Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TRTRGYVTTKDGIKWYYEQEGSGPDVVLIPDGLGECQMFDKPMSLIASNGFRVTTFDMPGMSRSSDAPPETYQDITGRKL
AGYIITLLDTLDIKIASVWGCASGASTVLALCSDYPERVRNGMPHEVPTENPDILLHIHEVDPATISQEMAANSRAASGN
VEAWDALGPEVHARLHDNYPRWAYGYPRTIPPSAPVKTEDLHKVPIDWTVGASTPTKLFFENIVIAAREGINIGTLPGNH
FPYVSHPEEFAKYVVETSRKYLK

The query sequence (length=263) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 5xo7:F 264 263 0.9962 0.9924 0.9962 0.0 5xo7:A, 5xo7:B, 5xo7:C, 5xo7:D, 5xo7:E, 5xo7:G, 5xo7:H, 5xo8:A, 5xo8:B, 5xo8:C, 5xo8:D, 5xo8:E, 5xo8:F, 5xo8:G, 5xo8:H, 5z7j:A, 5z7j:B, 5z7j:C, 5z7j:D, 5z7j:E, 5z7j:F, 5z7j:G, 5z7j:H, 5z97:A, 5z97:B, 5z97:C
2 6jr9:A 269 263 0.6312 0.6171 0.6312 2.12e-120 5c7y:A, 5c7y:B, 5c81:A, 5c81:B, 5c8x:A, 5c8x:B, 5c8z:A, 5c8z:B, 5ie4:A, 5ie4:B, 5ie5:A, 5ie5:B, 5ie6:A, 5ie6:B, 5ie7:A, 5ie7:B, 6jqz:A, 6jqz:B, 6jr2:A, 6jr2:B, 6jr5:A, 6jr5:B, 6jr9:B, 6jra:A, 6jra:B, 6jrb:A, 6jrb:B, 6jrc:A, 6jrc:B, 6jrd:A, 6jrd:B, 3wzm:A, 3wzm:B, 3wzm:C
3 1cr6:B 541 132 0.1711 0.0832 0.3409 4.82e-09 1cr6:A, 1ek1:A, 1ek1:B, 1ek2:A, 1ek2:B
4 4hai:A 548 165 0.1787 0.0858 0.2848 1.79e-08 7a7g:A, 7a7g:B, 5ai0:A, 5ai4:A, 5ai5:A, 5ai6:A, 5ai8:A, 5ai9:A, 5aia:A, 5aib:A, 5aic:A, 5ak3:A, 5ak4:A, 5ak5:A, 5ak6:A, 5ake:A, 5akg:A, 5akh:A, 5aki:A, 5akj:A, 5akk:A, 5akl:A, 5akx:A, 5aky:A, 5akz:A, 5ald:A, 5ale:A, 5alf:A, 5alg:A, 5alh:A, 5ali:A, 5alk:A, 5all:A, 5alm:A, 5aln:A, 5alo:A, 5alp:A, 5alq:A, 5alr:A, 5als:A, 5alt:A, 5alu:A, 5alv:A, 5alw:A, 5alx:A, 5aly:A, 5alz:A, 5am0:A, 5am1:A, 5am2:A, 5am3:A, 5am4:A, 5am5:A, 3ans:A, 3ans:B, 3ant:A, 3ant:B, 6aum:A, 4c4x:A, 4c4x:B, 4c4y:A, 4c4z:A, 4c4z:B, 7eba:A, 7eba:B, 5fp0:A, 6fr2:A, 6hgv:A, 6hgw:A, 6hgx:A, 3i1y:A, 3i28:A, 6i5g:A, 6i5g:B, 4j03:A, 4jnc:A, 3koo:A, 5mwa:A, 4ocz:A, 4od0:A, 3otq:A, 7p4k:A, 7p4k:B, 3pdc:A, 3pdc:B, 8qmz:A, 8qmz:B, 8qmz:C, 8qmz:D, 8qn0:A, 8qn0:B, 8qvf:A, 8qvg:A, 8qvh:A, 8qvk:A, 8qvl:A, 8qwi:A, 8qzd:A, 1vj5:A, 3wk4:A, 3wk5:A, 3wk6:A, 3wk7:A, 3wk8:A, 3wk9:A, 3wka:A, 3wkb:A, 3wkc:A, 3wkd:A, 3wke:A, 4x6x:A, 4x6x:B, 4x6y:A, 4x6y:B, 4y2j:A, 4y2p:A, 4y2q:A, 4y2r:A, 4y2s:A, 4y2t:A, 4y2u:A, 4y2v:A, 4y2x:A, 4y2y:A, 6yl4:A, 1zd2:P, 1zd3:A, 1zd4:A, 1zd5:A
5 5alj:A 523 161 0.1825 0.0918 0.2981 1.95e-08
6 8sbq:A 277 274 0.2433 0.2310 0.2336 1.22e-06 8g49:A, 8sbq:B, 8t88:A, 8t88:B, 8tfw:A, 8tfw:B
7 8pi1:B 276 101 0.1179 0.1123 0.3069 2.93e-05 3hea:A, 3hea:B, 3hea:C, 3hea:D, 3hea:E, 3hea:F, 3hi4:A, 3hi4:B, 3hi4:C, 3hi4:D, 3hi4:E, 3hi4:F, 3ia2:A, 3ia2:B, 3ia2:C, 3ia2:D, 3ia2:E, 3ia2:F, 8pi1:A, 8pi1:C, 8pi1:D, 8pi1:E, 8pi1:F, 8pi1:G, 8pi1:H, 8pi1:I, 8pi1:J, 8pi1:K, 8pi1:M, 8pi1:N, 8pi1:O
8 1hl7:A 279 120 0.1331 0.1254 0.2917 9.01e-05 1hl7:B
9 5yb5:B 318 128 0.1369 0.1132 0.2812 1.66e-04
10 6eb3:B 268 110 0.1331 0.1306 0.3182 0.001 6eb3:A, 6eb3:C, 6eb3:D
11 2og1:A 285 108 0.1027 0.0947 0.2500 0.003 2puh:A, 2puj:A, 2rht:A, 2rhw:A, 3v1m:A, 3v1n:A
12 5h3h:B 269 112 0.1103 0.1078 0.2589 0.005 5h3h:A
13 1wm1:A 313 123 0.1331 0.1118 0.2846 0.005 1x2b:A, 1x2e:A
14 2ocg:A 254 117 0.1103 0.1142 0.2479 0.024 2oci:A, 2ock:A, 2ocl:A
15 4g8b:A 277 105 0.1027 0.0975 0.2571 0.067 4g8b:B, 4g8c:A, 4g8c:B, 4g9e:A, 4g9e:B
16 4dno:A 297 77 0.0913 0.0808 0.3117 0.090 4dnf:A, 4dnf:B, 4dnf:C, 4dnf:D, 4dno:B, 4dno:C, 4dno:D, 4ehb:A, 4ehb:B, 4ehb:C, 4ehb:D, 4eus:B, 4eus:D, 5hk9:A, 5hk9:B, 5hk9:D, 5hka:A, 5hka:B, 5hka:C, 5hka:D, 5hkb:A, 5hkb:B, 5hkb:C, 5hkb:D, 5jyc:A, 5jyc:B, 5jyc:C, 5jyc:D, 5tnd:C, 5tnd:D, 5tnd:A, 5tnd:B, 5tne:A, 5tne:C, 5tnf:A, 5tnf:B, 5tnf:C, 5tnf:D, 5tng:A, 5tng:B, 5tng:C, 5tng:D, 5tnh:C, 5tnh:D, 5tnh:A, 5tnh:B, 5tni:A, 5tni:B, 5tni:C, 5tni:D, 5tnj:A, 5tnj:B, 5tnj:C, 5tnj:D, 5tnk:A, 5tnk:B, 5tnk:C, 5tnk:D, 5tnl:A, 5tnl:B, 5tnl:C, 5tnl:D, 5tnm:A, 5tnm:B, 5tnm:C, 5tnm:D, 5tnn:A, 5tnn:B, 5tnn:C, 5tnn:D, 5tnp:A, 5tnp:B, 5tnp:C, 5tnp:D, 5tnq:C, 5tnq:D, 5tnq:A, 5tnq:B, 5tnr:C, 5tnr:D, 5tnr:A, 5tnr:B, 5tns:D, 4yx9:A, 4yx9:B, 4yx9:C, 4yx9:D
17 5jz9:A 284 111 0.1217 0.1127 0.2883 0.16 5jz9:B, 5jzb:A, 5jzb:B, 5jzs:B, 2wue:B, 2wuf:B, 2wug:A, 2wug:B, 7zm1:A, 7zm1:B, 7zm2:A, 7zm2:B, 7zm3:A, 7zm3:B, 7zm4:A, 7zm4:B
18 2zjf:A 346 114 0.1065 0.0809 0.2456 0.23
19 4lxh:A 276 112 0.1065 0.1014 0.2500 0.49 4lxi:A, 4lye:A
20 5ocx:L 217 119 0.1103 0.1336 0.2437 1.1 5ock:L
21 5dfa:A 685 50 0.0532 0.0204 0.2800 3.4 5dfa:B, 5dfa:C, 4oif:A, 4oif:B, 4oif:C
22 6lg1:A 429 97 0.0875 0.0536 0.2371 3.7 6lg1:B
23 5lnf:A 139 86 0.0837 0.1583 0.2558 3.8
24 5z7w:B 271 76 0.0875 0.0849 0.3026 3.8 5z7w:A
25 6qe2:A 257 94 0.0913 0.0934 0.2553 4.7 6qe2:B
26 7cof:A 320 138 0.1217 0.1000 0.2319 6.7 7cog:A, 7cog:B, 7cog:C, 7cog:D, 1hqd:A, 2lip:A, 3lip:A, 4lip:D, 4lip:E, 5lip:A, 2nw6:A, 1oil:A, 1oil:B, 1ys1:X, 1ys2:X
27 5ocy:L 214 55 0.0570 0.0701 0.2727 7.5 6zjg:LLL
28 4obv:C 471 55 0.0570 0.0318 0.2727 9.4 4obu:E, 4obu:A, 4obu:U, 4obu:G, 4obu:H, 4obu:F, 4obu:B, 4obu:C, 4obv:D, 4obv:B, 4obv:A
29 6khm:K 312 58 0.0760 0.0641 0.3448 9.5 6khl:A, 6khl:B, 6khm:A, 6khm:B, 6khm:C, 6khm:D, 6khm:E, 6khm:F, 6khm:G, 6khm:H, 6khm:I, 6khm:J, 6khm:L, 6khm:M, 6khm:N, 6khm:O, 6khm:P, 6khm:Q, 6khm:R, 6khm:S, 6khm:T, 6khm:U, 6khm:V, 6khm:X, 6khm:Y, 6khm:W, 6khm:Z
30 7qjt:A 267 103 0.1027 0.1011 0.2621 9.9

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218