Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TSDLIPAPPLSKVPLQQNFQDNQFQGKWYVVGLAGNAILREPQKMYATIYELKEDKSYNVTSVLFRKKKCDYWIRTFVPG
SQPGEFTLGNIKSYPGLTSYLVRVVSTNYNQHAMVFFKKVSQNREYFKITLYGRTKELTSELKENFIRFSKSLGLPENHI
VFPVPIDQCID

The query sequence (length=171) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 6qmu:A 184 173 0.9649 0.8967 0.9538 9.90e-121 3by0:A, 3by0:B, 3by0:C, 3cbc:A, 3cbc:B, 3cbc:C, 3cmp:A, 3cmp:B, 3cmp:C, 1dfv:A, 1dfv:B, 3fw4:A, 3fw4:C, 3fw5:A, 3fw5:B, 3fw5:C, 3hwe:A, 3hwe:B, 3hwe:C, 3hwf:A, 3hwf:B, 3hwf:C, 3hwg:A, 3hwg:B, 3hwg:C, 3i0a:A, 3i0a:B, 3i0a:C, 4k19:A, 4k19:B, 4k19:C, 3k3l:A, 3k3l:C, 5khp:A, 5khp:B, 5khp:C, 5kic:A, 5kic:B, 5kic:C, 5kid:A, 5kid:B, 5kid:C, 1l6m:A, 1l6m:B, 1l6m:C, 4mvi:A, 4mvk:A, 4mvl:A, 4mvl:B, 4mvl:C, 4mvl:D, 3pec:C, 3ped:A, 3ped:B, 3ped:C, 6qmu:B, 3t1d:A, 3t1d:B, 3t1d:C, 3tf6:A, 3tf6:B, 3tf6:C, 3tzs:A, 3tzs:B, 3tzs:C, 3u0d:A, 3u0d:B, 3u0d:C, 3u0d:D, 8uyn:A, 8uyn:B, 8uyn:C, 8uz9:A, 8uz9:B, 8uz9:C, 1x71:A, 1x71:B, 1x71:C, 1x89:A, 1x89:B, 1x89:C, 1x8u:A, 1x8u:B, 1x8u:C, 4zfx:A, 4zfx:C, 4zhc:A, 4zhc:B, 4zhc:C, 4zhd:A, 4zhd:B, 4zhd:C, 4zhf:A, 4zhf:B, 4zhf:C, 4zhf:D, 4zhf:E, 4zhf:F, 4zhg:A, 4zhg:B, 4zhg:C, 4zhg:D, 4zhg:E, 4zhg:F, 4zhh:A, 4zhh:B, 4zhh:C, 4zhh:D, 4zhh:E, 4zhh:F
2 4iaw:A 180 174 0.8713 0.8278 0.8563 3.12e-107 3dsz:A, 3dsz:B, 4iaw:B, 4iaw:C, 4iax:A
3 6z2c:A 178 174 0.8830 0.8483 0.8678 3.75e-105 6z2c:B, 6z2c:C
4 4qae:B 175 174 0.8538 0.8343 0.8391 1.83e-103 4qae:A, 4qae:C, 4qae:D, 4qae:F, 4qae:E
5 5nkn:A 172 172 0.8538 0.8488 0.8488 1.76e-101 6z6z:A
6 6gr0:A 173 172 0.8480 0.8382 0.8430 5.97e-101 6gr0:B, 6gr0:C
7 2ktd:A 167 161 0.3333 0.3413 0.3540 2.66e-23
8 4imo:A 155 155 0.3099 0.3419 0.3419 2.83e-21
9 2kt4:B 157 123 0.2281 0.2484 0.3171 1.05e-08 2lbv:A
10 8aej:A 160 161 0.1988 0.2125 0.2112 2.16e-08
11 2a2g:A 158 156 0.1930 0.2089 0.2115 5.96e-07 2a2g:B, 2a2g:C, 2a2g:D
12 3sao:A 150 126 0.2281 0.2600 0.3095 2.70e-06 3sao:B
13 3kff:A 152 153 0.1696 0.1908 0.1895 6.51e-05 3kfg:A, 3kfh:A, 3kfi:A
14 1gm6:A 158 160 0.1988 0.2152 0.2125 1.13e-04
15 1epb:B 164 148 0.1871 0.1951 0.2162 3.36e-04 1epb:A
16 2qos:C 173 161 0.2105 0.2081 0.2236 0.002 2ovd:A
17 2dm5:A 157 158 0.1871 0.2038 0.2025 0.002 1i05:A, 1jv4:A, 2nnd:A, 1qy1:A, 1qy2:A, 1yp6:A, 1znd:A, 1zne:A, 1zng:A, 1znh:A, 1znl:A
18 7kcv:A 362 81 0.1345 0.0635 0.2840 0.77 6c39:A, 6dz8:A, 6dz8:B, 3hum:A, 3hum:B, 3hun:A, 3hun:B, 7kcw:A, 7kcx:A, 7kcy:A, 5tw4:A, 5tw4:B, 5tw8:A, 5tw8:B, 5tx9:A, 5tx9:B, 5txi:A, 5txi:B, 5ty2:A, 5ty2:B, 5ty7:A, 5ty7:B
19 1iiu:A 174 121 0.1520 0.1494 0.2149 0.79
20 1qab:E 180 124 0.1404 0.1333 0.1935 1.3 1qab:F
21 2aco:A 168 157 0.2047 0.2083 0.2229 1.6 2aco:B, 6ubo:A, 6ubo:B, 6ukl:E, 6ukl:D, 6ukl:F, 6vri:D, 6vri:E, 6vri:F
22 5tif:A 182 47 0.0936 0.0879 0.3404 2.4 5tid:A, 5tie:A, 1u8u:A, 1v2g:A
23 2hzq:A 166 57 0.0936 0.0964 0.2807 2.8
24 5bpf:C 306 58 0.0877 0.0490 0.2586 3.1 5bpf:B, 5bpf:D, 5bph:A, 5bph:B, 5bph:C, 5bph:D, 5c1o:A, 5c1o:B, 5c1o:C, 5c1o:D, 5c1p:B, 5c1p:C, 5c1p:D
25 9fa6:A 501 77 0.1287 0.0439 0.2857 4.3 8awk:AAA, 8awr:AAA, 8ax3:A, 8ax3:B, 9f9z:A, 9fa3:A, 9fad:A, 9fal:A, 9fay:A, 9faz:A, 9fb2:A, 9fdi:A, 3gxf:B, 3gxf:D, 5lvx:C, 5lvx:B, 5lvx:A, 5lvx:D, 6moz:A, 2nsx:A, 2nsx:B, 2nsx:C, 2nsx:D, 2nt0:A, 2nt0:B, 2nt0:C, 2nt0:D, 7nwv:AAA, 7nwv:BBB, 8p3e:B, 8p41:A, 8p41:B, 6q1n:A, 6q1n:B, 6q1p:A, 6q1p:B, 6q6k:A, 6q6k:B, 6q6l:A, 6q6l:B, 6q6n:A, 6q6n:B, 3rik:B, 3rik:D, 3ril:A, 3ril:B, 3ril:C, 3ril:D, 6t13:B, 6t13:C, 6t13:A, 6t13:D, 6tjq:BBB, 6tn1:AAA, 2v3d:A, 2v3d:B, 2v3e:A, 2v3e:B, 2vt0:A, 2vt0:B, 2wcg:A, 2wcg:B, 2xwd:A, 2xwd:B, 2xwe:A, 2xwe:B, 1y7v:A, 1y7v:B, 6ytp:AAA, 6ytp:BBB, 6ytr:AAA, 6ytr:BBB, 6yut:AAA, 6yut:BBB, 6yv3:AAA, 6yv3:BBB, 6z39:AAA, 6z39:BBB, 6z3i:BBB
26 6d6j:B 113 59 0.0936 0.1416 0.2712 4.9 6d6j:A
27 8i9t:CO 62 55 0.0819 0.2258 0.2545 5.5 8i9v:CO, 8i9w:CO, 8i9x:CO, 8i9y:CO, 8i9z:CO, 8ia0:CO, 8pv1:CO, 8pv2:CO, 8pv3:CO, 8pv4:CO, 8pv5:CO, 8pv6:CO, 8pv7:CO, 8pv8:CO, 8pvk:CO, 8pvl:CO
28 3se7:C 331 65 0.0936 0.0483 0.2462 5.9 3se7:A, 3se7:B, 3se7:D, 3se7:E, 3se7:F
29 4dq5:A 164 37 0.0585 0.0610 0.2703 6.7 4dq5:B, 4dqj:A
30 2ra6:C 143 60 0.0877 0.1049 0.2500 6.7 2r74:A, 2r74:B, 2ra6:A, 2ra6:B, 2ra6:D
31 1fem:A 176 123 0.1345 0.1307 0.1870 8.7 1aqb:A, 1brp:A, 3bsz:E, 3bsz:F, 1erb:A, 1fel:A, 1fen:A, 3fmz:A, 3fmz:B, 1hbp:A, 1kt3:A, 1kt4:A, 1kt5:A, 1kt6:A, 1kt7:A, 5nu7:A, 5nua:A, 5nub:A, 4o9s:A, 4o9s:B, 4psq:B, 4psq:A, 6qba:A, 1rbp:A, 1rlb:E, 1rlb:F, 2wr6:A
32 5zi8:A 104 44 0.0585 0.0962 0.2273 8.9 7wh4:A, 7wh4:B, 5zhv:A, 5zhv:B, 5zi8:B
33 1bbp:A 173 142 0.1988 0.1965 0.2394 9.6 1bbp:B, 1bbp:C, 1bbp:D

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218