003
24 2ka9:A 189 77 0.2556 0.1217 0.2987 0.003 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
25 2ka9:A 189 75 0.2556 0.1217 0.3067 0.12 8cn1:B, 8cn1:A, 8cn1:E, 8cn1:D, 2mho:A, 1rgr:A, 3rl7:A, 3rl7:F, 3rl7:D, 3rl7:C, 3rl7:E, 6spv:A, 6spz:A
26 8bq8:C 93 74 0.2556 0.2473 0.3108 0.005 8bq8:A, 8bq8:B
27 6ar4:B 87 71 0.2889 0.2989 0.3662 0.007 6ar4:A, 6bjo:A, 6bjo:B, 2pku:A
28 8bv7:A 95 39 0.1778 0.1684 0.4103 0.009 8buw:A, 8buw:B
29 6xa7:B 96 45 0.1778 0.1667 0.3556 0.009 7qrt:A, 7qrt:B, 6xa7:A, 6xa7:C, 6xa7:D
30 2kaw:A 90 62 0.2111 0.2111 0.3065 0.028 6lcb:A, 2mx6:A
31 8b82:A 108 72 0.3000 0.2500 0.3750 0.036 8b82:B, 8b87:A, 8b87:B, 8bia:A, 8cd3:B, 6ms1:A, 6ms1:B, 6mtu:B, 6mtu:A, 6mtv:A, 6mtv:B, 6mye:A, 7qrs:B, 7qrs:A, 7qs9:A, 7qs9:B, 7qto:A, 7qto:B, 7qtp:A, 5vwk:D, 5vwk:C, 5vwk:B, 5vwk:A, 6xa8:B, 6xa8:A
32 6gbe:A 119 38 0.1556 0.1176 0.3684 0.050
33 4xh7:A 110 64 0.2444 0.2000 0.3438 0.064
34 8cn1:H 101 75 0.2444 0.2178 0.2933 0.069 8cn1:C, 8cn1:G, 8cn1:J, 8cn1:L, 8cn1:F, 8cn1:K, 8cn1:I, 3rl7:B
35 7pcb:A 415 80 0.2667 0.0578 0.3000 0.075 7e0b:A, 5elq:A, 5elq:B, 5em9:A, 5ema:A, 5emb:A, 7p72:A, 3qgl:A, 3qgl:B, 3qgl:C, 3qgl:D, 3qgl:E, 4z8j:A
36 5wou:A 95 74 0.2333 0.2211 0.2838 0.11
37 7p73:A 420 79 0.2444 0.0524 0.2785 0.11 8ael:A, 7p74:A, 7pc9:A, 7pc9:B, 7r2m:A, 7r2m:D, 7r2t:A
38 1l6o:A 95 62 0.2000 0.1895 0.2903 0.18 2f0a:B, 2f0a:D, 1l6o:B, 1l6o:C, 6zbq:B, 6zbz:A, 6zbz:B, 6zbz:C, 6zbz:D, 6zc3:A, 6zc3:B, 6zc4:B, 6zc6:A, 6zc7:A, 6zc7:B, 6zc8:A, 6zc8:B
39 2exg:A 101 40 0.1444 0.1287 0.3250 0.27 2ain:A, 7qcr:B, 7qcr:A
40 6yx0:B 112 46 0.1556 0.1250 0.3043 0.56 7a00:A, 7a00:B, 1q3p:A, 1q3p:B, 3qjm:A, 3qjm:B, 3qjn:A, 3qjn:B, 3qjn:C, 3qjn:D, 3qjn:E, 3qjn:F, 3qjn:G, 3qjn:H, 8s1r:AAA, 8s1r:BBB, 8s1r:CCC, 8s1r:DDD, 6ywz:B, 6ywz:A, 6yx0:A, 6yx1:A, 6yx1:B, 6yx2:A, 6yx2:B
41 1b8q:A 127 45 0.1556 0.1102 0.3111 0.62
42 7qqm:A 413 75 0.2556 0.0557 0.3067 0.70
43 3vqg:A 85 47 0.1778 0.1882 0.3404 0.85
44 4xhv:A 94 73 0.2444 0.2340 0.3014 0.88
45 7x2e:A 163 59 0.2111 0.1166 0.3220 0.89 2kbs:A
46 5zys:A 90 64 0.2111 0.2111 0.2969 0.98
47 6zbq:A 89 61 0.2000 0.2022 0.2951 1.1 6zc4:A
48 8jxr:C 341 38 0.1778 0.0469 0.4211 1.2
49 7qct:A 90 65 0.2333 0.2333 0.3231 1.5 7qct:B
50 2kqf:A 96 42 0.1556 0.1458 0.3333 1.9 2kyl:A
51 1rzx:A 98 69 0.2667 0.2449 0.3478 2.0 5i7z:A, 1x8s:A
52 8c1t:A 90 79 0.2444 0.2444 0.2785 2.1 8c1t:D, 8c1t:B, 8c1t:C
53 2ejy:A 85 24 0.1444 0.1529 0.5417 2.6
54 3j6b:K 195 35 0.1333 0.0615 0.3429 3.2 5mrc:K, 5mre:K, 5mrf:K
55 8blu:B 195 34 0.1111 0.0513 0.2941 3.5 5a2p:A, 5a2p:B, 5a2p:D, 5a2p:C, 8aai:A, 8aai:B, 8aai:C, 8aai:D, 8aak:A, 8aak:B, 8aao:A, 8aao:B, 8aap:A, 8aap:B, 6ak2:A, 6ak2:B, 8blu:C, 8blu:D, 8blv:A, 8blv:B, 7fsg:B, 7fsg:C, 7fsg:D, 7fsh:B, 7fsh:C, 7fsh:D, 7fsi:B, 7fsi:C, 7fsi:D, 7fsj:A, 7fsj:B, 7fsj:C, 7fsj:D, 7fsk:B, 7fsk:C, 7fsk:D, 7fsl:A, 7fsl:B, 7fsl:C, 7fsl:D, 7fsm:A, 7fsm:B, 7fsm:C, 7fsm:D, 7fsn:A, 7fsn:B, 7fsn:C, 7fsn:D, 7fso:B, 7fso:C, 7fso:D, 7fsp:B, 7fsp:C, 7fsp:D, 7fsq:B, 7fsq:A, 7fsq:C, 7fsq:D, 7fsr:B, 7fsr:C, 7fsr:D, 7fss:A, 7fss:B, 7fss:C, 7fss:D, 7fst:B, 7fst:C, 7fst:D, 7fsu:B, 7fsu:C, 7fsu:D, 7fsv:A, 7fsv:B, 7fsv:C, 7fsv:D, 7fsw:A, 7fsw:B, 7fsw:C, 7fsw:D, 7fsx:B, 7fsx:C, 7fsx:D, 7fsy:A, 7fsy:B, 7fsy:C, 7fsy:D, 7fsz:B, 7fsz:C, 7fsz:D, 7ft0:B, 7ft0:C, 7ft0:D, 7ft1:B, 7ft1:C, 7ft1:D, 7ft2:B, 7ft2:C, 7ft2:D, 7ft3:B, 7ft3:A, 7ft3:C, 7ft3:D, 7ft4:A, 7ft4:B, 7ft4:C, 7ft4:D, 7ft5:A, 7ft5:B, 7ft5:C, 7ft5:D, 7ft6:B, 7ft6:C, 7ft6:D, 7ft7:A, 7ft7:B, 7ft7:C, 7ft7:D, 7ft8:B, 7ft8:C, 7ft8:D, 7ft9:B, 7ft9:C, 7ft9:D, 7fta:B, 7fta:C, 7fta:D, 7ftb:B, 7ftb:C, 7ftb:D, 7ftc:B, 7ftc:C, 7ftc:D, 7ftd:A, 7ftd:C, 7ftd:B, 7ftd:D, 5g1d:B, 5g1d:A, 8hck:A, 8hu2:A, 1obx:A, 1oby:A, 1oby:B, 1obz:A, 6r9h:A, 6r9h:C, 6rlc:A, 6rlc:B, 6rlc:C, 6rlc:D, 1v1t:B, 1v1t:A, 1w9e:A, 1w9e:B, 1w9o:B, 1w9o:A, 1w9q:B, 1ybo:A, 1ybo:B, 4z33:A, 4z33:B
56 1p5j:A 319 32 0.1556 0.0439 0.4375 4.2
57 6u3j:A 876 23 0.1111 0.0114 0.4348 6.3 5rvw:A, 5rvw:B, 5rvx:A, 5rvx:B, 5rvy:A, 5rvy:B, 5rvz:A, 5rvz:B, 5rw0:A, 5rw0:B, 5rw1:A, 5rw1:B, 6sy1:A, 6sy1:B, 6u3j:B
58 6nid:B 88 42 0.1444 0.1477 0.3095 9.9 6nid:A, 6nid:C

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218