Home Research COVID-19 Services Publications People Teaching Job Opening News Forum --> -->
Online Services

I-TASSER I-TASSER-MTD C-I-TASSER CR-I-TASSER QUARK C-QUARK LOMETS MUSTER CEthreader SEGMER DeepFold DeepFoldRNA FoldDesign COFACTOR COACH MetaGO TripletGO IonCom FG-MD ModRefiner REMO DEMO DEMO-EM DMFold SPRING COTH Threpp PEPPI BSpred ANGLOR EDock BSP-SLIM SAXSTER FUpred ThreaDom ThreaDomEx EvoDesign BindProf BindProfX SSIPe GPCR-I-TASSER MAGELLAN ResQ STRUM DAMpred

TM-score TM-align US-align MM-align RNA-align NW-align LS-align EDTSurf MVP MVP-Fit SPICKER HAAD PSSpred 3DRobot MR-REX I-TASSER-MR SVMSEQ NeBcon ResPRE TripletRes DeepPotential WDL-RF ATPbind DockRMSD DeepMSA FASPR EM-Refiner GPU-I-TASSER

BioLiP E. coli GLASS GPCR-HGmod GPCR-RD GPCR-EXP Tara-3D TM-fold DECOYS POTENTIAL RW/RWplus EvoEF HPSF THE-DB ADDRESS Alpaca-Antibody CASP7 CASP8 CASP9 CASP10 CASP11 CASP12 CASP13 CASP14

BioLiP
>protein
TRLRQRIDAAVAQFADSGLRTSVQFVGPLSVVDSALADQAEAVVREAVSNAVRHAAASTLTVRVKVDDDLCIEVTDNGRG
MPDEFTGSGLTNLRQRAEQAGGEFTLASMPGASGTVLRWSAPLSQ

The query sequence (length=125) is searched through a non-redundant set of database sequences protein_nr.fasta.gz clustered at 90% identity cutoff to identify representative hits. Homologs that belong to the same sequence cluster of the representative hit are listed in the last column of the table.

# Hit Hit
length
Aligned
length
Identity
(normalized by query)
Identity
(normalized by hit)
Identity (normalized
by aligned length)
E-value Homologs
to hit
1 8sbm:B 126 125 0.9760 0.9683 0.9760 3.61e-85 8sbm:A, 3zxo:A, 3zxo:B
2 4gt8:A 133 98 0.2800 0.2632 0.3571 1.04e-12
3 7ssj:A 219 77 0.2000 0.1142 0.3247 6.31e-05 3ehf:A, 3ehf:D, 3ehg:A, 3ehh:A, 3ehh:B, 3ehj:A, 3ehj:B, 3gie:A, 3gie:B, 3gif:A, 3gig:A, 3gig:B, 5iuj:A, 5iuj:B, 5iuj:D, 5iuj:E, 5iuk:A, 5iuk:B, 5iuk:D, 5iuk:E, 5iul:A, 5iul:B, 5iul:D, 5iul:E, 5ium:A, 5ium:B, 7ssi:A, 7ssi:B, 7ssi:D, 7ssi:E, 7ssj:C, 7ssj:D
4 4r3a:B 278 90 0.2160 0.0971 0.3000 3.41e-04
5 6zt3:A 394 65 0.2080 0.0660 0.4000 3.46e-04 4bae:A, 4bae:B, 4bae:C, 4bae:D
6 6y8o:A 188 77 0.2240 0.1489 0.3636 6.34e-04 4b6c:A, 4b6c:B, 6y8o:B
7 4r3a:A 318 94 0.2320 0.0912 0.3085 6.36e-04 4r38:A, 4r38:B, 4r38:C, 4r38:D, 4r39:A, 4r39:B, 4r39:C, 4r39:D
8 6y8l:A 184 60 0.1920 0.1304 0.4000 0.002 6y8l:B, 6y8n:A, 6y8n:B
9 4urm:B 195 70 0.1920 0.1231 0.3429 0.015 5cph:A, 5cph:B, 5ctu:A, 5ctu:B, 5ctw:A, 5ctw:B, 5ctx:B, 5cty:B, 5d6p:A, 5d6p:B, 5d6q:B, 5d7c:A, 5d7c:B, 5d7d:A, 5d7d:B, 5d7r:A, 5d7r:B, 3g75:A, 3g75:B, 3g7b:A, 3g7b:B, 4p8o:A, 4p8o:B, 6tck:A, 6tck:B, 3ttz:A, 3ttz:B, 6ttg:A, 6ttg:B, 3u2d:A, 3u2d:B, 3u2k:A, 3u2k:B, 4urm:A, 4urm:C, 4urm:D, 4uro:A, 4uro:B, 4uro:C, 4uro:D, 5z9p:A, 5z9p:B
10 3zkb:D 392 65 0.2000 0.0638 0.3846 0.025 3zkb:A, 3zkb:B, 3zkb:C, 3zkb:E, 3zkb:F, 3zkb:G, 3zkb:H, 3zkb:I, 3zkb:J, 3zkb:K, 3zkb:L, 3zkb:M, 3zkb:N, 3zkb:O, 3zkb:P, 3zkd:A, 3zkd:B, 3zkd:C, 3zkd:D, 3zkd:E, 3zkd:F, 3zkd:G, 3zkd:H
11 4hz5:A 191 51 0.1520 0.0995 0.3725 0.045 4hz5:B, 4hz5:C, 4hz5:D, 4hz5:E, 4hz5:F, 4hz5:G, 4hz5:J
12 4hxz:A 366 73 0.1600 0.0546 0.2740 0.084 4hxz:B, 4hy1:A, 4hy1:B, 4hym:A, 4kqv:A, 4kqv:B
13 7z8n:A 292 96 0.2160 0.0925 0.2812 0.088 7z8n:B
14 8f71:B 196 112 0.2160 0.1378 0.2411 0.12 8f71:A
15 3zm7:A 359 49 0.1600 0.0557 0.4082 0.12 3zm7:B, 3zm7:C, 3zm7:D, 3zm7:E, 3zm7:F
16 7ebg:A 337 99 0.2000 0.0742 0.2525 0.13 2zdx:A
17 1kij:A 384 39 0.1280 0.0417 0.4103 0.14 6enh:A, 1kij:B
18 6gau:A 1088 49 0.1600 0.0184 0.4082 0.16 5bs8:A, 5bs8:B, 5bs8:C, 5bs8:D, 5bta:A, 5bta:B, 5bta:C, 5bta:D, 5btc:A, 5btc:B, 5btc:C, 5btc:D, 5btd:A, 5btd:B, 5btd:C, 5btd:D, 5btf:A, 5btf:B, 5btf:C, 5btf:D, 5btg:A, 5btg:B, 5btg:C, 5btg:D, 5bti:A, 5bti:B, 5bti:C, 5bti:D, 5btl:A, 5btl:B, 5btl:C, 5btl:D, 5btn:A, 5btn:B, 5btn:C, 5btn:D, 9foy:A, 9foy:B, 6gau:B, 7ugw:A, 7ugw:B, 7ugw:C, 7ugw:D
19 5j71:A 338 92 0.2000 0.0740 0.2717 0.16
20 7pqi:A 198 43 0.1280 0.0808 0.3721 0.20 7pql:A, 7pql:B, 7pqm:A, 7pqm:B
21 1l0o:A 141 74 0.1760 0.1560 0.2973 0.42 1l0o:B, 1th8:A, 1thn:A, 1thn:C, 1tid:A, 1tid:C, 1til:A, 1til:C, 1til:E
22 8b08:A 269 46 0.1280 0.0595 0.3478 0.52 1a50:A, 1a5b:A, 1a5s:A, 5bw6:A, 1c29:A, 6c73:A, 1c8v:A, 1c9d:A, 3cep:A, 5cgq:A, 2cle:A, 2clf:A, 2clh:A, 2cli:A, 2clk:A, 2cll:A, 2clm:A, 2clo:A, 1cw2:A, 1cx9:A, 6d0v:A, 6duc:A, 6dzo:A, 1fuy:A, 4hn4:A, 4hpj:A, 4hpx:A, 4ht3:A, 2j9x:A, 7jhw:A, 7jll:A, 7jmq:A, 7jqw:A, 7jtt:A, 1k3u:A, 7k5a:A, 1k7e:A, 1k7f:A, 1k8z:A, 7ka1:A, 7kbn:A, 1kfb:A, 7kh6:A, 7ki7:A, 4kkx:A, 7kqf:A, 7ku9:A, 7kwv:A, 7kxc:A, 7kyt:A, 7l03:A, 7l1h:A, 7lgx:A, 7lkl:A, 7lpf:A, 7lt4:A, 7ltp:A, 7lv5:A, 7lvx:A, 7ly8:A, 7m2l:A, 7m3s:A, 7mt4:A, 7mt5:A, 7mt6:A, 6o1h:A, 3pr2:A, 1qoq:A, 2rh9:A, 2rhg:A, 1tjp:A, 2trs:A, 2tsy:A, 6vfd:A, 6vnt:A, 1wbj:A, 4wx2:A, 6wx3:A, 6x0c:A, 6xe3:A, 6xin:A, 6xnc:A, 6xoy:A, 6xrh:A, 6xsy:A, 6xt0:A, 4xug:A, 4y6g:A, 4zqc:A
23 7ptf:A 212 43 0.1200 0.0708 0.3488 0.66 8bn6:A, 6m1j:A, 6m1j:B, 6m1s:A, 6m1s:B, 7ptf:B, 7ptf:C, 7ptg:B
24 7ptg:A 183 43 0.1200 0.0820 0.3488 0.72
25 4url:A 364 48 0.1360 0.0467 0.3542 1.0 4url:B, 4urn:A, 4urn:B, 4urn:C
26 7cmp:A 374 41 0.1200 0.0401 0.3659 1.0 7cmp:B, 7cmp:C, 7cmp:D, 3lps:A
27 4gee:A 193 56 0.1360 0.0881 0.3036 1.5 4gfn:A, 4ggl:A, 4hxw:A, 4k4o:A, 4ksg:A, 4ksh:A, 4ktn:A
28 6ahr:L 362 85 0.1440 0.0497 0.2118 1.6 6ahu:L
29 8g3b:E 334 40 0.0880 0.0329 0.2750 1.9 8g3f:E
30 3peh:B 262 107 0.2000 0.0954 0.2336 1.9 3peh:A, 3pej:A, 3pej:B
31 1s16:A 380 39 0.1280 0.0421 0.4103 1.9 4hz0:A, 4hz0:B, 1s16:B
32 5j5p:A 397 65 0.1680 0.0529 0.3231 2.6 5boc:A, 5bod:A, 4em7:A, 4emv:A, 5j5p:B, 5j5q:B, 5j5q:A, 5j5q:C, 5j5q:D, 4lp0:A, 4lpb:A, 4mb9:A, 4mbc:A, 4mot:A, 5yig:A, 5yig:B
33 3fv5:B 181 39 0.1280 0.0884 0.4103 3.3 3fv5:A, 1s14:A, 1s14:B
34 2pnr:B 341 110 0.2320 0.0850 0.2636 3.3
35 3wbd:A 231 84 0.2000 0.1082 0.2976 3.6 3wbd:B
36 5tth:B 621 81 0.1600 0.0322 0.2469 6.1 6d14:B, 7exp:B, 4ipe:B, 4iyn:B, 4j0b:B, 5tvu:B, 5tvw:B, 5tvx:B
37 3cgy:A 133 63 0.1440 0.1353 0.2857 6.1 3cgy:B, 3cgy:C
38 1xc4:A 240 30 0.0880 0.0458 0.3667 6.7 1xc4:B
39 5dl5:A 416 42 0.1200 0.0361 0.3571 6.8
40 8che:L 219 37 0.1120 0.0639 0.3784 6.8 7amp:L, 7amq:L, 7amr:L, 7ams:L, 5bmf:L, 8che:B, 8fat:B, 8fat:D, 3qcu:L, 3qcu:M, 3qcv:L, 3qcv:M, 7rpu:B, 5waw:L
41 8dow:D 217 37 0.1200 0.0691 0.4054 7.1 8dow:H, 8dow:L, 8dp1:M, 8dp1:F, 8dp1:O
42 2ck0:L 216 29 0.1040 0.0602 0.4483 7.8 3ck0:L
43 4txw:A 159 101 0.1600 0.1258 0.1980 8.2
44 1bh3:A 289 56 0.1200 0.0519 0.2679 8.2 1prn:A, 2prn:A, 3prn:A, 5prn:A, 6prn:A, 7prn:A, 8prn:A
45 9gbv:B 782 41 0.1200 0.0192 0.3659 8.4 1aj6:A, 7c7n:A, 7c7o:A, 7dor:A, 7dor:B, 7dpr:A, 7dpr:B, 7dps:A, 7dps:B, 7dqf:A, 7dqf:B, 7dqh:A, 7dqh:B, 7dqi:A, 7dqi:B, 7dqj:A, 7dqj:B, 7dql:A, 7dql:B, 7dqm:A, 7dqm:B, 7dqs:A, 7dqs:B, 7dqu:A, 7dqu:B, 7dqw:A, 7dqw:B, 4duh:A, 4duh:B, 1ei1:A, 1ei1:B, 6eng:A, 6eng:B, 6f86:A, 6f8j:A, 6f94:A, 6f96:A, 3g7e:A, 9gbv:D, 9ggq:D, 9ggq:B, 4hyp:A, 4hyp:B, 4hyp:C, 4hyp:D, 6j90:A, 4kfg:A, 4kfg:B, 1kzn:A, 6kzv:A, 6kzx:A, 6kzz:A, 6l01:A, 5l3j:A, 5mmn:A, 5mmo:A, 5mmp:A, 7p2m:A, 7p2n:A, 7p2w:A, 7p2x:A, 4prv:A, 4prx:A, 4pu9:A, 8qdx:B, 8qdx:D, 8qqi:D, 8qqi:B, 8qqs:B, 8qqs:D, 8qqu:D, 6rku:D, 6rku:B, 6rkv:D, 6rkv:B, 6rkw:D, 6rkw:B, 4wub:A, 4wuc:A, 4wud:A, 4xtj:A, 6yd9:A, 5z4h:A, 5z4h:B, 5z4o:A, 5z4o:B, 5z9b:A, 5z9b:B, 5z9e:A, 5z9e:B, 5z9f:A, 5z9f:B, 5z9l:A, 5z9l:B, 5z9m:A, 5z9m:B, 5z9n:A, 5z9q:A, 5z9q:B, 7z9c:D, 7z9c:B, 7z9g:D, 7z9g:B, 7z9k:B, 7z9k:D, 7z9m:B, 7z9m:D, 4zvi:A, 5zxm:A, 5zxm:B
46 4jav:A 246 138 0.2720 0.1382 0.2464 8.5 6azr:A, 6azr:C, 2c2a:A, 3dge:A, 3dge:B, 4jas:A, 4jau:A, 4jav:B, 6rfv:A, 6rfv:B, 6rgy:A, 6rgy:B, 6rgz:A, 6rgz:B, 6rh0:A, 6rh0:B, 6rh1:A, 6rh1:B, 6rh2:A, 6rh2:B, 6rh7:A, 6rh7:B, 6rh8:A, 6rh8:B, 5uht:A, 5uht:C
47 8yon:C 605 94 0.1760 0.0364 0.2340 8.9 9imj:A, 8ylu:C, 8ylu:D, 8yo1:C, 8yo1:D, 8yo7:D, 8yo7:C, 8yod:C, 8yod:D, 8yon:D
48 6o1e:A 431 19 0.0640 0.0186 0.4211 9.1 5ix1:B, 5ix2:A, 5ix2:B, 4qq4:A, 4qq4:B, 5svi:A, 5svi:B, 5svx:A, 5svy:A

[Back]

Reference:
  • Chengxin Zhang, Xi Zhang, Peter L Freddolino, and Yang Zhang. BioLiP2: an updated structure database for biologically relevent ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, gkad630 (2023).
  • Jianyi Yang, Ambrish Roy, and Yang Zhang. BioLiP: a semi-manually curated database for biologically relevant ligand-protein interactions, Nucleic Acids Research, 41: D1096-D1103 (2013) (download the PDF file).
  • yangzhanglabumich.edu | (734) 647-1549 | 100 Washtenaw Avenue, Ann Arbor, MI 48109-2218